BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280D16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,095,505 - 17,220,068
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040173
Upstream geneLOC667150, LOC383994, LOC100040154, LOC667212
Downstream geneMmp16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280D16.bB6Ng01-280D16.g
ACCGA080007GA080008
length1,1741,149
definitionB6Ng01-280D16.b B6Ng01-280D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,095,505 - 17,096,688)(17,218,894 - 17,220,068)
sequence
gaattctacttatttttcttattttatatttgtgaatatcaaaagtacac
aagggagccctgtagacttttctagattttatgtgtgaacagaaataagt
tgactgttaaaatattgtccatagatatgagtatatattttaaatactca
gtatctaaaaaaagaggttaagcaggacgaaaaatacataatcatgcaaa
gagcacatcatgggttaaagtacttgacacactatatcaacatcacaaaa
gggcaaccagcagtaattgttttgccagggagtcactggatactcaccat
tcccagaagcctccttgtcagccttcctggaaaagctctattaactttaa
aatcctaacactgaaattctatactctacataaacaaaaggcaacataag
acccaactttatatggagaataagtcttcattgtaataaaaaaaagctta
aggcataattgtttctaataattaataagccacccaatattttctctatt
tttgattaagatatttagtctaagatgtctaacttttacaagtaaagaat
ataaggatttttctaaaggcatacaaaaagataaagggtggaaaaaatgg
agttttttcaatgtatagcaggccttgaagaatattgatgatgaacttat
tgactaccaaatattactctatttggtagttttctctatctccaactcaa
gtgaatgtgtagaattggggactccacagaaataaaaagtttttaacaat
gagttagtgttaatagaaatatataaacactgagatctgtacacatatta
tttgtgctttattaattgctttgtaaacaaaattggaccatttcttgata
gttaaaaaataattgcactgggatggtcccacagtccccagaggactctc
cactcagaaaggcatcctagcacactgaggatcctgggatgactggtctg
ggttaaagatgaagattcttagaaaaaccaagaagatggaattataagaa
tgtgcctggcattgaatgatggtatcttagtaagttgtaaattttttttt
aatcgttagactctgctcatctgtactgcagacagagtcggctcatagaa
gactctgatcccaggactcaaggtgagagcgcatgtgtatccaggttctt
cgagaccagtctgtaaggaagtga

gaattcaaaggcttaaggttgacttatatttgatcaagataattgcttac
agtttttcctaagtctataggcatataatttataaaaactgagtcatagg
aatgaattccacctaaattgccaaagtaagtcctaagtattgtaaaacta
agtgttatacaataagtcaaaacttaaaacatagtttcttctttaacact
gtgtgacttaccttctgggagtttcataactattattggttaccccaagc
aaggatataggaactaaaagacaaccaatattttgaccctgacctccaag
tgagctaatattcaggaaattaaagaagatgtctcaaatcattctccaac
tgatatgtaacccgttctctttatccagaaggtaggtcaacacacagtaa
aatatccatgatatttctaacaaaaattaaatgtctagcaagacttgaca
taaccaagtgtcataatcagtaaagggaaacaaagagaagaatggagatc
ctccaagtgcctaagaataatcccaatgaacctaattcaatagcaacagt
gttaatacttggcagcctacatgatatttaatacctagtaagaaacaact
tccaaagaatgaaatgatttatggtgctttgaatatacttggacaataag
gagtggtacttggaggagatatggccttgttgaaagaagtatggctttgg
aagtttggaggtctcctcctatgcttagactcctctcattatggaacaga
gcttccacctaaatgcctgaggatgccagtctccccaggttgacttcaaa
tcaagattcagaacactcagctgcttcttcagcaccaagtctgcccacat
gttgccatactatgccatactatagtgataatgaactaaattactgatct
tgtaaactagccccaattaaatgtcgtcccatataagagtttccttgata
tgttgtctcttcaaagcagtagaaatcctaactacgacacgattactaat
acaatttgaaagtaggcaaaaaacgaggatataaatattactaaagtgat
cagcatatagccatgcataattcagagtagcataaatgtcctcagcctga
aattaaaagagaagcccatgtaccatgttgccagtgccgtcctctgcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17095505_17096688
seq2: B6Ng01-280D16.b_43_1216

seq1  GAATTCTACTTATTTTTCTTATTTTATATTTGTGAATATCAAAAGTACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTATTTTTCTTATTTTATATTTGTGAATATCAAAAGTACAC  50

seq1  AAGGGAGCCCTGTAGACTTTTCTAGATTTTATGTGTGAACAGAAATAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGCCCTGTAGACTTTTCTAGATTTTATGTGTGAACAGAAATAAGT  100

seq1  TGACTGTTAAAATATTGTCCATAGATATGAGTATATATTTTAAATACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTTAAAATATTGTCCATAGATATGAGTATATATTTTAAATACTCA  150

seq1  GTATCTAAAAAAAGAGGTTAAGCAGGACGAAAAATACATAATCATGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAAAAAAAGAGGTTAAGCAGGACGAAAAATACATAATCATGCAAA  200

seq1  GAGCACATCATGGGTTAAAGTACTTGACACACTATATCAACATCACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATCATGGGTTAAAGTACTTGACACACTATATCAACATCACAAAA  250

seq1  GGGCAACCAGCAGTAATTGTTTTGCCAGGGAGTCACTGGATACTCACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACCAGCAGTAATTGTTTTGCCAGGGAGTCACTGGATACTCACCAT  300

seq1  TCCCAGAAGCCTCCTTGTCAGCCTTCCTGGAAAAGCTCTATTAACTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAAGCCTCCTTGTCAGCCTTCCTGGAAAAGCTCTATTAACTTTAA  350

seq1  AATCCTAACACTGAAATTCTATACTCTACATAAACAAAAGGCAACATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAACACTGAAATTCTATACTCTACATAAACAAAAGGCAACATAAG  400

seq1  ACCCAACTTTATATGGAGAATAAGTCTTCATTGTAATAAAAAAAAGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACTTTATATGGAGAATAAGTCTTCATTGTAATAAAAAAAAGCTTA  450

seq1  AGGCATAATTGTTTCTAATAATTAATAAGCCACCCAATATTTTCTCTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAATTGTTTCTAATAATTAATAAGCCACCCAATATTTTCTCTATT  500

seq1  TTTGATTAAGATATTTAGTCTAAGATGTCTAACTTTTACAAGTAAAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTAAGATATTTAGTCTAAGATGTCTAACTTTTACAAGTAAAGAAT  550

seq1  ATAAGGATTTTTCTAAAGGCATACAAAAAGATAAAGGGTGGAAAAAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGATTTTTCTAAAGGCATACAAAAAGATAAAGGGTGGAAAAAATGG  600

seq1  AGTTTTTTCAATGTATAGCAGGCCTTGAAGAATATTGATGATGAACTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTCAATGTATAGCAGGCCTTGAAGAATATTGATGATGAACTTAT  650

seq1  TGACTACCAAATATTACTCTATTTGGTAGTTTTCTCTATCTCCAACTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACCAAATATTACTCTATTTGGTAGTTTTCTCTATCTCCAACTCAA  700

seq1  GTGAATGTGTAGAATTGGGGACTCCACAGAAATAAAAAGTTTTTAACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGTGTAGAATTGGGGACTCCACAGAAATAAAAAGTTTTTAACAAT  750

seq1  GAGTTAGTGTTAATAGAAATATATAAACACTGAGATCTGTACACATATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGTGTTAATAGAAATATATAAACACTGAGATCTGTACACATATTA  800

seq1  TTTGTGCTTTATTAATTGCTTTGTAAAC-AAATTGGACCATTTCTTGATA  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTTTATTAATTGCTTTGTAAACAAAATTGGACCATTTCTTGATA  850

seq1  GTTAAAAAATAATTGCACTGGGATGGTCCCACAGTCCCCAGAGGACTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAAATAATTGCACTGGGATGGTCCCACAGTCCCCAGAGGACTCTC  900

seq1  CACTCAG-AAGGCATCCTAGCACACTGAGGATCCTGGGATGACTGGTCTG  948
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGAAAGGCATCCTAGCACACTGAGGATCCTGGGATGACTGGTCTG  950

seq1  GGTTAAAGATGAAGATTCTTAG-AAAACCAAGAAGATGGAATTATAAGAA  997
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAGATGAAGATTCTTAGAAAAACCAAGAAGATGGAATTATAAGAA  1000

seq1  TTGTTGCCTGGCATTTGAATGATGGTATCTTAGTTAAAGTTGT-AATTTT  1046
      |   ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||
seq2  T--GTGCCTGGCA-TTGAATGATGGTATCTTAGT--AAGTTGTAAATTTT  1045

seq1  TTTTTAATCGTTTAGACTCTGCTCATCTGTACCTGCAGACAGGAGTCGCC  1096
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  TTTTTAATCG-TTAGACTCTGCTCATCTGTA-CTGCAGACA-GAGTCGGC  1092

seq1  TCCATAGAAGACTCTGATCCCAGGACTC-AGGTGAGAGCGCCATGTTGTA  1145
      | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||
seq2  T-CATAGAAGACTCTGATCCCAGGACTCAAGGTGAGAGCG-CATG-TGTA  1139

seq1  TCCCAGGTCTCTCAGAGACCAGCCTGTGAAGGAGAGTGA  1184
      | |||||| |||  |||||||| |||| ||||| |||||
seq2  T-CCAGGT-TCTTCGAGACCAGTCTGT-AAGGA-AGTGA  1174


seq1: chr4_17218894_17220068
seq2: B6Ng01-280D16.g_65_1213 (reverse)

seq1  AGGCAGAGGGACAGCCCAACCTGCCACACATGTGTACATGGGGCTTCTCT  50
      ||||||| |||| ||     ||| || ||||| |||||| ||||||||| 
seq2  AGGCAGA-GGACGGC----ACTGGCA-ACATG-GTACAT-GGGCTTCTC-  41

seq1  TTTTATTTTCAAGCTGAGGACATTTTAATGCTACTCTGAATTTAATGGCA  100
      ||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||  || |||
seq2  TTTTAATTTCAGGCTGAGGACATTT--ATGCTACTCTGAATT--AT-GCA  86

seq1  TGGCTTATAATGCTTGAATCACTTTTAAGTTATATTTAATATCTTCGGTT  150
      |||| ||| |||||   ||||||||  ||| |||||| ||||| |||  |
seq2  TGGC-TAT-ATGCT--GATCACTTT--AGTAATATTT-ATATCCTCG--T  127

seq1  TTTTTGCTTACTTTTCAAATTGTATTAGTAATCGTTGTCGTAGTTAGGAT  200
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCTAC-TTTCAAATTGTATTAGTAATCG-TGTCGTAGTTAGGAT  175

seq1  TTCTACTGCTTTGAAGAGACAACATTATCAAGGAAACTCTTATATGGGAC  250
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGCTTTGAAGAGACAACA-TATCAAGGAAACTCTTATATGGGAC  224

seq1  GACATTTAATTGGGGCTAGTTTACAAGATCAGTAATTTAGTTCATTATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAATTGGGGCTAGTTTACAAGATCAGTAATTTAGTTCATTATCA  274

seq1  CTATAGTATGGCATAGTATGGCAACATGTGGGCAGACTTGGTGCTGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTATGGCATAGTATGGCAACATGTGGGCAGACTTGGTGCTGAAGA  324

seq1  AGCAGCTGAGTGTTCTGAATCTTGATTTGAAGTCAACCTGGGGAGACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGAGTGTTCTGAATCTTGATTTGAAGTCAACCTGGGGAGACTGG  374

seq1  CATCCTCAGGCATTTAGGTGGAAGCTCTGTTCCATAATGAGAGGAGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCAGGCATTTAGGTGGAAGCTCTGTTCCATAATGAGAGGAGTCTA  424

seq1  AGCATAGGAGGAGACCTCCAAACTTCCAAAGCCATACTTCTTTCAACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGGAGGAGACCTCCAAACTTCCAAAGCCATACTTCTTTCAACAAG  474

seq1  GCCATATCTCCTCCAAGTACCACTCCTTATTGTCCAAGTATATTCAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATCTCCTCCAAGTACCACTCCTTATTGTCCAAGTATATTCAAAGC  524

seq1  ACCATAAATCATTTCATTCTTTGGAAGTTGTTTCTTACTAGGTATTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAATCATTTCATTCTTTGGAAGTTGTTTCTTACTAGGTATTAAAT  574

seq1  ATCATGTAGGCTGCCAAGTATTAACACTGTTGCTATTGAATTAGGTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTAGGCTGCCAAGTATTAACACTGTTGCTATTGAATTAGGTTCAT  624

seq1  TGGGATTATTCTTAGGCACTTGGAGGATCTCCATTCTTCTCTTTGTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTATTCTTAGGCACTTGGAGGATCTCCATTCTTCTCTTTGTTTCC  674

seq1  CTTTACTGATTATGACACTTGGTTATGTCAAGTCTTGCTAGACATTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTGATTATGACACTTGGTTATGTCAAGTCTTGCTAGACATTTAAT  724

seq1  TTTTGTTAGAAATATCATGGATATTTTACTGTGTGTTGACCTACCTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGAAATATCATGGATATTTTACTGTGTGTTGACCTACCTTCTG  774

seq1  GATAAAGAGAACGGGTTACATATCAGTTGGAGAATGATTTGAGACATCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGAGAACGGGTTACATATCAGTTGGAGAATGATTTGAGACATCTT  824

seq1  CTTTAATTTCCTGAATATTAGCTCACTTGGAGGTCAGGGTCAAAATATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTTCCTGAATATTAGCTCACTTGGAGGTCAGGGTCAAAATATTG  874

seq1  GTTGTCTTTTAGTTCCTATATCCTTGCTTGGGGTAACCAATAATAGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTTTTAGTTCCTATATCCTTGCTTGGGGTAACCAATAATAGTTAT  924

seq1  GAAACTCCCAGAAGGTAAGTCACACAGTGTTAAAGAAGAAACTATGTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCCCAGAAGGTAAGTCACACAGTGTTAAAGAAGAAACTATGTTTT  974

seq1  AAGTTTTGACTTATTGTATAACACTTAGTTTTACAATACTTAGGACTTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGACTTATTGTATAACACTTAGTTTTACAATACTTAGGACTTAC  1024

seq1  TTTGGCAATTTAGGTGGAATTCATTCCTATGACTCAGTTTTTATAAATTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAATTTAGGTGGAATTCATTCCTATGACTCAGTTTTTATAAATTA  1074

seq1  TATGCCTATAGACTTAGGAAAAACTGTAAGCAATTATCTTGATCAAATAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTATAGACTTAGGAAAAACTGTAAGCAATTATCTTGATCAAATAT  1124

seq1  AAGTCAACCTTAAGCCTTTGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAACCTTAAGCCTTTGAATTC  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |