BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270M18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 77,181,184 - 77,201,876
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePtprd, LOC667858, LOC667862
Downstream geneLOC100039974, LOC100039996
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270M18.bB6Ng01-270M18.g
ACCGA073045GA073046
length1,1271,118
definitionB6Ng01-270M18.b B6Ng01-270M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,200,752 - 77,201,876)(77,181,184 - 77,182,312)
sequence
gaattccagatgtgcgatatggattttcagaatttggtattttccctgct
gagtgtggttattgctttgatccagtttttctttgcactaccccatctct
ctattgtggataggcaatgcttagtctgcaccattgtgtgttggaattat
gtaactttttgatttgtacagtcaaggaatttctgtgagtctcagatgag
atttggacatttaaagagtctttggactgttaaggactacgaggacttct
ggagttggactgaacagatgtgctgtgatgtggctatggcactatagagc
ccagagaaaccttccttccttatcttgtctttgccaggtatcttgtcaaa
agaatgaggcaagcaactagtacattattactttattgctataaaggatg
agctctctaggaaagtatattagagatgacagcagatgaatcattctaag
cagaagggaaactcttggatatgcaggtttgaaaatgtgtggcttactgg
agaccttatagtgggggcaaccctgccattagcactaatgtagtgaaact
gttaatagtgcgtgctttaaggtactctgatgtttaacctaagaaaggta
tgaagcatgtgttatgaattatataggtgatgatttagagagctgaaaaa
tttcagggatttcttaggtcacatttttatattagaaaagaaatatagat
atggttttgatacctttctagaaatggctgttggctcagttttatttcac
cttgtatatctctgaagttcttgcctaacccagaaactagtgaatctaaa
cctcatcagcaacctccaaacctccttggcacttgggctttcagtgtgct
tgcctcatggaaaacttgatggaagggggaagactgtgttttatgctcag
gttcccatgtgccctgtcagcatgtactacctgtgactccatatgaaaga
ccattgctccattacgacaggtccctatagacattatatattattcctga
tattctagaaatagtagtaactctctcttgccaaaggatagagcctgggg
caggggaaatctacagtactgcagggcaattttccttgaatacagcatat
ttgtataaaaatatgtccttatagctt

gaattcttacaaaggtcattacatgttataagatacaattctgtactccc
caaagagttaaaataacactgaaacagaaatcatatgaacttatcaagca
aaatagggtttatgtcgaccttaagtaccttgtgcatatttgagcaaaat
cattctgtttagatactacatacatgcttcagttatcagaaattttgttt
taatatgagcaaaactgtgataattgaaagagcagattctttttttcctt
ttatttttttttcttccttatttgtctttttggtgacagtggagtggaag
gtgttcaaatgcatgcatacagaggtgttttgaatgtgggcttcatcact
taacagttttgtaggattatcttaagcaaggtacttaaatgtgatgtacc
ttatttgctttgtatgtaaaactcgaaccatgctggtatccgcattttat
tgtttgctataaagagccgtgcacagagtccttagcaaagcctggggcac
agagcacacagccaacacatgctgctgcagcctgttcattaccttataag
gtcttaaatgctgtgcgtgtctagagaacataaagtttagtttttgaagt
ttgatctttccctatactagtgatcagcagtagttctccttgaatacctg
ccaagcagttgcagtgagctagtgatacgatcaagaatcgtgtggaaatg
acccaactctatagtgtcaatgctacgttgcaagctatggcattttgaat
agacatgtattaagttattttagatttatggtattttaaaactaaggata
tagtatttagtgccatttttatagtcatataccatgtgtgcatttgcaca
catgtgttgtgggtgtgtatgtgcaaagaccagagtaaatgttgggtgct
gttcctcagtgccaaatgcattgtcttttagatttaatttttgaagctga
gttcaaaatgggctaagaacttacatagcacgttgggtttggatactaga
aaatcttagggtctactgtctctgtgtctctgtgcagaaacgtcactgtg
tctgctcttggtacgtgatgttgggaatagactgagccgtctatttcagt
caaatgtagttcgatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_77200752_77201876
seq2: B6Ng01-270M18.b_45_1171 (reverse)

seq1  AAGCTATTAAAGAACATA--TTTATACAAATATGGCTGTATTC-AGGAAA  47
      |||||||  ||| |||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AAGCTAT--AAGGACATATTTTTATACAAATAT-GCTGTATTCAAGGAAA  47

seq1  TTGCCCCTGCAGTACTGTAGATTTCCCCTG-CCCAGGCTCTATCCTTTGG  96
       |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCCTGCAGTACTGTAGATTTCCCCTGCCCCAGGCTCTATCCTTTGG  97

seq1  CAAGAGAGGAGTTACTACTA-TTCTAGAATATCA-GAATAATATATAATG  144
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGAGA-GAGTTACTACTATTTCTAGAATATCAGGAATAATATATAATG  146

seq1  TCTATAGGGACCTGTCGTAATGGAGCAATGGTCTTTCATATGGAGTCACA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGGGACCTGTCGTAATGGAGCAATGGTCTTTCATATGGAGTCACA  196

seq1  GGTAGTACATGCTGACAGGGCACATGGGAACCTGAGCATAAAACACAGTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTACATGCTGACAGGGCACATGGGAACCTGAGCATAAAACACAGTC  246

seq1  TTCCCCCTTCCATCAAGTTTTCCATGAGGCAAGCACACTGAAAGCCCAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTTCCATCAAGTTTTCCATGAGGCAAGCACACTGAAAGCCCAAG  296

seq1  TGCCAAGGAGGTTTGGAGGTTGCTGATGAGGTTTAGATTCACTAGTTTCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGGAGGTTTGGAGGTTGCTGATGAGGTTTAGATTCACTAGTTTCT  346

seq1  GGGTTAGGCAAGAACTTCAGAGATATACAAGGTGAAATAAAACTGAGCCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGGCAAGAACTTCAGAGATATACAAGGTGAAATAAAACTGAGCCA  396

seq1  ACAGCCATTTCTAGAAAGGTATCAAAACCATATCTATATTTCTTTTCTAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATTTCTAGAAAGGTATCAAAACCATATCTATATTTCTTTTCTAA  446

seq1  TATAAAAATGTGACCTAAGAAATCCCTGAAATTTTTCAGCTCTCTAAATC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAATGTGACCTAAGAAATCCCTGAAATTTTTCAGCTCTCTAAATC  496

seq1  ATCACCTATATAATTCATAACACATGCTTCATACCTTTCTTAGGTTAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTATATAATTCATAACACATGCTTCATACCTTTCTTAGGTTAAAC  546

seq1  ATCAGAGTACCTTAAAGCACGCACTATTAACAGTTTCACTACATTAGTGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGTACCTTAAAGCACGCACTATTAACAGTTTCACTACATTAGTGC  596

seq1  TAATGGCAGGGTTGCCCCCACTATAAGGTCTCCAGTAAGCCACACATTTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCAGGGTTGCCCCCACTATAAGGTCTCCAGTAAGCCACACATTTT  646

seq1  CAAACCTGCATATCCAAGAGTTTCCCTTCTGCTTAGAATGATTCATCTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGCATATCCAAGAGTTTCCCTTCTGCTTAGAATGATTCATCTGC  696

seq1  TGTCATCTCTAATATACTTTCCTAGAGAGCTCATCCTTTATAGCAATAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTCTAATATACTTTCCTAGAGAGCTCATCCTTTATAGCAATAAA  746

seq1  GTAATAATGTACTAGTTGCTTGCCTCATTCTTTTGACAAGATACCTGGCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAATGTACTAGTTGCTTGCCTCATTCTTTTGACAAGATACCTGGCA  796

seq1  AAGACAAGATAAGGAAGGAAGGTTTCTCTGGGCTCTATAGTGCCATAGCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGATAAGGAAGGAAGGTTTCTCTGGGCTCTATAGTGCCATAGCC  846

seq1  ACATCACAGCACATCTGTTCAGTCCAACTCCAGAAGTCCTCGTAGTCCTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACAGCACATCTGTTCAGTCCAACTCCAGAAGTCCTCGTAGTCCTT  896

seq1  AACAGTCCAAAGACTCTTTAAATGTCCAAATCTCATCTGAGACTCACAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCCAAAGACTCTTTAAATGTCCAAATCTCATCTGAGACTCACAGA  946

seq1  AATTCCTTGACTGTACAAATCAAAAAGTTACATAATTCCAACACACAATG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTGACTGTACAAATCAAAAAGTTACATAATTCCAACACACAATG  996

seq1  GTGCAGACTAAGCATTGCCTATCCACAATAGAGAGATGGGGTAGTGCAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGACTAAGCATTGCCTATCCACAATAGAGAGATGGGGTAGTGCAAA  1046

seq1  GAAAAACTGGATCAAAGCAATAACCACACTCAGCAGGGAAAATACCAAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTGGATCAAAGCAATAACCACACTCAGCAGGGAAAATACCAAAT  1096

seq1  TCTGAAAATCCATATCGCACATCTGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAATCCATATCGCACATCTGGAATTC  1127


seq1: chr4_77181184_77182312
seq2: B6Ng01-270M18.g_64_1181

seq1  GAATTCTTACAAAGGTCATTACATGTTATAAGATACAATTCTGTACTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAAAGGTCATTACATGTTATAAGATACAATTCTGTACTCCC  50

seq1  CAAAGAGTTAAAATAACACTGAAACAGAAATCATATGAACTTATCAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTTAAAATAACACTGAAACAGAAATCATATGAACTTATCAAGCA  100

seq1  AAATAGGGTTTATGTCGACCTTAAGTACCTTGTGCATATTTGAGCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGGTTTATGTCGACCTTAAGTACCTTGTGCATATTTGAGCAAAAT  150

seq1  CATTCTGTTTAGATACTACATACATGCTTCAGTTATCAGAAATTTTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTTTAGATACTACATACATGCTTCAGTTATCAGAAATTTTGTTT  200

seq1  TAATATGAGCAAAACTGTGATAATTGAAAGAGCAGATTCTTTTTTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGAGCAAAACTGTGATAATTGAAAGAGCAGATTCTTTTTTTCCTT  250

seq1  TTATTTTTTTTTCTTCCTTATTTGTCTTTTTGGTGACAGTGGAGTGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTTTTCTTCCTTATTTGTCTTTTTGGTGACAGTGGAGTGGAAG  300

seq1  GTGTTCAAATGCATGCATACAGAGGTGTTTTGAATGTGGGCTTCATCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAAATGCATGCATACAGAGGTGTTTTGAATGTGGGCTTCATCACT  350

seq1  TAACAGTTTTGTAGGATTATCTTAAGCAAGGTACTTAAATGTGATGTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTTTTGTAGGATTATCTTAAGCAAGGTACTTAAATGTGATGTACC  400

seq1  TTATTTGCTTTGTATGTAAAACTCGAACCATGCTGGTATCCGCATTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGCTTTGTATGTAAAACTCGAACCATGCTGGTATCCGCATTTTAT  450

seq1  TGTTTGCTATAAAGAGCCGTGCACAGAGTCCTTAGCAAAGCCTGGGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTATAAAGAGCCGTGCACAGAGTCCTTAGCAAAGCCTGGGGCAC  500

seq1  AGAGCACACAGCCAACACATGCTGCTGCAGCCTGTTCATTACCTTATAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACACAGCCAACACATGCTGCTGCAGCCTGTTCATTACCTTATAAG  550

seq1  GTCTTAAATGCTGTGCGTGTCTAGAGAACATAAAGTTTAGTTTTTGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAATGCTGTGCGTGTCTAGAGAACATAAAGTTTAGTTTTTGAAGT  600

seq1  TTGATCTTTCCCTATACTAGTGATCAGCAGTAGTTCTCCTTGAATACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTTCCCTATACTAGTGATCAGCAGTAGTTCTCCTTGAATACCTG  650

seq1  CCAAGCAGTTGCAGTGAGCTAGTGATACGATCAAGAATCGTGTGGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAGTTGCAGTGAGCTAGTGATACGATCAAGAATCGTGTGGAAATG  700

seq1  ACCCAACTCTATAGTGTCAATGCTACGTTGCAAGCTATGGCATTTTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACTCTATAGTGTCAATGCTACGTTGCAAGCTATGGCATTTTGAAT  750

seq1  AGACATGTATTAAGTTATTTTAGATTTATGGTATTTTAAAACTAAGGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGTATTAAGTTATTTTAGATTTATGGTATTTTAAAACTAAGGATA  800

seq1  TAGTATTTAGTGCCATTTTTATAGTCATATACCATGTGTGCATTTGCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTTAGTGCCATTTTTATAGTCATATACCATGTGTGCATTTGCACA  850

seq1  CATGTGTTGTGGGTGTGTATGTGCAAAGACCAGAGTAAATGTTGGGTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTTGTGGGTGTGTATGTGCAAAGACCAGAGTAAATGTTGGGTGCT  900

seq1  GTTCCTCAGGTGCCAAATGCATTGTC-TTTAGATTTAATTTTTGAAGCTG  949
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCA-GTGCCAAATGCATTGTCTTTTAGATTTAATTTTTGAAGCTG  949

seq1  AGTTCAAAATGGGCTAAGAACTTACATAGCACGTTGGTTTGGAATACTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||
seq2  AGTTCAAAATGGGCTAAGAACTTACATAGCACGTTGGGTTTGGATACTAG  999

seq1  AAAATCTTAGGGGTCCTACTGTCTCTGTGTCCTCTGTGCAGAAACGTCAA  1049
      ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AAAATCTTAGGG--TCTACTGTCTCTGTGT-CTCTGTGCAGAAACGTC-A  1045

seq1  CTGTGTCTTGCTCTTGGTACGTGGATGTTGGGAATAGAACTGAGGCCGTC  1099
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  CTGTGTC-TGCTCTTGGTACGT-GATGTTGGGAATAG-ACTGA-GCCGTC  1091

seq1  TCATTTTCAAGTCAAATGTAGTCCGATTTC  1129
      | ||||   ||||||||||||| |||||||
seq2  T-ATTT--CAGTCAAATGTAGTTCGATTTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |