BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259L04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,053,265 - 66,218,181
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream geneTrim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4, LOC100039379, Hmgb1-rs18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259L04.bB6Ng01-259L04.g
ACCGA064813GA064814
length1,1661,052
definitionB6Ng01-259L04.b B6Ng01-259L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,053,265 - 66,054,430)(66,217,129 - 66,218,181)
sequence
gaattcttctagaggactgggtgatttaaaaacaccagggaagggaaagg
ttggggggtgattccgtagtttagattactaaccttttgagaagaggggg
tacatattaagtcagcttagggatcaaagccaatagcaccactgtgttct
cctacaggaataaaaataccaagctttaaggtttctaagtaagatacatt
ctgcttattcctatttagaatttaggtaactactgagataatattaccat
tgatatgttccgaatactgcttgtaacttgtttataggagatgagtactc
atccttccttcatctaactcaagcttacttcaacaccttgtgttgttatt
gctacacgtagcaatcataccaggtcaggataagcaggggaaaatattct
ttctatgtgtaagggaagggaaagaagaaaagcatctttgaagaagccat
agtgataaggttcctggaggagacggagtggtactctcacctaaggccga
taattcagccatatgcacatcatcagtgaggtgatggcctcaggtgagac
aggcatcatcagaaggtcagctggagtcatgtatgagccatgacatgcta
ggaattctcctctagccccaagggacatgtcacagtcagcaccttgtgct
gacctgaccctcttgtcccagcaattcttgccttgggactccgggctaga
ctgtaactcacaagagatgctaagttcacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacctgaaattaaataatcattttccttctacaaatct
tgggagcccaggaagctgctgtggctgactgttgagagcgggagtccagg
tgattggacccaaggcagcatatacactaagcaggcaacctctcctcagg
acaacttcggatggagtgctgtccatgtggaagtcatcaggaatcctgaa
tgctggtcaaaggatcagtgctactgcatagatactttgacaccctcttt
gacaccctagcttttacttagtcatcagcagagcagacatctctgtgcct
ttccttgcatccccaccgccttccttcctcctcccacagccaccactgag
atgaatccccaatgcagctattactggtgacttgaaaatctcttactgcc
tatctggctaatggaa

gaattccatctgttctctgcctgcacctgctatttatttacttttggttt
tgtcagttgaggaaaaattgttatttttctaaaaccataaaacataagga
gggaagagtagagtagaagggggagcaagcagggagataggagaaatatg
gcactgtggctaatacccactgagttcttcctatgcatctgatgccttta
aatgctgtacatgaatgactacgcttactagtcacaactacatggacaga
ttactcttcgtgcattttaaataaaaactgggatagaaatacatgtggtt
tgcataaattctcatagcgaaaggagagtccatacttatccatagcaaat
tcattccaatgaatgactgttcaaagcaatcaggaccagagaaatggttc
agcatataaaaatgcttgtcaccaagtttgaggacctgagtacctgaaaa
cacctgatgaaagaagagaactgattccacaacctgtcctgtgatcttca
tgtacttgaacatacacaaacatgcagtagcagatagagaggcagagaaa
tacaaatatgggatatagatagagtgatacagggatagatagataataga
taggcaggtttaagaaaatatataacaccctgcatcatataacgagctag
tatgtcatcagatattgtgttgagagataaggccaagaaagggagtattg
tatattctttatttgtatgtgggcaggtttttatgtgttgggaaaaaggg
agatttaatttgaaagtagtatagatttgcaagctagagactgcttttct
ctacaggggacatataggcaatcaagcatgagggttcagatacatttgaa
tctcagttttccaaatgctaaaaatctgtagttgtcatgttgatctctga
atatcatgtaacattagcacaacactcttgcaaataccattaaatttaaa
tcataccatgtaggtaaaatattaatgctcagttgctgttcagtaaatga
tggttactattatgataattatatgtttactataaatagtcgagtagaaa
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66053265_66054430
seq2: B6Ng01-259L04.b_45_1210

seq1  GAATTCTTCTAGAGGACTGGGTGATTTAAAAACACCAGGGAAGGGAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAGAGGACTGGGTGATTTAAAAACACCAGGGAAGGGAAAGG  50

seq1  TTGGGGGGTGATTCCGTAGTTTAGATTACTAACCTTTTGAGAAGAGGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGGTGATTCCGTAGTTTAGATTACTAACCTTTTGAGAAGAGGGGG  100

seq1  TACATATTAAGTCAGCTTAGGGATCAAAGCCAATAGCACCACTGTGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTAAGTCAGCTTAGGGATCAAAGCCAATAGCACCACTGTGTTCT  150

seq1  CCTACAGGAATAAAAATACCAAGCTTTAAGGTTTCTAAGTAAGATACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGGAATAAAAATACCAAGCTTTAAGGTTTCTAAGTAAGATACATT  200

seq1  CTGCTTATTCCTATTTAGAATTTAGGTAACTACTGAGATAATATTACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTATTCCTATTTAGAATTTAGGTAACTACTGAGATAATATTACCAT  250

seq1  TGATATGTTCCGAATACTGCTTGTAACTTGTTTATAGGAGATGAGTACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTTCCGAATACTGCTTGTAACTTGTTTATAGGAGATGAGTACTC  300

seq1  ATCCTTCCTTCATCTAACTCAAGCTTACTTCAACACCTTGTGTTGTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCTTCATCTAACTCAAGCTTACTTCAACACCTTGTGTTGTTATT  350

seq1  GCTACACGTAGCAATCATACCAGGTCAGGATAAGCAGGGGAAAATATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACGTAGCAATCATACCAGGTCAGGATAAGCAGGGGAAAATATTCT  400

seq1  TTCTATGTGTAAGGGAAGGGAAAGAAGAAAAGCATCTTTGAAGAAGCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTGTAAGGGAAGGGAAAGAAGAAAAGCATCTTTGAAGAAGCCAT  450

seq1  AGTGATAAGGTTCCTGGAGGAGACGGAGTGGTACTCTCACCTAAGGCCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAAGGTTCCTGGAGGAGACGGAGTGGTACTCTCACCTAAGGCCGA  500

seq1  TAATTCAGCCATATGCACATCATCAGTGAGGTGATGGCCTCAGGTGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGCCATATGCACATCATCAGTGAGGTGATGGCCTCAGGTGAGAC  550

seq1  AGGCATCATCAGAAGGTCAGCTGGAGTCATGTATGAGCCATGACATGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCATCAGAAGGTCAGCTGGAGTCATGTATGAGCCATGACATGCTA  600

seq1  GGAATTCTCCTCTAGCCCCAAGGGACATGTCACAGTCAGCACCTTGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTCCTCTAGCCCCAAGGGACATGTCACAGTCAGCACCTTGTGCT  650

seq1  GACCTGACCCTCTTGTCCCAGCAATTCTTGCCTTGGGACTCCGGGCTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGACCCTCTTGTCCCAGCAATTCTTGCCTTGGGACTCCGGGCTAGA  700

seq1  CTGTAACTCACAAGAGATGCTAAGTTCACACACACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTCACAAGAGATGCTAAGTTCACACACACACACACACACACACA  750

seq1  CACACACACACACACCTG-AATTAAATAATCATTTTCCTTCTACAAATCT  799
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACCTGAAATTAAATAATCATTTTCCTTCTACAAATCT  800

seq1  TGGGAGCCCAGGAAGCTGCTGTGGCTGACTGTTGAGAGCGGGAGTCCAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCCCAGGAAGCTGCTGTGGCTGACTGTTGAGAGCGGGAGTCCAGG  850

seq1  TGATTGGACCCAAGGCAGCATATACACTAGGCAGGCAACCTCTCCTCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGACCCAAGGCAGCATATACACTAAGCAGGCAACCTCTCCTCAGG  900

seq1  AC-ACTTCGGATGGAGTGCTGTCCATGTGGAAGTCATCAGGAAATCCTGA  948
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACAACTTCGGATGGAGTGCTGTCCATGTGGAAGTCATCAGG-AATCCTGA  949

seq1  ATGCTGGTCAAAGGATCAGTGCTACTGCATAGATACTTTGACA-CCTCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGCTGGTCAAAGGATCAGTGCTACTGCATAGATACTTTGACACCCTCTT  999

seq1  TGACA-CCTAGCTTTTACTTAGTCATCAAGCAGAGCAGACATCTCTTGTG  1046
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  TGACACCCTAGCTTTTACTTAGTCATC-AGCAGAGCAGACATCTC-TGTG  1047

seq1  CCTTTCCTTGCCATCCCACCGCCTTCCTTCCTCCTCCCACAAGCACCACT  1096
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CCTTTCCTTGCATCCCCACCGCCTTCCTTCCTCCTCCCACAGCCACCACT  1097

seq1  GAGATGATTCCCCCAAATGCAGCTATTACT-GTGAC-TGGAAATCTCTTT  1144
      ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||
seq2  GAGATGAATCCCC--AATGCAGCTATTACTGGTGACTTGAAAATCTC-TT  1144

seq1  ACTGCTGATTCTGCTAATGGAA  1166
      |||||  ||   ||||||||||
seq2  ACTGCCTATCTGGCTAATGGAA  1166


seq1: chr4_66217129_66218181
seq2: B6Ng01-259L04.g_67_1118 (reverse)

seq1  TATTTCTACTCGACTAATTTAATAAT-AACATATAATTATCATAATAGTA  49
      ||||||||||||||||  || ||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTACTCGACTA--TTTATAGTAAACATATAATTATCATAATAGTA  48

seq1  ACCATCATTTACTGAACAGCAACTGAGCATTAATTATTTTACCTACATTG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  ACCATCATTTACTGAACAGCAACTGAGCATTAA-TATTTTACCTACATGG  97

seq1  TATGATTTAAATTTTATGGTATTTGCAAGAGTGTTGTGCTATTGTTACAT  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATGATTTAAATTTAATGGTATTTGCAAGAGTGTTGTGCTAATGTTACAT  147

seq1  GATATTCAGAGATCAACATGACAACTACAGATTTTTAGCATTTGGAAAAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCAGAGATCAACATGACAACTACAGATTTTTAGCATTTGGAAAAC  197

seq1  TGAGATTC-AATGTATCTGAACCCTCATGCTTGATTGCCTATATGTCCCC  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCAAATGTATCTGAACCCTCATGCTTGATTGCCTATATGTCCCC  247

seq1  TGTAGAGAAAAGCAGTCTCTAGCCTGCAAATCTATACTACTTTCAAATTA  298
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGAAAAGCAGTCTCTAGCTTGCAAATCTATACTACTTTCAAATTA  297

seq1  AATCTCCCTTTTTCCCAACACATAAAAACCTGCCCACATACAAATAAAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCCTTTTTCCCAACACATAAAAACCTGCCCACATACAAATAAAGA  347

seq1  ATATACAATACTCCCTTTCTTGGCCTTATCTCTCAACACAATATCTGATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAATACTCCCTTTCTTGGCCTTATCTCTCAACACAATATCTGATG  397

seq1  ACATACTAGCTCGTTATATGATGCAGGGTGTTATATATTTTCTTAAACCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAGCTCGTTATATGATGCAGGGTGTTATATATTTTCTTAAACCT  447

seq1  GCCTATCTATTATCTATCTATCCCTGTATCACTCTATCTATATCCCATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCTATTATCTATCTATCCCTGTATCACTCTATCTATATCCCATAT  497

seq1  TTGTATTTCTCTGCCTCTCTATCTGCTACTGCATGTTTGTGTATGTTCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTCTCTGCCTCTCTATCTGCTACTGCATGTTTGTGTATGTTCAA  547

seq1  GTACATGAAGATCACAGGACAGGTTGTGGAATCAGTTCTCTTCTTTCATC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAAGATCACAGGACAGGTTGTGGAATCAGTTCTCTTCTTTCATC  597

seq1  AGGTGTTTTCAGGTACTCAGGTCCTCAAACTTGGTGACAAGCATTTTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTTCAGGTACTCAGGTCCTCAAACTTGGTGACAAGCATTTTTAT  647

seq1  ATGCTGAACCATTTCTCTGGTCCTGATTGCTTTGAACAGTCATTCATTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAACCATTTCTCTGGTCCTGATTGCTTTGAACAGTCATTCATTGG  697

seq1  AATGAATTTGCTATGGATAAGTATGGACTCTCCTTTCGCTATGAGAATTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTTGCTATGGATAAGTATGGACTCTCCTTTCGCTATGAGAATTT  747

seq1  ATGCAAACCACATGTATTTCTATCCCAGTTTTTATTTAAAATGCACGAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAACCACATGTATTTCTATCCCAGTTTTTATTTAAAATGCACGAAG  797

seq1  AGTAATCTGTCCATGTAGTTGTGACTAGTAAGCGTAGTCATTCATGTACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCTGTCCATGTAGTTGTGACTAGTAAGCGTAGTCATTCATGTACA  847

seq1  GCATTTAAAGGCATCAGATGCATAGGAAGAACTCAGTGGGTATTAGCCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAAAGGCATCAGATGCATAGGAAGAACTCAGTGGGTATTAGCCAC  897

seq1  AGTGCCATATTTCTCCTATCTCCCTGCTTGCTCCCCCTTCTACTCTACTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCATATTTCTCCTATCTCCCTGCTTGCTCCCCCTTCTACTCTACTC  947

seq1  TTCCCTCCTTATGTTTTATGGTTTTAGAAAAATAACAATTTTTCCTCAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCTTATGTTTTATGGTTTTAGAAAAATAACAATTTTTCCTCAAC  997

seq1  TGACAAAACCAAAAGTAAATAAATAGCAGGTGCAGGCAGAGAACAGATGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAACCAAAAGTAAATAAATAGCAGGTGCAGGCAGAGAACAGATGG  1047

seq1  AATTC  1053
      |||||
seq2  AATTC  1052


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |