BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265N16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,912,837 - 155,067,525
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2
Upstream genePrdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52
Downstream geneB930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10, 9430015G10Rik, EG667357, Agrn, LOC100038882, AW011738, LOC677185, 2310042D19Rik, Plekhn1, Klhl17, LOC100042378
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265N16.bB6Ng01-265N16.g
ACCGA069398GA069399
length1,0781,136
definitionB6Ng01-265N16.b B6Ng01-265N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,066,447 - 155,067,525)(154,912,837 - 154,913,979)
sequence
gaattctcacccctgcacggtcaccaaacagagtcagggccaaaggacac
ctgaagagactgccctgcctgccctgcctgcgctaagtagggggtgcagc
cagaaccagctagtgcctaaaagctctgctgctaaggatcaacggtgcac
tgaaaagggaggcgagtgtggtctcaccctactgtacgtactgtcctttg
aggtgaccttagccaggaaaggaaacggagggtgtgcgggctgcagtgtt
ctctaggtcctacctcctgtgtctgtagactatggtgtttccacacacct
acagcccttatcctagtcatcctgaaaaccccaagcggtaactgagcctg
agttcagtatcagaagcctctatgcagccattgtgcacctcatgactaac
ttggaaggatccaatcacgacaccaagcctctccaatttgtagagtctaa
taagatctccgtcctcagtggagggcaggggtttcaagagatatacttcc
tgcccccaccctattcctacctttcccttaaactgggcagagtgcagact
catcattgtaaatgtgcccagaaattcctgtaggtcatgtccagaattat
ccagaccttctttcagttggcttgcaggtattagttggaaatattggtac
ggaaaatgggcaagacaacataatgtggtatctttggatggaagacagct
agatgctcaatcttactactaggaggtgtggccttgttggagtgggtgtg
gccttgttggagtgggtgtggccttgttggagtgggtgtggccttgctga
aggaagtgtgccactagaggtgggctctaaagtttcaaagcccaagccag
tcccagtgttctctctaagctgatcttagatgtggtactctcaattgtct
ctccagcaccacatcggcctgtgttgccaccatgcgtcccaccaagatga
tatggactgaacttctggatctgtaagccaagccccaataatgctttctt
ttattaaggtggctgcagtctggctggtctattcctcaggcacttgttga
acgagtgatctgagctggaaacacacta
gaattcaatctctagaactgaaaaagaaataaaagttgtagctgaaaaga
aactggatgtctgtgcctagttctgtgataaattttgtgactaaggatgg
aaaaggattttatttcttgtcacatatatatgttgttctttataaaggaa
atttacatatcagaacatagcttggcagggtatgatgtagtacagcttta
atgcaagcactttggaggcagagacaagtagacctctgtgagtttgaggt
catcccggtctacataataagttccaggacagtcaaagctacataataga
ggaaccctgtctcaaaaaggcaagtgagtcagtcatacaagcatggtctg
attaaaagtgtcagagggctcaaaatggcgtggttgagttttacctcaag
tctttgatgagcttcagaagttcaaatatgcccaaatatacttgtggctg
aaatacctagaatgtatatattttgattacaatttgaagttaaaacctgt
atgtcactatcacatggtagacctgggagagcctctcacccttccttaag
agcacattgtgtctgagtaatggtgcttcccagaattgctctcactcagt
tccttcccagataactgagattcctttgcttgttggtcatgcttgcctta
tgcagtatatcctgcctcagtctacaatgcagagaactgcaggttccaaa
ctaggacagagtcatgagcaattcataattcactataattggtggcctct
tttgcccaaccatgtgcaattctgatgtcatttatcatctcactaccaca
cagttttatagagacaggtattctaatttatctctgtctgggaagtttga
gagttcgttttttcttttaattttgagggatagagtctgggccttaaact
tgttacatagtgaccttgaactaacactcacacacactctctctccccct
ctccctctccctcccttcccctctctctgtctgatttatggtttctccac
atcccacatttatgagttacacgtatgctaccatgcagctcatgtgtgtc
tagttgatttctactggtgtgataaccactgagcaagagcaactggaaga
aagattttgtttgagtttaatagtgtagtctatcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_155066447_155067525
seq2: B6Ng01-265N16.b_50_1127 (reverse)

seq1  TAGTGTGTTTTCAACTCAGATCACT-GTTCAACAGGGTCCCTG-TGAATA  48
      |||||||||| || ||||||||||| ||||||||  || ||||  |||||
seq2  TAGTGTGTTTCCAGCTCAGATCACTCGTTCAACA-AGTGCCTGAGGAATA  49

seq1  GA-CACCATGACTGCAGCAACCTTTATAAAAGAAAGCATTTAATTGGGGC  97
      || || |  ||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||
seq2  GACCAGCCAGACTGCAGCCACCTTAATAAAAGAAAGCATT--ATTGGGGC  97

seq1  TT-GCTTACAGATCCAGAAGTTCAGTCCATTATCATCTTGGTGGGACGCA  146
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTACAGATCCAGAAGTTCAGTCCA-TATCATCTTGGTGGGACGCA  146

seq1  TGGTGGCAACACAGGCCGATGTGGTGCTGGAGAGACAATTGAGAGTACCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCAACACAGGCCGATGTGGTGCTGGAGAGACAATTGAGAGTACCA  196

seq1  CATCT-AGATCAGGCTTAGAGAGAACACTGGGACTGGCTTGGGCTTTTGA  245
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATCTAAGATCA-GCTTAGAGAGAACACTGGGACTGGCTTGGGC-TTTGA  244

seq1  AACTTTAGAGCCCACCTCTAGTGGCACACTTCCTTCAGCAAGGCCACACC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAGAGCCCACCTCTAGTGGCACACTTCCTTCAGCAAGGCCACACC  294

seq1  CACTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACA  344

seq1  AGGCCACACCTCCTAGTAGTAAGATTGAGCATCTAGCTGTCTTCCATCCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACACCTCCTAGTAGTAAGATTGAGCATCTAGCTGTCTTCCATCCA  394

seq1  AAGATACCACATTATGTTGTCTTGCCCATTTTCCGTACCAATATTTCCAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACCACATTATGTTGTCTTGCCCATTTTCCGTACCAATATTTCCAA  444

seq1  CTAATACCTGCAAGCCAACTGAAAGAAGGTCTGGATAATTCTGGACATGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACCTGCAAGCCAACTGAAAGAAGGTCTGGATAATTCTGGACATGA  494

seq1  CCTACAGGAATTTCTGGGCACATTTACAATGATGAGTCTGCACTCTGCCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGGAATTTCTGGGCACATTTACAATGATGAGTCTGCACTCTGCCC  544

seq1  AGTTTAAGGGAAAGGTAGGAATAGGGTGGGGGCAGGAAGTATATCTCTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAGGGAAAGGTAGGAATAGGGTGGGGGCAGGAAGTATATCTCTTG  594

seq1  AAACCCCTGCCCTCCACTGAGGACGGAGATCTTATTAGACTCTACAAATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCTGCCCTCCACTGAGGACGGAGATCTTATTAGACTCTACAAATT  644

seq1  GGAGAGGCTTGGTGTCGTGATTGGATCCTTCCAAGTTAGTCATGAGGTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGCTTGGTGTCGTGATTGGATCCTTCCAAGTTAGTCATGAGGTGC  694

seq1  ACAATGGCTGCATAGAGGCTTCTGATACTGAACTCAGGCTCAGTTACCGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCTGCATAGAGGCTTCTGATACTGAACTCAGGCTCAGTTACCGC  744

seq1  TTGGGGTTTTCAGGATGACTAGGATAAGGGCTGTAGGTGTGTGGAAACAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTTTCAGGATGACTAGGATAAGGGCTGTAGGTGTGTGGAAACAC  794

seq1  CATAGTCTACAGACACAGGAGGTAGGACCTAGAGAACACTGCAGCCCGCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCTACAGACACAGGAGGTAGGACCTAGAGAACACTGCAGCCCGCA  844

seq1  CACCCTCCGTTTCCTTTCCTGGCTAAGGTCACCTCAAAGGACAGTACGTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCCGTTTCCTTTCCTGGCTAAGGTCACCTCAAAGGACAGTACGTA  894

seq1  CAGTAGGGTGAGACCACACTCGCCTCCCTTTTCAGTGCACCGTTGATCCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGGTGAGACCACACTCGCCTCCCTTTTCAGTGCACCGTTGATCCT  944

seq1  TAGCAGCAGAGCTTTTAGGCACTAGCTGGTTCTGGCTGCACCCCCTACTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAGAGCTTTTAGGCACTAGCTGGTTCTGGCTGCACCCCCTACTT  994

seq1  AGCGCAGGCAGGGCAGGCAGGGCAGTCTCTTCAGGTGTCCTTTGGCCCTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCAGGCAGGGCAGGCAGGGCAGTCTCTTCAGGTGTCCTTTGGCCCTG  1044

seq1  ACTCTGTTTGGTGACCGTGCAGGGGTGAGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTTGGTGACCGTGCAGGGGTGAGAATTC  1078

seq1: chr4_154912837_154913979
seq2: B6Ng01-265N16.g_69_1204

seq1  GAATTCAATCTCTAGAACTGAAAAAGAAATAAAAGTTGTAGCTGAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTCTAGAACTGAAAAAGAAATAAAAGTTGTAGCTGAAAAGA  50

seq1  AACTGGATGTCTGTGCCTAGTTCTGTGATAAATTTTGTGACTAAGGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGATGTCTGTGCCTAGTTCTGTGATAAATTTTGTGACTAAGGATGG  100

seq1  AAAAGGATTTTATTTCTTGTCACATATATATGTTGTTCTTTATAAAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATTTTATTTCTTGTCACATATATATGTTGTTCTTTATAAAGGAA  150

seq1  ATTTACATATCAGAACATAGCTTGGCAGGGTATGATGTAGTACAGCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATATCAGAACATAGCTTGGCAGGGTATGATGTAGTACAGCTTTA  200

seq1  ATGCAAGCACTTTGGAGGCAGAGACAAGTAGACCTCTGTGAGTTTGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGCACTTTGGAGGCAGAGACAAGTAGACCTCTGTGAGTTTGAGGT  250

seq1  CATCCCGGTCTACATAATAAGTTCCAGGACAGTCAAAGCTACATAATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCGGTCTACATAATAAGTTCCAGGACAGTCAAAGCTACATAATAGA  300

seq1  GGAACCCTGTCTCAAAAAGGCAAGTGAGTCAGTCATACAAGCATGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCTGTCTCAAAAAGGCAAGTGAGTCAGTCATACAAGCATGGTCTG  350

seq1  ATTAAAAGTGTCAGAGGGCTCAAAATGGCGTGGTTGAGTTTTACCTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGTGTCAGAGGGCTCAAAATGGCGTGGTTGAGTTTTACCTCAAG  400

seq1  TCTTTGATGAGCTTCAGAAGTTCAAATATGCCCAAATATACTTGTGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATGAGCTTCAGAAGTTCAAATATGCCCAAATATACTTGTGGCTG  450

seq1  AAATACCTAGAATGTATATATTTTGATTACAATTTGAAGTTAAAACCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTAGAATGTATATATTTTGATTACAATTTGAAGTTAAAACCTGT  500

seq1  ATGTCACTATCACATGGTAGACCTGGGAGAGCCTCTCACCCTTCCTTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACTATCACATGGTAGACCTGGGAGAGCCTCTCACCCTTCCTTAAG  550

seq1  AGCACATTGTGTCTGAGTAATGGTGCTTCCCAGAATTGCTCTCACTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATTGTGTCTGAGTAATGGTGCTTCCCAGAATTGCTCTCACTCAGT  600

seq1  TCCTTCCCAGATAACTGAGATTCCTTTGCTTGTTGGTCATGCTTGCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCAGATAACTGAGATTCCTTTGCTTGTTGGTCATGCTTGCCTTA  650

seq1  TGCAGTATATCCTGCCTCAGTCTACAATGCAGAGAACTGCAGGTTCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTATATCCTGCCTCAGTCTACAATGCAGAGAACTGCAGGTTCCAAA  700

seq1  CTAGGACAGAGTCATGAGCAATTCATAATTCACTATAATTGGTGGCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACAGAGTCATGAGCAATTCATAATTCACTATAATTGGTGGCCTCT  750

seq1  TTTGCCCAACCATGTGCAATTCTGATGTCATTTATCATCTCACTACCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCAACCATGTGCAATTCTGATGTCATTTATCATCTCACTACCACA  800

seq1  CAGTTTTATAGAGACAGGTATTCTAATTTATCTCTGTCTGGGAAGTTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTATAGAGACAGGTATTCTAATTTATCTCTGTCTGGGAAGTTTGA  850

seq1  GAGTTCGTTTTTTCTTTTAATTTTGAGGGATAGAGTCTGGGCCTTAAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCGTTTTTTCTTTTAATTTTGAGGGATAGAGTCTGGGCCTTAAACT  900

seq1  TGTTACATAGTGACCTTGAACTAACACTCACACACACTCTCTCTCCCCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATAGTGACCTTGAACTAACACTCACACACACTCTCTCTCCCCCT  950

seq1  CTCCCTCTCCCTCCCCTTCCCCTCTCTCTGTCTGATTTATGGTTTCTCCA  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTCCCT-CCCTTCCCCTCTCTCTGTCTGATTTATGGTTTCTCCA  999

seq1  CATCCCACATTTATGAGTTACAACGTATGCTACCATTGGAGCTCATGGTT  1050
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||  |
seq2  CATCCCACATTTATGAGTTAC-ACGTATGCTACCA-TGCAGCTCATG--T  1045

seq1  GTGTTCTAGTTTGATTTCTACTGGTGTGATTAAACACTGAGCAAGAGCAA  1100
      ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GTG-TCTAG-TTGATTTCTACTGGTGTGA-TAACCACTGAGCAAGAGCAA  1092

seq1  CTTGAAG-AAGATTTTGTTTGAGTTT-ATAGTTGTAGTCTATCAT  1143
      || |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CTGGAAGAAAGATTTTGTTTGAGTTTAATAG-TGTAGTCTATCAT  1136