BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258H07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,362,754 - 66,465,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667499
Upstream geneAstn2
Downstream geneTlr4, LOC100039379, Hmgb1-rs18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258H07.bB6Ng01-258H07.g
ACCGA063890GA063891
length1,1231,081
definitionB6Ng01-258H07.b B6Ng01-258H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,463,960 - 66,465,071)(66,362,754 - 66,363,838)
sequence
gaattctataaaatcattaattcatctaaacagcactaattcacaagagt
ttatctttatgttgatctgcaggaaatttgctaattgaggtgagctgatg
cccatgaattgttaggctatgcaacagtgataggaaaaatgtctgtcagc
tgcatgaagcttgggatcttgcctctcagagctcacacattctagagtat
acaaaaagagtaggccacatccaggaaggccacctacaagccttaacctt
tcctaggcggttcctgacaagcttttatcaagaatgaggcccttttgtaa
cagtttgttcatatttcaataggtggccccacaccaatgcacatactgat
agcactaaatagactaagtgtgtttaatacatatcaacaacagagaggtc
atgaagttgggacagtttgggggaaatttgcagagggaatggaagatggc
taggattaaagtgtattgggcacacgtatgaatctctcaaagaaaaaaat
taaagattctaaagatgaacaacagaaacaaagcagtttttctctagaaa
attaatcatgtggtgattcatgggcaggctccaaagataagtgtacaagg
atattcatcacaatgtcctttagaaaattaaactccacaagctgggctgt
gcctgtaatcccagcacttggaaggataaagcagaaagattgtcttaagt
ttaaggtcagttgaagctacacagtgaatttttgatcagcttgggctaga
gagtgagctcttatctcaaaatactgaaatttcaacaaaccatacaaatg
aataaaacccaataagaaggaaattaaataaaagcacaaagcatgaatac
atatctgaaaaactatgcattctccagtatgacattgctggttaaaagac
aatttgtggtcatacaaaccaaattctaccgaaaccctcatggtcttttg
ttcaagttcatagtgtcagtgttttcagcaatagggacatacctccaatc
tctgcaaaacaacagcactaggctatattgtttggggaactcttatactt
ccatgataaaactcaaaagatgttttctcattattaatatgaggttatag
ctgtgatgaggagtatgttatcc

gaattccatagtggttacaccagcttataatctcaccaacactgaataaa
agttttgctttgaccacatcattcccagaatgtgttgttcttggtttcca
tgataacagctattctggccatggaaacatgtagtattaattagcattta
ggatattgaatacttttaatatatatattaaacatatgtgctttgtgtat
tattgctgattaaatgatttaaatgaagaaattacccactcctatttaca
aatttcatgtagttatgtatttgatattgtccctaaggaattatgggagt
ttgtgtgtattcctaatctgctttttaaatgaaacatgtcaaaaaagaac
tgatgtgcataaaatttactggttgtacaactttgtgttatatatagtca
tcactgtttccatataaactttattgtagacactaattagccttgtccat
tcctgactatcttgactatgctcaggcacagcaggctgatattctcttac
acaggtagtgttgttcatcgaatatggagatccttagaggcatggaatgt
ttcattatttggagatgactaacactacctggccccattccactactagg
gaatcattccttcaacagacctgatatgtttacttatataattctgtaca
aaatacatatgtggcaaaagatcaatatgattttgtaatcacttcttcct
ttggaggctccggaatagacagagggatcctgagcattcacctggggaca
tggaaaacagactaaagtttctgtgtggaaaaacaaaaaaacaaactaac
aaaaaaccctcaagactgtagcaatttttctaacatcctgagtttgatca
aacatcacagctttgctctaagcaatattgcttataatcatttaactcac
atgtggtggtgaaagatactttatttgatcatgtttttaaattcattgac
attcagtacaaacattctggacttgtaagaacagtcaatctcatagatgc
ctgcagcagttgctagcatgccctgtacttagaagagggtaaaatatcat
ttgtgcaatagaagaagaacaagagaacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66463960_66465071
seq2: B6Ng01-258H07.b_58_1164 (reverse)

seq1  GGATAACAATACT-CTCATCAACAGCTATAAACCTCATTATTAATAATGA  49
      ||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GGATAAC-ATACTCCTCATC-ACAGCTAT-AACCTCA-TATTAATAATGA  46

seq1  GAAACATTCTTTTGAGTTTTATCATGGAAGTATAAGAGTTCCCCAAAACA  99
      ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAAACATCTTTTGAGTTTTATCATGGAAGTATAAGAGTTCCCC-AAACA  95

seq1  ATATAGCCTAGTGCTGTTGTTTTGCAGAGATTGGAGGTATGTCCCTATTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCTAGTGCTGTTGTTTTGCAGAGATTGGAGGTATGTCCCTATTG  145

seq1  CTGAAAACACTGACACTATGAACTTTGAACAAAAGACCATGAGGGTTTCG  199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACACTGACACTATGAAC-TTGAACAAAAGACCATGAGGGTTTCG  194

seq1  GTAGAATTTGGTTTGTATGACCACAAATTGTCTTTTAACCAGCAATGTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATTTGGTTTGTATGACCACAAATTGTCTTTTAACCAGCAATGTCA  244

seq1  TACTGGAGAATGCATAGTTTTTCAGATATGTATTCATGCTTTGTGCTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAGAATGCATAGTTTTTCAGATATGTATTCATGCTTTGTGCTTTT  294

seq1  ATTTAATTTCCTTCTTATTGGGTTTTATTCATTTGTATGGTTTGTTGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTTCCTTCTTATTGGGTTTTATTCATTTGTATGGTTTGTTGAAA  344

seq1  TTTCAGTATTTTGAGATAAGAGCTCACTCTCTAGCCCAAGCTGATCAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTATTTTGAGATAAGAGCTCACTCTCTAGCCCAAGCTGATCAAAA  394

seq1  ATTCACTGTGTAGCTTCAACTGACCTTAAACTTAAGACAATCTTTCTGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGTGTAGCTTCAACTGACCTTAAACTTAAGACAATCTTTCTGCT  444

seq1  TTATCCTTCCAAGTGCTGGGATTACAGGCACAGCCCAGCTTGTGGAGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTCCAAGTGCTGGGATTACAGGCACAGCCCAGCTTGTGGAGTTT  494

seq1  AATTTTCTAAAGGACATTGTGATGAATATCCTTGTACACTTATCTTTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTAAAGGACATTGTGATGAATATCCTTGTACACTTATCTTTGGA  544

seq1  GCCTGCCCATGAATCACCACATGATTAATTTTCTAGAGAAAAACTGCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCCATGAATCACCACATGATTAATTTTCTAGAGAAAAACTGCTTT  594

seq1  GTTTCTGTTGTTCATCTTTAGAATCTTTAATTTTTTTCTTTGAGAGATTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTTGTTCATCTTTAGAATCTTTAATTTTTTTCTTTGAGAGATTC  644

seq1  ATACGTGTGCCCAATACACTTTAATCCTAGCCATCTTCCATTCCCTCTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTGTGCCCAATACACTTTAATCCTAGCCATCTTCCATTCCCTCTGC  694

seq1  AAATTTCCCCCAAACTGTCCCAACTTCATGACCTCTCTGTTGTTGATATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCCCCAAACTGTCCCAACTTCATGACCTCTCTGTTGTTGATATG  744

seq1  TATTAAACACACTTAGTCTATTTAGTGCTATCAGTATGTGCATTGGTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAACACACTTAGTCTATTTAGTGCTATCAGTATGTGCATTGGTGTG  794

seq1  GGGCCACCTATTGAAATATGAACAAACTGTTACAAAAGGGCCTCATTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACCTATTGAAATATGAACAAACTGTTACAAAAGGGCCTCATTCTT  844

seq1  GATAAAAGCTTGTCAGGAACCGCCTAGGAAAGGTTAAGGCTTGTAGGTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAGCTTGTCAGGAACCGCCTAGGAAAGGTTAAGGCTTGTAGGTGG  894

seq1  CCTTCCTGGATGTGGCCTACTCTTTTTGTATACTCTAGAATGTGTGAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGGATGTGGCCTACTCTTTTTGTATACTCTAGAATGTGTGAGCT  944

seq1  CTGAGAGGCAAGATCCCAAGCTTCATGCAGCTGACAGACATTTTTCCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGCAAGATCCCAAGCTTCATGCAGCTGACAGACATTTTTCCTAT  994

seq1  CACTGTTGCATAGCCTAACAATTCATGGGCATCAGCTCACCTCAATTAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGCATAGCCTAACAATTCATGGGCATCAGCTCACCTCAATTAGC  1044

seq1  AAATTTCCTGCAGATCAACATAAAGATAAACTCTTGTGAATTAGTGCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCTGCAGATCAACATAAAGATAAACTCTTGTGAATTAGTGCTGT  1094

seq1  TTAGATGAATTAA  1112
      |||||||||||||
seq2  TTAGATGAATTAA  1107


seq1: chr4_66362754_66363838
seq2: B6Ng01-258H07.g_65_1145

seq1  GAATTCCATAGTGGTTACACCAGCTTATAATCTCACCAACACTGAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTGGTTACACCAGCTTATAATCTCACCAACACTGAATAAA  50

seq1  AGTTTTGCTTTGACCACATCATTCCCAGAATGTGTTGTTCTTGGTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGCTTTGACCACATCATTCCCAGAATGTGTTGTTCTTGGTTTCCA  100

seq1  TGATAACAGCTATTCTGGCCATGGAAACATGTAGTATTAATTAGCATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACAGCTATTCTGGCCATGGAAACATGTAGTATTAATTAGCATTTA  150

seq1  GGATATTGAATACTTTTAATATATATATTAAACATATGTGCTTTGTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTGAATACTTTTAATATATATATTAAACATATGTGCTTTGTGTAT  200

seq1  TATTGCTGATTAAATGATTTAAATGAAGAAATTACCCACTCCTATTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTGATTAAATGATTTAAATGAAGAAATTACCCACTCCTATTTACA  250

seq1  AATTTCATGTAGTTATGTATTTGATATTGTCCCTAAGGAATTATGGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCATGTAGTTATGTATTTGATATTGTCCCTAAGGAATTATGGGAGT  300

seq1  TTGTGTGTATTCCTAATCTGCTTTTTAAATGAAACATGTCAAAAAAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTATTCCTAATCTGCTTTTTAAATGAAACATGTCAAAAAAGAAC  350

seq1  TGATGTGCATAAAATTTACTGGTTGTACAACTTTGTGTTATATATAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGCATAAAATTTACTGGTTGTACAACTTTGTGTTATATATAGTCA  400

seq1  TCACTGTTTCCATATAAACTTTATTGTAGACACTAATTAGCCTTGTCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTTCCATATAAACTTTATTGTAGACACTAATTAGCCTTGTCCAT  450

seq1  TCCTGACTATCTTGACTATGCTCAGGCACAGCAGGCTGATATTCTCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTATCTTGACTATGCTCAGGCACAGCAGGCTGATATTCTCTTAC  500

seq1  ACAGGTAGTGTTGTTCATCGAATATGGAGATCCTTAGAGGCATGGAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAGTGTTGTTCATCGAATATGGAGATCCTTAGAGGCATGGAATGT  550

seq1  TTCATTATTTGGAGATGACTAACACTACCTGGCCCCATTCCACTACTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATTTGGAGATGACTAACACTACCTGGCCCCATTCCACTACTAGG  600

seq1  GAATCATTCCTTCAACAGACCTGATATGTTTACTTATATAATTCTGTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATTCCTTCAACAGACCTGATATGTTTACTTATATAATTCTGTACA  650

seq1  AAATACATATGTGGCAAAAGATCAATATGATTTTGTAATCACTTCTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATATGTGGCAAAAGATCAATATGATTTTGTAATCACTTCTTCCT  700

seq1  TTGGAGGCTCCGGAATAGACAGAGGGATCCTGAGCATTCACCTGGGGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGCTCCGGAATAGACAGAGGGATCCTGAGCATTCACCTGGGGACA  750

seq1  TGGAAAACAGACTAAAGTTTCTGTGTGGAAAAACAAAAAAACAAACTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACAGACTAAAGTTTCTGTGTGGAAAAACAAAAAAACAAACTAAC  800

seq1  AAAAAACCCTCAAGACTGTAGCAATTTTTCTAACATCCTGAGTTTGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCCTCAAGACTGTAGCAATTTTTCTAACATCCTGAGTTTGATCA  850

seq1  AACATCACAGCTTTGCTCTAAGCAATATTGCTTATAATCATTTAACTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACAGCTTTGCTCTAAGCAATATTGCTTATAATCATTTAACTCAC  900

seq1  ATGTGGTGGTGAAAGATACTTTATTTGATCATGTTTTTAAATTCATTGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGGTGAAAGATACTTTATTTGATCATGTTTTTAAATTCATTGAC  950

seq1  ATTCAGTACAAACATTCTGGACTTGTAAGAACAGTCCAATCTCATAGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTCAGTACAAACATTCTGGACTTGTAAGAACAGT-CAATCTCATAGATG  999

seq1  CCTGCAGGCAGTTGCTAAGCCATTGCCCTGTACTTTAGAGAGGGTTAAAA  1050
      |||||| ||||||||| |||   ||||||||||||   |||||| |||||
seq2  CCTGCA-GCAGTTGCT-AGC--ATGCCCTGTACTTAGAAGAGGG-TAAAA  1044

seq1  TATCCATTTGTGCAATAGA--GAGACCAAGAG-ACAGA  1085
      ||| |||||||||||||||   ||| |||||| |||||
seq2  TAT-CATTTGTGCAATAGAAGAAGAACAAGAGAACAGA  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |