BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258K23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 75,804,519 - 75,926,814
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprd
Upstream gene3110001D03Rik, LOC623529, LOC100039833, LOC100039884, LOC667845
Downstream geneLOC667858, LOC667862
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258K23.bB6Ng01-258K23.g
ACCGA064060GA064061
length1,2141,207
definitionB6Ng01-258K23.b B6Ng01-258K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,925,595 - 75,926,814)(75,804,519 - 75,805,718)
sequence
gaattcatagtgataatggggaaattaatttctatgcaaggatggggatt
ttgtaggtgacctttaagagagtgttacatgggcaatagacgtggctcac
tggttaagaacaacggatgctcttgtagagaaccagagttcagttccaag
cacacatgttagtggctcatatgcacttccaacttcagctctgggcggtc
tgactccgttttttggcttaatgaggacccccatatgcatgatggccagc
tacatggacacctaaatgaacagattaacattctccctgactttaacgat
gaatattagagtatcactatttaatatgatttatgtatgtccttgggaaa
agaagacttaaatccttttacttattttgttaacttgctacctttcttta
agttgctttttcttttttttattattattatttcacgcatggcatttttg
ctgcttttgtgttttgagacagtcctttttaaaccataaaaccatataaa
ttaataaatctccaatttgtagatgaggatatccttgaactcctgatcct
tctgcctacacttctgaagtgctggggttatagacatttattaccatcct
tagaagcaaacatgttctttatgaaaaattatgtatatgtgcttactctg
attatataggttttagcatatgtaggttttaacaatagagaattgcagac
ctcagagatcatctgtactgagtaagtctgcggatgatgggtctgggaaa
ccaaggatatatttgcatgaagaaggaataacagtgacatagccttaatg
gacttcctccagcagcacatggcagaggctaacacaggcaaatgttagga
ggggtaaacaaaggacaaagacctcaaagtaaccgttgcaaccctttgat
cttaggaatcataaatagcctttcttcctgtctcctccttaaggctgctc
ctcctttttcattgtcctccaagacctcagaaatgagtcagtcctgttag
gtcatgaatgaatgcggccaggttctgctacccatccttgctaagcaatt
acagggagtcaaattcatatgaacaaaacaaaacagacttcttcatgaac
tgacttcatcagtgtattttcagggtcttgaaatgagggtagaatttaac
agtgagccagtattaggcttacttagcgagtcctgtccaaggtacctgct
agcataagtcgatc

gaattcagaagtgaccatcctgaacatattgcaagatcacatcataaaaa
ggaaaacagaaagaaaaatgagaggaagagaaataaattaaataatttaa
aatgtgtttatgatatattttgactaagataacttaattctaccaagaca
atatatatctatgtttatttcatacaaagcagaagactttaaaaaaaaca
aaagtaaaagtaaaaagaaaagaacgcaaggtaagtatgagctatagaat
aatatcactgatcatccttgttaaataatgaaaaccatcataagatgaat
tttattctttaagttatatattttaaaagtagacaaaaacttgtgtggat
atttactttttgtaagcaatgcatctgagaaaaacagtgcatgctccaag
ggaagatagagttaaacaataagtgggaaaagcaagtcccaagtgaaaca
gattaaatagatagcattaaaaataaggctgttaagacagctagacaaaa
acttctaatattaggatattgagactttttttcatctttcaaaaagaaag
atgctattgttaactcttgcttcaagctgtgcactaacacagagaagcaa
ccattccccaaactttcatctaggggatttacactcaggtcttcattctc
actaacctgaggtgaggcttcaaagaggagattaaagtcaggaggagagc
ataatactaacccaaagagcactgccagcttgagatgaaccatgctaaaa
gcaaagcccaacaggagctcatcacaagataaaaggaacaaacaaaaggc
ctgcccaattttcatttatctccaagaatttgatagtgaaagggcccatc
ctctgtgcctgctaatattgtctgcctatctatctatctatctatctatc
tatctatcatctatcatctatctggtgtttacaatcaaatgttcatttaa
aacataattcttgttctgtaggcttgcatgtgacttaggcactgaaaatt
attatgcctattattgcattatgaatcatcaggactgagattagtatgac
aatttttcatggatattagatttctaacatgcacatgtgaatattctaag
tgaattagtgaaagtgaacggaaaacagctgaatatttaagttactgtac
tgctagatggtaacttcttattgaattatgtgagagaaataccttttcta
aatacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_75925595_75926814
seq2: B6Ng01-258K23.b_49_1262 (reverse)

seq1  GATCGACTTAGTGCTAAGACAGGTGACTTGGACA-GACT-GCTTAGTTAT  48
      |||||||||| |||||   |||||  |||||||| |||| ||| || || 
seq2  GATCGACTTA-TGCTA--GCAGGTACCTTGGACAGGACTCGCTAAG-TAA  46

seq1  GCTTAATTACT-GCTCACTGTTTAAATCCTACCCTCATTTCAGGACCCTG  97
      || ||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GCCTAA-TACTGGCTCACTG-TTAAATTCTACCCTCATTTCAAGACCCTG  94

seq1  AAAATACACTTGATGAAGTCAGTTCATTGAAGAAGTCCTGTTTTGTTTTG  147
      ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAATACAC-TGATGAAGTCAGTTCA-TGAAGAAGT-CTGTTTTGTTTTG  141

seq1  TTTCATTATGAATTTGACT-CCTGTAATTGCTTAGCAAGGATGGGTAGCA  196
       |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCA-TATGAATTTGACTCCCTGTAATTGCTTAGCAAGGATGGGTAGCA  189

seq1  GAACCTGGCCGCATTCATTCATGACCTAACAGGACTGACTCATTTCTGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGCCGCATTCATTCATGACCTAACAGGACTGACTCATTTCTGAG  239

seq1  GTCTTGGAGGACAATGAAAAAGGA-GAGCAGCCTTAAGGAGGAGACAGGA  295
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAGGACAATGAAAAAGGAGGAGCAGCCTTAAGGAGGAGACAGGA  289

seq1  AGAAAGGCTATTTATGATTCCTAAGATCAAAGGGTTGCAACGGTTACTTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGCTATTTATGATTCCTAAGATCAAAGGGTTGCAACGGTTACTTT  339

seq1  GAGGTCTTTGTCCTTTGTTTACCCCTCCTAACATTTGCCTGTGTTAGCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTTTGTCCTTTGTTTACCCCTCCTAACATTTGCCTGTGTTAGCCT  389

seq1  CTGCCATGTGCTGCTGGAGGAAGTCCATTAAGGCTATGTCACTGTTATTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGTGCTGCTGGAGGAAGTCCATTAAGGCTATGTCACTGTTATTC  439

seq1  CTTCTTCATGCAAATATATCCTTGGTTTCCCAGACCCATCATCCGCAGAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCATGCAAATATATCCTTGGTTTCCCAGACCCATCATCCGCAGAC  489

seq1  TTACTCAGTACAGATGATCTCTGAGGTCTGCAATTCTCTATTGTTAAAAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAGTACAGATGATCTCTGAGGTCTGCAATTCTCTATTGTTAAAAC  539

seq1  CTACATATGCTAAAACCTATATAATCAGAGTAAGCACATATACATAATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATGCTAAAACCTATATAATCAGAGTAAGCACATATACATAATTT  589

seq1  TTCATAAAGAACATGTTTGCTTCTAAGGATGGTAATAAATGTCTATAACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAAGAACATGTTTGCTTCTAAGGATGGTAATAAATGTCTATAACC  639

seq1  CCAGCACTTCAGAAGTGTAGGCAGAAGGATCAGGAGTTCAAGGATATCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTTCAGAAGTGTAGGCAGAAGGATCAGGAGTTCAAGGATATCCT  689

seq1  CATCTACAAATTGGAGATTTATTAATTTATATGGTTTTATGGTTTAAAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACAAATTGGAGATTTATTAATTTATATGGTTTTATGGTTTAAAAA  739

seq1  GGACTGTCTCAAAACACAAAAGCAGCAAAAATGCCATGCGTGAAATAATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTCTCAAAACACAAAAGCAGCAAAAATGCCATGCGTGAAATAATA  789

seq1  ATAATAAAAAAAAGAAAAAGCAACTTAAAGAAAGGTAGCAAGTTAACAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAAAAAAGAAAAAGCAACTTAAAGAAAGGTAGCAAGTTAACAAA  839

seq1  ATAAGTAAAAGGATTTAAGTCTTCTTTTCCCAAGGACATACATAAATCAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAAAAGGATTTAAGTCTTCTTTTCCCAAGGACATACATAAATCAT  889

seq1  ATTAAATAGTGATACTCTAATATTCATCGTTAAAGTCAGGGAGAATGTTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAGTGATACTCTAATATTCATCGTTAAAGTCAGGGAGAATGTTA  939

seq1  ATCTGTTCATTTAGGTGTCCATGTAGCTGGCCATCATGCATATGGGGGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTCATTTAGGTGTCCATGTAGCTGGCCATCATGCATATGGGGGTC  989

seq1  CTCATTAAGCCAAAAAACGGAGTCAGACCGCCCAGAGCTGAAGTTGGAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAAGCCAAAAAACGGAGTCAGACCGCCCAGAGCTGAAGTTGGAAG  1039

seq1  TGCATATGAGCCACTAACATGTGTGCTTGGAACTGAACTCTGGTTCTCTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGAGCCACTAACATGTGTGCTTGGAACTGAACTCTGGTTCTCTA  1089

seq1  CAAGAGCATCCGTTGTTCTTAACCAGTGAGCCACGTCTATTGCCCATGTA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCATCCGTTGTTCTTAACCAGTGAGCCACGTCTATTGCCCATGTA  1139

seq1  ACACTCTCTTAAAGGTCACCTACAAAATCCCCATCCTTGCATAGAAATTA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCTTAAAGGTCACCTACAAAATCCCCATCCTTGCATAGAAATTA  1189

seq1  ATTTCCCCATTATCACTATGAATTC  1220
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCATTATCACTATGAATTC  1214


seq1: chr4_75804519_75805718
seq2: B6Ng01-258K23.g_66_1272

seq1  GAATTCAGAAGTGACCATCCTGAACATATTGCAAGATCACATCATAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGTGACCATCCTGAACATATTGCAAGATCACATCATAAAAA  50

seq1  GGAAAACAGAAAGAAAAATGAGAGGAAGAGAAATAAATTAAATAATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAGAAAGAAAAATGAGAGGAAGAGAAATAAATTAAATAATTTAA  100

seq1  AATGTGTTTATGATATATTTTGACTAAGATAACTTAATTCTACCAAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTTATGATATATTTTGACTAAGATAACTTAATTCTACCAAGACA  150

seq1  ATATATATCTATGTTTATTTCATACAAAGCAGAAGACTTTAAAAAAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCTATGTTTATTTCATACAAAGCAGAAGACTTTAAAAAAAACA  200

seq1  AAAGTAAAAGTAAAAAGAAAAGAACGCAAGGTAAGTATGAGCTATAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAAGTAAAAAGAAAAGAACGCAAGGTAAGTATGAGCTATAGAAT  250

seq1  AATATCACTGATCATCCTTGTTAAATAATGAAAACCATCATAAGATGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACTGATCATCCTTGTTAAATAATGAAAACCATCATAAGATGAAT  300

seq1  TTTATTCTTTAAGTTATATATTTTAAAAGTAGACAAAAACTTGTGTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTTTAAGTTATATATTTTAAAAGTAGACAAAAACTTGTGTGGAT  350

seq1  ATTTACTTTTTGTAAGCAATGCATCTGAGAAAAACAGTGCATGCTCCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTTTTGTAAGCAATGCATCTGAGAAAAACAGTGCATGCTCCAAG  400

seq1  GGAAGATAGAGTTAAACAATAAGTGGGAAAAGCAAGTCCCAAGTGAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATAGAGTTAAACAATAAGTGGGAAAAGCAAGTCCCAAGTGAAACA  450

seq1  GATTAAATAGATAGCATTAAAAATAAGGCTGTTAAGACAGCTAGACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAATAGATAGCATTAAAAATAAGGCTGTTAAGACAGCTAGACAAAA  500

seq1  ACTTCTAATATTAGGATATTGAGACTTTTTTTCATCTTTCAAAAAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAATATTAGGATATTGAGACTTTTTTTCATCTTTCAAAAAGAAAG  550

seq1  ATGCTATTGTTAACTCTTGCTTCAAGCTGTGCACTAACACAGAGAAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATTGTTAACTCTTGCTTCAAGCTGTGCACTAACACAGAGAAGCAA  600

seq1  CCATTCCCCAAACTTTCATCTAGGGGATTTACACTCAGGTCTTCATTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCCCAAACTTTCATCTAGGGGATTTACACTCAGGTCTTCATTCTC  650

seq1  ACTAACCTGAGGTGAGGCTTCAAAGAGGAGATTAAAGTCAGGAGGAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCTGAGGTGAGGCTTCAAAGAGGAGATTAAAGTCAGGAGGAGAGC  700

seq1  ATAATACTAACCCAAAGAGCACTGCCAGCTTGAGATGAACCATGCTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACTAACCCAAAGAGCACTGCCAGCTTGAGATGAACCATGCTAAAA  750

seq1  GCAAAGCCCAACAGGAGCTCATCACAAGATAAAAGGAACAAACAAAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCCCAACAGGAGCTCATCACAAGATAAAAGGAACAAACAAAAGGC  800

seq1  CTGCCCAATTTTCATTTATCTCCAAGAATTTGATAGTG-AAGGGCCCATC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGCCCAATTTTCATTTATCTCCAAGAATTTGATAGTGAAAGGGCCCATC  850

seq1  CTCTGTGCCTGCTAATATTGTCTGCCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCCTGCTAATATTGTCTGCCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  900

seq1  TATCTATCATCTATCATCTATCTGGTGTTTACAATCAAATGTTCATTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCATCTATCATCTATCTGGTGTTTACAATCAAATGTTCATTTAA  950

seq1  AACATAATTCTTGTTCTGTAGGCTTGCATGTGACTTAGGCACTGAAAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAATTCTTGTTCTGTAGGCTTGCATGTGACTTAGGCACTGAAAATT  1000

seq1  A-TATGCCTA-TATTGCATTATGAATCATCAGGACTGAGATTAGTATGGA  1047
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATTATGCCTATTATTGCATTATGAATCATCAGGACTGAGATTAGTATGAC  1050

seq1  CATTTTTCATGGATATTAGATTTCTAACATTGCACATGTG-ATATTCTAA  1096
       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |
seq2  AATTTTTCATGGATATTAGATTTCTAACA-TGCACATGTGAATATTCT-A  1098

seq1  AGTGAATTAGTGAAAAGTGACAG--AAACAGTTG-ATATTTAAATTACTG  1143
      |||||||||||| |||||||  |  |||||| || |||||||| ||||||
seq2  AGTGAATTAGTG-AAAGTGAACGGAAAACAGCTGAATATTTAAGTTACTG  1147

seq1  TTACTGCTAGAATTGTAACT--CTATTGAATTATGT--GAGGAATACCTT  1189
       ||||||||| || ||||||   |||||||||||||  ||| ||||||||
seq2  -TACTGCTAG-ATGGTAACTTCTTATTGAATTATGTGAGAGAAATACCTT  1195

seq1  TT-AAAATACAC  1200
      ||  ||||||||
seq2  TTCTAAATACAC  1207


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |