BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271E16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 131,006,252 - 131,146,901
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm831, EG664832
Upstream geneZcchc17, Wdr57, 2610200G18Rik, Pum1, LOC622577, Sdc3, Laptm5, Matn1, LOC622681, LOC100041575
Downstream geneLOC100039799, Ptpru, Mecr, Sfrs4, EG664865, EG623230, Epb4.1, LOC666480, LOC100039835, Oprd1, LOC664894, Ythdf2, LOC664903, Gmeb1, Rnu11, Taf12, 9530096D07Rik, LOC100039864, Trspap1, Rcc1, Snhg3, Phactr4, Med18, Sesn2, Atpif1, Dnajc8, Ptafr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271E16.bB6Ng01-271E16.g
ACCGA073417GA073418
length2871,110
definitionB6Ng01-271E16.b B6Ng01-271E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,006,252 - 131,006,539)(131,145,787 - 131,146,901)
sequence
agatttatggggtgtggtgtgaataagccctggcctgggggttgcactat
taggagatgtggccttgttggaatgggtgtggccttgctggagtgggtgt
gaccttgctggagtgggtatggccttgctagagtgggtatggccttgctg
gagtgggtgtggccttgctggagtgggtgtggccttgttaaagtgagttt
ggccttgttggggtaggtgtggtcttgttggagtgggtgtggccttgttg
gagtggatgtggccttgttgcactcgtgtggccttgt
gaattctgctctcaagtcagggcagtaatcagcttcctggcttttagcac
tgtgtgatagatgagtgtcatacaaacacactggcttgggttcccatttc
ctgtggctccagcattacacctggcaatgtgcataggcagccatgcagaa
cacgactttgtttattcctgtccctgtggttcctgtgtattagacaaata
ccaaatcatttgccatcctgtgcattgcagtgctgggccggtgtaagcac
tggcatgggcattgatgtggaatcactacattgtatccctgtcatataca
agatcatccacctgtagaatcgctagagtgtatccaggacacatacagga
tcaccagcagatgctgccaaatggtctgtagagttgcctttgcggtttat
attcccaccagcagtgtccagagccacattttgtccccagattgcctact
ccacatcctcgtctgcctgtatcagctccttttggtccagatgtttagct
ctatgagtcttcacccctggaacattgatgtaggagggtaccttgctccc
atgtgctgactttggctcctttcaggtcgtggcctcagagatgcacactc
aagctgccctgtgatgtcatcagggcctagcatcaaattgttgcccacat
ggggccttccttgccagaagagtcgctcatgcatgtgacctacttactgt
ggaccttgtcccccgtcaggcattctgcagagagctgcagtctttgatga
atcagggtactaaccttgtggggttcacagactaatgttggagacagagt
gtggggctttttatttgaggtatgaaataagggtagttggacttgggagg
aaagatgggatggaggacatgcagaggagaaaacaggagatgaacattta
gggggtgatgcggcagcagacattttgagctcgaaccccaaccttagtgt
ctggaagatactagccccatctccacgataggacacatcaggacactgac
atgtatatccacatgtctggcaaaccaggtcactgggaagacctgaaggt
agatggaactcttgggagaggcctcaggctctatgtccttttgtggttgc
actccagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_131006252_131006539
seq2: B6Ng01-271E16.b_48_334

seq1  AGATTTATGGGGTGTGGTGTGAATAAGCCCTGGCCTGGGGGTTGCACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATGGGGTGTGGTGTGAATAAGCCCTGGCCTGGGGGTTGCACTAT  50

seq1  TAGGAGATGTGGCCTTGTTGGAATGGGTGTGGCCTTGCTGGAGTGGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGATGTGGCCTTGTTGGAATGGGTGTGGCCTTGCTGGAGTGGGTGT  100

seq1  GACCTTGCTGGAGTGGGTATGGCCTTGCTAGAGTGGGTATGGCCTTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGCTGGAGTGGGTATGGCCTTGCTAGAGTGGGTATGGCCTTGCTG  150

seq1  GAGTGGGTGTGGCCTTGCTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTAAAGTGAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTGTGGCCTTGCTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTAAAGTGAGTTT  200

seq1  GGCCTTGTTGGGGTAGGTGTGGTCTTGTTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTTGGGGTAGGTGTGGTCTTGTTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTG  250

seq1  GAGTGGATGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGT  288
      |||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||
seq2  GAGTGGATGTGGCCTTGTTGCACT-CGTGTGGCCTTGT  287

seq1: chr4_131145787_131146901
seq2: B6Ng01-271E16.g_67_1176 (reverse)

seq1  ACTCTGGTAGCTGCACACCACAAAGGGACATAGAG-CTGAGGCTTCTCCC  49
      ||||||| || |||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ACTCTGG-AG-TGCA-ACCACAAAAGGACATAGAGCCTGAGGCCTCTCCC  47

seq1  AAGTGTCCAATCTACCTCTGGGTCTTTCCCAGTGACCTTGGTTTGCCAGA  99
      ||| || | ||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAGTTCCATCTACCTTCAGGTC-TTCCCAGTGACC-TGGTTTGCCAGA  95

seq1  CATGTGGATATACATGTTCAGTGTCTTGATGTGTCCTAATCGTGGAGATT  149
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| 
seq2  CATGTGGATATACATG-TCAGTGTCCTGATGTGTCCT-ATCGTGGAGATG  143

seq1  GGGCTAGTATCTTCCAGACACTAGGTTTGGGGTTCGAGCTCAAAATTGTC  199
      ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGGCTAGTATCTTCCAGACACTAAGGTTGGGGTTCGAGCTCAAAA-TGTC  192

seq1  TGCTGCCGCATCACCCCCTAAATGTTCATCT-CTGTTTTCTCCTCTGCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCGCATCACCCCCTAAATGTTCATCTCCTGTTTTCTCCTCTGCAT  242

seq1  GTCCTCCAT-CCATCTTTCCTCCCAAGTCCAACTACCCTTATTTCATACC  297
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCATCCCATCTTTCCTCCCAAGTCCAACTACCCTTATTTCATACC  292

seq1  TCAAATAAAAAGCCCCACACTCTGTCTCCAACATTAGTCTGTGAACCCCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAAAAGCCCCACACTCTGTCTCCAACATTAGTCTGTGAACCCCA  342

seq1  CAAGGTTAGTACCCTGATTCATCAAAGACTGCAGCTCTCTGCAGAATGCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTAGTACCCTGATTCATCAAAGACTGCAGCTCTCTGCAGAATGCC  392

seq1  TGACGGGGGACAAGGTCCACAGTAAGTAGGTCACATGCATGAGCGACTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGGGGGACAAGGTCCACAGTAAGTAGGTCACATGCATGAGCGACTCT  442

seq1  TCTGGCAAGGAAGGCCCCATGTGGGCAACAATTTGATGCTAGGCCCTGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAAGGAAGGCCCCATGTGGGCAACAATTTGATGCTAGGCCCTGAT  492

seq1  GACATCACAGGGCAGCTTGAGTGTGCATCTCTGAGGCCACGACCTGAAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCACAGGGCAGCTTGAGTGTGCATCTCTGAGGCCACGACCTGAAAG  542

seq1  GAGCCAAAGTCAGCACATGGGAGCAAGGTACCCTCCTACATCAATGTTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAGTCAGCACATGGGAGCAAGGTACCCTCCTACATCAATGTTCC  592

seq1  AGGGGTGAAGACTCATAGAGCTAAACATCTGGACCAAAAGGAGCTGATAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGAAGACTCATAGAGCTAAACATCTGGACCAAAAGGAGCTGATAC  642

seq1  AGGCAGACGAGGATGTGGAGTAGGCAATCTGGGGACAAAATGTGGCTCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACGAGGATGTGGAGTAGGCAATCTGGGGACAAAATGTGGCTCTG  692

seq1  GACACTGCTGGTGGGAATATAAACCGCAAAGGCAACTCTACAGACCATTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGCTGGTGGGAATATAAACCGCAAAGGCAACTCTACAGACCATTT  742

seq1  GGCAGCATCTGCTGGTGATCCTGTATGTGTCCTGGATACACTCTAGCGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCATCTGCTGGTGATCCTGTATGTGTCCTGGATACACTCTAGCGAT  792

seq1  TCTACAGGTGGATGATCTTGTATATGACAGGGATACAATGTAGTGATTCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGGTGGATGATCTTGTATATGACAGGGATACAATGTAGTGATTCC  842

seq1  ACATCAATGCCCATGCCAGTGCTTACACCGGCCCAGCACTGCAATGCACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAATGCCCATGCCAGTGCTTACACCGGCCCAGCACTGCAATGCACA  892

seq1  GGATGGCAAATGATTTGGTATTTGTCTAATACACAGGAACCACAGGGACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCAAATGATTTGGTATTTGTCTAATACACAGGAACCACAGGGACA  942

seq1  GGAATAAACAAAGTCGTGTTCTGCATGGCTGCCTATGCACATTGCCAGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAACAAAGTCGTGTTCTGCATGGCTGCCTATGCACATTGCCAGGT  992

seq1  GTAATGCTGGAGCCACAGGAAATGGGAACCCAAGCCAGTGTGTTTGTATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGCTGGAGCCACAGGAAATGGGAACCCAAGCCAGTGTGTTTGTATG  1042

seq1  ACACTCATCTATCACACAGTGCTAAAAGCCAGGAAGCTGATTACTGCCCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCATCTATCACACAGTGCTAAAAGCCAGGAAGCTGATTACTGCCCT  1092

seq1  GACTTGAGAGCAGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAGAGCAGAATTC  1110