BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272E01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 63,228,809 - 63,424,751
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6330416G13Rik, LOC670833, 1700018C11Rik, LOC667451, Tnfsf15
Upstream geneRgs3, Zfp618, Ambp, Kif12, Col27a1, Orm1, Orm-ps, Orm3, Orm2, Akna, Whrn, Atp6v1g1
Downstream geneTnfsf8, Rpl17-ps, Tnc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272E01.bB6Ng01-272E01.g
ACCGA074127GA074128
length573942
definitionB6Ng01-272E01.b B6Ng01-272E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,424,181 - 63,424,751)(63,228,809 - 63,229,745)
sequence
gaattcaacgattatgaaaataaattctacctcagccaagtctttgattt
tgaacttgaacagatcactgactctcttctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctctcttgcccttcctctctcttcccctccctccct
cactccagtttcttgggggaaatggagaaaatacagtcatggcttagttt
tatgctaaattcaatatatgtctatatgtctattatgtccactggttagt
ttgcctacaccaacaatgcattttttaaaaatcacaattgatattaaact
tcatgtgttgaaggaagaaaaactgagtacatgctggactctcaagagtg
ccaaatactacccaaaaactatctttatcctttggggatggagacttggc
ttagtggttaataatactgactgctcttccagaaaaccaaactcctattc
ttagcacccttttgcagacttacaactatctgtaataccagttctagagg
atctgatgtcctcttctggcctccatgagcgccaactacatgtgatacaa
gacattgaagctaaaatactcat
gaattcttaagtggctcctaccctttggttggctcctgttctatagggct
ggtgtgctctgaacacactctggtttagacaggaaggtctgtgccctcag
cacttgggactctgtgcagagtgtcagatggtggcactgacagagggctg
agtgtgagcagagtgtcagatggtggcactgacagagggccaagtgtgag
tagagtgtcaggtagtggcactgacagagggccgagctcctggagtgcat
tgtgcttctctctctgccgaggacccccccccccaccgccacacccctga
ctttggagaagaggaaccaaggttaagggcagaggtcacttggcccaagt
cgctcagtacttgaatgacatgaccagagtttggttcagggcctgtgcct
tgcccaaggctgccccatgcttgttggcaggttctgagagtcaggctgtg
tagttcctctgcaggttgccctggctttcaggttgccccttcctgcagtt
agacctaccctagggctcccaatctgtgctctgagcctcttcttctgccc
tctaaggtgccccacctatgccttctcctcctcccgtggtctgtcctgcg
atctggggacgccatgcttgccgtgggaaggagatagggagttggttgtc
ctgtaactgatgacctcttcatcctgcatggcccaggtccctgctgagca
gtacaggaacttggctgagagtgcccttttggaacctcaagtgaggaggt
acatcatctacaactccaggcccatgaggctggcctttgctgtggtaagt
ggcctccccttggcctcagccacaccaaattcagcagtgtgtccggacgc
gtataaggggatgaggaaacccagctgcccaggcaggcctagtaccatgg
atgtgggtgtggaagggggtctagtacaggatgggaagttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_63424181_63424751
seq2: B6Ng01-272E01.b_46_612 (reverse)

seq1  ATTTTAGCTTCATATGTCTGTGTATCACACGTATGTCTGGAGCTCATGGA  50
      |||||||||||| |||||| ||||||||| ||| || ||| |||||||||
seq2  ATTTTAGCTTCA-ATGTCT-TGTATCACATGTA-GT-TGGCGCTCATGGA  46

seq1  GGCCAGAAGAGGACATCAGATCCTCTAGAACTGGTATTACAGATAGTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAAGAGGACATCAGATCCTCTAGAACTGGTATTACAGATAGTTGT  96

seq1  AAGTCTCCAAATGGGTGCTAAGAATTGGACTTTGGTTCTCTGGAAGAGCA  150
      |||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AAGTCTGCAAAAGGGTGCTAAGAATAGGAGTTTGGTTTTCTGGAAGAGCA  146

seq1  GTCAGTATTCTTAACCACTAAGCCATGTCTCCATCCCCAAAGGCTAAAGA  200
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCAGTATTATTAACCACTAAGCCAAGTCTCCATCCCCAAAGGATAAAGA  196

seq1  TAGTTCTTGGGTAGTATTTGGCACTCTTGAGAGTCCAGCATGTACTCAGT  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTGGGTAGTATTTGGCACTCTTGAGAGTCCAGCATGTACTCAGT  246

seq1  TTTTCTTCCTTCAACACATGAAGTTTAATATCAACTGTGATTTTTAAAAA  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCTTCAACACATGAAGTTTAATATCAATTGTGATTTTTAAAAA  296

seq1  ATGCATTGTTGGTGTAGGCAAACTAACCAGTGGACATAATAGACATATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTGTTGGTGTAGGCAAACTAACCAGTGGACATAATAGACATATAG  346

seq1  ACATATATTGAATTTAGCATAAAACTAAGCCATGACTGTATTTTCTCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATTGAATTTAGCATAAAACTAAGCCATGACTGTATTTTCTCCAT  396

seq1  TTCCCCCAAGAAACTGGAGTGAGGGAGGGAGGGGAAGAGAGAGGAAGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCAAGAAACTGGAGTGAGGGAGGGAGGGGAAGAGAGAGGAAGGGC  446

seq1  AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGAG  496

seq1  TCAGTGATCTGTTCAAGTTCAAAATCAAAGACTTGGCTGAGGTAGAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGATCTGTTCAAGTTCAAAATCAAAGACTTGGCTGAGGTAGAATTT  546

seq1  ATTTTCATAATCGTTGAATTC  571
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATAATCGTTGAATTC  567

seq1: chr4_63228809_63229745
seq2: B6Ng01-272E01.g_69_1010

seq1  GAATTCTTAAGTGGCTCCTACCCTTTGGTTGGCTCCTGTTCTATAGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGTGGCTCCTACCCTTTGGTTGGCTCCTGTTCTATAGGGCT  50

seq1  GGTGTGCTCTGAACACACTCTGGTTTAGACAGGAAGGTCTGTGCCCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCTCTGAACACACTCTGGTTTAGACAGGAAGGTCTGTGCCCTCAG  100

seq1  CACTTGGGACTCTGTGCAGAGTGTCAGATGGTGGCACTGACAGAGGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGGACTCTGTGCAGAGTGTCAGATGGTGGCACTGACAGAGGGCTG  150

seq1  AGTGTGAGCAGAGTGTCAGATGGTGGCACTGACAGAGGGCCAAGTGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGCAGAGTGTCAGATGGTGGCACTGACAGAGGGCCAAGTGTGAG  200

seq1  TAGAGTGTCAGGTAGTGGCACTGACAGAGGGCCGAGCTCCTGGAGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGTCAGGTAGTGGCACTGACAGAGGGCCGAGCTCCTGGAGTGCAT  250

seq1  TGTGCTTCTCTCTCTGCCGAGGACCCCCCCCCCCACCGCCACACCCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCTCTCTCTGCCGAGGACCCCCCCCCCCACCGCCACACCCCTGA  300

seq1  CTTTGGAGAAGAGGAACCAAGGTTAAGGGCAGAGGTCACTTGGCCCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGAAGAGGAACCAAGGTTAAGGGCAGAGGTCACTTGGCCCAAGT  350

seq1  CGCTCAGTACTTGAATGACATGACCAGAGTTTGGTTCAGGGCCTGTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCAGTACTTGAATGACATGACCAGAGTTTGGTTCAGGGCCTGTGCCT  400

seq1  TGCCCAAGGCTGCCCCATGCTTGTTGGCAGGTTCTGAGAGTCAGGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAGGCTGCCCCATGCTTGTTGGCAGGTTCTGAGAGTCAGGCTGTG  450

seq1  TAGTTCCTCTGCAGGTTGCCCTGGCTTTCAGGTTGCCCCTTCCTGCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCTCTGCAGGTTGCCCTGGCTTTCAGGTTGCCCCTTCCTGCAGTT  500

seq1  AGACCTACCCTAGGGCTCCCAATCTGTGCTCTGAGCCTCTTCTTCTGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTACCCTAGGGCTCCCAATCTGTGCTCTGAGCCTCTTCTTCTGCCC  550

seq1  TCTAAGGTGCCCCACCTATGCCTTCTCCTCCTCCCGTGGTCTGTCCTGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTGCCCCACCTATGCCTTCTCCTCCTCCCGTGGTCTGTCCTGCG  600

seq1  ATCTGGGGACGCCATGCTTGCCGTGGGAAGGAGATAGGGAGTTGGTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGGACGCCATGCTTGCCGTGGGAAGGAGATAGGGAGTTGGTTGTC  650

seq1  CTGTAACTGATGACCTCTTCATCCTGCATGGCCCAGGTCCCTGCTGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTGATGACCTCTTCATCCTGCATGGCCCAGGTCCCTGCTGAGCA  700

seq1  GTACAGGAACTTGGCTGAGAGTGCCCTTTTGGAACCTCAAGTGAGGAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGAACTTGGCTGAGAGTGCCCTTTTGGAACCTCAAGTGAGGAGGT  750

seq1  ACATCATCTACAACTCCAGGCCCATGAGGCTGGCCTTTGCTGTGGTAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCTACAACTCCAGGCCCATGAGGCTGGCCTTTGCTGTGGTAAGT  800

seq1  GGCCTCCCCTTGGCCTCAGCCACACCAAATTCAGCAGTGTGTCCGGAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCCTCCCCTTGGCCTCAGCCACACCAAATTCAGCAGTGTGTCCGGACGC  850

seq1  GTATAAGGGGATGAGG-AACCCAGCTGCCCAGGCAGGCCTAGTACCATGG  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGGGGATGAGGAAACCCAGCTGCCCAGGCAGGCCTAGTACCATGG  900

seq1  AT-TTGGTGTGGAAGGGG--TTAGTACAGGATGGG-AGTTGA  937
      || | |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||
seq2  ATGTGGGTGTGGAAGGGGGTCTAGTACAGGATGGGAAGTTGA  942