BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271A06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 13,992,843 - 13,993,742
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039988, Runx1t1
Downstream geneLOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688, Slc26a7, 1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047, Tmem55a, OTTMUSG00000004551, Efcbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271A06.b
ACCGA073208
length905
definitionB6Ng01-271A06.b
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctctgcctggaataggattaaacaagagtcagtgatctaaataaa
tgatatcatttaccaactcatgagtcaacaagtagatacattagaacagt
catcttaaaatgtcatatgtggattgtaatattgcttcctctgcaggttt
ttaatatagactaaacaaaattagttaggttgcgggatggctcaatatgc
actgaacttgctgttcaagcttgaatgtctgtgtttgagtcctatacccc
tcacaaaggttgagcctactgttgctggaggtagagacaagtaaatcatg
gaggctccctggccatcaacttagttcaaccaaccattgtcaggtttggg
ataagactatgtctcaaaaactatcatgaatcagtgtgtggggaagatat
ctaacattaacactttccatacatattggtatgggtgagtgcacctgaac
acgcgcttgtatacccgtgcatatggcacacccataagtcagaagatatt
acaaaattaaattatagcaatttttattgtgctacagggaaacactaagg
tagttgctaagtcactaggcaaagtaatgatatggatccactgctgaata
tccagtctttcattgatcaatataaaaatttacaaaatatgcctattcaa
cggggttatacagtcttagttattaaccgagaactcatgaatacaagaaa
ctatcatttaagtgcctttagtacgaagaattggtgtagtgctccttgat
atctagagttgagcaaggtggttcggaatgcaaagccatgtcagtatggc
atttaatccattatgttggaatgctcaagttcttttctcttccattaatg
ctctcaagtgagcagtgactagattgtactctgtgtgtgcgtgagtgtgt
gtgtg
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_13992843_13993742
seq2: B6Ng01-271A06.b_39_943 (reverse)

seq1  ----CACACACACACACACACACAGAGTACAAACTAGTCACTGC-CACTT  45
          ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CACACACACACTCACGCACACACAGAGTACAATCTAGTCACTGCTCACTT  50

seq1  GAGAACATTAAAGGAAGAGAAAAGAACTTGAACATTCCAACATAATGGAT  95
      |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCATTAATGGAAGAGAAAAGAACTTGAGCATTCCAACATAATGGAT  100

seq1  TAAATGCC-TACTGACATGGCTTTGCATTCCAAACCACCTTGCTCAACTC  144
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCATACTGACATGGCTTTGCATTCCGAACCACCTTGCTCAACTC  150

seq1  TAGATATCAAGGAGCACTACACCAATTCTTCCTACTAAAGGCACTTAAAT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGATATCAAGGAGCACTACACCAATTCTTCGTACTAAAGGCACTTAAAT  200

seq1  GATAGTTTCTTGTATTCCTGAGTTCTCGGTTAATAACTAAGACTGTATAA  244
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTCTTGTATTCATGAGTTCTCGGTTAATAACTAAGACTGTATAA  250

seq1  CCCCGTTGAATAGGCATATTTTGTAAATTTTTATATTGATCAATGAAAGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGTTGAATAGGCATATTTTGTAAATTTTTATATTGATCAATGAAAGA  300

seq1  CTGGATATTCAGCAGTGGATCCATATCATTACTTTGCCTAGTGACTTAGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATATTCAGCAGTGGATCCATATCATTACTTTGCCTAGTGACTTAGC  350

seq1  AACTACCTTAGTGTTTCCCTGTAGCACAATAAAAATTGCTATAATTTAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCTTAGTGTTTCCCTGTAGCACAATAAAAATTGCTATAATTTAAT  400

seq1  TTTGTAATTACTTCTGACTTATGTGTGTGCTATATGCACGTGTATACAAG  444
      ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTTGTAATATCTTCTGACTTATGGGTGTGCCATATGCACGGGTATACAAG  450

seq1  CGTGTGTTCAGGTGCACTCACCCATACCAATATGTATGGAAAGTGTTAAT  494
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTGTTCAGGTGCACTCACCCATACCAATATGTATGGAAAGTGTTAAT  500

seq1  GTTAGATATCTTCCCCACACACTGATTCATGATAGTTTTTGAGACATAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATATCTTCCCCACACACTGATTCATGATAGTTTTTGAGACATAGT  550

seq1  CTTCTACCAAACCTGACACTGGTTGGTTGAACTAAGTTGATGGCCAGGGA  594
      ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCCAAACCTGACAATGGTTGGTTGAACTAAGTTGATGGCCAGGGA  600

seq1  GCCTCCATGATTTACTTGTCTCTACCTCCAGCAACACTAGGCTCAACCTT  644
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCCTCCATGATTTACTTGTCTCTACCTCCAGCAACAGTAGGCTCAACCTT  650

seq1  TGTGAGGGGTCTACGACTCAAACACAGACATTCATGCTTGAACAGCAAGT  694
      |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGAGGGGTATAGGACTCAAACACAGACATTCAAGCTTGAACAGCAAGT  700

seq1  TCAGTGCCTACTGAGCCATCCCGCAACCTAACTAATTTTCTTTAGTCTAT  744
      ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCAGTGCATATTGAGCCATCCCGCAACCTAACTAATTTTGTTTAGTCTAT  750

seq1  ATTAAAAACCTGCAGAGGAAGCAATATTACAATCCACATATGACATTTTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACCTGCAGAGGAAGCAATATTACAATCCACATATGACATTTTA  800

seq1  AGATGACTGTTCTAATGTATCTACTTGTTGACTCATGAGTTTGTAAATGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGATGACTGTTCTAATGTATCTACTTGTTGACTCATGAGTTGGTAAATGA  850

seq1  TATCATTTATTTAGATCACTGACTCTTGTTTAATCCTATTCCAGGTGTGA  894
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TATCATTTATTTAGATCACTGACTCTTGTTTAATCCTATTCCAGG-CAGA  899

seq1  GAATTC  900
      ||||||
seq2  GAATTC  905