BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273I23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,699,746 - 153,815,620
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm16
Upstream geneAjap1, BC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16
Downstream geneLOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273I23.bB6Ng01-273I23.g
ACCGA075102GA075103
length1,0811,102
definitionB6Ng01-273I23.b B6Ng01-273I23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,699,746 - 153,700,816)(153,814,523 - 153,815,620)
sequence
gaattcagtcctgacagatccaaggacaggaagagccctgggtgccacac
tcactgggtagctggggtggtaaagctagccctgctggctggtcttgggc
ggggctagaggaatcctgctgtttggaagcagattttatgctttcttttc
ttgcctgctcactctctggtatgtgctgcccagcagggaccctagcggat
tggtgtcagcttcaagaaggagggcagcttctctggtggaggcaggaacg
ctgccttagaggcagctatgcttagcatgctgactgacatggctcacagc
agcagcaggaagggacagtcccagggtcagagaagcaaaaggctgagaga
tcaagatacatcacagctgggagttctgagggaagatctggtgtctccca
cagtccttggcccttcacctgtatctatctcctcgtgtgtgtgtgtgagt
gtgtgtgtgtgcgtgcgcgcgtgtgcatgttgcatgtggaagtatcacca
ccaaaatccagtaggactctgctgtaactctgacacctctagggggaccc
tgccccaggtcaccatctgagggatggggttagatttcacatgtggtcct
tgaggaaacagttcagcacacagacaatcctttgggttggcctggcaggc
actgggttctcactgatcactaaaggggggactcaacagagaaagaccca
gagaatgtgggtaccggccctagctgagtctgctgtccttcccactagac
tgccaagtcgtggcaacctcacacacacttgctcttacaactgtggtgac
aactgtggggggaacccccctttggttcctcagctctcaggacaaagctg
gctggaccttgggagacatcactttcaacaaaatggggctgggcttggga
gggggatggccctctcttgggtccaactatgttctatcattaatattgaa
atgtgagggaggaggacggcggggagctctgtcagagcacctctggattg
gtagggttggcaaggatggggagcagtttttcctctttctttcaacaaat
gcccccctgttctttctgggacatggtgtgg
gaattccattactgtttcataaatagagagattgaagtgcccaggccagg
aacggatgatcaggggagagtacgttttagctaaactcgtgaatagcatt
ggtttttgagtaagtggttgtctagactaatagtcgggtatttcattgtt
aagagcttgttgaacgggatttatggctgaatcctgcatggctgttgtgc
gggatgctcagcagttgccgggaggttggggatcggtggcagtgccgcta
tgtctctagtggtcttttctgcatctcctggctaatgttggcccttatag
atgtggtgacaagcctagctcccgcaggaagagcacctggcgggcactgc
tcagagtgtgagcacagctccaggcaggtgctcgaagcctgtgcctgtga
ataaatgacagcctccaggggtttggcttctccacaagtcacaccctgtc
accgcatggcatcccccgcttctcccagggtctggtgatctgctgggtgt
ccactagtgcttcagagactagtgatgatggtgtccaacctgggactggt
gaaggagaggatgtaaggcagagatgctggctgggagtgactgagtccct
gcctgtgctagacagggcagtataagcaggacttcagggtgaagagggct
tctctcatcttgtgattcattgatatttctgaacacatccagagacgctc
tgtcctgaaccatgatgccccttttaagcttggctctggaaaccaggtgg
acaaggaccccagaaagcttgagttattcccaaatgaccgggtcaagata
caacctctctgcactgacatcagtggcttcccaccccagggagtcttgtg
tatgcattttccctacctccacatatagagtccccaggccagctgtagtg
agcgagccagacccaggagactgagggacctgggaagctactcctatcct
ttgccttctcctaacaggactgttgagttagaaggagctaccatgctttt
tccttccagaacgccatggcagaacagtgccgaatgtgggctactcacag
agaaaggctcattgatagttgttgagttggatttttttttttttcaatag
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_153699746_153700816
seq2: B6Ng01-273I23.b_46_1126

seq1  GAATTCAGTCCTGACAGATCCAAGGACAGGAAGAGCCCTGGGTGCCACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTGACAGATCCAAGGACAGGAAGAGCCCTGGGTGCCACAC  50

seq1  TCACTGGGTAGCTGGGGTGGTAAAGCTAGCCCTGCTGGCTGGTCTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGTAGCTGGGGTGGTAAAGCTAGCCCTGCTGGCTGGTCTTGGGC  100

seq1  GGGGCTAGAGGAATCCTGCTGTTTGGAAGCAGATTTTATGCTTTCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTAGAGGAATCCTGCTGTTTGGAAGCAGATTTTATGCTTTCTTTTC  150

seq1  TTGCCTGCTCACTCTCTGGTATGTGCTGCCCAGCAGGGACCCTAGCGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCTCACTCTCTGGTATGTGCTGCCCAGCAGGGACCCTAGCGGAT  200

seq1  TGGTGTCAGCTTCAAGAAGGAGGGCAGCTTCTCTGGTGGAGGCAGGAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCAGCTTCAAGAAGGAGGGCAGCTTCTCTGGTGGAGGCAGGAACG  250

seq1  CTGCCTTAGAGGCAGCTATGCTTAGCATGCTGACTGACATGGCTCACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAGAGGCAGCTATGCTTAGCATGCTGACTGACATGGCTCACAGC  300

seq1  AGCAGCAGGAAGGGACAGTCCCAGGGTCAGAGAAGCAAAAGGCTGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGGAAGGGACAGTCCCAGGGTCAGAGAAGCAAAAGGCTGAGAGA  350

seq1  TCAAGATACATCACAGCTGGGAGTTCTGAGGGAAGATCTGGTGTCTCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATACATCACAGCTGGGAGTTCTGAGGGAAGATCTGGTGTCTCCCA  400

seq1  CAGTCCTTGGCCCTTCACCTGTATCTATCTCCTCGTGTGTGTGTGTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTGGCCCTTCACCTGTATCTATCTCCTCGTGTGTGTGTGTGAGT  450

seq1  GTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCATGTTGCATGTGGAAGTATCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCATGTTGCATGTGGAAGTATCACCA  500

seq1  CCAAAATCCAGTAGGACTCTGCTGTAACTCTGACACCTCTAGGGGGACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCCAGTAGGACTCTGCTGTAACTCTGACACCTCTAGGGGGACCC  550

seq1  TGCCCCAGGTCACCATCTGAGGGATGGGGTTAGATTTCACATGTGGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGGTCACCATCTGAGGGATGGGGTTAGATTTCACATGTGGTCCT  600

seq1  TGAGGAAACAGTTCAGCACACAGACAATCCTTTGGGTTGGCCTGGCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAACAGTTCAGCACACAGACAATCCTTTGGGTTGGCCTGGCAGGC  650

seq1  ACTGGGTTCTCACTGATCACTAAAGGGGGGACTCAACAGAGAAAGACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTTCTCACTGATCACTAAAGGGGGGACTCAACAGAGAAAGACCCA  700

seq1  GAGAATGTGGGTACCGGCCCTAGCTGAGTCTGCTGTCCTTCCCACTAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTGGGTACCGGCCCTAGCTGAGTCTGCTGTCCTTCCCACTAGAC  750

seq1  TGCCAAGTCGTGGCAACCTCACACACACTTGCTCTTACAACTGTGGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGTCGTGGCAACCTCACACACACTTGCTCTTACAACTGTGGTGAC  800

seq1  AACTGT-GGGGGAACCCCCCTTTGGTTCCTCAGCTCTCAGGACAAAGCTG  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGGGGGAACCCCCCTTTGGTTCCTCAGCTCTCAGGACAAAGCTG  850

seq1  GCTGGACCTT-GGAGACATCAC-TTCAACAAAAT-GGGCTGGGCTTGGGA  896
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTGGACCTTGGGAGACATCACTTTCAACAAAATGGGGCTGGGCTTGGGA  900

seq1  -GGGGATGGCCCTCTCTT-GGTCCAACTATGTTCTTATCATTAATATTG-  943
       ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GGGGGATGGCCCTCTCTTGGGTCCAACTATGTTC-TATCATTAATATTGA  949

seq1  AATGTGAGGGAGGA-GACGGCGGGGAGCTCTGTCAGAGCACCCATGATTT  992
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||  ||
seq2  AATGTGAGGGAGGAGGACGGCGGGGAGCTCTGTCAGAGCACCTCTGGATT  999

seq1  GGTTAGGGTT-GCAAGGATGGGGAGCAGTTTTTCCTC-TTCCTTCCACAA  1040
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||
seq2  GG-TAGGGTTGGCAAGGATGGGGAGCAGTTTTTCCTCTTTCTTTCAACAA  1048

seq1  ATG-CCCCCTGTTC-TTCT-GGACATGTGTGTGG  1071
      ||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  ATGCCCCCCTGTTCTTTCTGGGACATG-GTGTGG  1081

seq1: chr4_153814523_153815620
seq2: B6Ng01-273I23.g_65_1166 (reverse)

seq1  TTCTATTGAAAAAAAAAAA---CCAACCTCAACAACTATCATGGAGC--T  45
      |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||  |
seq2  TTCTATTGAAAAAAAAAAAAATCCAA-CTCAACAACTATCAATGAGCCTT  49

seq1  TCTCTGGTGGTGTAGCCCACATCGGGCACTGTTCTGCCATGGCGTTCTGG  95
      ||||||   | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTG--TGAGTAGCCCACATTCGGCACTGTTCTGCCATGGCGTTCTGG  97

seq1  AAGG-AAAACCATGGTTGCTCCTTCTAACTCAACAGGCCCTGTAAGGAG-  143
      |||| |||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| 
seq2  AAGGAAAAAGCATGGTAGCTCCTTCTAACTCAACA-GTCCTGTTAGGAGA  146

seq1  AGGCAAGGGATAGGAGTAGCTTCCCAGGTCCCTCAGTCTCCTGGGTCTGG  193
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGGATAGGAGTAGCTTCCCAGGTCCCTCAGTCTCCTGGGTCTGG  196

seq1  CTCGCTCACTACAGCTGGCCTGGGGACTCTATATGTGGAGGTAGGGAAAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCTCACTACAGCTGGCCTGGGGACTCTATATGTGGAGGTAGGGAAAA  246

seq1  TGCATTACACAAGACTCCCT-GGGTGGGAAGCCACTGATGTCAGTGCAGA  292
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCA-TACACAAGACTCCCTGGGGTGGGAAGCCACTGATGTCAGTGCAGA  295

seq1  GAGGTTGTATCCTGACCCGGTCATTTGGGAATAACTCAAGCTTTCTGGGG  342
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGTATCTTGACCCGGTCATTTGGGAATAACTCAAGCTTTCTGGGG  345

seq1  TCCTTGTCCACCTGGTTTCCAGAGCCAAGCTT-AAAGGGGCATCATGGTT  391
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCCACCTGGTTTCCAGAGCCAAGCTTAAAAGGGGCATCATGGTT  395

seq1  CAGGACAGAGCGTCTCTGGATGTGTTCAGAAATATCAATGAATCACAAGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGAGCGTCTCTGGATGTGTTCAGAAATATCAATGAATCACAAGA  445

seq1  TGAGAGAAGCCCTCTTCACCCTGAAGTCCTGCTTATACTGCCCTGTCTAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAAGCCCTCTTCACCCTGAAGTCCTGCTTATACTGCCCTGTCTAG  495

seq1  CACAGGCAGGGACTCAGTCACTCCCAGCCAGCATCTCTGCCTTACATCCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAGGGACTCAGTCACTCCCAGCCAGCATCTCTGCCTTACATCCT  545

seq1  CTCCTTCACCAGTCCCAGGTTGGACACCATCATCACTAGTCTCTGAAGCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCACCAGTCCCAGGTTGGACACCATCATCACTAGTCTCTGAAGCA  595

seq1  CTAGTGGACACCCAGCAGATCACCAGACCCTGGGAGAAGCGGGGGATGCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGACACCCAGCAGATCACCAGACCCTGGGAGAAGCGGGGGATGCC  645

seq1  ATGCGGTGACAGGGTGTGACTTGTGGAGAAGCCAAACCCCTGGAGGCTGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGTGACAGGGTGTGACTTGTGGAGAAGCCAAACCCCTGGAGGCTGT  695

seq1  CATTTATTCACAGGCACAGGCTTCGAGCACCTGCCTGGAGCTGTGCTCAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTCACAGGCACAGGCTTCGAGCACCTGCCTGGAGCTGTGCTCAC  745

seq1  ACTCTGAGCAGTGCCCGCCAGGTGCTCTTCCTGCGGGAGCTAGGCTTGTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGCAGTGCCCGCCAGGTGCTCTTCCTGCGGGAGCTAGGCTTGTC  795

seq1  ACCACATCTATAAGGGCCAACATTAGCCAGGAGATGCAGAAAAGACCACT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATCTATAAGGGCCAACATTAGCCAGGAGATGCAGAAAAGACCACT  845

seq1  AGAGACATAGCGGCACTGCCACCGATCCCCAACCTCCCGGCAACTGCTGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATAGCGGCACTGCCACCGATCCCCAACCTCCCGGCAACTGCTGA  895

seq1  GCATCCCGCACAACAGCCATGCAGGATTCAGCCATAAATCCCGTTCAACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCGCACAACAGCCATGCAGGATTCAGCCATAAATCCCGTTCAACA  945

seq1  AGCTCTTAACAATGAAATACCCGACTATTAGTCTAGACAACCACTTACTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTAACAATGAAATACCCGACTATTAGTCTAGACAACCACTTACTC  995

seq1  AAAAACCAATGCTATTCACGAGTTTAGCTAAAACGTACTCTCCCCTGATC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAATGCTATTCACGAGTTTAGCTAAAACGTACTCTCCCCTGATC  1045

seq1  ATCCGTTCCTGGCCTGGGCACTTCAATCTCTCTATTTATGAAACAGTAAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTTCCTGGCCTGGGCACTTCAATCTCTCTATTTATGAAACAGTAAT  1095

seq1  GGAATTC  1098
      |||||||
seq2  GGAATTC  1102