BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259M10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 55,995,565 - 56,180,991
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfp462, LOC670211, Rad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
Downstream geneActl7b, Actl7a, Ikbkap, BC026590, Ctnnal1, D730040F13Rik, 6430704M03Rik, Epb4.1l4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259M10.bB6Ng01-259M10.g
ACCGA064871GA064872
length1,152748
definitionB6Ng01-259M10.b B6Ng01-259M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,179,840 - 56,180,991)(55,995,565 - 55,996,311)
sequence
gaattctcatttgttctgttccttgttcaggtacaaaggggagctctaaa
caaacaccggagccttgtgatgaaaattccacccatagaaccatttcctt
ataaaaatatcatgtgttttctctcatctgtgcttctgagatttaatata
ggcatacagtcacgtgtgtatatgtgacacaaaattagaagcaaaacagt
ctaggagaacaaaggagactacacagaaggttgtggaaggaaagagagca
tagaagaatatgtatgatgtagaatatacactcatatggtaacatcttta
tgaaataaagtgccatgtagaatgaatatgtactatggatttaaaaacag
catgcacatacacatataagagaatggctgacagtttgcagcatgtaggc
ccagcagtatgaaacagtgatcaaagaaaacactttttagataatttagg
ataacttgcccttgtgattgagaaatttcatctctgctcctgaacgcagc
ctattgggaaggtagcaggactatgaagggccaacagcttcttgtgatgt
catggtggacatgttgaccaatgaagatgtttcatattgagtggtagcta
gctacactcattgactcccctttattggggtacagttgtaagtagttgac
actcccttaactctggctaccactacaaggagtccaagaccgtcatcatt
gaccccagctatggaagttctgagacccaagagttttattggctgtggct
cagaacccaagtgtgtaactttcccggcagcaggattgcatggagcataa
ctaccatgcaggccaagagttttacaggttcccagagatctttgcatgct
gcgcagacacgacaatgctggttgaacatatactttacttcttctgcaga
ataagtctccagcagggattctactttgcctactccggtttgttaccata
gtacagacttattgggatctagctgagtaaaatccagcgagttgtgctgt
tggtcttgtttacagtgttaccccgccttggatctgaaaagctgcccctt
gttcagatgaagaatagttttagaaagtggacttggtcctgatgacagta
tagcttggctcttcgaataccttatacaccattcaagctttggagattgt
tt

gaattcagaccaatctcactgatgaatattgattcaaaatactcaataat
tctcttgcaaaatatctcactttaagaatcatgtcattcaagtttatcgt
cgtctttctaaatatttctcatatgttcttacccctgttgcattttctcc
atatggaatgatttccatgtcctctttttacagatctaaatttttcctcc
taaatgccacttctaccagacacttcaagacactttgctttttttctttc
tttctgtgaataataatattgccagcattcaagcttccatggctctctac
tgtcatctcagatagctaatgttggctgtctattgcataatggcaattca
agtctttattatcccaatgttcccgctttatctacatctttgggctataa
attcaatatcatgtctctctttgatttctctctatttctcttggaatgtt
ttcaagaacaggtttttgtcctgaatctaaactcaatgttggatggaaca
cagggcccccaatggaggagctagagggatctgcaatcctataggtggaa
caacaatatgaactaaccaaaacctcccctccccccacccccccccccag
agctcgtgtctctagctgcatatgaatcagaagatggcctagtcggccat
cagtggaaagagaggcccattggtcgtgcaaactttatatgcctcagtac
aggggaatgccagagccaagaagtggaagtgggagggtggggggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_56179840_56180991
seq2: B6Ng01-259M10.b_43_1194 (reverse)

seq1  AAACAATCTTCCAAAGCTTGGAT-GTGTAATAAGGTA-TCG-AGAGCCAA  47
      |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  AAACAATC-TCCAAAGCTTGAATGGTGT-ATAAGGTATTCGAAGAGCCAA  48

seq1  GCTAATACTGTCAACAGGAACCAAGTCCAACTTTCT-AAACTA-TCTTCA  95
      ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  GCT-ATACTGTCATCAGG-ACCAAGTCC-ACTTTCTAAAACTATTCTTCA  95

seq1  TCTGAACAAGGGGCAGCTTTTCAGATCCAAGGC-GGGTAACACTGTAAAA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TCTGAACAAGGGGCAGCTTTTCAGATCCAAGGCGGGGTAACACTGT-AAA  144

seq1  CAAGACCAACAGCAC-ACTCGCCTGGATTTTACTCAGCTAGATCCCAATA  193
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCAACAGCACAACTCG-CTGGATTTTACTCAGCTAGATCCCAATA  193

seq1  AGTCTGTACTATGGTAACAAACCGGAGTAGGCAAAGTAGAATCCCTGCTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTACTATGGTAACAAACCGGAGTAGGCAAAGTAGAATCCCTGCTG  243

seq1  GAGACTTATTCTGCAGAAGAAGTAAAGTATATGTTCAACCAGCATTGTCG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTATTCTGCAGAAGAAGTAAAGTATATGTTCAACCAGCATTGTCG  293

seq1  TGTCTGCGCAGCATGCAAAGATCTCTGGGAACCTGTAAAACTCTTGGCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCGCAGCATGCAAAGATCTCTGGGAACCTGTAAAACTCTTGGCCT  343

seq1  GCATGGTAGTTATGCTCCATGCAATCCTGCTGCCGGGAAAGTTACACACT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTAGTTATGCTCCATGCAATCCTGCTGCCGGGAAAGTTACACACT  393

seq1  TGGGTTCTGAGCCACAGCCAATAAAACTCTTGGGTCTCAGAACTTCCATA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTGAGCCACAGCCAATAAAACTCTTGGGTCTCAGAACTTCCATA  443

seq1  GCTGGGGTCAATGATGACGGTCTTGGACTCCTTGTAGTGGTAGCCAGAGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCAATGATGACGGTCTTGGACTCCTTGTAGTGGTAGCCAGAGT  493

seq1  TAAGGGAGTGTCAACTACTTACAACTGTACCCCAATAAAGGGGAGTCAAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGAGTGTCAACTACTTACAACTGTACCCCAATAAAGGGGAGTCAAT  543

seq1  GAGTGTAGCTAGCTACCACTCAATATGAAACATCTTCATTGGTCAACATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTAGCTAGCTACCACTCAATATGAAACATCTTCATTGGTCAACATG  593

seq1  TCCACCATGACATCACAAGAAGCTGTTGGCCCTTCATAGTCCTGCTACCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCATGACATCACAAGAAGCTGTTGGCCCTTCATAGTCCTGCTACCT  643

seq1  TCCCAATAGGCTGCGTTCAGGAGCAGAGATGAAATTTCTCAATCACAAGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATAGGCTGCGTTCAGGAGCAGAGATGAAATTTCTCAATCACAAGG  693

seq1  GCAAGTTATCCTAAATTATCTAAAAAGTGTTTTCTTTGATCACTGTTTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTATCCTAAATTATCTAAAAAGTGTTTTCTTTGATCACTGTTTCA  743

seq1  TACTGCTGGGCCTACATGCTGCAAACTGTCAGCCATTCTCTTATATGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGGGCCTACATGCTGCAAACTGTCAGCCATTCTCTTATATGTGT  793

seq1  ATGTGCATGCTGTTTTTAAATCCATAGTACATATTCATTCTACATGGCAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGCTGTTTTTAAATCCATAGTACATATTCATTCTACATGGCAC  843

seq1  TTTATTTCATAAAGATGTTACCATATGAGTGTATATTCTACATCATACAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCATAAAGATGTTACCATATGAGTGTATATTCTACATCATACAT  893

seq1  ATTCTTCTATGCTCTCTTTCCTTCCACAACCTTCTGTGTAGTCTCCTTTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTATGCTCTCTTTCCTTCCACAACCTTCTGTGTAGTCTCCTTTG  943

seq1  TTCTCCTAGACTGTTTTGCTTCTAATTTTGTGTCACATATACACACGTGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAGACTGTTTTGCTTCTAATTTTGTGTCACATATACACACGTGA  993

seq1  CTGTATGCCTATATTAAATCTCAGAAGCACAGATGAGAGAAAACACATGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGCCTATATTAAATCTCAGAAGCACAGATGAGAGAAAACACATGA  1043

seq1  TATTTTTATAAGGAAATGGTTCTATGGGTGGAATTTTCATCACAAGGCTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATAAGGAAATGGTTCTATGGGTGGAATTTTCATCACAAGGCTC  1093

seq1  CGGTGTTTGTTTAGAGCTCCCCTTTGTACCTGAACAAGGAACAGAACAAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTTTGTTTAGAGCTCCCCTTTGTACCTGAACAAGGAACAGAACAAA  1143

seq1  TGAGAATTC  1152
      |||||||||
seq2  TGAGAATTC  1152


seq1: chr4_55995565_55996311
seq2: B6Ng01-259M10.g_67_814

seq1  GAATTCAGACCAATCTCACTGATGAATATTGATTCAAAATACTCAATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACCAATCTCACTGATGAATATTGATTCAAAATACTCAATAAT  50

seq1  TCTCTTGCAAAATATCTCACTTTAAGAATCATGTCATTCAAGTTTATCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCAAAATATCTCACTTTAAGAATCATGTCATTCAAGTTTATCGT  100

seq1  CGTCTTTCTAAATATTTCTCATATGTTCTTACCCCTGTTGCATTTTCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTTCTAAATATTTCTCATATGTTCTTACCCCTGTTGCATTTTCTCC  150

seq1  ATATGGAATGATTTCCATGTCCTCTTTTTACAGATCTAAATTTTTCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAATGATTTCCATGTCCTCTTTTTACAGATCTAAATTTTTCCTCC  200

seq1  TAAATGCCACTTCTACCAGACACTTCAAGACACTTTGCTTTTTTTCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCACTTCTACCAGACACTTCAAGACACTTTGCTTTTTTTCTTTC  250

seq1  TTTCTGTGAATAATAATATTGCCAGCATTCAAGCTTCCATGGCTCTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGAATAATAATATTGCCAGCATTCAAGCTTCCATGGCTCTCTAC  300

seq1  TGTCATCTCAGATAGCTAATGTTGGCTGTCTATTGCATAATGGCAATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTCAGATAGCTAATGTTGGCTGTCTATTGCATAATGGCAATTCA  350

seq1  AGTCTTTATTATCCCAATGTTCCCGCTTTATCTACATCTTTGGGCTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTATTATCCCAATGTTCCCGCTTTATCTACATCTTTGGGCTATAA  400

seq1  ATTCAATATCATGTCTCTCTTTGATTTCTCTCTATTTCTCTTGGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATATCATGTCTCTCTTTGATTTCTCTCTATTTCTCTTGGAATGTT  450

seq1  TTCAAGAACAGGTTTTTGTCCTGAATCTAAACTCAATGTTGGATGGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAACAGGTTTTTGTCCTGAATCTAAACTCAATGTTGGATGGAACA  500

seq1  CAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGGGATCTGCAATCCTATAGGTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGGGATCTGCAATCCTATAGGTGGAA  550

seq1  CAACAATATGAACTAACCAAAACCTCCCCTCCCCCCACCCCCCCCCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATATGAACTAACCAAAACCTCCCCTCCCCCCACCCCCCCCCCCAG  600

seq1  AGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGAATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGAATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCAT  650

seq1  CAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTAC  700

seq1  AGGGGAATGCCAGAGCCAAGAAGTGGAAGTGGGAGGGT-GGGGGAGTG  747
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGGGAATGCCAGAGCCAAGAAGTGGAAGTGGGAGGGTGGGGGGAGTG  748


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |