BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276M09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 97,454,444 - 97,609,704
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNfia
Upstream geneLOC620883, EG638698
Downstream geneLOC100039459, LOC669426, LOC384106, 0610025J13Rik, Tm2d1, Inadl, L1td1, Ankrd38, LOC100039541, Usp1, Dock7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276M09.bB6Ng01-276M09.g
ACCGA077469GA077470
length1,1091,088
definitionB6Ng01-276M09.b B6Ng01-276M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,608,598 - 97,609,704)(97,454,444 - 97,455,537)
sequence
gaattctggtgtctgttggaagctcactctccattgcagcacctctgaaa
aggtgagacctagtgggaagttgaccttgtgagaccatggatatgtctga
tctcttcctagtctttctgtcttgctatctggtatctccgtcttgtccaa
aaacctgctatgatgtcatgctatgatatcatgaggtaatgaagccagaa
atccttgccagctgggggcatgctgcttagattttcatcctccaaagtca
aaataaacctctcttcttataagttatctagcctctggtgttttgctata
gtatcagaaatgagctaaaacagtactttgcggacagtatatttttctta
cttttgctcaaataatttttaaaaaatcggattggtttttatattgtagt
tctatacatttaatgattcctctttcttatttatttgatggtttgatagt
cttagtcaaaagtgctaattctccatcacacagaacaacttcacaccaca
ccatcctaagcatgtgtgtttgcaactgctcttaaaatcagcccacgtcc
tgttattaacgccactgctgtgttgatattgtagtgatgtgcttcagctg
tctcacacagtttaaacaatgaccagaaagacacttaagttaacagagac
tcatgtctcactagcagatagcagagtaaattattcacactgatgtcaca
atgaagataggcaggctctaagaaacctctctgagaaaagttgggattta
tgtagaaattgggaacaaaacaaaaagatctcatgggctgcttttcccaa
ccaactctaagtccctgttgtggtgctctgagggcagagtcttgccttcc
ccaaggagaagaagcagaaaacactggtgaagagaaattcatgaggaaca
tcaaatgttattcaacattttcaagcaaccacgatatgtcaaacagacca
catgatggaagcacgttaaatataagtttctatttctgttttaaaaataa
gaaagatcagaaaaatgaatccagaaaggcaatctcttgcaagtttcgga
agcaaattacaaacctggcaaagaaaaacactgtttccaccgccgtcatc
tgccttcct

gaattcacttcctactgcttgagagcaggtgtaagatggggagtgcctgt
gagtgtgtgctttgtgtgcatgtgtgcacacccaggctgtacccagagtg
ctccttaagcagtagcaatgatttcagtagtattcaaaagatgctatttt
aagtgtggaataattacacataaggttatagtgcatagaaaataatttta
aacattaaaaacaagtcatattattttgttatattttatgattctatgtc
agattaatttttacaatgcactgtcttttaggtgacttagcacatttgct
agagggggtctgcatttctaacatattcagcatgttctgctggcaagtat
atgtgtatatgtgatgtgaatatgtgtttatatccaagactaaggctgta
catatataattaaacttcttaagaagcttaactccctgcagaaacttgtg
cacatagtttctgtgatttgtgatgatagagtatgtttgaaaatgaaggg
ataagactaattaatatatggtgatacttaaaattaagagagacttgtct
tgtatcccaaagtccaatcctgaccttaagccaaattcgtggcaattttt
tttatgaatacattgtaaattattgatacatgtgtacagttttatctctt
aattacataaaggtagttttagcaactagcaaacttgagattaaatatga
cttttagagctttaagtgggctctgcagtaacctgagaatagtaacaata
tccttttccttgaatgtagtaacaaaatccaatgcttaggacatagtaaa
aaagatgggaagttcaaaggcagcgcttgcacaggaacagggagcaaagt
tggttgggaggaagcctttgaatggaggtcagcttgtttatggctagagg
tttgactgtgttggttagaaagtttcccaatgctattggcatgggttgct
tgtcttcctttcccaccctgtgatgatagcataatttaaacctatttaag
ctagtgtggggagaaccacagctttgttgttgtcagtgcttttacacagt
agactggttaagactggagctgctttcagaggatcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_97608598_97609704
seq2: B6Ng01-276M09.b_47_1155 (reverse)

seq1  AGGAA-GCAGATGGCGGCGGTG--AACAGTGTTTTCTTTTGCCAGGGTTT  47
      ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||
seq2  AGGAAGGCAGATGACGGCGGTGGAAACAGTGTTTTTCTTTGCCA-GGTTT  49

seq1  GT-ATATGCTT-CGAAACCTGCAAGAGATTTTGCCTTTCTGGATTCATAT  95
      || || ||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |
seq2  GTAATTTGCTTCCGAAACTTGCAAGAGA--TTGCCTTTCTGGATTCATTT  97

seq1  TTCTGATCTTTCTTA-TTTTAAAACAGAAATAGAAACTTATATTTAAACG  144
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTGATCTTTCTTATTTTTAAAACAGAAATAGAAACTTATATTT-AACG  146

seq1  TGCTTCCATCATGTGGTCTGTTTGACATATCGTGGTTGCTTGAAAATGTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCATCATGTGGTCTGTTTGACATATCGTGGTTGCTTGAAAATGTT  196

seq1  GAATAACATTTGATGTTCCTCATGAATTTCTCTTCACCAGTGTTTTCTGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACATTTGATGTTCCTCATGAATTTCTCTTCACCAGTGTTTTCTGC  246

seq1  TTCTTCTCCTTGGGGAAGGCAAGACTCTGCCCTCAGAGCACCACAACAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCCTTGGGGAAGGCAAGACTCTGCCCTCAGAGCACCACAACAGG  296

seq1  GACTTAGAGTTGGTTGGGAAAAGCAGCCCATGAGATCTTTTTGTTTTGTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGAGTTGGTTGGGAAAAGCAGCCCATGAGATCTTTTTGTTTTGTT  346

seq1  CCCAATTTCTACATAAATCCCAACTTTTCTCAGAGAGGTTTCTTAGAGCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTTCTACATAAATCCCAACTTTTCTCAGAGAGGTTTCTTAGAGCC  396

seq1  TGCCTATCTTCATTGTGACATCAGTGTGAATAATTTACTCTGCTATCTGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATCTTCATTGTGACATCAGTGTGAATAATTTACTCTGCTATCTGC  446

seq1  TAGTGAGACATGAGTCTCTGTTAACTTAAGTGTCTTTCTGGTCATTGTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGACATGAGTCTCTGTTAACTTAAGTGTCTTTCTGGTCATTGTTT  496

seq1  AAACTGTGTGAGACAGCTGAAGCACATCACTACAATATCAACACAGCAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTGTGAGACAGCTGAAGCACATCACTACAATATCAACACAGCAGT  546

seq1  GGCGTTAATAACAGGACGTGGGCTGATTTTAAGAGCAGTTGCAAACACAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTTAATAACAGGACGTGGGCTGATTTTAAGAGCAGTTGCAAACACAC  596

seq1  ATGCTTAGGATGGTGTGGTGTGAAGTTGTTCTGTGTGATGGAGAATTAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGGATGGTGTGGTGTGAAGTTGTTCTGTGTGATGGAGAATTAGC  646

seq1  ACTTTTGACTAAGACTATCAAACCATCAAATAAATAAGAAAGAGGAATCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGACTAAGACTATCAAACCATCAAATAAATAAGAAAGAGGAATCA  696

seq1  TTAAATGTATAGAACTACAATATAAAAACCAATCCGATTTTTTAAAAATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTATAGAACTACAATATAAAAACCAATCCGATTTTTTAAAAATT  746

seq1  ATTTGAGCAAAAGTAAGAAAAATATACTGTCCGCAAAGTACTGTTTTAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGCAAAAGTAAGAAAAATATACTGTCCGCAAAGTACTGTTTTAGC  796

seq1  TCATTTCTGATACTATAGCAAAACACCAGAGGCTAGATAACTTATAAGAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTGATACTATAGCAAAACACCAGAGGCTAGATAACTTATAAGAA  846

seq1  GAGAGGTTTATTTTGACTTTGGAGGATGAAAATCTAAGCAGCATGCCCCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTTTATTTTGACTTTGGAGGATGAAAATCTAAGCAGCATGCCCCC  896

seq1  AGCTGGCAAGGATTTCTGGCTTCATTACCTCATGATATCATAGCATGACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCAAGGATTTCTGGCTTCATTACCTCATGATATCATAGCATGACA  946

seq1  TCATAGCAGGTTTTTGGACAAGACGGAGATACCAGATAGCAAGACAGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCAGGTTTTTGGACAAGACGGAGATACCAGATAGCAAGACAGAAA  996

seq1  GACTAGGAAGAGATCAGACATATCCATGGTCTCACAAGGTCAACTTCCCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGAAGAGATCAGACATATCCATGGTCTCACAAGGTCAACTTCCCA  1046

seq1  CTAGGTCTCACCTTTTCAGAGGTGCTGCAATGGAGAGTGAGCTTCCAACA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCTCACCTTTTCAGAGGTGCTGCAATGGAGAGTGAGCTTCCAACA  1096

seq1  GACACCAGAATTC  1107
      |||||||||||||
seq2  GACACCAGAATTC  1109


seq1: chr4_97454444_97455537
seq2: B6Ng01-276M09.g_67_1154

seq1  GAATTCACTTCCTACTGCTTGAGAGCAGGTGTAAGATGGGGAGTGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCCTACTGCTTGAGAGCAGGTGTAAGATGGGGAGTGCCTGT  50

seq1  GAGTGTGTGCTTTGTGTGCATGTGTGCACACCCAGGCTGTACCCAGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTGCTTTGTGTGCATGTGTGCACACCCAGGCTGTACCCAGAGTG  100

seq1  CTCCTTAAGCAGTAGCAATGATTTCAGTAGTATTCAAAAGATGCTATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTAAGCAGTAGCAATGATTTCAGTAGTATTCAAAAGATGCTATTTT  150

seq1  AAGTGTGGAATAATTACACATAAGGTTATAGTGCATAGAAAATAATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGAATAATTACACATAAGGTTATAGTGCATAGAAAATAATTTTA  200

seq1  AACATTAAAAACAAGTCATATTATTTTGTTATATTTTATGATTCTATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAAAACAAGTCATATTATTTTGTTATATTTTATGATTCTATGTC  250

seq1  AGATTAATTTTTACAATGCACTGTCTTTTAGGTGACTTAGCACATTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTTTTACAATGCACTGTCTTTTAGGTGACTTAGCACATTTGCT  300

seq1  AGAGGGGGTCTGCATTTCTAACATATTCAGCATGTTCTGCTGGCAAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGGTCTGCATTTCTAACATATTCAGCATGTTCTGCTGGCAAGTAT  350

seq1  ATGTGTATATGTGATGTGAATATGTGTTTATATCCAAGACTAAGGCTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATATGTGATGTGAATATGTGTTTATATCCAAGACTAAGGCTGTA  400

seq1  CATATATAATTAAACTTCTTAAGAAGCTTAACTCCCTGCAGAAACTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATAATTAAACTTCTTAAGAAGCTTAACTCCCTGCAGAAACTTGTG  450

seq1  CACATAGTTTCTGTGATTTGTGATGATAGAGTATGTTTGAAAATGAAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTTTCTGTGATTTGTGATGATAGAGTATGTTTGAAAATGAAGGG  500

seq1  ATAAGACTAATTAATATATGGTGATACTTAAAATTAAGAGAGACTTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACTAATTAATATATGGTGATACTTAAAATTAAGAGAGACTTGTCT  550

seq1  TGTATCCCAAAGTCCAATCCTGACCTTAAGCCAAATTCGTGGCAATTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCCAAAGTCCAATCCTGACCTTAAGCCAAATTCGTGGCAATTTTT  600

seq1  TTTATGAATACATTGTAAATTATTGATACATGTGTACAGTTTTATCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAATACATTGTAAATTATTGATACATGTGTACAGTTTTATCTCTT  650

seq1  AATTACATAAAGGTAGTTTTAGCAACTAGCAAACTTGAGATTAAATATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATAAAGGTAGTTTTAGCAACTAGCAAACTTGAGATTAAATATGA  700

seq1  CTTTTAGAGCTTTAAGTGGGCTCTGCAGTAACCTGAGAATAGTAACAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGAGCTTTAAGTGGGCTCTGCAGTAACCTGAGAATAGTAACAATA  750

seq1  TCCTTTTCCTTGAATGTAGTAACAAAATCCAATGCTTAGGACATAGTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCCTTGAATGTAGTAACAAAATCCAATGCTTAGGACATAGTAAA  800

seq1  AAAGAT-GGAAGTTCAAAGGCAGCGCTTGCACAGGAACAGGGAGCAAAGT  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGGAAGTTCAAAGGCAGCGCTTGCACAGGAACAGGGAGCAAAGT  850

seq1  TGGTTGGGAGGAAGCCTTTGAATGGAGGTCAGCTTGTTTATGGCTAAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGTTGGGAGGAAGCCTTTGAATGGAGGTCAGCTTGTTTATGGCT-AGAG  899

seq1  GTTTGACTGTGTTGGTTAGAAAGTTTCCCAATGCTATTGGCATGGTTTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTTGACTGTGTTGGTTAGAAAGTTTCCCAATGCTATTGGCATGGGTTGC  949

seq1  TTGTCTTCC-TTCCCACCCTGTGATGAATAGCATTAATTTAAACCTATTT  998
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCCTTTCCCACCCTGTGATG-ATAGCA-TAATTTAAACCTATTT  997

seq1  AAGGCTAGTGTGGGAGAAACCACAGCTTTTGTTGTGGTCAGTGC-TGTAC  1047
      || |||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||||| | |||
seq2  AA-GCTAGTGTGGGGAGAACCACAGC-TTTGTTGTTGTCAGTGCTTTTAC  1045

seq1  ACAGTAGGACTGGGTTAGGGCCTGGAGCTGCTTCCAGAGGATACAGA  1094
      |||||| |||||| | |  | |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACAGTA-GACTGGTTAA--GACTGGAGCTGCTTTCAGAGGAT-CAGA  1088


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |