BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260J14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 55,787,387 - 55,917,409
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC384018, EG666920, Zfp462, LOC670211, Rad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
Downstream geneActl7b, Actl7a, Ikbkap, BC026590, Ctnnal1, D730040F13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260J14.bB6Ng01-260J14.g
ACCGA065480GA065481
length1,1621,190
definitionB6Ng01-260J14.b B6Ng01-260J14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,787,387 - 55,788,551)(55,916,223 - 55,917,409)
sequence
gaattccctgacggtactgtgaggaagatggagttgcacttctctaccca
ccacacccccttttcagaaaggaggaagctccttagactgggtcttgaca
tgttagccgtgtgtcttggttacaggtagccaaggtacatcagccatgga
gacagtctttagatctctggcttctaacgccaagctcagtatgttttcca
cttaagaacaatgctgttgccagggtcataagtgccctctaaagttggca
tactttacaccttgcaactcggccacctttgcaaactttaatttgaatag
ttttgagtcaccctgttgggaaatttactggaaccctgtttcatcatacc
ttgccaatagcaagtctgagacaccaatcctacagtggccacgtcaactg
gttgccacttctctggagctatacccaatgtgggtgacagagtctaggaa
gagtatccccaatcctcctgggactcccctcattccacagctgacctaga
ctgaaggagaagggctcagatgtcactcttctctttatcttttctagcac
tcctgatgggagtctgtaagagaggagacaggccacagatcacagactct
tgcttagaaacaactatggaaagatacttgaatggattttcaagatcaat
ctcagaggggagttctttttccatctgtcaccaggcagaagtttctttat
accttatgtctgttgtttgctaactaccttatgtctcttatttcctatct
ctttgagttggaacaaataatatgacatccccaaaccatgatttctatag
ttctaagtgaggatggggatggattgcagtcattgtctgaaactctataa
ggtttgggtgacatagttctgagtggagagcatcatcttgtgttttagct
gcacctcaatgctgctatccagataacaacactgccagctgtcccaacag
atggatctgagtgtatcatggtttgggaataaaactttacttcttatcat
tagctttctatgtgggtgacctggatctgaccggagcctttcctgcaatg
agtcagacttcagctctcttcctagcaatttctttttcttactggagggg
tgtagaagtaagatatgttcactccttcctcactggagtggactgatcca
atgacccttcta

gaattctttccattttcttctttaggctcaaagaaagagtattgtatgtt
tgtttgtctaggacaaaggagctgggaagtgatgaagacaaaaaccagac
ccagagtctttgatgttaagttcaatgttcttcccattggcctgaattgg
cacagtaagcccaaccttgtcctcgggctcaaaacactactatctcagtg
cagccagggaagacagaatgagtctaaaccacctcttgtggtcctgaggc
tcccctagctcccagtactttccttttctgaaacaaacatcacatctgta
atatgaagactttcttttcaacatttctttccttgggtgtttctttcagt
aagatgtaatggctgcaggagctggaaaaaggatgagtgggcacggctaa
gcctgagcacctgagtttgggtcctcagcacccacttatatcccaaatgt
ggcttcatgttcatgtaagactaacactgaagactggagataggcagact
ccaggggctcactgacctgctggcctaacattgtgatctcggctcagtaa
gggttcctgtctcaaataagtatgaaaaactactggagaggagcatacct
gatgtcctctggcctcttcatcgtgcacacacctatgcacacacctgtat
gcatgtaaggttttaatataatttcttgagccttggattgagacattgaa
gtccactgctgttgtgtagttaacaagcaatatatcttctttgcaaacta
aggcctttgaaagtataccttctgtgtttcaagtggaggcctttagatct
agagcatgtaggaatttcttttcatatgagactttgaaagagttatttct
ttgctccaaactgtttctacattggtaaatattcatattaatcagtgagc
aggactataagaaataaatgccaagtggcacataatcactactcaataaa
tgataacttccatcatgaacaactctagctaagactgaaattcaccagcc
caagcagcctaggccaaatcattagtcctccaatgaacctcctcttctca
tctgctcagtttgaaaatagcagctgaatattcttagttttagttttatt
ttgagacggtctcatatactacaacaacaccagcaggacactaactgaca
taccactgcacaccaattactcaccaccccctgtaagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_55787387_55788551
seq2: B6Ng01-260J14.b_45_1206

seq1  GAATTCCCTGACGGTACTGTGAGGAAGATGGAGTTGCACTTCTCTACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGACGGTACTGTGAGGAAGATGGAGTTGCACTTCTCTACCCA  50

seq1  CCACACCCCCTTTTCAGAAAGGAGGAAGCTCCTTAGACTGGGTCTTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCCCCTTTTCAGAAAGGAGGAAGCTCCTTAGACTGGGTCTTGACA  100

seq1  TGTTAGCCGTGTGTCTTGGTTACAGGTAGCCAAGGTACATCAGCCATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCCGTGTGTCTTGGTTACAGGTAGCCAAGGTACATCAGCCATGGA  150

seq1  GACAGTCTTTAGATCTCTGGCTTCTAACGCCAAGCTCAGTATGTTTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCTTTAGATCTCTGGCTTCTAACGCCAAGCTCAGTATGTTTTCCA  200

seq1  CTTAAGAACAATGCTGTTGCCAGGGTCATAAGTGCCCTCTAAAGTTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGAACAATGCTGTTGCCAGGGTCATAAGTGCCCTCTAAAGTTGGCA  250

seq1  TACTTTACACCTTGCAACTCGGCCACCTTTGCAAACTTTAATTTGAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTACACCTTGCAACTCGGCCACCTTTGCAAACTTTAATTTGAATAG  300

seq1  TTTTGAGTCACCCTGTTGGGAAATTTACTGGAACCCTGTTTCATCATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTCACCCTGTTGGGAAATTTACTGGAACCCTGTTTCATCATACC  350

seq1  TTGCCAATAGCAAGTCTGAGACACCAATCCTACAGTGGCCACGTCAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAATAGCAAGTCTGAGACACCAATCCTACAGTGGCCACGTCAACTG  400

seq1  GTTGCCACTTCTCTGGAGCTATACCCAATGTGGGTGACAGAGTCTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCACTTCTCTGGAGCTATACCCAATGTGGGTGACAGAGTCTAGGAA  450

seq1  GAGTATCCCCAATCCTCCTGGGACTCCCCTCATTCCACAGCTGACCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCCCCAATCCTCCTGGGACTCCCCTCATTCCACAGCTGACCTAGA  500

seq1  CTGAAGGAGAAGGGCTCAGATGTCACTCTTCTCTTTATCTTTTCTAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAGAAGGGCTCAGATGTCACTCTTCTCTTTATCTTTTCTAGCAC  550

seq1  TCCTGATGGGAGTCTGTAAGAGAGGAGACAGGCCACAGATCACAGACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGGGAGTCTGTAAGAGAGGAGACAGGCCACAGATCACAGACTCT  600

seq1  TGCTTAGAAACAACTATGGAAAGATACTTGAATGGATTTTCAAGATCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAAACAACTATGGAAAGATACTTGAATGGATTTTCAAGATCAAT  650

seq1  CTCAGAGGGGAGTTCTTTTTCCATCTGTCACCAGGCAGAAGTTTCTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGGGAGTTCTTTTTCCATCTGTCACCAGGCAGAAGTTTCTTTAT  700

seq1  ACCTTATGTCTGTTGTTTGCTAACTACCTTATGTCTCTTATTTCCTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATGTCTGTTGTTTGCTAACTACCTTATGTCTCTTATTTCCTATCT  750

seq1  CTTTGAGTTGGAACAAATAATATGACATCCCCAAACCATGATTTCTATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGTTGGAACAAATAATATGACATCCCCAAACCATGATTTCTATAG  800

seq1  TTCTAAGTGAGGATGGGGATGGATTGCAGTCATTGTCTGAAACTCTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTGAGGATGGGGATGGATTGCAGTCATTGTCTGAAACTCTATAA  850

seq1  GGTTTGGGTGACATAGTTCTGAGTGGAGAGCATCATCTTGTGTTTTAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGGTGACATAGTTCTGAGTGGAGAGCATCATCTTGTGTTTTAGCT  900

seq1  GCACCTCAATGCTGCTATCCAGATAACAACACTGCCAGCTGTCCCAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCAATGCTGCTATCCAGATAACAACACTGCCAGCTGTCCCAACAG  950

seq1  ATGGATCTGAGTGTATCATGGTTTGGGAATAAAACTTTACTTCTTATCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGGATCTGAGTGTATCATGGTTTGGGAATAAAACTTTACTTCTTATCA-  999

seq1  TTAAGCTTTCTATGTGGGTGACCCTGGATCTGACCGGGAAGCCTTTCCTG  1050
       | |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||
seq2  -TTAGCTTTCTATGTGGGTGA-CCTGGATCTGACCGG--AGCCTTTCCTG  1045

seq1  CAATGAGTCAGGACTTCAGCTCCTCTTCCTAGCA--TTCTTTTTCTTACT  1098
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| 
seq2  CAATGAGTCA-GACTTCAGCT-CTCTTCCTAGCAATTTCTTTTTCTTAC-  1092

seq1  TGGAGGGTGGTAG-AGTAAGATATG-TCACTCCTT-CTCACTGGTGTGGA  1145
      |||||||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||
seq2  TGGAGGGGTGTAGAAGTAAGATATGTTCACTCCTTCCTCACTGGAGTGGA  1142

seq1  GTAGTCAAATGACCCCTCTA  1165
       |  || |||||||| ||||
seq2  CTGATCCAATGACCCTTCTA  1162


seq1: chr4_55916223_55917409
seq2: B6Ng01-260J14.g_67_1256 (reverse)

seq1  GTGCTTACAGGGTGT-GTGTGTATGTGTGTGTG-TGT-GTGTGTGTGTGT  47
      |||||||||||| || ||| |||  || |||||  || || |||  ||  
seq2  GTGCTTACAGGGGGTGGTGAGTAATTG-GTGTGCAGTGGTATGTCAGTTA  49

seq1  GTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTAGTTATATGAGACCCGGTCTCAAAAAATA  96
      ||||  ||   ||||   ||||| |||||||||||  |||||  ||||||
seq2  GTGTCCTGCTGGTGTTGTTGTAG-TATATGAGACC--GTCTC--AAAATA  94

seq1  AAACTAAAACCTAGAATA-TCAGCTGCTATTTTCAAAACTGAGCAGATGA  145
      ||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAACTAAAACTAAGAATATTCAGCTGCTATTTTC-AAACTGAGCAGATGA  143

seq1  AGAGA-GAGGTTCA-TGGAGACTTAATGATTT-GCCTAGGCTGCTT-GGC  191
        ||| |||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GAAGAGGAGGTTCATTGGAGGACTAATGATTTGGCCTAGGCTGCTTGGGC  193

seq1  TGGTGAATTTCAGTCTTAGCTAGAGTTG-TCATGATGGAAGTTATCATTT  240
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAATTTCAGTCTTAGCTAGAGTTGTTCATGATGGAAGTTATCATTT  243

seq1  ATTGAGTAGTGATTATGTGCCACTTGGCATTTATTTCTTATAGTCCTGCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTAGTGATTATGTGCCACTTGGCATTTATTTCTTATAGTCCTGCT  293

seq1  CACTGATTAATATGAATATTTACCAATGTAGAAACAGTTTGGAGCAAAGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATTAATATGAATATTTACCAATGTAGAAACAGTTTGGAGCAAAGA  343

seq1  AATAACTCTTTCAAAGTCTCATATGAAAAGAAATTCCTACATGCTCTAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTCTTTCAAAGTCTCATATGAAAAGAAATTCCTACATGCTCTAGA  393

seq1  TCTAAAGGCCTCCACTTGAAACACAGAAGGTATACTTTCAAAGGCCTTAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGCCTCCACTTGAAACACAGAAGGTATACTTTCAAAGGCCTTAG  443

seq1  TTTGCAAAGAAGATATATTGCTTGTTAACTACACAACAGCAGTGGACTTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAGAAGATATATTGCTTGTTAACTACACAACAGCAGTGGACTTC  493

seq1  AATGTCTCAATCCAAGGCTCAAGAAATTATATTAAAACCTTACATGCATA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCAATCCAAGGCTCAAGAAATTATATTAAAACCTTACATGCATA  543

seq1  CAGGTGTGTGCATAGGTGTGTGCACGATGAAGAGGCCAGAGGACATCAGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGTGCATAGGTGTGTGCACGATGAAGAGGCCAGAGGACATCAGG  593

seq1  TATGCTCCTCTCCAGTAGTTTTTCATACTTATTTGAGACAGGAACCCTTA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCCTCTCCAGTAGTTTTTCATACTTATTTGAGACAGGAACCCTTA  643

seq1  CTGAGCCGAGATCACAATGTTAGGCCAGCAGGTCAGTGAGCCCCTGGAGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCGAGATCACAATGTTAGGCCAGCAGGTCAGTGAGCCCCTGGAGT  693

seq1  CTGCCTATCTCCAGTCTTCAGTGTTAGTCTTACATGAACATGAAGCCACA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTATCTCCAGTCTTCAGTGTTAGTCTTACATGAACATGAAGCCACA  743

seq1  TTTGGGATATAAGTGGGTGCTGAGGACCCAAACTCAGGTGCTCAGGCTTA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATATAAGTGGGTGCTGAGGACCCAAACTCAGGTGCTCAGGCTTA  793

seq1  GCCGTGCCCACTCATCCTTTTTCCAGCTCCTGCAGCCATTACATCTTACT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGCCCACTCATCCTTTTTCCAGCTCCTGCAGCCATTACATCTTACT  843

seq1  GAAAGAAACACCCAAGGAAAGAAATGTTGAAAAGAAAGTCTTCATATTAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAACACCCAAGGAAAGAAATGTTGAAAAGAAAGTCTTCATATTAC  893

seq1  AGATGTGATGTTTGTTTCAGAAAAGGAAAGTACTGGGAGCTAGGGGAGCC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATGTTTGTTTCAGAAAAGGAAAGTACTGGGAGCTAGGGGAGCC  943

seq1  TCAGGACCACAAGAGGTGGTTTAGACTCATTCTGTCTTCCCTGGCTGCAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACCACAAGAGGTGGTTTAGACTCATTCTGTCTTCCCTGGCTGCAC  993

seq1  TGAGATAGTAGTGTTTTGAGCCCGAGGACAAGGTTGGGCTTACTGTGCCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGTAGTGTTTTGAGCCCGAGGACAAGGTTGGGCTTACTGTGCCA  1043

seq1  ATTCAGGCCAATGGGAAGAACATTGAACTTAACATCAAAGACTCTGGGTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGCCAATGGGAAGAACATTGAACTTAACATCAAAGACTCTGGGTC  1093

seq1  TGGTTTTTGTCTTCATCACTTCCCAGCTCCTTTGTCCTAGACAAACAAAC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTGTCTTCATCACTTCCCAGCTCCTTTGTCCTAGACAAACAAAC  1143

seq1  ATACAATACTCTTTCTTTGAGCCTAAAGAAGAAAATGGAAAGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATACTCTTTCTTTGAGCCTAAAGAAGAAAATGGAAAGAATTC  1190


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |