BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276B03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 44,591,448 - 44,746,145
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax5, 5730488B01Rik
Upstream gene1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
Downstream geneLOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32, Mcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276B03.bB6Ng01-276B03.g
ACCGA076940GA076941
length1,0531,086
definitionB6Ng01-276B03.b B6Ng01-276B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,591,448 - 44,592,498)(44,745,065 - 44,746,145)
sequence
gaattcattactctgacagtgtgcaaagccttcactttgaatgccacaga
gtacacactcaactccccctccacctacctgatggtgagtgggagggaga
gaaaggactgcaccccactctcactaccggggctgtcattaactgtgaag
gagtttggggtggagtaggtgggcaggaagctagtgatggccttggccaa
ggaaggggctgctgtccttggtcctgaccgtccttgttggactagaggtc
ctgccctcggaccggaggtctctgcatgctgtctctccctccagctcagc
tataaaggactttggtggaattgattggaaaagattcttcacaccaatgc
tctgtgagttggtggccttattgctgacatggggacagaaagaaaggctg
gttctggcctcgggtaagacgagcccagcagtgtctgcctgacagctgca
cacagtccctgcttccccagagcctctgagctgcacccagtgagaagagg
ttaaaggacagccttattgtcacgtgcccaggacagaaacctctcgaagg
agacagggttgttggcctctgccacaggtctcctcactaaatatacacac
gggtgtgcagaacctcttcagctagctgagagaagtcctggtttttactt
ggtttcatttggaaccttttgactacatcaatgctaataactaatgtaac
tttaaaacacacacacacacacatgatggttttctgcaggctttttacaa
tcaagtttactttaaaaattaaaaacaaaatttaaacaaataaatacatc
ccgaggaacaaagaaaatatgtccaaagcccatgtctaggcctcagactg
ccagttttccaccataactcacccttacggcccccgagtcccatctcacc
cacatcaccagcaccagcaccagccctgcccactgccaggcctggtgaga
atcaggactgctgccctggtgcccagatacctgacagagaggaagtccct
gagggcgagtacagagagaacagcatttggggagaatggtgtgtgtgtgt
gtg
gaattcacatacccagtgatctctcatcgcaggaacacatgaatagctga
cattatgtaatgctttgacatttgacattcccaaggcattaccccacccc
tgatgcagaataagttgtcagagcatgaaattggtatttttacatattct
taatgtacagatgtcagtctgaaaaccattcactagtattatgattgcat
tcttttgtctcattctctgtctatgccaagatctgttcttgtgatttctt
tcctttagggagtttcaaagagggaagataaaactttaatgatctagttt
gggattctgccaaaagctgaaagttaactttaagactcctaccacatttg
gtaatgacgcttctggggcaggggcaaagatgcaacaagaaggaccggat
gcaagctggaagtgcaaccggtgaccaacttgatggtgtcagatgccttg
gcatgtccaaaccaaataggctttgcagttgatatgtttgttgttctgtt
ttaatgacatatgtgattagcataggttggaagaggaataatgtctaaaa
acaaggccatagaaaacagcgaggcgaggaggggaggattctgggacact
gaccaacactctattattctgccatgtccctataggattcctttgtaaat
gggcatctggcctctatttgaacaggaccaatgatggatgtcttactaca
tcacaaaacagtgtatttcatctttgtacagttgggagatactgctcagg
atccttccctccttccaataacagcaccaccttccccaatggaactgctg
cttcttcatccagggcaggacagcaagaactcacaggctccttgcccaca
ggaatgattagagaagcattccctggaaaagctctaatcttcccagaaac
ccctctggggtcaaccctggtccttattaccagaccacactgtgttctta
gctcctccccacccctgtgcagctctgcccacctacagcttggaaccaga
ccataaagtctacctccttgtctttccctgctgtacaggatgtgcctgtc
cgcctgtgcttttttccagcttcctctcctgactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_44591448_44592498
seq2: B6Ng01-276B03.b_47_1099

seq1  GAATTCATTACTCTGACAGTGTGCAAAGCCTTCACTTTGAATGCCACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACTCTGACAGTGTGCAAAGCCTTCACTTTGAATGCCACAGA  50

seq1  GTACACACTCAACTCCCCCTCCACCTACCTGATGGTGAGTGGGAGGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACACTCAACTCCCCCTCCACCTACCTGATGGTGAGTGGGAGGGAGA  100

seq1  GAAAGGACTGCACCCCACTCTCACTACCGGGGCTGTCATTAACTGTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGACTGCACCCCACTCTCACTACCGGGGCTGTCATTAACTGTGAAG  150

seq1  GAGTTTGGGGTGGAGTAGGTGGGCAGGAAGCTAGTGATGGCCTTGGCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGGGGTGGAGTAGGTGGGCAGGAAGCTAGTGATGGCCTTGGCCAA  200

seq1  GGAAGGGGCTGCTGTCCTTGGTCCTGACCGTCCTTGTTGGACTAGAGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGCTGCTGTCCTTGGTCCTGACCGTCCTTGTTGGACTAGAGGTC  250

seq1  CTGCCCTCGGACCGGAGGTCTCTGCATGCTGTCTCTCCCTCCAGCTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTCGGACCGGAGGTCTCTGCATGCTGTCTCTCCCTCCAGCTCAGC  300

seq1  TATAAAGGACTTTGGTGGAATTGATTGGAAAAGATTCTTCACACCAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGGACTTTGGTGGAATTGATTGGAAAAGATTCTTCACACCAATGC  350

seq1  TCTGTGAGTTGGTGGCCTTATTGCTGACATGGGGACAGAAAGAAAGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGTTGGTGGCCTTATTGCTGACATGGGGACAGAAAGAAAGGCTG  400

seq1  GTTCTGGCCTCGGGTAAGACGAGCCCAGCAGTGTCTGCCTGACAGCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGCCTCGGGTAAGACGAGCCCAGCAGTGTCTGCCTGACAGCTGCA  450

seq1  CACAGTCCCTGCTTCCCCAGAGCCTCTGAGCTGCACCCAGTGAGAAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCCCTGCTTCCCCAGAGCCTCTGAGCTGCACCCAGTGAGAAGAGG  500

seq1  TTAAAGGACAGCCTTATTGTCACGTGCCCAGGACAGAAACCTCTCGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGACAGCCTTATTGTCACGTGCCCAGGACAGAAACCTCTCGAAGG  550

seq1  AGACAGGGTTGTTGGCCTCTGCCACAGGTCTCCTCACTAAATATACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGTTGTTGGCCTCTGCCACAGGTCTCCTCACTAAATATACACAC  600

seq1  GGGTGTGCAGAACCTCTTCAGCTAGCTGAGAGAAGTCCTGGTTTTTACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGCAGAACCTCTTCAGCTAGCTGAGAGAAGTCCTGGTTTTTACTT  650

seq1  GGTTTCATTTGGAACCTTTTGACTACATCAATGCTAATAACTAATGTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCATTTGGAACCTTTTGACTACATCAATGCTAATAACTAATGTAAC  700

seq1  TTTAAAACACACACACACACACATGATGGTTTTCTGCAGGC-TTTTACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTAAAACACACACACACACACATGATGGTTTTCTGCAGGCTTTTTACAA  750

seq1  TCAAGTTTACTTTAAAAATTAAAAACAAAATTAAAACAAATAAATACATC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTACTTTAAAAATTAAAAACAAAATTTAAACAAATAAATACATC  800

seq1  CCGAGGAACAAAGAAAATATGTCCAAAGCCCATGTCTAGGCCTCAGACTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGAACAAAGAAAATATGTCCAAAGCCCATGTCTAGGCCTCAGACTG  850

seq1  CCAGTTTTCCACCATAACTCACCCTTACGGCCCCCGAGTCCCATCTCACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTTCCACCATAACTCACCCTTACGGCCCCCGAGTCCCATCTCACC  900

seq1  CACATCACCAGCACCAGCACCAGCCCTGCCCACTGCCAGGCCTGGTGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACCAGCACCAGCACCAGCCCTGCCCACTGCCAGGCCTGGTGAGA  950

seq1  ATCAGGACTGCTG-CCTGGTGCCCAGATACCTGACAGAGAGGAAAGTCCC  998
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCAGGACTGCTGCCCTGGTGCCCAGATACCTGACAGAGAGG-AAGTCCC  999

seq1  TGAGGGCGGAGAACAGAGAG-ACAGCATTTGGGAAG-ATGGTGTGTGTGT  1046
      ||||||| ||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||
seq2  TGAGGGC-GAGTACAGAGAGAACAGCATTTGGGGAGAATGGTGTGTGTGT  1048

seq1  GTGTG  1051
      |||||
seq2  GTGTG  1053

seq1: chr4_44745065_44746145
seq2: B6Ng01-276B03.g_63_1148 (reverse)

seq1  GCAGTCAGGAGAG--AGCTGGAAAAAGCCACAGGC-GACAGCCACAACCC  47
      |||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | ||
seq2  GCAGTCAGGAGAGGAAGCTGGAAAAAAGCACAGGCGGACAGGCAC-ATCC  49

seq1  TGTACAGCAGGGAAAGACAAGGAGGTAGACTTTATGGTCTGGGTCCCAGC  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  TGTACAGCAGGGAAAGACAAGGAGGTAGACTTTATGGTCTGGTTCCAAGC  99

seq1  TGTAGGTGGGCAGAGCTGCACAGGG--TGGGAGGAGCTAAGAACACAGTG  145
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTGGGCAGAGCTGCACAGGGGTGGGGAGGAGCTAAGAACACAGTG  149

seq1  TGGTCTGGTAATAAGGACCA-GGTTGACCCCAGAGGGGTTTCTGGGAAGA  194
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGGTAATAAGGACCAGGGTTGACCCCAGAGGGGTTTCTGGGAAGA  199

seq1  TTAGAGCTTTTCCAGGGAATGCTTCTCTAATCATTCCTGTGGGCAAGGAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCTTTTCCAGGGAATGCTTCTCTAATCATTCCTGTGGGCAAGGAG  249

seq1  CCTGTGAGTTCTTGCTGTCCTGCCCTGGATGAAGAAGCAGCAGTTCCATT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGTTCTTGCTGTCCTGCCCTGGATGAAGAAGCAGCAGTTCCATT  299

seq1  GGGGAAGGTGGTGCTGTTATTGGAAGGAGGGAAGGATCCTGAGCAGTATC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGTGGTGCTGTTATTGGAAGGAGGGAAGGATCCTGAGCAGTATC  349

seq1  TCCCAACTGTACAAAGATGAAATACACTGTTTTGTGATGTAGTAAGACAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACTGTACAAAGATGAAATACACTGTTTTGTGATGTAGTAAGACAT  399

seq1  CCATCATTGGTCCTGTTCAAATAGAGGCCAGATGCCCATTTACAAAGGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTGGTCCTGTTCAAATAGAGGCCAGATGCCCATTTACAAAGGAA  449

seq1  TCCTATAGGGACATGGCAGAATAATAGAGTGTTGGTCAGTGTCCCAGAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAGGGACATGGCAGAATAATAGAGTGTTGGTCAGTGTCCCAGAAT  499

seq1  CCTCCCCTCCTCGCCTCGCTGTTTTCTATGGCCTTGTTTTTAGACATTAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTCCTCGCCTCGCTGTTTTCTATGGCCTTGTTTTTAGACATTAT  549

seq1  TCCTCTTCCAACCTATGCTAATCACATATGTCATTAAAACAGAACAACAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTCCAACCTATGCTAATCACATATGTCATTAAAACAGAACAACAA  599

seq1  ACATATCAACTGCAAAGCCTATTTGGTTTGGACATGCCAAGGCATCTGAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCAACTGCAAAGCCTATTTGGTTTGGACATGCCAAGGCATCTGAC  649

seq1  ACCATCAAGTTGGTCACCGGTTGCACTTCCAGCTTGCATCCGGTCCTTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAAGTTGGTCACCGGTTGCACTTCCAGCTTGCATCCGGTCCTTCT  699

seq1  TGTTGCATCTTTGCCCCTGCCCCAGAAGCGTCATTACCAAATGTGGTAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCATCTTTGCCCCTGCCCCAGAAGCGTCATTACCAAATGTGGTAGG  749

seq1  AGTCTTAAAGTTAACTTTCAGCTTTTGGCAGAATCCCAAACTAGATCATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAAAGTTAACTTTCAGCTTTTGGCAGAATCCCAAACTAGATCATT  799

seq1  AAAGTTTTATCTTCCCTCTTTGAAACTCCCTAAAGGAAAGAAATCACAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTATCTTCCCTCTTTGAAACTCCCTAAAGGAAAGAAATCACAAG  849

seq1  AACAGATCTTGGCATAGACAGAGAATGAGACAAAAGAATGCAATCATAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATCTTGGCATAGACAGAGAATGAGACAAAAGAATGCAATCATAAT  899

seq1  ACTAGTGAATGGTTTTCAGACTGACATCTGTACATTAAGAATATGTAAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGAATGGTTTTCAGACTGACATCTGTACATTAAGAATATGTAAAA  949

seq1  ATACCAATTTCATGCTCTGACAACTTATTCTGCATCAGGGGTGGGGTAAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAATTTCATGCTCTGACAACTTATTCTGCATCAGGGGTGGGGTAAT  999

seq1  GCCTTGGGAATGTCAAATGTCAAAGCATTACATAATGTCAGCTATTCATG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGAATGTCAAATGTCAAAGCATTACATAATGTCAGCTATTCATG  1049

seq1  TGTTCCTGCGATGAGAGATCACTGGGTATGTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGCGATGAGAGATCACTGGGTATGTGAATTC  1086