BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269P02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 14,528,009 - 14,632,203
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc26a7, 1700034K16Rik
Upstream geneRunx1t1, LOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688
Downstream geneOtud6b, LOC100040047, Tmem55a, OTTMUSG00000004551, Efcbp1, Tmem64
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269P02.bB6Ng01-269P02.g
ACCGA072411GA072412
length1,1121,028
definitionB6Ng01-269P02.b B6Ng01-269P02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,631,088 - 14,632,203)(14,528,009 - 14,529,037)
sequence
gaattctatgttcttgaaatttttaaagagttcaattagcatgaattagg
gagatatttttatacatattgatacgtatagattcccagtagtgacttac
agagtctgatttggactattagaaaacccttcattttgggcaggaaaata
tgtcccaaatatgttggcctcatatactgtttaaatttcaagcagagtct
gtgtaatatttatacaggacttccatgctatataaacacacattgcttca
taaacacaagcattgtttttgccatgctgacattctggattgcggcactg
ttgtgcagtgaggcaaatgcctgtttccgttgctaggacagtggagactt
aagtttctacagcttatgcttgtacttgagttgatgatgttgatagcatg
gaaggcaacttctttgtcttcattacgtttttattagttagtgtcatcat
tggaattagtcaaattttctgtaaatcagcatggtgaagcttaacaaaga
tttacagtagggattaactcacagactctaattctaatgctccttgagtg
atgaagatttgactgggttctgagctatagtttagataggaagaatttgt
agcctagtaaatgtgattgaatatttttgagtccagtttgaatgtctggg
tggcccctgcttattgtactgagagttaaaaaaaattaagtaaaatgaca
tctaattttattaaccagataatgtaaatttattataacttagagtttta
tatttaagaggcataaatatggtagaaggtaccactttttctagtatatg
tgaaagacattattttttttttttgccatggcagccacatgcaagtcatg
tataagtcattgtacagtgctgtagaatcctagattaataaataataaag
aattaaacatgattttgaactaataaaatagggatcaatgtaatatatag
tatttgaattaatttgacaaactatttttctttttaaatttaggaaatag
cagcagatttgtcctctctctgtaggaagaaacgaccctttgatatgaat
gtcatagagagttaccagagtcaaggacaaacctctccaaagcaaaagtg
ttcaatatgcag

gaattctttggtttctggggtagaagactgcatagtatgttcgcatgagc
tggaaaatgatacttctgatggcacagggtcttaagtatgagacaagtgt
tatgaccatatctgtgattctggaggattccaacttgaactttcagtagc
tccttgtcctccaaccagaaaaataaaaatatcccagccaggagactgca
tctttagtccatagatatgtcctttgggtagtcagtttcattctctttga
tgtcccctgagacacagccaagcaaaggagagagagaagaacttacttct
tatttaaagttagagtacattgtttgaagagaaagagatgggcttgatta
gcaaaagtgtggggttgttcagagaatggctagctccttgaccccctaca
accatgatctcaaagttctgctcaatcccatcgacaggccaggacagaaa
ggaacttcaacagtacacggagctcaactgtctactcaggcctgaaaaag
actgctagtgcctctatagcctggacttggccaaccatgactctactgat
ccttccatgggttcttgtttgttcctccttgaggccttagcagacaccca
aaccctgacgagagctaacttaagggaaatggccaaagaaggaaaatcaa
atgaatattagaactgcaggaaaatgatagactcatgcatgtaagaagtt
gaaagaaaaggaataaggatgtatattttttccctcaatttataacttta
aatgttttattatgtctatgtaaattaggggtatatgccaaggcaaaaaa
aaaaaaaaaaaatgaaggttagaggacaaaggtcaccatcagggttagaa
gcaaggacacacccactgtattctcactgccttcaatctataacttaaca
aaaatagtaggtgtatatacagggagttggagagaggaaagctatggagt
aaatggtgtaattatatattcaaacctaaaaaaaaaagtaaaaatgcagt
gagaacctacaaagagacatatttagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_14631088_14632203
seq2: B6Ng01-269P02.b_47_1158 (reverse)

seq1  CTGCATATTGAACACTTTTTTGCTTTGGAGA-GTTTGTCCTTGACCTCTG  49
      |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||| 
seq2  CTGCATATTGAACAC--TTTTGCTTTGGAGAGGTTTGTCCTTGA-CTCT-  46

seq1  GGTAACTCTCTATGACATTCATAATCAAAGGGTCGTTTTCTTCTAACAGA  99
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||
seq2  GGTAACTCTCTATGACATTCAT-ATCAAAGGGTCG-TTTCTTCCTACAGA  94

seq1  GAGAGGACAAATCTTGCTGCTATTTCCTAAATTTAAAAAAGAAAATAGTT  149
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GAGAGGACAAATC-TGCTGCTATTTCCTAAATTTAAAAAGAAAAATAGTT  143

seq1  TGTCAAATTAATTCAAATACTATATATTACATTGATCCCTATTTTATTAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATTAATTCAAATACTATATATTACATTGATCCCTATTTTATTAG  193

seq1  TTCAAAATCATGTTTAATTCTTTATTATTTATTAATCTAGGATTCTACAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATCATGTTTAATTCTTTATTATTTATTAATCTAGGATTCTACAG  243

seq1  CACTGTACAATGACTTATACATGACTTGCATGTGGCTGCCATGGC-AAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACTGTACAATGACTTATACATGACTTGCATGTGGCTGCCATGGCAAAAA  293

seq1  AAAAAAATAATGTCTTTCACATATACTAG-AAAAGTGGTACCTTCTACCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATAATGTCTTTCACATATACTAGAAAAAGTGGTACCTTCTACCA  343

seq1  TATTTATGCCTCTTAAATATAAAACTCTAAGTTATAATAAATTTACATTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATGCCTCTTAAATATAAAACTCTAAGTTATAATAAATTTACATTA  393

seq1  TCTGGTTAATAAAATTAGATGTCATTTTACTTAATTTTTTTTAACTCTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTAATAAAATTAGATGTCATTTTACTTAATTTTTTTTAACTCTCA  443

seq1  GTACAATAAGCAGGGGCCACCCAGACATTCAAACTGGACTCAAAAATATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATAAGCAGGGGCCACCCAGACATTCAAACTGGACTCAAAAATATT  493

seq1  CAATCACATTTACTAGGCTACAAATTCTTCCTATCTAAACTATAGCTCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACATTTACTAGGCTACAAATTCTTCCTATCTAAACTATAGCTCAG  543

seq1  AACCCAGTCAAATCTTCATCACTCAAGGAGCATTAGAATTAGAGTCTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGTCAAATCTTCATCACTCAAGGAGCATTAGAATTAGAGTCTGTG  593

seq1  AGTTAATCCCTACTGTAAATCTTTGTTAAGCTTCACCATGCTGATTTACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATCCCTACTGTAAATCTTTGTTAAGCTTCACCATGCTGATTTACA  643

seq1  GAAAATTTGACTAATTCCAATGATGACACTAACTAATAAAAACGTAATGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTGACTAATTCCAATGATGACACTAACTAATAAAAACGTAATGA  693

seq1  AGACAAAGAAGTTGCCTTCCATGCTATCAACATCATCAACTCAAGTACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGAAGTTGCCTTCCATGCTATCAACATCATCAACTCAAGTACAA  743

seq1  GCATAAGCTGTAGAAACTTAAGTCTCCACTGTCCTAGCAACGGAAACAGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCTGTAGAAACTTAAGTCTCCACTGTCCTAGCAACGGAAACAGG  793

seq1  CATTTGCCTCACTGCACAACAGTGCCGCAATCCAGAATGTCAGCATGGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCCTCACTGCACAACAGTGCCGCAATCCAGAATGTCAGCATGGCA  843

seq1  AAAACAATGCTTGTGTTTATGAAGCAATGTGTGTTTATATAGCATGGAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATGCTTGTGTTTATGAAGCAATGTGTGTTTATATAGCATGGAAG  893

seq1  TCCTGTATAAATATTACACAGACTCTGCTTGAAATTTAAACAGTATATGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTATAAATATTACACAGACTCTGCTTGAAATTTAAACAGTATATGA  943

seq1  GGCCAACATATTTGGGACATATTTTCCTGCCCAAAATGAAGGGTTTTCTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACATATTTGGGACATATTTTCCTGCCCAAAATGAAGGGTTTTCTA  993

seq1  ATAGTCCAAATCAGACTCTGTAAGTCACTACTGGGAATCTATACGTATCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCAAATCAGACTCTGTAAGTCACTACTGGGAATCTATACGTATCA  1043

seq1  ATATGTATAAAAATATCTCCCTAATTCATGCTAATTGAACTCTTTAAAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATAAAAATATCTCCCTAATTCATGCTAATTGAACTCTTTAAAAA  1093

seq1  TTTCAAGAACATAGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGAACATAGAATTC  1112


seq1: chr4_14528009_14529037
seq2: B6Ng01-269P02.g_65_1092

seq1  GAATTCTTTGGTTTCTGGGGTAGAAGACTGCATAGTATGTTCGCATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTTTCTGGGGTAGAAGACTGCATAGTATGTTCGCATGAGC  50

seq1  TGGAAAATGATACTTCTGATGGCACAGGGTCTTAAGTATGAGACAAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATGATACTTCTGATGGCACAGGGTCTTAAGTATGAGACAAGTGT  100

seq1  TATGACCATATCTGTGATTCTGGAGGATTCCAACTTGAACTTTCAGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCATATCTGTGATTCTGGAGGATTCCAACTTGAACTTTCAGTAGC  150

seq1  TCCTTGTCCTCCAACCAGAAAAATAAAAATATCCCAGCCAGGAGACTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCCTCCAACCAGAAAAATAAAAATATCCCAGCCAGGAGACTGCA  200

seq1  TCTTTAGTCCATAGATATGTCCTTTGGGTAGTCAGTTTCATTCTCTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGTCCATAGATATGTCCTTTGGGTAGTCAGTTTCATTCTCTTTGA  250

seq1  TGTCCCCTGAGACACAGCCAAGCAAAGGAGAGAGAGAAGAACTTACTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTGAGACACAGCCAAGCAAAGGAGAGAGAGAAGAACTTACTTCT  300

seq1  TATTTAAAGTTAGAGTACATTGTTTGAAGAGAAAGAGATGGGCTTGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAGTTAGAGTACATTGTTTGAAGAGAAAGAGATGGGCTTGATTA  350

seq1  GCAAAAGTGTGGGGTTGTTCAGAGAATGGCTAGCTCCTTGACCCCCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGTGTGGGGTTGTTCAGAGAATGGCTAGCTCCTTGACCCCCTACA  400

seq1  ACCATGATCTCAAAGTTCTGCTCAATCCCATCGACAGGCCAGGACAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATCTCAAAGTTCTGCTCAATCCCATCGACAGGCCAGGACAGAAA  450

seq1  GGAACTTCAACAGTACACGGAGCTCAACTGTCTACTCAGGCCTGAAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTCAACAGTACACGGAGCTCAACTGTCTACTCAGGCCTGAAAAAG  500

seq1  ACTGCTAGTGCCTCTATAGCCTGGACTTGGCCAACCATGACTCTACTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTAGTGCCTCTATAGCCTGGACTTGGCCAACCATGACTCTACTGAT  550

seq1  CCTTCCATGGGTTCTTGTTTGTTCCTCCTTGAGGCCTTAGCAGACACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATGGGTTCTTGTTTGTTCCTCCTTGAGGCCTTAGCAGACACCCA  600

seq1  AACCCTGACGAGAGCTAACTTAAGGGAAATGGCCAAAGAAGGAAAATCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGACGAGAGCTAACTTAAGGGAAATGGCCAAAGAAGGAAAATCAA  650

seq1  ATGAATATTAGAACTGCAGGAAAATGATAGACTCATGCATGTAAGAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATTAGAACTGCAGGAAAATGATAGACTCATGCATGTAAGAAGTT  700

seq1  GAAAGAAAAGGAATAAGGATGTATA-TTTTTCCCTCAATTTATAACTTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAAGGAATAAGGATGTATATTTTTTCCCTCAATTTATAACTTTA  750

seq1  AATGTTTTATTATGTCTATGTAAATTAGGGGTATATGCCAAGGCAAAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTATTATGTCTATGTAAATTAGGGGTATATGCCAAGGCAAAAAA  800

seq1  AAAAAAAAAAAATGAAGGTTAGAGGACAAAGGTCACCATCAGGGTTAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAATGAAGGTTAGAGGACAAAGGTCACCATCAGGGTTAGAA  850

seq1  GCAAGGACACACCCACTGTATTCTCACTGCCTTCAATCTATAACTTTAAC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAAGGACACACCCACTGTATTCTCACTGCCTTCAATCTATAAC-TTAAC  899

seq1  AAAATAAGTAGGGTGTATATACAGGGGAGGTTGGAGAGAGGAAAGCTATG  949
      ||||  |||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGTA-GGTGTATATACAGGG--AGTTGGAGAGAGGAAAGCTATG  946

seq1  GAGTAAATGGTGTAATTATAATATCAAAACTAAAAAAAAAAGTAAAAATG  999
      ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATGGTGTAATTATATATTCAAACCTAAAAAAAAAAGTAAAAATG  996

seq1  CAGTGAGAACTTAC-AAGAGACATA-TTAGAA  1029
      |||||||||| ||| |||||||||| ||||||
seq2  CAGTGAGAACCTACAAAGAGACATATTTAGAA  1028


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |