BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280F22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 76,348,811 - 76,524,001
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667858, LOC667862
Upstream geneLOC100039884, LOC667845, Ptprd
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280F22.bB6Ng01-280F22.g
ACCGA080114GA080115
length1,1591,186
definitionB6Ng01-280F22.b B6Ng01-280F22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,522,828 - 76,524,001)(76,348,811 - 76,349,999)
sequence
gaattcactatgactagaggagttaatgaaggacagctctactggtagca
ttaggtgacattagagaaaatgggagtggcagaatgtcttcttattgttc
ttaaatatcctctcttgtattagaatacatcaagaatactctcaacaaat
agatactagtgctaaccaaacacttgaacacctaacctacaaaacaataa
tccaaacaaacattttaaaaatatattatgtgatatcacattttttgggt
aagcaatagataatagattattaagtccataatgatttctgtgtgttgag
cttactatacatgaccatcattatgctttgattcagggattttcaagtgt
aatcattaactgactttacaatcttaacatgaaatacaatacttacacat
tgttgaacatgatggtaaaacaaaaatgattagtataagcttggaaaata
tctagtagtttaagaagttgattataaatctcaatccttaaactcatgca
gaaactgtaagggtgtgtggggggtattctacaatgatgctattgtatct
gatacaaaaatgaagtcaaagaaaactaagaagccacacttgctcaagcc
taaaagctacactagagaaaacaaataaacaaacaaaaaacagaaaacaa
catccacaaaggcagaaatgcttgtaatctttgtgtccaaaaaagtgttc
atatttgaaaactataataacaagaaaatcaagatactgcctaatgaagc
aatgtaaaaaacccctaacaaacctttttccttcaaaagagaacacataa
ataatcaacaggcatagaataagcttcgaaacacaattaatcatcagggc
taaaaatttctgaagaatgattaagaattaacagtttaagaatcattatt
ttatgtccacactgactcaagagtgcaagatttatctgatataccagggc
tttagaaaaagagtgaaacctagtactcacggtccctataaatacatcat
agcacacttatgagttattatttttaggatcacttccagaatcacacaat
tttatttgaattgagtgaattgtttcatctcaaaaaaaaaaatcattatt
ttagccatcgagattcctcagttgtgaaatcttgcctagttcataccaat
ttcggtgat

gaattcattggaaaaacgactttcccatgtgagaatcactcatctgatga
ggcagtcgtttactgagcaagcatgccattccaggttaggggagaaaccc
tgagttaaatgttgccttgctgactgagttcagactatgttctaagcctt
aggtttaatgacatatgtcataaaaagaattaatcccttcatttaactag
acttcaggatgtaaaatatgtaacaaaaacctaacaaatatttaaaggca
agagtaaaaaaacaagagaataatcaaatatgagctgtttgtatttggat
gttttacactctgaagtcttttctgatatttcaactcaaacatgaaagag
atagagtcaaatgcacagtaatgaagagtaggccaggcagcatgggcagt
gagaatcatgggtaacatgttggacttcttgaatatagaaagagggttac
tgactatgcagctctgtgagtgagagaagagcaagtgatagtattgatag
cctagacaggtttagattaatcagcattatataagcccaaactgctacta
ggttttcattgtggggtcaatgaaaacttatagtggaatatgtaggaaca
atacaagagaaaagtttacttggatagtttcagcagctatatggatttca
aatgtttgtcagtcagcatgttccagagaggtacagcctagcatttagaa
gtgataaatatgcagctagagtcaagagctccggggtactggttagttca
taatgttgatccacctatagggttgcagatccctttagctccttgggtac
tttctctagctcctccattgggagccctgtgatccatccattagctgact
gtgagcatccacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcacaagag
acagctacatctgggtcctttcgataaaatcttgctagtgtatgcaatgg
tgtcagcgtttggatgctgattatagggtggatccctggatatggcagtc
tctacatgggtcaatcttcatctcagctcaaactttgtctctgtaactct
tacaagggtgtttgtcccacttctaaggagggcaatagtgttccacactt
cagtctcatttttcttggagtttcaatggttaggcattggatcataatct
ggcaatttctaaggattttgggctctaatatccact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_76522828_76524001
seq2: B6Ng01-280F22.b_47_1205 (reverse)

seq1  ATCACCAAAAAATGTGGTATAGAACTAAAGCAAGATTTCACAACTGAGGA  50
      |||||| |||    |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCGAAA---TTGGTAT-GAACT-AGGCAAGATTTCACAACTGAGGA  45

seq1  ATCTCGAATGGCTAAAATAATGATTTTTTTTTTTTTTGAGATTGAAACAA  100
      |||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCTCG-ATGGCTAAAATAATGA---TTTTTTTTTTTGAGA-TGAAACAA  90

seq1  TTTCCACTTCAATCAAATAAAATTGTTGTGATTTCTGGAAGTGATCCT-A  149
      ||  ||||  | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
seq2  TT--CACTCAATTCAAATAAAATTG-TGTGA-TTCTGGAAGTGATCCTAA  136

seq1  AAATAAT-ACTCATTAAGTGTGCCTATGATGTATTTATAGGGACCGTGAG  198
      ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAACTCA-TAAGTGTG-CTATGATGTATTTATAGGGACCGTGAG  184

seq1  TACTAGGTTTTCACTCTTTTTCTAAAGCCCTGGTATATCAGATAAATCTT  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGG-TTTCACTCTTTTTCTAAAGCCCTGGTATATCAGATAAATCTT  233

seq1  GCACTCTTGAGTCAGTGTGGACATAAAATAATGATTCTTAAACTGTTAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTTGAGTCAGTGTGGACATAAAATAATGATTCTTAAACTGTTAAT  283

seq1  TCTTAATCATTCTTCAGAAATTTTTAGCCCTGATGATTAATTGTGTTTCG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATCATTCTTCAGAAATTTTTAGCCCTGATGATTAATTGTGTTTCG  333

seq1  AAGCTTATTCTATGCCTGTTGATTATTTATGTGTTCTCTTTTGAAGGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTATTCTATGCCTGTTGATTATTTATGTGTTCTCTTTTGAAGGAAA  383

seq1  AAGGTTTGTTAGGGGTTTTTTACATTGCTTCATTAGGCAGTATCTTGATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGTTAGGGGTTTTTTACATTGCTTCATTAGGCAGTATCTTGATT  433

seq1  TTCTTGTTATTATAGTTTTCAAATATGAACACTTTTTTGGACACAAAGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTATTATAGTTTTCAAATATGAACACTTTTTTGGACACAAAGAT  483

seq1  TACAAGCATTTCTGCCTTTGTGGATGTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCATTTCTGCCTTTGTGGATGTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTT  533

seq1  ATTTGTTTTCTCTAGTGTAGCTTTTAGGCTTGAGCAAGTGTGGCTTCTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTCTCTAGTGTAGCTTTTAGGCTTGAGCAAGTGTGGCTTCTTA  583

seq1  GTTTTCTTTGACTTCATTTTTGTATCAGATACAATAGCATCATTGTAGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTTGACTTCATTTTTGTATCAGATACAATAGCATCATTGTAGAA  633

seq1  TACCCCCCACACACCCTTACAGTTTCTGCATGAGTTTAAGGATTGAGATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCCACACACCCTTACAGTTTCTGCATGAGTTTAAGGATTGAGATT  683

seq1  TATAATCAACTTCTTAAACTACTAGATATTTTCCAAGCTTATACTAATCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAACTTCTTAAACTACTAGATATTTTCCAAGCTTATACTAATCA  733

seq1  TTTTTGTTTTACCATCATGTTCAACAATGTGTAAGTATTGTATTTCATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTTACCATCATGTTCAACAATGTGTAAGTATTGTATTTCATGT  783

seq1  TAAGATTGTAAAGTCAGTTAATGATTACACTTGAAAATCCCTGAATCAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTGTAAAGTCAGTTAATGATTACACTTGAAAATCCCTGAATCAAA  833

seq1  GCATAATGATGGTCATGTATAGTAAGCTCAACACACAGAAATCATTATGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATGATGGTCATGTATAGTAAGCTCAACACACAGAAATCATTATGG  883

seq1  ACTTAATAATCTATTATCTATTGCTTACCCAAAAAATGTGATATCACATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATAATCTATTATCTATTGCTTACCCAAAAAATGTGATATCACATA  933

seq1  ATATATTTTTAAAATGTTTGTTTGGATTATTGTTTTGTAGGTTAGGTGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTTTAAAATGTTTGTTTGGATTATTGTTTTGTAGGTTAGGTGTT  983

seq1  CAAGTGTTTGGTTAGCACTAGTATCTATTTGTTGAGAGTATTCTTGATGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTTTGGTTAGCACTAGTATCTATTTGTTGAGAGTATTCTTGATGT  1033

seq1  ATTCTAATACAAGAGAGGATATTTAAGAACAATAAGAAGACATTCTGCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATACAAGAGAGGATATTTAAGAACAATAAGAAGACATTCTGCCA  1083

seq1  CTCCCATTTTCTCTAATGTCACCTAATGCTACCAGTAGAGCTGTCCTTCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTTTCTCTAATGTCACCTAATGCTACCAGTAGAGCTGTCCTTCA  1133

seq1  TTAACTCCTCTAGTCATAGTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCCTCTAGTCATAGTGAATTC  1159


seq1: chr4_76348811_76349999
seq2: B6Ng01-280F22.g_62_1247

seq1  GAATTCATTGGAAAAACGACTTTCCCATGTGAGAATCACTCATCTGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGAAAAACGACTTTCCCATGTGAGAATCACTCATCTGATGA  50

seq1  GGCAGTCGTTTACTGAGCAAGCATGCCATTCCAGGTTAGGGGAGAAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCGTTTACTGAGCAAGCATGCCATTCCAGGTTAGGGGAGAAACCC  100

seq1  TGAGTTAAATGTTGCCTTGCTGACTGAGTTCAGACTATGTTCTAAGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAAATGTTGCCTTGCTGACTGAGTTCAGACTATGTTCTAAGCCTT  150

seq1  AGGTTTAATGACATATGTCATAAAAAGAATTAATCCCTTCATTTAACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAATGACATATGTCATAAAAAGAATTAATCCCTTCATTTAACTAG  200

seq1  ACTTCAGGATGTAAAATATGTAACAAAAACCTAACAAATATTTAAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGATGTAAAATATGTAACAAAAACCTAACAAATATTTAAAGGCA  250

seq1  AGAGTAAAAAAACAAGAGAATAATCAAATATGAGCTGTTTGTATTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAAAAACAAGAGAATAATCAAATATGAGCTGTTTGTATTTGGAT  300

seq1  GTTTTACACTCTGAAGTCTTTTCTGATATTTCAACTCAAACATGAAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACACTCTGAAGTCTTTTCTGATATTTCAACTCAAACATGAAAGAG  350

seq1  ATAGAGTCAAATGCACAGTAATGAAGAGTAGGCCAGGCAGCATGGGCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTCAAATGCACAGTAATGAAGAGTAGGCCAGGCAGCATGGGCAGT  400

seq1  GAGAATCATGGGTAACATGTTGGACTTCTTGAATATAGAAAGAGGGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCATGGGTAACATGTTGGACTTCTTGAATATAGAAAGAGGGTTAC  450

seq1  TGACTATGCAGCTCTGTGAGTGAGAGAAGAGCAAGTGATAGTATTGATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGCAGCTCTGTGAGTGAGAGAAGAGCAAGTGATAGTATTGATAG  500

seq1  CCTAGACAGGTTTAGATTAATCAGCATTATATAAGCCCAAACTGCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACAGGTTTAGATTAATCAGCATTATATAAGCCCAAACTGCTACTA  550

seq1  GGTTTTCATTGTGGGGTCAATGAAAACTTATAGTGGAATATGTAGGAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCATTGTGGGGTCAATGAAAACTTATAGTGGAATATGTAGGAACA  600

seq1  ATACAAGAGAAAAGTTTACTTGGATAGTTTCAGCAGCTATATGGATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGAGAAAAGTTTACTTGGATAGTTTCAGCAGCTATATGGATTTCA  650

seq1  AATGTTTGTCAGTCAGCATGTTCCAGAGAGGTACAGCCTAGCATTTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGTCAGTCAGCATGTTCCAGAGAGGTACAGCCTAGCATTTAGAA  700

seq1  GTGATAAATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCA  750

seq1  TAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  800

seq1  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACT  850

seq1  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAG  900

seq1  ACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGG  950

seq1  TGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATAGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATAGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTC  1000

seq1  TCTACAT-GGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAAC  1049
      ||||||| |||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTACATGGGTCAATC--TTCATCTCAGCT-CAAACTTTGTCTCTGTAAC  1047

seq1  TCCTTACAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTG-TCC  1098
      | |||||||||||||||   ||||||||||||||||||  |||||| |||
seq2  T-CTTACAAGGGTGTTT--GTCCCACTTCTAAGGAGGGCAATAGTGTTCC  1094

seq1  ACACTTCAGTCTTCATTTTTCTT-GAGTTTCATGTGTTTAGGAAATTGTA  1147
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||  |||| |
seq2  ACACTTCAGTC-TCATTTTTCTTGGAGTTTCA-ATGGTTAGG-CATTGGA  1141

seq1  TCTTATATCTTGGGTATCCTA--GGTTTTGGG--CTAATATCCACT  1189
      || || |||| |    | |||  | |||||||  ||||||||||||
seq2  TCATA-ATCTGGCAATTTCTAAGGATTTTGGGCTCTAATATCCACT  1186


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |