BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272M16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,350,570 - 17,496,647
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040154, LOC667212, LOC100040173
Downstream geneMmp16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272M16.bB6Ng01-272M16.g
ACCGA074527GA074528
length1,0161,044
definitionB6Ng01-272M16.b B6Ng01-272M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,350,570 - 17,351,579)(17,495,611 - 17,496,647)
sequence
gaattctcaacagaggaatctcaagtggctaaagagcacttaaaattttt
caaacatttagtcatcaagggaatgcaaatcaaataaccctatgattcta
ccctacaccatttagaaatgcaaagagcaaaagctcaaggggcagcacat
gtatgtgcagaaagtggtacagtcttctgctgcctgtgctctgaagtact
cgatgccctactctacctgcccttgggggttggaggtgacatgtgacata
gttaacaacacagatctggaacaggtgagaaatgatggagcaagctcatc
tgaatgctgctgcaagctcctttaataccctcctcctgctccccattggt
cccaagaaagtatatcttctaaatagcagttcccaattgagtggcactgt
cttcagtagcaatccttggtctctcaggcagtcctcaattagctcctcct
gcaggagatggttttgcagctgcacaagtgtttacccagaggtaaggtat
agctcttcctgctatactcctccactgatggagggaaaggaaacttgaat
actcagcatggaaattagtctggtggtttctcagaaaactggaagtagtt
ttatctgaaagaaacctctattgcatttgtgctcatatactctgctatac
tacaaggacacatgctcaattatgttcacagcagctttatttgtaaaagc
ctgaaactggatgcaacagatgtccatcacccgaaaaatggatataaaaa
atatggttcacttacaaaatgtaatactattcaggtattaaaaacaagga
cttcatgaattttgcaggcattatggatggaactagaaaacaacatcctt
agtgaggtaaccgaggcctaaaagaacatacatggtttgtacgcactgac
aattggatattaaccataaattacagaatgccatgattcatgctaaagaa
ctggagaaagttaaacaagaaaggaaagcccaagtaagaatgcttgaatc
ccacatagaaagagaa
gaattcaaaatgaattacagtatttctcttatgtagatatttctttaaaa
aaaagaaactatactgtcttgcagatagcaagatgttttttttttttctt
taggtacttttataagcttgtaaaaagtaaaaacagtcttcaaatgctgt
gtatgtcctgacaaagcactgtaccagaattcagacagaagtctgcttac
gttctatatgactcatttcactcttagtcacttctgagtcatgagctcct
cacctgaagaatggatacattttcctctctggcttattgtgaggaataaa
gttatatgtgcatggatgtgttaagataggcaaagaattaaggaattggg
agaaaggcagattttaagccattttatgactttcaaatattgttatttca
acagttgcttgtcactgctaagctgaaattaaataagaacatggccttaa
atatggggtctaaagaggatccaacctaaagtgtacatgtataagagcaa
attcaacgatcttctccttccttgatgaaaactagcaaaagaaaaactca
ttgtaacatattccatgagacatcttcatagtcaaccactcattctgagt
ttgggtctacacagaataaatagcttatcattaactgtatatttgaaacc
aagagtaatagaacatagatcatttatttatatcgcttattgtatgtcat
ttttatctctcaatgttaaatttagtttttgtgtcatcttggacaacata
ctattttcataaacacatcagcaatgcttctgcggaggaagactcaacgt
tattggttttctgctattttccctgttcaccttctttcttgtgatacata
ttattctttcttagatatctagcttcattaaatttctgtttattcttaca
tttgggttcttatgctgttatttgtcagtaaaattattctaatatgaagc
attcttaatcttagccatctcatccaagactgaacacaagtgtccagttc
tttgtttaagaaaaaaaaaaggttgtatattgtggagtttgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17350570_17351579
seq2: B6Ng01-272M16.b_52_1063

seq1  GAATTCTCAACAGAGGAATCTCAAGTGGCTAAAGAGCACTTAAAATTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACAGAGGAATCTCAAGTGGCTAAAGAGCACTTAAAATTTTT  50

seq1  CAAACATTTAGTCATCAAGGGAATGCAAATCAAATAACCCTATGATTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTTAGTCATCAAGGGAATGCAAATCAAATAACCCTATGATTCTA  100

seq1  CCCTACACCATTTAGAAATGCAAAGAGCAAAAGCTCAAGGGGCAGCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACACCATTTAGAAATGCAAAGAGCAAAAGCTCAAGGGGCAGCACAT  150

seq1  GTATGTGCAGAAAGTGGTACAGTCTTCTGCTGCCTGTGCTCTGAAGTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCAGAAAGTGGTACAGTCTTCTGCTGCCTGTGCTCTGAAGTACT  200

seq1  CGATGCCCTACTCTACCTGCCCTTGGGGGTTGGAGGTGACATGTGACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGCCCTACTCTACCTGCCCTTGGGGGTTGGAGGTGACATGTGACATA  250

seq1  GTTAACAACACAGATCTGGAACAGGTGAGAAATGATGGAGCAAGCTCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACAACACAGATCTGGAACAGGTGAGAAATGATGGAGCAAGCTCATC  300

seq1  TGAATGCTGCTGCAAGCTCCTTTAATACCCTCCTCCTGCTCCCCATTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTGCTGCAAGCTCCTTTAATACCCTCCTCCTGCTCCCCATTGGT  350

seq1  CCCAAGAAAGTATATCTTCTAAATAGCAGTTCCCAATTGAGTGGCACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGAAAGTATATCTTCTAAATAGCAGTTCCCAATTGAGTGGCACTGT  400

seq1  CTTCAGTAGCAATCCTTGGTCTCTCAGGCAGTCCTCAATTAGCTCCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTAGCAATCCTTGGTCTCTCAGGCAGTCCTCAATTAGCTCCTCCT  450

seq1  GCAGGAGATGGTTTTGCAGCTGCACAAGTGTTTACCCAGAGGTAAGGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGATGGTTTTGCAGCTGCACAAGTGTTTACCCAGAGGTAAGGTAT  500

seq1  AGCTCTTCCTGCTATACTCCTCCACTGATGGAGGGAAAGGAAACTTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCCTGCTATACTCCTCCACTGATGGAGGGAAAGGAAACTTGAAT  550

seq1  ACTCAGCATGGAAATTAGTCTGGTGGTTTCTCAGAAAACTGGAAGTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCATGGAAATTAGTCTGGTGGTTTCTCAGAAAACTGGAAGTAGTT  600

seq1  TTATCTGAAAGAAACCTCTATTGCATTTGTGCTCATATACTCTGCTATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAAAGAAACCTCTATTGCATTTGTGCTCATATACTCTGCTATAC  650

seq1  TACAAGGACACATGCTCAATTATGTTCACAGCAGCTTTATTTGTAAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGACACATGCTCAATTATGTTCACAGCAGCTTTATTTGTAAAAGC  700

seq1  CTGAAACTGGATGCAACAGATGTCCATCACCCGAAAAATGGATATAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTGGATGCAACAGATGTCCATCACCCGAAAAATGGATATAAAAA  750

seq1  ATATGGTTCACTTACAAAATGTAATACTATTCAGGTATTAAAAACAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTCACTTACAAAATGTAATACTATTCAGGTATTAAAAACAAGGA  800

seq1  CTTCATGAATTTTGCAGGCATTATGGATGGAACTAGAAAACAACATCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGAATTTTGCAGGCATTATGGATGGAACTAGAAAACAACATCCTT  850

seq1  AGTGAGGTAACCGAGGCCTAAAAGAACATACATGGTTTGTACGCACTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTAACCGAGGCCTAAAAGAACATACATGGTTTGTACGCACTGAC  900

seq1  AATTGGATATTAACCATAAATTACAGAATGCCATGATTCATGCTAAAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGATATTAACCATAAATTACAGAATGCCATGATTCATGCTAAAGAA  950

seq1  CTGGAG-AAGTTAAACAAG-AAGGAAAGCCCAAGTAAGAATGCTTGAATC  998
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAAAGTTAAACAAGAAAGGAAAGCCCAAGTAAGAATGCTTGAATC  1000

seq1  CCACATAGAAAG  1010
      ||||||||||||
seq2  CCACATAGAAAG  1012

seq1: chr4_17495611_17496647
seq2: B6Ng01-272M16.g_66_1109 (reverse)

seq1  ACACAAACT-CAC-ATATAC-ACCTTTTTTTT---CTAAACAAAGAACTG  44
      ||||||||| ||| |||||| |||||||||||    ||||||||||||||
seq2  ACACAAACTCCACAATATACAACCTTTTTTTTTTCTTAAACAAAGAACTG  50

seq1  GACACTTGTG-TCAGTCCTTGGATGAGATGGCCTAAGATTAAGAATGCTT  93
      |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGTGTTCAGT-CTTGGATGAGATGG-CTAAGATTAAGAATGCTT  98

seq1  CATA-TAGAATAATTTTACTGACAAATAACAGCATAAGAA-CCAAATGTA  141
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATATTAGAATAATTTTACTGACAAATAACAGCATAAGAACCCAAATGTA  148

seq1  AGAATAAACAGAAATTTAATGAAGCTAGATATCTAAGAAAGAATAATATG  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAACAGAAATTTAATGAAGCTAGATATCTAAGAAAGAATAATATG  198

seq1  TATCACAAGAAAGAAGGTGAACAGGGAAAATAGCAGAAAACCAATAACGT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAAGAAAGAAGGTGAACAGGGAAAATAGCAGAAAACCAATAACGT  248

seq1  TGAGTCTTCCTCCGCAGAAGCATTGCTGATGTGTTTATGAAAATAGTATG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTTCCTCCGCAGAAGCATTGCTGATGTGTTTATGAAAATAGTATG  298

seq1  TTGTCCAAGATGACACAAAAACTAAATTTAACATTGAGAGATAAAAATGA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAAGATGACACAAAAACTAAATTTAACATTGAGAGATAAAAATGA  348

seq1  CATACAATAAGCGATATAAATAAATGATCTATGTTCTATTACTCTTGGTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAATAAGCGATATAAATAAATGATCTATGTTCTATTACTCTTGGTT  398

seq1  TCAAATATACAGTTAATGATAAGCTATTTATTCTGTGTAGACCCAAACTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATACAGTTAATGATAAGCTATTTATTCTGTGTAGACCCAAACTC  448

seq1  AGAATGAGTGGTTGACTATGAAGATGTCTCATGGAATATGTTACAATGAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAGTGGTTGACTATGAAGATGTCTCATGGAATATGTTACAATGAG  498

seq1  TTTTTCTTTTGCTAGTTTTCATCAAGGAAGGAGAAGATCGTTGAATTTGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTGCTAGTTTTCATCAAGGAAGGAGAAGATCGTTGAATTTGC  548

seq1  TCTTATACATGTACACTTTAGGTTGGATCCTCTTTAGACCCCATATTTAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACATGTACACTTTAGGTTGGATCCTCTTTAGACCCCATATTTAA  598

seq1  GGCCATGTTCTTATTTAATTTCAGCTTAGCAGTGACAAGCAACTGTTGAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGTTCTTATTTAATTTCAGCTTAGCAGTGACAAGCAACTGTTGAA  648

seq1  ATAACAATATTTGAAAGTCATAAAATGGCTTAAAATCTGCCTTTCTCCCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATATTTGAAAGTCATAAAATGGCTTAAAATCTGCCTTTCTCCCA  698

seq1  ATTCCTTAATTCTTTGCCTATCTTAACACATCCATGCACATATAACTTTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTAATTCTTTGCCTATCTTAACACATCCATGCACATATAACTTTA  748

seq1  TTCCTCACAATAAGCCAGAGAGGAAAATGTATCCATTCTTCAGGTGAGGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACAATAAGCCAGAGAGGAAAATGTATCCATTCTTCAGGTGAGGA  798

seq1  GCTCATGACTCAGAAGTGACTAAGAGTGAAATGAGTCATATAGAACGTAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGACTCAGAAGTGACTAAGAGTGAAATGAGTCATATAGAACGTAA  848

seq1  GCAGACTTCTGTCTGAATTCTGGTACAGTGCTTTGTCAGGACATACACAG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTTCTGTCTGAATTCTGGTACAGTGCTTTGTCAGGACATACACAG  898

seq1  CATTTGAAGACTGTTTTTACTTTTTACAAGCTTATAAAAGTACCTAAAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAGACTGTTTTTACTTTTTACAAGCTTATAAAAGTACCTAAAGA  948

seq1  AAAAAAAAAAACATCTTGCTATCTGCAAGACAGTATAGTTTCTTTTTTTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAACATCTTGCTATCTGCAAGACAGTATAGTTTCTTTTTTTT  998

seq1  AAAGAAATATCTACATAAGAGAAATACTGTAATTCATTTTGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATATCTACATAAGAGAAATACTGTAATTCATTTTGAATTC  1044