BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270G11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 68,506,158 - 68,688,532
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDbc1
Upstream geneLOC433715, Tcp1-ps1
Downstream geneLOC622491, LOC433716, LOC100039888, LOC242497
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270G11.bB6Ng01-270G11.g
ACCGA072751GA072752
length1,163784
definitionB6Ng01-270G11.b B6Ng01-270G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,687,364 - 68,688,532)(68,506,158 - 68,506,932)
sequence
gaattctacactttggtgtcttcaggggatttgaaaagcattccaatttt
tagtgtctataaggaatccttggcaagttattctgaagaaaaacttagca
gcagattcttcccaatgttagcaagcaagcctcaggccacagaagagcag
gtgcttgtctgacccaggtgtcacctgcatttgatatatctcattagcct
ccagcagaaatgtggtctgacctgtccctgctctaagcagcagactccta
gagttcagggaaggtactaatggcctgtctgtgaagaatataaatgtgag
ttcctctctaagagcatagcaaaggcatgggaagcctatgcaacgtgctc
atgaacgtattggcaccattacttctgacataactcccagcctgaaactt
actagtaacaactgccatgatgccagccagtcatcccacttcataaatac
tacagaaatcccacttcataaatacctctacctctagtcctggctaagga
tctgaagtggggttttttgttgttgctgttgttgctcttgttgttgtttg
tttgtttgaaacaagtttgttatatagctccttttattgtcagagtagta
gagaccttaactcagaagagagagatgaggaaaatgtaacttgatctttt
aaaatgcacacacagagaaacacagagggagaacacacacagaaacatac
agagaaaaaacacactcatatctgtctgtatattaatatgtctatctatc
tatatgcctacgtacctcctacctaccatccaaacctaccatccatacct
acccgtgttacttaaggtttcattgctagaagatgacaccataatcatga
caactcgtattcatgaaaccatttaattgaggctaacctacagtttctga
gatttagttgattattatcatggcacataggatggcagtatagaggctga
cattgtgctgaagaagctaagagttctacatctagatccaaaggcacaga
aggagattctgtacaacactaattgtagcttgagcatatataagaccaca
agcctacctccatgatgcacactcctccaacagtcaaacatacaccaata
agaacatacccctaacaggtgtcactccctggtggacaggcctacaaacc
atggacctgtgga

gaattctgtgcaaattgaaatttgcatgaaatgatatttgaccagacaaa
gatggaggaaggaatttcagaaagcataacttgcttttgtaaaaataaaa
gatattgagaatggatggattatatgaaaggagaagaggatgtgagcaca
tataaaagataagagcaaaagcagatatatagtatcattacatgacttct
gtagtatgggtattttaatgtcttgtccctgggtccctaatgagactata
gccttcccaaagcagggctgggaaacacttgcttcctaattaatacactg
taactatcagaactccgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtga
aactgctgttaatggttgataatttcagactacatggtatgttcggtatg
agtgtgtgtgccatgtgtacacagtcctgcatgtgtgcttgtgcgtatgt
aatgtagagggtactgtcaggtgtattttacagtcatcctgcaccgtaat
tttgattcagtgcctctttctgaattggtagctgacggatctaggtaaaa
tagtgggctagcaagctctggagatccacctgatctaccctgccactcag
tactgagataacagatgcaaacctgcatactttgtttataattgacaact
gaagatctaaatccagggacttcatactttttaacgacaaaacactttct
cccatgatccaattcttccctactctataaacatttttaattttcaaaaa
taaagtttcacttagtgtgtactttgagcatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_68687364_68688532
seq2: B6Ng01-270G11.b_43_1205 (reverse)

seq1  TCCACAGACTCATGTGTTTGTAAGCTTGTCCA-CAGGGAGTGACA-CTGT  48
      |||||||   |||| ||||||| || |||||| |||||||||||| ||||
seq2  TCCACAGGTCCATG-GTTTGTAGGCCTGTCCACCAGGGAGTGACACCTGT  49

seq1  TAGGGGGTATGGTCTTATTGGTGTATGTTTGACCTTGTTGGAGGAAGTGT  98
      || |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||
seq2  TA-GGGGTATGTTCTTATTGGTGTATGTTTGAC--TGTTGGAGG-AGTGT  95

seq1  GCCATCATGGAGGTAGGCTTTGTGGTCTTATATATGCTCAAGCTACAATT  148
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CATCATGGAGGTAGGC-TTGTGGTCTTATATATGCTCAAGCTACAATT  143

seq1  AGTGTTGTACAGAATCTCCTTCTGTTGCCTTTGGATCTAGATGTAGAACT  198
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTACAGAATCTCCTTCTG-TGCCTTTGGATCTAGATGTAGAACT  192

seq1  CTTAGCTTCTTCAGCACAATGTCAGCCTCTATACTGCCATCCTATGTGCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTTCTTCAGCACAATGTCAGCCTCTATACTGCCATCCTATGTGCC  242

seq1  ATGATAATAATCAACTAAATCTCAGAAACTGTAGGTTAGCCTCAATTAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATAATCAACTAAATCTCAGAAACTGTAGGTTAGCCTCAATTAAA  292

seq1  TGGTTTCATGAATACGAGTTGTCATGATTATGGTGTCATCTTCTAGCAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCATGAATACGAGTTGTCATGATTATGGTGTCATCTTCTAGCAAT  342

seq1  GAAACCTTAAGTAACACGGGTAGGTATGGATGGTAGGTTTGGATGGTAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTAAGTAACACGGGTAGGTATGGATGGTAGGTTTGGATGGTAGG  392

seq1  TAGGAGGTACGTAGGCATATAGATAGATAGACATATTAATATACAGACAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTACGTAGGCATATAGATAGATAGACATATTAATATACAGACAG  442

seq1  ATATGAGTGTGTTTTTTCTCTGTATGTTTCTGTGTGTGTTCTCCCTCTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTGTGTTTTTTCTCTGTATGTTTCTGTGTGTGTTCTCCCTCTGT  492

seq1  GTTTCTCTGTGTGTGCATTTTAAAAGATCAAGTTACATTTTCCTCATCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTGTGTGTGCATTTTAAAAGATCAAGTTACATTTTCCTCATCTC  542

seq1  TCTCTTCTGAGTTAAGGTCTCTACTACTCTGACAATAAAAGGAGCTATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTGAGTTAAGGTCTCTACTACTCTGACAATAAAAGGAGCTATAT  592

seq1  AACAAACTTGTTTCAAACAAACAAACAACAACAAGAGCAACAACAGCAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTTGTTTCAAACAAACAAACAACAACAAGAGCAACAACAGCAAC  642

seq1  AACAAAAAACCCCACTTCAGATCCTTAGCCAGGACTAGAGGTAGAGGTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAACCCCACTTCAGATCCTTAGCCAGGACTAGAGGTAGAGGTAT  692

seq1  TTATGAAGTGGGATTTCTGTAGTATTTATGAAGTGGGATGACTGGCTGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGTGGGATTTCTGTAGTATTTATGAAGTGGGATGACTGGCTGGC  742

seq1  ATCATGGCAGTTGTTACTAGTAAGTTTCAGGCTGGGAGTTATGTCAGAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGCAGTTGTTACTAGTAAGTTTCAGGCTGGGAGTTATGTCAGAAG  792

seq1  TAATGGTGCCAATACGTTCATGAGCACGTTGCATAGGCTTCCCATGCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTGCCAATACGTTCATGAGCACGTTGCATAGGCTTCCCATGCCTT  842

seq1  TGCTATGCTCTTAGAGAGGAACTCACATTTATATTCTTCACAGACAGGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGCTCTTAGAGAGGAACTCACATTTATATTCTTCACAGACAGGCC  892

seq1  ATTAGTACCTTCCCTGAACTCTAGGAGTCTGCTGCTTAGAGCAGGGACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTACCTTCCCTGAACTCTAGGAGTCTGCTGCTTAGAGCAGGGACAG  942

seq1  GTCAGACCACATTTCTGCTGGAGGCTAATGAGATATATCAAATGCAGGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACCACATTTCTGCTGGAGGCTAATGAGATATATCAAATGCAGGTG  992

seq1  ACACCTGGGTCAGACAAGCACCTGCTCTTCTGTGGCCTGAGGCTTGCTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGGTCAGACAAGCACCTGCTCTTCTGTGGCCTGAGGCTTGCTTG  1042

seq1  CTAACATTGGGAAGAATCTGCTGCTAAGTTTTTCTTCAGAATAACTTGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTGGGAAGAATCTGCTGCTAAGTTTTTCTTCAGAATAACTTGCC  1092

seq1  AAGGATTCCTTATAGACACTAAAAATTGGAATGCTTTTCAAATCCCCTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTCCTTATAGACACTAAAAATTGGAATGCTTTTCAAATCCCCTGA  1142

seq1  AGACACCAAAGTGTAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCAAAGTGTAGAATTC  1163


seq1: chr4_68506158_68506932
seq2: B6Ng01-270G11.g_63_846

seq1  GAATTCTGTGCAAATTGAAATTTGCATGAAATGATATTTGACCAGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCAAATTGAAATTTGCATGAAATGATATTTGACCAGACAAA  50

seq1  GATGGAGGAAGGAATTTCAGAAAGCATAACTTGCTTTTGTAAAAATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGAAGGAATTTCAGAAAGCATAACTTGCTTTTGTAAAAATAAAA  100

seq1  GATATTGAGAATGGATGGATTATATGAAAGGAGAAGAGGATGTGAGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTGAGAATGGATGGATTATATGAAAGGAGAAGAGGATGTGAGCACA  150

seq1  TATAAAAGATAAGAGCAAAAGCAGATATATAGTATCATTACATGACTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGATAAGAGCAAAAGCAGATATATAGTATCATTACATGACTTCT  200

seq1  GTAGTATGGGTATTTTAATGTCTTGTCCCTGGGTCCCTAATGAGACTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATGGGTATTTTAATGTCTTGTCCCTGGGTCCCTAATGAGACTATA  250

seq1  GCCTTCCCAAAGCAGGGCTGGGAAACACTTGCTTCCTAATTAATACACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCCAAAGCAGGGCTGGGAAACACTTGCTTCCTAATTAATACACTG  300

seq1  TAACTATCAGAACTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATCAGAACTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  350

seq1  AACTGCTGTTAATGGTTGATAATTTCAGACTACATGGTATGTTCGGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTGTTAATGGTTGATAATTTCAGACTACATGGTATGTTCGGTATG  400

seq1  AGTGTGTGTGCCATGTGTACACAGTCCTGCATGTGTGCTTGTGCGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTGCCATGTGTACACAGTCCTGCATGTGTGCTTGTGCGTATGT  450

seq1  AATGTAGAGGGTACTGTCAGGTGTATTTTACAGTCATCCTGCACCGTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGAGGGTACTGTCAGGTGTATTTTACAGTCATCCTGCACCGTAAT  500

seq1  TTTGATTCAGTGCCTCTTTCTGAATTGGTAGCTGACGGATCTAGGTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTCAGTGCCTCTTTCTGAATTGGTAGCTGACGGATCTAGGTAAAA  550

seq1  TAGTGGGCTAGCAAGCTCTGGAGATCCACCTGATCTACCCTGCCACTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGCTAGCAAGCTCTGGAGATCCACCTGATCTACCCTGCCACTCAG  600

seq1  TACTGAGATAACAGATGCAAACCTGCATACTTTGTTTATAATTGACAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGATAACAGATGCAAACCTGCATACTTTGTTTATAATTGACAACT  650

seq1  GAAGATCTAAATCCA-GGACTTCATAC-TTTTAACGAC-AAACACTTTCT  697
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GAAGATCTAAATCCAGGGACTTCATACTTTTTAACGACAAAACACTTTCT  700

seq1  -CCTTGATCC-ATTCTT-CCTACTCTATAAACATTTTTA--TTTTAAAAA  742
       || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||
seq2  CCCATGATCCAATTCTTCCCTACTCTATAAACATTTTTAATTTTCAAAAA  750

seq1  TAAAGTTTCACTTAGTGTGTAC-TTGAGCATGCC  775
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  TAAAGTTTCACTTAGTGTGTACTTTGAGCATGGC  784


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |