BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280G07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 129,255,211 - 129,381,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC030183, Eif3s2, 2510006D16Rik, LOC667452, Iqcc, Ccdc28b, Txlna, Kpna6, Tmem39b
Upstream geneZscan20, Tlr12, Phc2, A3galt2, BC039093, LOC667354, Trim62, Adc, Ak2, Ibrdc3, Tmem54, Hpca, Fndc5, S100pbp, Yars, C77080, Sync, Rbbp4, Zbtb8os, 2410081M15Rik, LOC100039588, Zbtb8, Bsdc1, Tssk3, 1700125D06Rik, Marcksl1, Hdac1, Lck
Downstream geneKhdrbs1, LOC100040532, Ptp4a2, LOC622469, LOC622480, 1700003M07Rik, Bai2, Col16a1, Pef1, Hcrtr1, Tinagl, Gm853, Serinc2, Fabp3, Zcchc17, Wdr57, 2610200G18Rik, Pum1, LOC622577, Sdc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280G07.bB6Ng01-280G07.g
ACCGA080132GA080133
length9191,129
definitionB6Ng01-280G07.b B6Ng01-280G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,380,884 - 129,381,801)(129,255,211 - 129,256,341)
sequence
gaattctagggcccagagaggtgggttggtggtggttcaggagggatggt
tgttgccatttcctagtccaaagaagaaagaaatgaaattcagatctctc
tctctccacctcccccctctccctcttctgtctagtaaaaggttgagaag
aggtgggtgaggtaaagggtggaaaagagcccacaaagtcacaaatccca
gctgtacctgaaagccaagtaaggcctctcagccccctcttctcagtcat
ccatgggtgggagagctgcatagggtttgagacataacctcattgccaaa
gaaagctcacagagcctgtgagcgtttacctcctgctcatctgtgtgtac
ctaggaacctgcctgctgaacacagcaaggagggtggcgatggacaggtg
ggcagggaaggttggaaggtacaaagcctgaccagatgaaagctgagaaa
cccccatagcttccagttccttaattttccactttgtgtctttgcagctg
tcaacagagcctggatcccaggagcgacctgctgtatagaggctggcctg
ggccatagaaacccaggagaggagtcaacagttgtgtttcaccccacctc
ttgatctgattttctcacagaaagccaggcaggatctgctacttaggagt
ctttagtcccacatggagtcctcagagcttcaggggctcagtgctaaccg
ttcaacctactcaaggcattttagtaggaggggctggggcttaacgtggt
gtttgatcacttcacttgcacttgtagaggacctgggttcactttatctt
acaataaatggattgaataaataaataaacaaataaatggctttaaagag
ttgaaaggcagcagacatcgtagcgcacaccattaatccccgcactcagg
aggcagagacagatggagt
gaattcctggttccgttgtcctagggcacagcactgaggaactactgtgg
acattggtttgttctcatctccttccaacctcacagatttgggcctttag
agggactggctcaaagaccccatgcaagtccatctaacccaccagactca
ccagctcccgtctgagccactcaagcgcagaatccatggagtcaaagcca
cagatggccccgggtccgactggctcaggtctagcttgggctctgtacca
agcccggctctggactctggcagtccactcgaggtatgagggccgtcggg
tctgcagttgaagcttggcagtcagggccttcagagaatctaagctctct
tcctcatcctcctcacccttctctcccactgcctggaatttcagcggccc
tagggacatggtaggtctgtggtgaccaacgggacagtaagggaaaggct
ggctatttggccgtgtgagaagtgaaagaagatgaggttgaaaagaatgt
gccaagagtgtgtgctgaattgagaaggtgggtgagggacgctaagtgtg
ccaggctgagtgagcagatgggtatgtgaggctaagtgtgcaagagatgg
aattttcctggtttgctaactaggggccacgtgatgcccatccgggtggg
ggcaggaggagcccttcagatgaattttattgtctttgcccagattcagg
ttcctggttcccagaaaggaagttgcagcaggataagaaaagcatcgtcc
acagccggcttggccctcctcccaagacccaagtcagaggagtcaagggg
aagagacagctgactggctggtgctctttcctctttacagagctagccct
tctgcaaggcaatagggtccagctgcctagcctgggagtcaggagccctg
ggcctggtgctactttgagggactttagtagctcagtcacttcttggagc
ctctgttgtgacaggtcggtgacaccaagtcttactccaacggcccttag
gttctgtggcatcactgaaaaagctctgactgaaggagtcatcctcattc
tctaaatgatggccgccttgaacaatggtgcagcttactatgtgaaccta
ttgttagaccagatatagcttcacagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_129380884_129381801
seq2: B6Ng01-280G07.b_43_961 (reverse)

seq1  ACTCCATCTGTCTCTGCCTCCTGAGTGCGGGGATTAATGGTGTGCGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATCTGTCTCTGCCTCCTGAGTGCGGGGATTAATGGTGTGCGCTAC  50

seq1  GATGTCTGCTGCCTTTCAACTCTTTAAAGCCATTTATTTGTTTATTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTGCTGCCTTTCAACTCTTTAAAGCCATTTATTTGTTTATTTATT  100

seq1  TATTC-ATTCATTTATTGTAAGATAAAGTGAACCCAGGTCCTCTACAAGT  149
      ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAATCCATTTATTGTAAGATAAAGTGAACCCAGGTCCTCTACAAGT  150

seq1  GCAAGTGAAGTGATCAAACACCACGTTAAGCCCCAGCCCCTCCTACTAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGAAGTGATCAAACACCACGTTAAGCCCCAGCCCCTCCTACTAAA  200

seq1  ATGCCTTGAGTAGGTTGAACGGTTAGCACTGAGCCCCTGAAGCTCTGAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGAGTAGGTTGAACGGTTAGCACTGAGCCCCTGAAGCTCTGAGG  250

seq1  ACTCCATGTGGGACTAAAGACTCCTAAGTAGCAGATCCTGCCTGGCTTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATGTGGGACTAAAGACTCCTAAGTAGCAGATCCTGCCTGGCTTTC  300

seq1  TGTGAGAAAATCAGATCAAGAGGTGGGGTGAAACACAACTGTTGACTCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAAAATCAGATCAAGAGGTGGGGTGAAACACAACTGTTGACTCCT  350

seq1  CTCCTGGGTTTCTATGGCCCAGGCCAGCCTCTATACAGCAGGTCGCTCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGTTTCTATGGCCCAGGCCAGCCTCTATACAGCAGGTCGCTCCT  400

seq1  GGGATCCAGGCTCTGTTGACAGCTGCAAAGACACAAAGTGGAAAATTAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCAGGCTCTGTTGACAGCTGCAAAGACACAAAGTGGAAAATTAAG  450

seq1  GAACTGGAAGCTATGGGGGTTTCTCAGCTTTCATCTGGTCAGGCTTTGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAAGCTATGGGGGTTTCTCAGCTTTCATCTGGTCAGGCTTTGTA  500

seq1  CCTTCCAACCTTCCCTGCCCACCTGTCCATCGCCACCCTCCTTGCTGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAACCTTCCCTGCCCACCTGTCCATCGCCACCCTCCTTGCTGTGT  550

seq1  TCAGCAGGCAGGTTCCTAGGTACACACAGATGAGCAGGAGGTAAACGCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGGCAGGTTCCTAGGTACACACAGATGAGCAGGAGGTAAACGCTC  600

seq1  ACAGGCTCTGTGAGCTTTCTTTGGCAATGAGGTTATGTCTCAAACCCTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCTGTGAGCTTTCTTTGGCAATGAGGTTATGTCTCAAACCCTAT  650

seq1  GCAGCTCTCCCACCCATGGATGACTGAGAAGAGGGGGCTGAGAGGCCTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTCCCACCCATGGATGACTGAGAAGAGGGGGCTGAGAGGCCTTA  700

seq1  CTTGGCTTTCAGGTACAGCTGGGATTTGTGACTTTGTGGGCTCTTTTCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTTCAGGTACAGCTGGGATTTGTGACTTTGTGGGCTCTTTTCCA  750

seq1  CCCTTTACCTCACCCACCTCTTCTCAACCTTTTACTAGACAGAAGAGGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTACCTCACCCACCTCTTCTCAACCTTTTACTAGACAGAAGAGGGA  800

seq1  GAGGGGGGAGGTGGAGAGAGAGAGATCTGAATTTCATTTCTTTCTTCTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGGAGGTGGAGAGAGAGAGATCTGAATTTCATTTCTTTCTTCTTT  850

seq1  GGACTAGGAAATGGCAACAACCATCCCTCCTGAACCACCACCAACCCACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAGGAAATGGCAACAACCATCCCTCCTGAACCACCACCAACCCACC  900

seq1  TCTCTGGGCCCTAGAATTC  918
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGCCCTAGAATTC  919

seq1: chr4_129255211_129256341
seq2: B6Ng01-280G07.g_67_1195

seq1  GAATTCCTGGTTCCGTTGTCCTAGGGCACAGCACTGAGGAACTACTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTTCCGTTGTCCTAGGGCACAGCACTGAGGAACTACTGTGG  50

seq1  ACATTGGTTTGTTCTCATCTCCTTCCAACCTCACAGATTTGGGCCTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTTTGTTCTCATCTCCTTCCAACCTCACAGATTTGGGCCTTTAG  100

seq1  AGGGACTGGCTCAAAGACCCCATGCAAGTCCATCTAACCCACCAGACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGCTCAAAGACCCCATGCAAGTCCATCTAACCCACCAGACTCA  150

seq1  CCAGCTCCCGTCTGAGCCACTCAAGCGCAGAATCCATGGAGTCAAAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCCGTCTGAGCCACTCAAGCGCAGAATCCATGGAGTCAAAGCCA  200

seq1  CAGATGGCCCCGGGTCCGACTGGCTCAGGTCTAGCTTGGGCTCTGTACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGCCCCGGGTCCGACTGGCTCAGGTCTAGCTTGGGCTCTGTACCA  250

seq1  AGCCCGGCTCTGGACTCTGGCAGTCCACTCGAGGTATGAGGGCCGTCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGGCTCTGGACTCTGGCAGTCCACTCGAGGTATGAGGGCCGTCGGG  300

seq1  TCTGCAGTTGAAGCTTGGCAGTCAGGGCCTTCAGAGAATCTAAGCTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTTGAAGCTTGGCAGTCAGGGCCTTCAGAGAATCTAAGCTCTCT  350

seq1  TCCTCATCCTCCTCACCCTTCTCTCCCACTGCCTGGAATTTCAGCGGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCCTCCTCACCCTTCTCTCCCACTGCCTGGAATTTCAGCGGCCC  400

seq1  TAGGGACATGGTAGGTCTGTGGTGACCAACGGGACAGTAAGGGAAAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACATGGTAGGTCTGTGGTGACCAACGGGACAGTAAGGGAAAGGCT  450

seq1  GGCTATTTGGCCGTGTGAGAAGTGAAAGAAGATGAGGTTGAAAAGAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTTGGCCGTGTGAGAAGTGAAAGAAGATGAGGTTGAAAAGAATGT  500

seq1  GCCAAGAGTGTGTGCTGAATTGAGAAGGTGGGTGAGGGACGCTAAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGTGTGTGCTGAATTGAGAAGGTGGGTGAGGGACGCTAAGTGTG  550

seq1  CCAGGCTGAGTGAGCAGATGGGTATGTGAGGCTAAGTGTGCAAGAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGAGTGAGCAGATGGGTATGTGAGGCTAAGTGTGCAAGAGATGG  600

seq1  AATTTTCCTGGTTTGCTAACTAGGGGCCACGTGATGCCCATCCGGGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCCTGGTTTGCTAACTAGGGGCCACGTGATGCCCATCCGGGTGGG  650

seq1  GGCAGGAGGAGCCCTTCAGATGAATTTTATTGTCTTTGCCCAGATTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGAGCCCTTCAGATGAATTTTATTGTCTTTGCCCAGATTCAGG  700

seq1  TTCCTGGTTCCCAGAAAGGAAGTTGCAGCAGGATAAGAAAAGCATCGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTTCCCAGAAAGGAAGTTGCAGCAGGATAAGAAAAGCATCGTCC  750

seq1  ACAGCCGGCTTGGCCCTCCTCCCAAGACCCAAGTCAGAGGAGTCAAGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCGGCTTGGCCCTCCTCCCAAGACCCAAGTCAGAGGAGTCAAGGGG  800

seq1  AAGAGACAGCTGACTGGCTGGTGCTCTTTCCTCTTTACAGAGCTAGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACAGCTGACTGGCTGGTGCTCTTTCCTCTTTACAGAGCTAGCCCT  850

seq1  TCTGCAAGGCAATAGGGTCCAGCTGCCTAGCCTGGGAGTCAGGAGCCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGGCAATAGGGTCCAGCTGCCTAGCCTGGGAGTCAGGAGCCCTG  900

seq1  GGCCCTGGTGCTACTTTGAGGGGACTTTAGGTAGCTCAGTCACTTCTT-G  949
      || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GG-CCTGGTGCTACTTTGA-GGGACTTTA-GTAGCTCAGTCACTTCTTGG  947

seq1  AGCCTCTGTTGTGACAGGTCGGTGACACCAAGTCTTACTCCAACGGCCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGTTGTGACAGGTCGGTGACACCAAGTCTTACTCCAACGGCCCT  997

seq1  TAGGTTCTGTTGGCAATCACTGAAAAAGCTCTGACTGAAGGAGTTCAT-C  1048
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TAGGTTCTG-TGGC-ATCACTGAAAAAGCTCTGACTGAAGGAG-TCATCC  1044

seq1  TCA-TCTCT-AATGATGGCCGGCCTAGAACAAT-GTGCAGGCTTACTATG  1095
      ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TCATTCTCTAAATGATGGCC-GCCTTGAACAATGGTGCA-GCTTACTATG  1092

seq1  TAGACCTAT--GTAGACCAGGATA-AGCTTCAACAGAAA  1131
      |  ||||||   ||||||| |||| |||||| |||||||
seq2  TGAACCTATTGTTAGACCA-GATATAGCTTC-ACAGAAA  1129