BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268O14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 90,147,756 - 90,175,491
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDmrta1, Zfp352, LOC619842, LOC435792
Downstream genePpia-ps4_804.1, LOC664840, LOC664848, LOC100042274, Elavl2, LOC664864
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268O14.bB6Ng01-268O14.g
ACCGA071648GA071649
length1,0531,132
definitionB6Ng01-268O14.b B6Ng01-268O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,174,448 - 90,175,491)(90,147,756 - 90,148,899)
sequence
gaattcagagctcaataagtaaaaacagtaataattatgatagcatgctg
ctgcttttgagtctgagtccagtgcattggggctagactgcccacatggg
ctttgctgaaaagggaacctctgtataaagatctgaatgaagaaaaggaa
gtgatccagcaagtgctcatttctggtacaggctaaggtatttctcaagg
cttccttaggaaaagaacaggaagaaaggtcacttatcctaaatgaagaa
aggggaaggagcatttcagggttaatgagcatgattgctccacaatgtta
aatatcttggagaaagcaactggggatataccttgagattcatgatatag
gctcattggttacttttacaagtttcctggggatgtacagagaaagcttg
attagaatggagtaaagagttgaaaggtaagaattaaaaagaccaaatag
gtatgattcaatggatttgatatagtggggagcaaaagaatgttcataaa
gaaaattgactcaagagaggtttacacagtacaaaagccagctgcatatc
cctgtgattttggagagaagtaaagatataattaatggagaagttccagt
gtaatgttactgagtattcagaaggaatgagatcactcacacaagaaaaa
ggtttgttataaagacaaataatgataactgagggcacagggctggaaag
cagttccatgttgaaatgcaagaagagagatatgaatggaagatttgtga
ttgttgtgccccattcttacttcacttcttgtcttaagaaagttaaacaa
tcacagtagttcaaggactcgctgatgataatgggtgggggggggggcaa
tgtgtgctaaagaccccacgccagaatgcttggggtgtcttttcagagta
gtttatctaatgttctaaaattcttctataagccggtgtccaaggactga
caagcatggctttatttagctatgctgaataaggtgaattttatcaagtt
agagaactataaagtctaaaaatacaaattgaatggctaactttatgtat
ttg

gaattctagagttgatgaatggccctctctcaatgaataaagtgactcgc
ttttgcaaatacagcaacaacaagctgcaagcaaacatacatccctgtca
caggatatagaatcctatagaggatatatgtctcaatgtctcaaaatact
attataaattaggactttctattattcttaaatttaaagtgtgtgagttt
ttatatgtgaatactgtataacattatttccagccttccctttctggctg
tcaacaccatccctatatctcccctatctacctcctatctatctaaaatt
cacaacttctataattactgaccacaatgtggaaaaacctatgtcttaca
taattgttaaatattattttgaatttaatatacagggttttgtattggct
tggaggcaatgactaatgcatcccaggctgttcatatatatatataaagt
ttttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcact
ctgtagaccaggctcacctccaactcagaaatccacctgcctctcctccc
aagagctgtgattaaaggtatgcaccaccacagcccagctacagtatata
tttttataagcattttcgtgcttatagatggattagtgcatgaatgtaca
tgcaaatgtatatatacatctgtgtttggaggccagaagctgatgtcagg
tgccttccattattattctccattttacatagagaggtagggtttctcta
taaacccagagtatgccaattctctgagtctagctacccagcatgctcca
gtgattccacatctctgttgctttagtgctaggaacttgtgtgtggtagg
gattagaacttggccttgaagcttacaggacagcttttcacacagagcaa
ttgtagcagccactattttgtcatggttctgtgtattttttcattaaata
tagctggtattatattccatttgatgagtggttaggttacatcccaacat
cagatagtcttgcagcttatacagtacacattaaaagttcttggtcttgc
aagacacacatacagccaaactaaaacagaaatcaacaaatattgctgat
atcatttagtagtgtacattttaggaatattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_90174448_90175491
seq2: B6Ng01-268O14.b_45_1097 (reverse)

seq1  CAAATACATAAAGTTAG-CATTC-ATTTGTA-TTTTATACTTTATATTTC  47
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||| |||
seq2  CAAATACATAAAGTTAGCCATTCAATTTGTATTTTTAGACTTTATAGTTC  50

seq1  TCTAACTTAATAAAATTCACCTTATTCAGCATAGCTAAAT-AAGCCATGC  96
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTAACTTGATAAAATTCACCTTATTCAGCATAGCTAAATAAAGCCATGC  100

seq1  TTGTCAGT-CTTGGACACCGGCTTATAGAAGAATTTTAGAACATTAGAT-  144
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGTCAGTCCTTGGACACCGGCTTATAGAAGAATTTTAGAACATTAGATA  150

seq1  AACTACTCTGAAAAGACA-CCCAAGCATTCTGGCGTGGGGTCTTTAGCAC  193
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTCTGAAAAGACACCCCAAGCATTCTGGCGTGGGGTCTTTAGCAC  200

seq1  ACATTG--CCCCCCCCCACCCATTATCATCAGCGAGTCCTTGAACTACTG  241
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCCCCCCCCCCCACCCATTATCATCAGCGAGTCCTTGAACTACTG  250

seq1  TGATTGTTTAACTTTCTTAAGACAAGAAGTGAAGTAAGAATGGGGCACAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTTTAACTTTCTTAAGACAAGAAGTGAAGTAAGAATGGGGCACAA  300

seq1  CAATCACAAATCTTCCATTCATATCTCTCTTCTTGCATTTCAACATGGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACAAATCTTCCATTCATATCTCTCTTCTTGCATTTCAACATGGAA  350

seq1  CTGCTTTCCAGCCCTGTGCCCTCAGTTATCATTATTTGTCTTTATAACAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCCAGCCCTGTGCCCTCAGTTATCATTATTTGTCTTTATAACAA  400

seq1  ACCTTTTTCTTGTGTGAGTGATCTCATTCCTTCTGAATACTCAGTAACAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTCTTGTGTGAGTGATCTCATTCCTTCTGAATACTCAGTAACAT  450

seq1  TACACTGGAACTTCTCCATTAATTATATCTTTACTTCTCTCCAAAATCAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGGAACTTCTCCATTAATTATATCTTTACTTCTCTCCAAAATCAC  500

seq1  AGGGATATGCAGCTGGCTTTTGTACTGTGTAAACCTCTCTTGAGTCAATT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATATGCAGCTGGCTTTTGTACTGTGTAAACCTCTCTTGAGTCAATT  550

seq1  TTCTTTATGAACATTCTTTTGCTCCCCACTATATCAAATCCATTGAATCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATGAACATTCTTTTGCTCCCCACTATATCAAATCCATTGAATCA  600

seq1  TACCTATTTGGTCTTTTTAATTCTTACCTTTCAACTCTTTACTCCATTCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATTTGGTCTTTTTAATTCTTACCTTTCAACTCTTTACTCCATTCT  650

seq1  AATCAAGCTTTCTCTGTACATCCCCAGGAAACTTGTAAAAGTAACCAATG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGCTTTCTCTGTACATCCCCAGGAAACTTGTAAAAGTAACCAATG  700

seq1  AGCCTATATCATGAATCTCAAGGTATATCCCCAGTTGCTTTCTCCAAGAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATATCATGAATCTCAAGGTATATCCCCAGTTGCTTTCTCCAAGAT  750

seq1  ATTTAACATTGTGGAGCAATCATGCTCATTAACCCTGAAATGCTCCTTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACATTGTGGAGCAATCATGCTCATTAACCCTGAAATGCTCCTTCC  800

seq1  CCTTTCTTCATTTAGGATAAGTGACCTTTCTTCCTGTTCTTTTCCTAAGG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTCATTTAGGATAAGTGACCTTTCTTCCTGTTCTTTTCCTAAGG  850

seq1  AAGCCTTGAGAAATACCTTAGCCTGTACCAGAAATGAGCACTTGCTGGAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGAGAAATACCTTAGCCTGTACCAGAAATGAGCACTTGCTGGAT  900

seq1  CACTTCCTTTTCTTCATTCAGATCTTTATACAGAGGTTCCCTTTTCAGCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTTTTCTTCATTCAGATCTTTATACAGAGGTTCCCTTTTCAGCA  950

seq1  AAGCCCATGTGGGCAGTCTAGCCCCAATGCACTGGACTCAGACTCAAAAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCATGTGGGCAGTCTAGCCCCAATGCACTGGACTCAGACTCAAAAG  1000

seq1  CAGCAGCATGCTATCATAATTATTACTGTTTTTACTTATTGAGCTCTGAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCATGCTATCATAATTATTACTGTTTTTACTTATTGAGCTCTGAA  1050

seq1  TTC  1044
      |||
seq2  TTC  1053


seq1: chr4_90147756_90148899
seq2: B6Ng01-268O14.g_65_1196

seq1  GAATTCTAGAGTTGATGAATGGCCCTCTCTCAATGAATAAAGTGACTCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAGTTGATGAATGGCCCTCTCTCAATGAATAAAGTGACTCGC  50

seq1  TTTTGCAAATACAGCAACAACAAGCTGCAAGCAAACATACATCCCTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAATACAGCAACAACAAGCTGCAAGCAAACATACATCCCTGTCA  100

seq1  CAGGATATAGAATCCTATAGAGGATATATGTCTCAATGTCTCAAAATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATAGAATCCTATAGAGGATATATGTCTCAATGTCTCAAAATACT  150

seq1  ATTATAAATTAGGACTTTCTATTATTCTTAAATTTAAAGTGTGTGAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAATTAGGACTTTCTATTATTCTTAAATTTAAAGTGTGTGAGTTT  200

seq1  TTATATGTGAATACTGTATAACATTATTTCCAGCCTTCCCTTTCTGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTGAATACTGTATAACATTATTTCCAGCCTTCCCTTTCTGGCTG  250

seq1  TCAACACCATCCCTATATCTCCCCTATCTACCTCCTATCTATCTAAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACCATCCCTATATCTCCCCTATCTACCTCCTATCTATCTAAAATT  300

seq1  CACAACTTCTATAATTACTGACCACAATGTGGAAAAACCTATGTCTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTTCTATAATTACTGACCACAATGTGGAAAAACCTATGTCTTACA  350

seq1  TAATTGTTAAATATTATTTTGAATTTAATATACAGGGTTTTGTATTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTAAATATTATTTTGAATTTAATATACAGGGTTTTGTATTGGCT  400

seq1  TGGAGGCAATGACTAATGCATCCCAGGCTGTTCATATATATATATAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCAATGACTAATGCATCCCAGGCTGTTCATATATATATATAAAGT  450

seq1  TTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACT  500

seq1  CTGTAGACCAGGCTCACCTCCAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTCCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGACCAGGCTCACCTCCAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTCCTCCC  550

seq1  AAGAGCTGTGATTAAAGGTATGCACCACCACAGCCCAGCTACAGTATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTGTGATTAAAGGTATGCACCACCACAGCCCAGCTACAGTATATA  600

seq1  TTTTTATAAGCATTTTCGTGCTTATAGATGGATTAGTGCATGAATGTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATAAGCATTTTCGTGCTTATAGATGGATTAGTGCATGAATGTACA  650

seq1  TGCAAATGTATATATACATCTGTGTTTGGAGGCCAGAAGCTGATGTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATGTATATATACATCTGTGTTTGGAGGCCAGAAGCTGATGTCAGG  700

seq1  TGCCTTCCATTATTATTCTCCATTTTACATAGAGAGGTAGGGTTTCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCATTATTATTCTCCATTTTACATAGAGAGGTAGGGTTTCTCTA  750

seq1  TAAACCCAGAGTATGCCAATTCTCTGAGTCTAGCTACCCAGCATGCTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCAGAGTATGCCAATTCTCTGAGTCTAGCTACCCAGCATGCTCCA  800

seq1  GTGATTCCACATCTCTGTTGCTTTAGTGCTAGGAACTTGTGTGTGGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTCCACATCTCTGTTGCTTTAGTGCTAGGAACTTGTGTGTGGTAGG  850

seq1  GATTAGAACTTGGCCTTGAAGCTTACAGGACAGCTTTTCACACAGAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAACTTGGCCTTGAAGCTTACAGGACAGCTTTTCACACAGAGCAA  900

seq1  TTGTAGCAGCCACTATTTTGTCATGGTTCTGTGTA-TTTTTCATTAAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGTAGCAGCCACTATTTTGTCATGGTTCTGTGTATTTTTTCATTAAATA  950

seq1  TAGCTGGTATTATATTCCATTTGATGAAGTGGTTAGGTTACAATCCCAAC  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGCTGGTATTATATTCCATTTGATG-AGTGGTTAGGTTAC-ATCCCAAC  998

seq1  ATCAGATAAGTCTTGCAAGCTATACAGTACAACATTAAAAAGTTCTTGGT  1049
      ||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ATCAGAT-AGTCTTGCAGCTTATACAGTAC-ACATT-AAAAGTTCTTGGT  1045

seq1  CTGCAAAGACACACATACAAGCAAAACTAAAACAAAGAAATTAAACAAAT  1099
      ||   ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| | |||||||
seq2  CTTGCAAGACACACATAC-AGCCAAACTAAAAC--AGAAA-TCAACAAAT  1091

seq1  A-TGCTGATTAATCATTTTAGTAAGTGTACCATTTTAGAAATATTT  1144
      | |||||||  |||| |||||| |||||| |||||||| |||||||
seq2  ATTGCTGAT--ATCA-TTTAGT-AGTGTA-CATTTTAGGAATATTT  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |