BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279F10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 83,671,695 - 83,837,974
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668010
Upstream geneLOC667985, 1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik
Downstream geneBnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279F10.bB6Ng01-279F10.g
ACCGA079344GA079345
length1,0171,122
definitionB6Ng01-279F10.b B6Ng01-279F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,836,972 - 83,837,974)(83,671,695 - 83,672,819)
sequence
gaattcagagcctttgtctcttgggcctttccttgtcctaatagcaggac
caaaggaccccgacccagtttcccaaacatctggaaactgctgtgccacc
agggaggaaactgtgatccttaattcgtgtttctgccttctggacaacaa
acaaacaaacaaacaaacaacaaatgagagttggcttgtgcatactgaac
atggaaacccaagttcctcttccagtttgggacttcttgttggaactctt
cctttattatgctaacttatcagttgtgagagtcagatatgtagtctgaa
ggtatccttcatggggcactgtgagaggacaggtcagtggccaccagaga
ccccccaagcataaatggggtgttagtgcagtttgtataaagtgttatgg
tatggtttgaataggaacggcttgaataggagtggcccatagacttaatg
tgtttgaatgctttagcccataggaaatggcactattaatagctgtggcc
ttcgtggagtagatgtggctttgtgtgaggaagtgtgtcactataggggt
tggctttgaggtctcagatgcccaagctagacctagggtggcattcactt
ctgctgcctttggataaagatgtagatgacttggctcttttcccagcaca
gtatctgcctgtgtaccaccatgtgtcccactatgataatgatggactaa
acctctgaactgtaagtcagacccaattaaatgtcttcctttattagagt
tgccttggttatgggggtctcttcacagcaatagaaaccctaacttaaga
cagaaaggcaatgcaagaatctcttctttggtttcagcctgagaaattga
ggatagcctttataacttgagtgggaaaagatgaggaaggcaggatagcc
ctttgaaggaatgaagcaaagggcttttcttttccagggagttacttaag
gtcagataagaaccttgagagcttattgctgtgaatgaagcaacatggcc
gcaaataggcgatgtaa

gaattcatcagatacaagtgcataagcattaactaaaaacccttttcttg
cagagcccttccccaggctcagatgcaagaggagagtcctaggaaaagca
agaataatggtttgcatttccagcaaggctccccttttgcaccaactttt
atttaaatctgttttatgttttataattgcaacaaaattgtcagaaatta
tttgcttacacaagtgtatattatgaaatcacgtggtgtttaagcactat
ttctttaaaaatttccccttttttaatgtcaccatagatttgggattata
attatccttttacattgaattgtaattttggaattcttgatgaggaataa
tcccagtactgagatcacacaattaactcttcaaaataagattaagaact
ctgcattctggaagagagaccctgtctggtgattagttgcctggaagagc
ttgttacaagccgaatagaaggaactgtcatcctgttgacggtttccagg
gaccaaggctccaggacctgcagtaatttcatttgtcatcattgcaaaac
cagatggtcacgtgagctgccaaagcctgcatccgaggaggttcacttgc
caactgtccttagtaatcagaactcgaggtagacaaggcagctgtttaga
cagaattatttctaacggttacattatcatcgtggaaaaaaatggaggca
acgcagtgggaaaaacttgtactaaattccaaactctaggcaaaacctgt
agcaatgaggaaacctctagaaattgtgatgataaccatggccacagcca
tggccattgtaaggatgctccaaaagagttttcaacagacagggtagcaa
cactgtgccatgaggagagagaagtgtgaccctgggtgtcatgtgtgagc
tgagggatgtgcatagagaggtggcttattcaatcaaggacatggtgtcc
taagggcatgatattgagtctcgaaagggcaccagaacacgtgggagaat
catagcaaaagtttgttcttaacttagtcagtctaatagcccatggtctc
ggaacaattctcagccaacactcctacataagtaccctgcatgttagcaa
atagctcagcctcatcaatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_83836972_83837974
seq2: B6Ng01-279F10.b_49_1065 (reverse)

seq1  TTACATC-CCTCTTTGCGGCCATGTTGCTTCATTCACAGCACTAAGCTCT  49
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTACATCGCCTATTTGCGGCCATGTTGCTTCATTCACAGCAATAAGCTCT  50

seq1  C-AGGTTCTTATCTGACCTT-AGT-ACTCCCTGGAAA--GAAAGCCCTTT  94
      | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||
seq2  CAAGGTTCTTATCTGACCTTAAGTAACTCCCTGGAAAAGAAAAGCCCTTT  100

seq1  GCCTCATTCCTTCAAA-GGCTATCCTGCCTTCCTCTTCTTTT-CCACTCA  142
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GCTTCATTCCTTCAAAGGGCTATCCTGCCTTCCTCATCTTTTCCCACTCA  150

seq1  AGTTAT-AAGGCTATCCTC-ATTTCTCAGGCTG-AACCAAAGAAGAGATT  189
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAAGGCTATCCTCAATTTCTCAGGCTGAAACCAAAGAAGAGATT  200

seq1  CTTGCATTGCC-TTCTGTCTT-AGTTAGGGTTTCTATTGCTGTGAAGAGA  237
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTGCCTTTCTGTCTTAAGTTAGGGTTTCTATTGCTGTGAAGAGA  250

seq1  -CCCCATAACCAAGGCAACTCTAATAAAGGAAGACATTTAATTGGGTCTG  286
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATAACCAAGGCAACTCTAATAAAGGAAGACATTTAATTGGGTCTG  300

seq1  ACTTACAGTTCAGAGGTTTAGTCCATCATTATCATAGTGGGACACATGGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGTTCAGAGGTTTAGTCCATCATTATCATAGTGGGACACATGGT  350

seq1  GGTACACAGGCAGATACTGTGCTGGGAAAAGAGCCAAGTCATCTACATCT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACACAGGCAGATACTGTGCTGGGAAAAGAGCCAAGTCATCTACATCT  400

seq1  TTATCCAAAGGCAGCAGAAGTGAATGCCACCCTAGGTCTAGCTTGGGCAT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAAAGGCAGCAGAAGTGAATGCCACCCTAGGTCTAGCTTGGGCAT  450

seq1  CTGAGACCTCAAAGCCAACCCCTATAGTGACACACTTCCTCACACAAAGC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCTCAAAGCCAACCCCTATAGTGACACACTTCCTCACACAAAGC  500

seq1  CACATCTACTCCACGAAGGCCACAGCTATTAATAGTGCCATTTCCTATGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTACTCCACGAAGGCCACAGCTATTAATAGTGCCATTTCCTATGG  550

seq1  GCTAAAGCATTCAAACACATTAAGTCTATGGGCCACTCCTATTCAAGCCG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGCATTCAAACACATTAAGTCTATGGGCCACTCCTATTCAAGCCG  600

seq1  TTCCTATTCAAACCATACCATAACACTTTATACAAACTGCACTAACACCC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTCAAACCATACCATAACACTTTATACAAACTGCACTAACACCC  650

seq1  CATTTATGCTTGGGGGGTCTCTGGTGGCCACTGACCTGTCCTCTCACAGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGCTTGGGGGGTCTCTGGTGGCCACTGACCTGTCCTCTCACAGT  700

seq1  GCCCCATGAAGGATACCTTCAGACTACATATCTGACTCTCACAACTGATA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATGAAGGATACCTTCAGACTACATATCTGACTCTCACAACTGATA  750

seq1  AGTTAGCATAATAAAGGAAGAGTTCCAACAAGAAGTCCCAAACTGGAAGA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCATAATAAAGGAAGAGTTCCAACAAGAAGTCCCAAACTGGAAGA  800

seq1  GGAACTTGGGTTTCCATGTTCAGTATGCACAAGCCAACTCTCATTTGTTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTGGGTTTCCATGTTCAGTATGCACAAGCCAACTCTCATTTGTTG  850

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTCCAGAAGGCAGAAACACGAATTAAGG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTCCAGAAGGCAGAAACACGAATTAAGG  900

seq1  ATCACAGTTTCCTCCCTGGTGGCACAGCAGTTTCCAGATGTTTGGGAAAC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTTTCCTCCCTGGTGGCACAGCAGTTTCCAGATGTTTGGGAAAC  950

seq1  TGGGTCGGGGTCCTTTGGTCCTGCTATTAGGACAAGGAAAGGCCCAAGAG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCGGGGTCCTTTGGTCCTGCTATTAGGACAAGGAAAGGCCCAAGAG  1000

seq1  ACAAAGGCTCTGAATTC  1003
      |||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGCTCTGAATTC  1017


seq1: chr4_83671695_83672819
seq2: B6Ng01-279F10.g_63_1184

seq1  GAATTCATCAGATACAAGTGCATAAGCATTAACTAAAAACCCTTTTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGATACAAGTGCATAAGCATTAACTAAAAACCCTTTTCTTG  50

seq1  CAGAGCCCTTCCCCAGGCTCAGATGCAAGAGGAGAGTCCTAGGAAAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCCTTCCCCAGGCTCAGATGCAAGAGGAGAGTCCTAGGAAAAGCA  100

seq1  AGAATAATGGTTTGCATTTCCAGCAAGGCTCCCCTTTTGCACCAACTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAATGGTTTGCATTTCCAGCAAGGCTCCCCTTTTGCACCAACTTTT  150

seq1  ATTTAAATCTGTTTTATGTTTTATAATTGCAACAAAATTGTCAGAAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATCTGTTTTATGTTTTATAATTGCAACAAAATTGTCAGAAATTA  200

seq1  TTTGCTTACACAAGTGTATATTATGAAATCACGTGGTGTTTAAGCACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTACACAAGTGTATATTATGAAATCACGTGGTGTTTAAGCACTAT  250

seq1  TTCTTTAAAAATTTCCCCTTTTTTAATGTCACCATAGATTTGGGATTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAAAATTTCCCCTTTTTTAATGTCACCATAGATTTGGGATTATA  300

seq1  ATTATCCTTTTACATTGAATTGTAATTTTGGAATTCTTGATGAGGAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCTTTTACATTGAATTGTAATTTTGGAATTCTTGATGAGGAATAA  350

seq1  TCCCAGTACTGAGATCACACAATTAACTCTTCAAAATAAGATTAAGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTACTGAGATCACACAATTAACTCTTCAAAATAAGATTAAGAACT  400

seq1  CTGCATTCTGGAAGAGAGACCCTGTCTGGTGATTAGTTGCCTGGAAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCTGGAAGAGAGACCCTGTCTGGTGATTAGTTGCCTGGAAGAGC  450

seq1  TTGTTACAAGCCGAATAGAAGGAACTGTCATCCTGTTGACGGTTTCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACAAGCCGAATAGAAGGAACTGTCATCCTGTTGACGGTTTCCAGG  500

seq1  GACCAAGGCTCCAGGACCTGCAGTAATTTCATTTGTCATCATTGCAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGGCTCCAGGACCTGCAGTAATTTCATTTGTCATCATTGCAAAAC  550

seq1  CAGATGGTCACGTGAGCTGCCAAAGCCTGCATCCGAGGAGGTTCACTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTCACGTGAGCTGCCAAAGCCTGCATCCGAGGAGGTTCACTTGC  600

seq1  CAACTGTCCTTAGTAATCAGAACTCGAGGTAGACAAGGCAGCTGTTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCCTTAGTAATCAGAACTCGAGGTAGACAAGGCAGCTGTTTAGA  650

seq1  CAGAATTATTTCTAACGGTTACATTATCATCGTGGAAAAAAATGGAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTATTTCTAACGGTTACATTATCATCGTGGAAAAAAATGGAGGCA  700

seq1  ACGCAGTGGGAAAAACTTGTACTAAATTCCAAACTCTAGGCAAAACCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGTGGGAAAAACTTGTACTAAATTCCAAACTCTAGGCAAAACCTGT  750

seq1  AGCAATGAGGAAACCTCTAGAAATTGTGATGATAACCATGGCCACAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAGGAAACCTCTAGAAATTGTGATGATAACCATGGCCACAGCCA  800

seq1  TGGCCATTGTAAGGATGCTCCAAAAGAGTTTTCAACAGACAGGGTAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTGTAAGGATGCTCCAAAAGAGTTTTCAACAGACAGGGTAGCAA  850

seq1  CACTGTGCCATGAGGAGAGAGAAGTGTGACCCTGGGTGTCATGTGTGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCATGAGGAGAGAGAAGTGTGACCCTGGGTGTCATGTGTGAGC  900

seq1  TGAGGGATGTGCATAGAGAGGTGGC-TATTCAATCAAGGACATGGTGTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGATGTGCATAGAGAGGTGGCTTATTCAATCAAGGACATGGTGTCC  950

seq1  TAAGGGCATGATATTGAGTCTCGAAAGGGCACCAGAACACGTGGGAGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCATGATATTGAGTCTCGAAAGGGCACCAGAACACGTGGGAGAAT  1000

seq1  CATAGGCAAAAAGGTTTGTTCTTAACTTTAGTCAGTCTATTAGCCCATGG  1049
      |||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |
seq2  CATA-GCAAAA--GTTTGTTCTTAAC-TTAGTCAGTCTAATAGCCCAT-G  1045

seq1  GTCTCGG-ACAATTCTCAGCCAACAACTCCTAACATAGGTA-CCTGCATG  1097
      ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||
seq2  GTCTCGGAACAATTCTCAGCCAAC-ACTCCT-ACATAAGTACCCTGCATG  1093

seq1  TTAGCAAATAGCTCAG-CTCATCAATGTC  1125
      |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTAGCAAATAGCTCAGCCTCATCAATGTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |