BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271M05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 113,550,603 - 113,719,855
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC242627
Upstream geneLOC433745, LOC545668, LOC230622, LOC100040607
Downstream geneLOC100040625, A630098G03Rik, LOC666048, Foxd2, LOC100040736, Foxe3, Cmpk, Stil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271M05.bB6Ng01-271M05.g
ACCGA073759GA073760
length1,0851,103
definitionB6Ng01-271M05.b B6Ng01-271M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,550,603 - 113,551,691)(113,718,750 - 113,719,855)
sequence
gaattccaacaatcctcctttaaatattttatcttcaacagtgaaggcac
gtgactgtttaccatattttcttctaatttgtgcattttgatttacttga
aactatttcaatagattgtgagccatgcatttgaagtgcatttccatgtt
actgaaactgtgaagattcaccaatgagttttataacctgatgctatgtg
aagaaggattgccacactcacaacatcctctacaaggacacacaattctg
agatatatcattcttcattacatgattcataatttgtcaacgactgcatg
ccacttatgaaacagaaaggaaacactttctttcatgtcacatgggaaag
ggtatagatttgagtttaggatgtaaacatggctcatcttcaggttgatc
atcctcacccagtttatcgtgaaaagtagctaatggttgttccccaaata
attcttggtagacaaaaggaatattattcaactttctgggggaccatcaa
atgatcagtgtctccaaggaagtcaactttggtgaaccagaaagtttatg
ttctatttcttatacaattctgggtaagaggttaatgaattgaccctaga
cgattaaaagtgagatggctgtatatctgtatattcctctgcatcatgcg
tatgcacaaacatgatacaatatagtgtctatcattaactttaatgggaa
taaacatggttaaagttgtttcagtaatccatataaagcaactcctttta
aaacagcattgactaaatctctatcagcaaaagaagagactataggtaca
aaatattaataaaggcattcagaaacattatttcccaactgcttatagga
tgagcatactatatccattgaagacatctatatttagtggatgggctctt
gtcagaaagaactttggcaagaatatacatgagtttgtgatttttatttt
tgtggcctaaatacacacatatagggatgttattttatttagatatttca
tgaaatcatagcacattattttcgagtctacctgaaccaaaaaaaaaaat
catttctcttgttctgttggagttgcttaacctcc
gaattcatttaatgattttctccagagctactgacaagacaacaatatag
atcccatgaactaaagatgttacttatttcacagtagtgtacacacattt
atgtgtataggtttaccgttgtaagtgtgtttaaagtctgcacttgactt
caattgacccttgtaataagcagtgtcagaattggatgattaagcctgct
tatatagtacaatagatttatgtaagcatttcattgtgaggtcttaacaa
tgagtgtatctgtagttatctataacttggtgctttccataaatatttat
gctgttcgagacactgagaaccagtagtgggtaaaacaattcaggttcca
aagaactcaggccccattcagtgtatattcgtttgctgttaatactatgt
aaacagcctttacaatagagatgcttcatgaattaaaactgagttttatc
aatagtttcaatttcggataattaatgaataatttaatcagttaaatatt
caaatggtctactggagcttttcctgatactgcatgacttctacattata
aaataccatatgatttgatttattttcagaaatgtgtaccagtttactac
ctttcattccatatagttaacctttccatgaactacagaagcttattttt
tccgccatttttttttcaaaatcatagtggaaaatgccaaagactttaaa
aggctgaggattttagacattttaggcataaagatctagggtatcacttc
agttgaacaacataaactaacagagatgctgtgaaagaaatagatgttgc
tgaaaagatttcacccatgtggcgcaagaagggtggtaagtattatttat
ggacttagataagctatgacatctttgaggactatacactctatccccca
gataatcttctctagagtatgtgtggattaagcagtacattgagtgaaac
agaagtagaaactctggtgatctgtcagatttgcctacaggactgaagta
ccattcctccaatgctgtgagattagtagtactattttcctcaagttaat
agggtctagcaattttattcagaaaaaaaaaccctgctttagtgaaattt
ctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_113550603_113551691
seq2: B6Ng01-271M05.b_44_1128

seq1  GAATTCCAACAATCCTCCTTTAAATATTTTATCTTCAACAGTGAAGGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAATCCTCCTTTAAATATTTTATCTTCAACAGTGAAGGCAC  50

seq1  GTGACTGTTTACCATATTTTCTTCTAATTTGTGCATTTTGATTTACTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGTTTACCATATTTTCTTCTAATTTGTGCATTTTGATTTACTTGA  100

seq1  AACTATTTCAATAGATTGTGAGCCATGCATTTGAAGTGCATTTCCATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTCAATAGATTGTGAGCCATGCATTTGAAGTGCATTTCCATGTT  150

seq1  ACTGAAACTGTGAAGATTCACCAATGAGTTTTATAACCTGATGCTATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAACTGTGAAGATTCACCAATGAGTTTTATAACCTGATGCTATGTG  200

seq1  AAGAAGGATTGCCACACTCACAACATCCTCTACAAGGACACACAATTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGATTGCCACACTCACAACATCCTCTACAAGGACACACAATTCTG  250

seq1  AGATATATCATTCTTCATTACATGATTCATAATTTGTCAACGACTGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATCATTCTTCATTACATGATTCATAATTTGTCAACGACTGCATG  300

seq1  CCACTTATGAAACAGAAAGGAAACACTTTCTTTCATGTCACATGGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTATGAAACAGAAAGGAAACACTTTCTTTCATGTCACATGGGAAAG  350

seq1  GGTATAGATTTGAGTTTAGGATGTAAACATGGCTCATCTTCAGGTTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGATTTGAGTTTAGGATGTAAACATGGCTCATCTTCAGGTTGATC  400

seq1  ATCCTCACCCAGTTTATCGTGAAAAGTAGCTAATGGTTGTTCCCCAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCACCCAGTTTATCGTGAAAAGTAGCTAATGGTTGTTCCCCAAATA  450

seq1  ATTCTTGGTAGACAAAAGGAATATTATTCAACTTTCTGGGGGACCATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGTAGACAAAAGGAATATTATTCAACTTTCTGGGGGACCATCAA  500

seq1  ATGATCAGTGTCTCCAAGGAAGTCAACTTTGGTGAACCAGAAAGTTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCAGTGTCTCCAAGGAAGTCAACTTTGGTGAACCAGAAAGTTTATG  550

seq1  TTCTATTTCTTATACAATTCTGGGTAAGAGGTTAATGAATTGACCCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTCTTATACAATTCTGGGTAAGAGGTTAATGAATTGACCCTAGA  600

seq1  CGATTAAAAGTGAGATGGCTGTATATCTGTATATTCCTCTGCATCATGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTAAAAGTGAGATGGCTGTATATCTGTATATTCCTCTGCATCATGCG  650

seq1  TATGCACAAACATGATACAATATAGTGTCTATCATTAACTTTAATGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAAACATGATACAATATAGTGTCTATCATTAACTTTAATGGGAA  700

seq1  TAAACATGGTTAAAGTTGTTTCAGTAATCCATATAAAGCAACTCCTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGGTTAAAGTTGTTTCAGTAATCCATATAAAGCAACTCCTTTTA  750

seq1  AAACAGCATTGACTAAATCTCTATCAGCAAAAGAAGAGACTATAGGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCATTGACTAAATCTCTATCAGCAAAAGAAGAGACTATAGGTACA  800

seq1  AAATATTAATAAAGGCATTCAGAAACATTATTTCCCAACTGCTTATAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAATAAAGGCATTCAGAAACATTATTTCCCAACTGCTTATAGGA  850

seq1  TGAGCATACTATATCCATTGAAGACATCTATATTTAGTGGATGGGCTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATACTATATCCATTGAAGACATCTATATTTAGTGGATGGGCTCTT  900

seq1  GTCAGAAAGAACTTTGGCAAGAATATACATGAGTTTGTGATTTTTATTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAAGAACTTTGGCAAGAATATACATGAGTTTGTGATTTTTATTTT  950

seq1  TGTGGCCTAAATACACCACATATAGGGATG-TATTTATTTAAGATATTTT  999
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  || ||||| |||
seq2  TGTGGCCTAAATACA-CACATATAGGGATGTTATTTTATTTAGATA-TTT  998

seq1  CATGAAATCATAGCACAATATTTCGAAGTTCTTAACCCTGACCAAAAAAA  1049
      ||||||||||||||||| |||||   || |||    ||||| | ||||||
seq2  CATGAAATCATAGCACATTATTTTCGAG-TCT---ACCTGAACCAAAAAA  1044

seq1  AAAAATCAATTTCTCT--GTCTGTT-GAGTTGCCTTTACCTCC  1089
      ||||||| ||||||||   |||||| |||||| ||| ||||||
seq2  AAAAATC-ATTTCTCTTGTTCTGTTGGAGTTG-CTTAACCTCC  1085

seq1: chr4_113718750_113719855
seq2: B6Ng01-271M05.g_68_1170 (reverse)

seq1  AAGAAATTTCACTAAAGCAGGGTTTTTTTTTTCTTGATAAAATTCCCAGA  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| | || 
seq2  AAGAAATTTCACTAAAGCAGGG-TTTTTTTTTCTGAATAAAATTGCTAG-  48

seq1  ACCCTATT-ACCTGAG--AAATAGTAACTACTAATTCTCACAGCCATTTG  97
      |||||||| || ||||  ||||||| |||||||| |||||||| |||| |
seq2  ACCCTATTAACTTGAGGAAAATAGT-ACTACTAA-TCTCACAG-CATTGG  95

seq1  GAGAATGGTACTTCAGTCCTGTAGGCAAATCTGACAGATCACCAGAGTTT  147
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGTACTTCAGTCCTGTAGGCAAATCTGACAGATCACCAGAGTTT  145

seq1  CTAC-TCTGTTTCACTCAATGTACTGCTTAATCCACACATACTCTAGAGA  196
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGTTTCACTCAATGTACTGCTTAATCCACACATACTCTAGAGA  195

seq1  AGATTATCTTGGGGGATAGAGTGTATAGTCCTCAAAGATGTCATAGCTTA  246
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATC-TGGGGGATAGAGTGTATAGTCCTCAAAGATGTCATAGCTTA  244

seq1  TCCTAAGTCCATAAATAATACTTACCACCCTTCTTGCGCCACATGGGTGA  296
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CTAAGTCCATAAATAATACTTACCACCCTTCTTGCGCCACATGGGTGA  293

seq1  AATCTTTTCAGCAACATCTATTTCTTTCACAGCATCTCTGTTAGTTTATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTCAGCAACATCTATTTCTTTCACAGCATCTCTGTTAGTTTATG  343

seq1  TTGTTCAACTGAAGTGATACCCTAGATCTTTATGCCTAAAATGTCTAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAACTGAAGTGATACCCTAGATCTTTATGCCTAAAATGTCTAAAA  393

seq1  TCCTCAGCCTTTTAAAGTCTTTGGCATTTTCCACTATGATTTTGAAAAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCCTTTTAAAGTCTTTGGCATTTTCCACTATGATTTTGAAAAAA  443

seq1  AAATGGCGGAAAAAATAAGCTTCTGTAGTTCATGGAAAGGTTAACTATAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCGGAAAAAATAAGCTTCTGTAGTTCATGGAAAGGTTAACTATAT  493

seq1  GGAATGAAAGGTAGTAAACTGGTACACATTTCTGAAAATAAATCAAATCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAAAGGTAGTAAACTGGTACACATTTCTGAAAATAAATCAAATCA  543

seq1  TATGGTATTTTATAATGTAGAAGTCATGCAGTATCAGGAAAAGCTCCAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTATTTTATAATGTAGAAGTCATGCAGTATCAGGAAAAGCTCCAGT  593

seq1  AGACCATTTGAATATTTAACTGATTAAATTATTCATTAATTATCCGAAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATTTGAATATTTAACTGATTAAATTATTCATTAATTATCCGAAAT  643

seq1  TGAAACTATTGATAAAACTCAGTTTTAATTCATGAAGCATCTCTATTGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTATTGATAAAACTCAGTTTTAATTCATGAAGCATCTCTATTGTA  693

seq1  AAGGCTGTTTACATAGTATTAACAGCAAACGAATATACACTGAATGGGGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTTTACATAGTATTAACAGCAAACGAATATACACTGAATGGGGC  743

seq1  CTGAGTTCTTTGGAACCTGAATTGTTTTACCCACTACTGGTTCTCAGTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCTTTGGAACCTGAATTGTTTTACCCACTACTGGTTCTCAGTGT  793

seq1  CTCGAACAGCATAAATATTTATGGAAAGCACCAAGTTATAGATAACTACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAACAGCATAAATATTTATGGAAAGCACCAAGTTATAGATAACTACA  843

seq1  GATACACTCATTGTTAAGACCTCACAATGAAATGCTTACATAAATCTATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACTCATTGTTAAGACCTCACAATGAAATGCTTACATAAATCTATT  893

seq1  GTACTATATAAGCAGGCTTAATCATCCAATTCTGACACTGCTTATTACAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATATAAGCAGGCTTAATCATCCAATTCTGACACTGCTTATTACAA  943

seq1  GGGTCAATTGAAGTCAAGTGCAGACTTTAAACACACTTACAACGGTAAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAATTGAAGTCAAGTGCAGACTTTAAACACACTTACAACGGTAAAC  993

seq1  CTATACACATAAATGTGTGTACACTACTGTGAAATAAGTAACATCTTTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACACATAAATGTGTGTACACTACTGTGAAATAAGTAACATCTTTAG  1043

seq1  TTCATGGGATCTATATTGTTGTCTTGTCAGTAGCTCTGGAGAAAATCATT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGATCTATATTGTTGTCTTGTCAGTAGCTCTGGAGAAAATCATT  1093

seq1  AAATGAATTC  1106
      ||||||||||
seq2  AAATGAATTC  1103