BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272K20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 83,722,752 - 83,868,306
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668010
Upstream geneLOC667985, 1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik
Downstream geneBnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272K20.bB6Ng01-272K20.g
ACCGA074444GA074445
length1,02589
definitionB6Ng01-272K20.b B6Ng01-272K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,722,752 - 83,723,765)(83,868,218 - 83,868,306)
sequence
gaattctgtaagcagattcaaacagataaaaagtaaagagatatggagac
atcacagagttggaggacaaggggacccacctggattttaatgatgacaa
tatcttcagttataaggagagaagccagatatgctcaattccctcatgaa
cagctttccaaggtctgttgtcatagagcagatactctcacgatgaaaac
aattatgtagacattcatcttgaaaacagacacaaacctcaatccaacac
tttgtggtatcatcagctcttacccagggaattagagacagcttcaggga
ctctaagtaacaaaggaagggaaagccattatgaagttataaaaagcatg
ctaatgcttaaggaagaaaattcatataatatcatgagcttcattggggt
cacatcttaggaagtcttgcaaacataaagtggagtttggattttgttac
ccaggatgatccatcttactgacagccaatcaaatatagatttcaggaga
cacttttgagcccaggtgccagttaggaagttgcagatgcagtagaggag
gaagggagtcaagatatttgacatatagtgacttttcttttagatatagc
atgatgtcatcttggagtttgaatggccatgacaaccaaagtggaacaat
actgtgatagccaagtctatgggaatgtcaatggggcccctgacattccc
tagcaattgtcaggacagttctacccaggagccctagctggtacatcttc
cccagcttcaagtgatttggggagagatgaacatctatgagaagtaaagg
ttaattgaaaatagactcccataaggaaccttccgtgagattgccatcca
tgatgggggtatgacttggtagtgatgccactgttggggtcatccaatgc
tccccctagaataatccctccaccccatgcactgtgaaaaaagctcagta
agcctccttgcttcttcgccaggtttgctcttgaatacaatccggccttt
gtctggtcctaagtgaccctctggg
tattgatcttcactaaagctgtttaatttttttagctttaattttctttc
cttatttgctcattaagttgaggtgagggggggggggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_83722752_83723765
seq2: B6Ng01-272K20.b_49_1073

seq1  GAATTCTGTAAGCAGATTCAAACAGATAAAAAGTAAAGAGATATGGAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAGCAGATTCAAACAGATAAAAAGTAAAGAGATATGGAGAC  50

seq1  ATCACAGAGTTGGAGGACAAGGGGACCCACCTGGATTTTAATGATGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGAGTTGGAGGACAAGGGGACCCACCTGGATTTTAATGATGACAA  100

seq1  TATCTTCAGTTATAAGGAGAGAAGCCAGATATGCTCAATTCCCTCATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCAGTTATAAGGAGAGAAGCCAGATATGCTCAATTCCCTCATGAA  150

seq1  CAGCTTTCCAAGGTCTGTTGTCATAGAGCAGATACTCTCACGATGAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTCCAAGGTCTGTTGTCATAGAGCAGATACTCTCACGATGAAAAC  200

seq1  AATTATGTAGACATTCATCTTGAAAACAGACACAAACCTCAATCCAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTAGACATTCATCTTGAAAACAGACACAAACCTCAATCCAACAC  250

seq1  TTTGTGGTATCATCAGCTCTTACCCAGGGAATTAGAGACAGCTTCAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTATCATCAGCTCTTACCCAGGGAATTAGAGACAGCTTCAGGGA  300

seq1  CTCTAAGTAACAAAGGAAGGGAAAGCCATTATGAAGTTATAAAAAGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTAACAAAGGAAGGGAAAGCCATTATGAAGTTATAAAAAGCATG  350

seq1  CTAATGCTTAAGGAAGAAAATTCATATAATATCATGAGCTTCATTGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTTAAGGAAGAAAATTCATATAATATCATGAGCTTCATTGGGGT  400

seq1  CACATCTTAGGAAGTCTTGCAAACATAAAGTGGAGTTTGGATTTTGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTAGGAAGTCTTGCAAACATAAAGTGGAGTTTGGATTTTGTTAC  450

seq1  CCAGGATGATCCATCTTACTGACAGCCAATCAAATATAGATTTCAGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGATCCATCTTACTGACAGCCAATCAAATATAGATTTCAGGAGA  500

seq1  CACTTTTGAGCCCAGGTGCCAGTTAGGAAGTTGCAGATGCAGTAGAGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTGAGCCCAGGTGCCAGTTAGGAAGTTGCAGATGCAGTAGAGGAG  550

seq1  GAAGGGAGTCAAGATATTTGACATATAGTGACTTTTCTTTTAGATATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGTCAAGATATTTGACATATAGTGACTTTTCTTTTAGATATAGC  600

seq1  ATGATGTCATCTTGGAGTTTGAATGGCCATGACAACCAAAGTGGAACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTCATCTTGGAGTTTGAATGGCCATGACAACCAAAGTGGAACAAT  650

seq1  ACTGTGATAGCCAAGTCTATGGGAATGTCAATGGGGCCCCTGACATTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATAGCCAAGTCTATGGGAATGTCAATGGGGCCCCTGACATTCCC  700

seq1  TAGCAATTGTCAGGACAGTTCTACCCAGGAG-CCTAGCTGGTACATCTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATTGTCAGGACAGTTCTACCCAGGAGCCCTAGCTGGTACATCTTC  750

seq1  CCCAGCTTCAAGTGATTTGGGGAGAGATGAACATCTATGAGAAGTAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCAGCTTCAAGTGATTTGGGGAGAGATGAACATCTATGAGAAGT-AAAG  799

seq1  GTTAATTGAAAATAGACT-CCATAAGGAAACTTCCGTGAGATTGCCATCC  848
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTGAAAATAGACTCCCATAAGGAACCTTCCGTGAGATTGCCATCC  849

seq1  ATGATGGGGGTATGACTTGGTAGTGATGCCACTGTTTGGGGGTCATCC-A  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |
seq2  ATGATGGGGGTATGACTTGGTAGTGATGCCACTGTT--GGGGTCATCCAA  897

seq1  TGCT-CCCCTAG-ATAAT-CCTC--ACCCATGCACTGTG-AGAAAGCCCA  941
      |||| ||||||| ||||| ||||   ||||||||||||| | ||||| ||
seq2  TGCTCCCCCTAGAATAATCCCTCCACCCCATGCACTGTGAAAAAAGCTCA  947

seq1  GTAAG-CTCCTTGCT--CTCGCCAAGTTTG-TCTTTGATACAATCGTGCT  987
      ||||| |||||||||   |||||| ||||| ||||  ||||||||  || 
seq2  GTAAGCCTCCTTGCTTCTTCGCCAGGTTTGCTCTTGAATACAATCCGGCC  997

seq1  TTGGTCT-GTCCTAGGTGACCCTCTGGG  1014
      || |||| |||||| |||||||||||||
seq2  TTTGTCTGGTCCTAAGTGACCCTCTGGG  1025

seq1: chr4_83868218_83868306
seq2: B6Ng01-272K20.g_72_160 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCCCTCACCTCAACTTAATGAGCAAATAAGGAAAGAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCCCTCACCTCAACTTAATGAGCAAATAAGGAAAGAAAATT  50

seq1  AAAGCTAAAAAAATTAAACAGCTTTAGTGAAGATCAATA  89
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAAAAAAATTAAACAGCTTTAGTGAAGATCAATA  89