BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271G06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,000,004 - 66,098,787
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4, LOC100039379
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271G06.bB6Ng01-271G06.g
ACCGA073484GA073485
length1,1451,145
definitionB6Ng01-271G06.b B6Ng01-271G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,097,630 - 66,098,787)(66,000,004 - 66,001,155)
sequence
gaattcataacctcactctccatccattttctctgcttcatggttgtaac
taaataggtgatctcacagcttcctcctctagttgtcaccttccatatat
ccctcaccattgtcatttctccctatggagccataagccaaaagaatgtc
ttaataccatgagttgcttttgatcattatattttattgtacctaaaaga
agtaaccatcattgcccttggtcaaagataagtcacctgccctggataaa
acacaatatagattttatctcttctcagatgaatactgtatgttctttct
atcattctgtccaggaaatccattttgtagattcctccttcctcatatta
ttgactagatcagggacaaagtaatactcagggtatgcatatatttcagt
atgatactgtagccaataaaattgagaataaatatgaacacttcccaata
aaagaaaaagaaattaatcttaacgtcttaacgtctgagtatttggaaag
cacgtatctagtgtggaatttagagtcatcaagagtagaaggggatgtat
ttggaagttaatgctatctccactaagctctgaaaatgagggaactgttt
agaaaatactcaaggtggtggatttcagatgcatgaacttggagcttgga
tcaagaaagtagtatccagaaagctttgacagtttagtatgagtagaaca
ttgatttaaaaagtgatcagagttgaggctgaaatggtgaacagtgaaat
ggtccttggacctaaactcctccagacaaagaaacaagacctcaaaacaa
agacaacaacattctccagagattcatgacagttgtgtaatccaaggcca
ttttaagcatatttgatgttgtgtttttttttcttttattgatgagacat
cattgcagctcatttaaaaactccctgtaaatagaaatccctcaccatta
tgggagaattttaccataaatatacaggtgtaggctgtttatgggagcac
gaaacattctttgcagaaagcatcattctcatcgtgaagaaacatcatca
gcctactttgcaattcactcaggagtgtgctctcacctctgtgtcataaa
gctactcagactgacttctggcaagctaaagtgtgttcatatacc

gaattctcaggtctatctggacctctcatctgccacacaaggtagagtat
caaaagtcattgacaaaaaaggacaaaagatgattgtactgtgggcagtc
ctactacatttctcattctgttgtccatttgtgaaatggtaagaaaatgc
ttcaacttaatgggctgctgtgatgataaaactgaagaaaatatattagt
cttatatctgagacagaaacaattcctcaggtgaggtttcctattgtccg
gtgtgtcaaaaatagcactacccatttcaagtccactttttttttccaat
ttgaaatatgaacacatgattttaagctatacactattatttttaatttg
tccccagactctcatattaataccttagtatataatagagtacagcttta
aaaatcccagtctttactaattccagtggtataaaagttcagtgtccatt
aaaatattcaattaattattggtttttgtgaaattaattacttcttactc
agaaggtgggagaatcaggttacaacaactaaccacacttaagcaaaact
aaagtccaaaagtgtagctcagtgtcgggcactagaaagtcattcatgat
ctcctgtgatcaaaagaacatgggtggcttcattttggtgaccctgccat
cctaacttaatctctcaatctttgggactgtggataactgtagtacatag
agaccagtggatgatactatgttctcagcctaagatcatggtgacttctc
tccttcttctatctgccagatattggctctgggtcagaggagactttcaa
gaaaaacaagagtagaaaaatgtagctctaaccctactctcacagagttc
gtagttgactcaattggtaggacagcaaattcattgaaattaagcattaa
gtatatcatacagaagtcaagaaatagttcaaggatatacacataaagag
atttggtagtctaacgtagtcagatgttgcagagttctctatttcattca
tatgggatgtgggaatgtaaaggtcgatggaagatggtcagcagagtaca
ggcaggagaagagcaaatgacttcagtttagtggaagactgatgagcaga
caagagttcaatacaggttatgagcttataaatcaccacttgaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66097630_66098787
seq2: B6Ng01-271G06.b_44_1188 (reverse)

seq1  GGTATATG-ACACACTTTACCCTGGCAGAAAGGTCAGGTCTGAGGTAGCC  49
      |||||||| |||||||||| | || |||||  |||| |||||| |||| |
seq2  GGTATATGAACACACTTTAGCTTGCCAGAA--GTCA-GTCTGA-GTAG-C  45

seq1  TTTATGACCACAGAGGTGGAAGAGCACACTCCCTGAGTTGATTTGCAAAG  99
      ||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| ||| ||||||||
seq2  TTTATGA-CACAGAGGTG--AGAGCACACT-CCTGAG-TGAATTGCAAAG  90

seq1  TAGCCTGATGATGTTTCTTTCACGGATGAGAAATGATGCTTTCTGCAAAG  149
      ||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGATGATGTTTC-TTCAC-GATGAG-AATGATGCTTTCTGCAAAG  137

seq1  AATGTTTCGTGCTTCCATAAACAGCCTACACCTGTATATTTTATGGGTAA  199
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  AATGTTTCGTGCTCCCATAAACAGCCTACACCTGTATA-TTTAT-GGTAA  185

seq1  AATTCT-CCATAATGGTGAGGGATTTCTATTTACAGGGAGTTTTTAAATG  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCCCATAATGGTGAGGGATTTCTATTTACAGGGAGTTTTTAAATG  235

seq1  AGCTGCAATGATGTCTCATCAATAAAAGAAAAAAAAACACAACATCAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAATGATGTCTCATCAATAAAAGAAAAAAAAACACAACATCAAAT  285

seq1  ATGCTTAAAATGGCCTTGGATTACACAACTGTCATGAATCTCTGGAGAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAAAATGGCCTTGGATTACACAACTGTCATGAATCTCTGGAGAAT  335

seq1  GTTGTTGTCTTTGTTTTGAGGTCTTGTTTCTTTGTCTGGAGGAGTTTAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTCTTTGTTTTGAGGTCTTGTTTCTTTGTCTGGAGGAGTTTAGG  385

seq1  TCCAAGGACCATTTCACTGTTCACCATTTCAGCCTCAACTCTGATCACTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGACCATTTCACTGTTCACCATTTCAGCCTCAACTCTGATCACTT  435

seq1  TTTAAATCAATGTTCTACTCATACTAAACTGTCAAAGCTTTCTGGATACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATCAATGTTCTACTCATACTAAACTGTCAAAGCTTTCTGGATACT  485

seq1  ACTTTCTTGATCCAAGCTCCAAGTTCATGCATCTGAAATCCACCACCTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTGATCCAAGCTCCAAGTTCATGCATCTGAAATCCACCACCTTG  535

seq1  AGTATTTTCTAAACAGTTCCCTCATTTTCAGAGCTTAGTGGAGATAGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTCTAAACAGTTCCCTCATTTTCAGAGCTTAGTGGAGATAGCAT  585

seq1  TAACTTCCAAATACATCCCCTTCTACTCTTGATGACTCTAAATTCCACAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCCAAATACATCCCCTTCTACTCTTGATGACTCTAAATTCCACAC  635

seq1  TAGATACGTGCTTTCCAAATACTCAGACGTTAAGACGTTAAGATTAATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACGTGCTTTCCAAATACTCAGACGTTAAGACGTTAAGATTAATTT  685

seq1  CTTTTTCTTTTATTGGGAAGTGTTCATATTTATTCTCAATTTTATTGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTTTTATTGGGAAGTGTTCATATTTATTCTCAATTTTATTGGCT  735

seq1  ACAGTATCATACTGAAATATATGCATACCCTGAGTATTACTTTGTCCCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATCATACTGAAATATATGCATACCCTGAGTATTACTTTGTCCCTG  785

seq1  ATCTAGTCAATAATATGAGGAAGGAGGAATCTACAAAATGGATTTCCTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTCAATAATATGAGGAAGGAGGAATCTACAAAATGGATTTCCTGG  835

seq1  ACAGAATGATAGAAAGAACATACAGTATTCATCTGAGAAGAGATAAAATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGATAGAAAGAACATACAGTATTCATCTGAGAAGAGATAAAATC  885

seq1  TATATTGTGTTTTATCCAGGGCAGGTGACTTATCTTTGACCAAGGGCAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTGTTTTATCCAGGGCAGGTGACTTATCTTTGACCAAGGGCAAT  935

seq1  GATGGTTACTTCTTTTAGGTACAATAAAATATAATGATCAAAAGCAACTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTACTTCTTTTAGGTACAATAAAATATAATGATCAAAAGCAACTC  985

seq1  ATGGTATTAAGACATTCTTTTGGCTTATGGCTCCATAGGGAGAAATGACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATTAAGACATTCTTTTGGCTTATGGCTCCATAGGGAGAAATGACA  1035

seq1  ATGGTGAGGGATATATGGAAGGTGACAACTAGAGGAGGAAGCTGTGAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGAGGGATATATGGAAGGTGACAACTAGAGGAGGAAGCTGTGAGAT  1085

seq1  CACCTATTTAGTTACAACCATGAAGCAGAGAAAATGGATGGAGAGTGAGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATTTAGTTACAACCATGAAGCAGAGAAAATGGATGGAGAGTGAGG  1135

seq1  TTATGAATTC  1158
      ||||||||||
seq2  TTATGAATTC  1145


seq1: chr4_66000004_66001155
seq2: B6Ng01-271G06.g_64_1208

seq1  GAATTCTCAGGTCTATCTGGACCTCTCATCTGCCACACAAGGTAGAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGTCTATCTGGACCTCTCATCTGCCACACAAGGTAGAGTAT  50

seq1  CAAAAGTCATTGACAAAAAAGGACAAAAGATGATTGTACTGTGGGCAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTCATTGACAAAAAAGGACAAAAGATGATTGTACTGTGGGCAGTC  100

seq1  CTACTACATTTCTCATTCTGTTGTCCATTTGTGAAATGGTAAGAAAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACATTTCTCATTCTGTTGTCCATTTGTGAAATGGTAAGAAAATGC  150

seq1  TTCAACTTAATGGGCTGCTGTGATGATAAAACTGAAGAAAATATATTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTTAATGGGCTGCTGTGATGATAAAACTGAAGAAAATATATTAGT  200

seq1  CTTATATCTGAGACAGAAACAATTCCTCAGGTGAGGTTTCCTATTGTCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATCTGAGACAGAAACAATTCCTCAGGTGAGGTTTCCTATTGTCCG  250

seq1  GTGTGTCAAAAATAGCACTACCCATTTCAAGTCCACTTTTTTTTTCCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCAAAAATAGCACTACCCATTTCAAGTCCACTTTTTTTTTCCAAT  300

seq1  TTGAAATATGAACACATGATTTTAAGCTATACACTATTATTTTTAATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATATGAACACATGATTTTAAGCTATACACTATTATTTTTAATTTG  350

seq1  TCCCCAGACTCTCATATTAATACCTTAGTATATAATAGAGTACAGCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGACTCTCATATTAATACCTTAGTATATAATAGAGTACAGCTTTA  400

seq1  AAAATCCCAGTCTTTACTAATTCCAGTGGTATAAAAGTTCAGTGTCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCCAGTCTTTACTAATTCCAGTGGTATAAAAGTTCAGTGTCCATT  450

seq1  AAAATATTCAATTAATTATTGGTTTTTGTGAAATTAATTACTTCTTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCAATTAATTATTGGTTTTTGTGAAATTAATTACTTCTTACTC  500

seq1  AGAAGGTGGGAGAATCAGGTTACAACAACTAACCACACTTAAGCAAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGGGAGAATCAGGTTACAACAACTAACCACACTTAAGCAAAACT  550

seq1  AAAGTCCAAAAGTGTAGCTCAGTGTCGGGCACTAGAAAGTCATTCATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAAAAGTGTAGCTCAGTGTCGGGCACTAGAAAGTCATTCATGAT  600

seq1  CTCCTGTGATCAAAAGAACATGGGTGGCTTCATTTTGGTGACCCTGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTGATCAAAAGAACATGGGTGGCTTCATTTTGGTGACCCTGCCAT  650

seq1  CCTAACTTAATCTCTCAATCTTTGGGACTGTGGATAACTGTAGTACATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTTAATCTCTCAATCTTTGGGACTGTGGATAACTGTAGTACATAG  700

seq1  AGACCAGTGGATGATACTATGTTCTCAGCCTAAGATCATGGTGACTTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGTGGATGATACTATGTTCTCAGCCTAAGATCATGGTGACTTCTC  750

seq1  TCCTTCTTCTATCTGCCAGATATTGGCTCTGGGTCAGAGGAGACTTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTCTATCTGCCAGATATTGGCTCTGGGTCAGAGGAGACTTTCAA  800

seq1  GAAAAACAAGAGTAGAAAAATGTAGCTCTAACCCTACTCTCACAGAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAGAGTAGAAAAATGTAGCTCTAACCCTACTCTCACAGAGTTC  850

seq1  GTAGTTGACTCAATTGGTAGGACAGCAAATTCATTGAAATTAAGCATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGACTCAATTGGTAGGACAGCAAATTCATTGAAATTAAGCATTAA  900

seq1  GTATATCATACAGAAGTCAAGAAATAGTTCAAGGAATATACACATAAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTATATCATACAGAAGTCAAGAAATAGTTCAAGG-ATATACACATAAAGA  949

seq1  GATTTGGTAGTCTAACGTAGTCAGATGTTGCAGAGTTCTCTATTTCATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGTAGTCTAACGTAGTCAGATGTTGCAGAGTTCTCTATTTCATTC  999

seq1  ATATGGGATGTGGGAATGTAAAGGTCGATGGAAGATGGTCAGGCAGAGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATATGGGATGTGGGAATGTAAAGGTCGATGGAAGATGGTCA-GCAGAGTA  1048

seq1  CAGGGAAGGAGAAGAGCAAATGACTTCAGTTTAGTGGAGAGACTGATGAG  1100
      || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CA-GGCAGGAGAAGAGCAAATGACTTCAGTTTAGTGGA-AGACTGATGAG  1096

seq1  CAGACAAGAGTTCCAATACAGTGTTTATGAGCTATATAAATCACCAC-TG  1149
      |||||||||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CAGACAAGAGTT-CAATACA--GGTTATGAGCT-TATAAATCACCACTTG  1142

seq1  AAT  1152
      |||
seq2  AAT  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |