BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280O09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 52,217,232 - 52,359,833
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041026, LOC100041038
Upstream geneLOC100040814, LOC384015
Downstream geneLOC666724, Smc2, LOC100040883, 4930547C10Rik, LOC100040908, LOC666761, Olfr275, Olfr274-ps1, Olfr273, LOC230185, Olfr272, Olfr271-ps1, Olfr270, 1700054F22Rik, Nipsnap3a, Abca1, 4930522O17Rik, AI427809, LOC100041197
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280O09.bB6Ng01-280O09.g
ACCGA080513GA080514
length1,1451,106
definitionB6Ng01-280O09.b B6Ng01-280O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,217,232 - 52,218,382)(52,358,708 - 52,359,833)
sequence
gaattctctcagttctgattttttttttttgagagtgtaaaagagaatga
ctctatgagccatggtaagttccacaagtcagaggcttcctctggagtta
ctgaggaaagcaggtgtctggcaataatgtatacatatggtaatgaaagt
ctccctgctatggaagagctcacttaaggacgccaacttcacttaagtga
gttatatctaaataagtctataatattttagaatatttacattcaccttc
aaaatggtgagttttttaaaaagcaaaacgataactgtataaaaatatag
gtagctcttgctgctgcaatagacactatgatggagaggaagaaggtgtg
gttcaaaggatatttgtgaaaataagcctacaaaactaagatagaattgt
agacactaaaggaaagatcacctccattttcagtagctctctattcctgc
caccacctagtactgtctgtcacctctaatctacttttgttcagtgactt
gtttatatattccatcgtaggtttatgcacagtgcaatttttgtcatttg
ggagcaattcataacaactgcctctatgaacatgcacatgcaagtttcta
ttggaacttacaataaatcgccgtcatacacaagagtaaccagtcgcgtg
cccttttatacctgatgattcttattctcttatcttttgaaattcggaaa
ttcaattgtgagttataaatgataactaacacaacgtactattgtttgtt
taaaaaaagattttcaagttgtctcaaggtgagttgatagatgtgagaaa
cctagaaaaatacaacaacatacactgacagctgacagctgttagctggt
gttgcagtcaatagctgcattatgtccttgctaggcataaacaactgtgc
agaatagcatcaggaaaatttgtctgtgaccttgtcagaacagacaaaaa
gagagagcccaagtagctaaggagaagcctttctaaatgaagtgaaagaa
agaaacatgtgtatagatgcattttgagatcagtactgaactatagaact
atggaaagactacaggccccgtgaggcaataagaactggacaacagcata
gaaaagaaggtgttacccttacactgtggaccctgtttctccagc
gaattctagtcaacttgggcagatatttatgctattgttattatgatttg
gattataatttcaaacattgttgaatgtagtgaaggataaaccatgaaat
agacttacatgggcctcagtgtaacctgttgtttgctagtcacctccacc
cctccatttctgatatttatcattttttatggatttagcatttcatataa
gtggttaccaatttactcagaggccaagcttctataaaacaaataaaatg
taagaacaccatcttgtccttgtataggcatagccccttcctactatagg
accacatttgtatagcctctttccactgctgggccacatttgtatgggcg
tagcccctttccacttcaggaccacactcataagtgcttccagggagata
cttttctgcttctacattccacacaccatttcaatctctgcctccagaaa
ttgtctttgcattttattttctacaagtcccgtgtctctaacaaagacaa
tgccatgagatctaggaacaccggaatcaagcatgcacttatttcaaccc
taattgacaatgactgtgaagactctattttgcaaataatgctgtttttc
agcttctgggtagtcatgattatttgatagaatctgttcaatctacctta
gttaacagttacagaagaaaattactatgcatagggagaaggggggaaat
ctaagaatcatatacttcaacatcttctttttctttttgacttgacacta
gctagacctctctgagatggaattacaactgagaaaatgtccctgtaaga
tcaggctgttggcaagccagtagggcattttcttaattagcaatggatga
gggaagacccagatcattgtggttggcgttatccctgggaaggtggtcct
gaggcgtacaaggaaataggctgagaagccctaaggaacttcctcatggt
ttcgctttagttcctgccctgagtctaatctgacacccctttcatgatgg
agtctgaggctagtgagctgcgatgaccctttcctccctagtgcttttga
tcagtatatttgtcatgccaatagaaactgataagatatttagatcaaca
tgtgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_52217232_52218382
seq2: B6Ng01-280O09.b_49_1193

seq1  GAATTCTCTCAGTTCTGATTTTTTTTTTTTGAGAGTGTAAAAGAGAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCAGTTCTGATTTTTTTTTTTTGAGAGTGTAAAAGAGAATGA  50

seq1  CTCTATGAGCCATGGTAAGTTCCACAAGTCAGAGGCTTCCTCTGGAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGAGCCATGGTAAGTTCCACAAGTCAGAGGCTTCCTCTGGAGTTA  100

seq1  CTGAGGAAAGCAGGTGTCTGGCAATAATGTATACATATGGTAATGAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAAGCAGGTGTCTGGCAATAATGTATACATATGGTAATGAAAGT  150

seq1  CTCCCTGCTATGGAAGAGCTCACTTAAGGACGCCAACTTCACTTAAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCTATGGAAGAGCTCACTTAAGGACGCCAACTTCACTTAAGTGA  200

seq1  GTTATATCTAAATAAGTCTATAATATTTTAGAATATTTACATTCACCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATCTAAATAAGTCTATAATATTTTAGAATATTTACATTCACCTTC  250

seq1  AAAATGGTGAGTTTTTTAAAAAGCAAAACGATAACTGTATAAAAATATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTGAGTTTTTTAAAAAGCAAAACGATAACTGTATAAAAATATAG  300

seq1  GTAGCTCTTGCTGCTGCAATAGACACTATGATGGAGAGGAAGAAGGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCTTGCTGCTGCAATAGACACTATGATGGAGAGGAAGAAGGTGTG  350

seq1  GTTCAAAGGATATTTGTGAAAATAAGCCTACAAAACTAAGATAGAATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGGATATTTGTGAAAATAAGCCTACAAAACTAAGATAGAATTGT  400

seq1  AGACACTAAAGGAAAGATCACCTCCATTTTCAGTAGCTCTCTATTCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTAAAGGAAAGATCACCTCCATTTTCAGTAGCTCTCTATTCCTGC  450

seq1  CACCACCTAGTACTGTCTGTCACCTCTAATCTACTTTTGTTCAGTGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTAGTACTGTCTGTCACCTCTAATCTACTTTTGTTCAGTGACTT  500

seq1  GTTTATATATTCCATCGTAGGTTTATGCACAGTGCAATTTTTGTCATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATATTCCATCGTAGGTTTATGCACAGTGCAATTTTTGTCATTTG  550

seq1  GGAGCAATTCATAACAACTGCCTCTATGAACATGCACATGCAAGTTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAATTCATAACAACTGCCTCTATGAACATGCACATGCAAGTTTCTA  600

seq1  TTGGAACTTACAATAAATCGCCGTCATACACAAGAGTAACCAGTCGCGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTTACAATAAATCGCCGTCATACACAAGAGTAACCAGTCGCGTG  650

seq1  CCCTTTTATACCTGATGATTCTTATTCTCTTATCTTTTGAAATTCGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTATACCTGATGATTCTTATTCTCTTATCTTTTGAAATTCGGAAA  700

seq1  TTCAATTGTGAGTTATAAATGATAACTAACACAACGTACTATTGTTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTGTGAGTTATAAATGATAACTAACACAACGTACTATTGTTTGTT  750

seq1  TAAAAAAAGATTTTCAAGTTGTCTCAAGGTGAGTTGATAGATGTGAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAGATTTTCAAGTTGTCTCAAGGTGAGTTGATAGATGTGAGAAA  800

seq1  CCTAGAAAAATACAACAACAAACACTGACAGCTGACAGCTGTTAGCTGGT  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAAAATACAACAACATACACTGACAGCTGACAGCTGTTAGCTGGT  850

seq1  GTTGCAGTCAATAGCTGCATTATGTCCTTGCTAGGCATAAACAACTGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGTCAATAGCTGCATTATGTCCTTGCTAGGCATAAACAACTGTGC  900

seq1  AGAATAGCATCAGGAAAAATTTGTCTGTGACCTTGTCAGAACAAGACAAA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  AGAATAGCATCAGG-AAAATTTGTCTGTGACCTTGTCAGAAC-AGAC-AA  947

seq1  AAAGAGAGAGCCCAAGTAGGCTAAGGAGAAGCCTTTCTAAATGAAGTGAA  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAGCCCAAGTA-GCTAAGGAGAAGCCTTTCTAAATGAAGTGAA  996

seq1  AGAAAGAAACATGTGTATAGATGCATTTTGAGATCAGTAACTGAAAACTA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||
seq2  AGAAAGAAACATGTGTATAGATGCATTTTGAGATCAGT-ACTG--AACTA  1043

seq1  TAGAACTATGGAAAGGACTACA-GCCCCGTGAGGCATAAAGAACTGGACA  1099
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TAGAACTATGGAAA-GACTACAGGCCCCGTGAGGCAATAAGAACTGGACA  1092

seq1  ACAGCATAGAAAAGAAGGTGTAACCCTACAACTGTGACCCCTG-TTCTCC  1148
      ||||||||||||||||||||| |||||   ||||||  ||||| ||||||
seq2  ACAGCATAGAAAAGAAGGTGTTACCCTTACACTGTGGACCCTGTTTCTCC  1142

seq1  AGC  1151
      |||
seq2  AGC  1145

seq1: chr4_52358708_52359833
seq2: B6Ng01-280O09.g_71_1176 (reverse)

seq1  TGCACATGTTTGAATTCTAAATATCTTAATCAAGGTTTCTATTGCCATGA  50
      |||||||| ||||  |||||||||||| ||||  |||||||||| |||||
seq2  TGCACATG-TTGA--TCTAAATATCTT-ATCA--GTTTCTATTGGCATGA  44

seq1  CAAAATATACTGATCAAAAGCAACTAGGGAAGGAAAGGGTTCATCGCAGC  100
      | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  C-AAATATACTGATCAAAAGC-ACTAGGG-AGGAAAGGG-TCATCGCAGC  90

seq1  TTCCAACTAGCCCTTCAGACTCCATCAATGAAAGGGGTGTCAGATTAGGA  150
      |    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  
seq2  T---CACTAGCC--TCAGACTCCATC-ATGAAAGGGGTGTCAGATTAG--  132

seq1  ACTCAGGGCAGGAACTAAAGCCGAAACCATGAGGAAGTTCCTTAGGGCTT  200
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACTCAGGGCAGGAACTAAAG-CGAAACCATGAGGAAGTTCCTTAGGGC-T  180

seq1  TCTCAGCCTATTTCCTTGTACGCCTCAGGACCACCTTCCCAGGGATAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTATTTCCTTGTACGCCTCAGGACCACCTTCCCAGGGATAACG  230

seq1  CCAACCACAATGATCTGGGTCTTCCCTCATCCATTGCTAATTAAGAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCACAATGATCTGGGTCTTCCCTCATCCATTGCTAATTAAGAAAAT  280

seq1  GCCCTACTGGCTTGCCAACAGCCTGATCTTACAGGGACATTTTCTCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTACTGGCTTGCCAACAGCCTGATCTTACAGGGACATTTTCTCAGTT  330

seq1  GTAATTCCATCTCAGAGAGGTCTAGCTAGTGTCAAGTCAAAAAGAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCCATCTCAGAGAGGTCTAGCTAGTGTCAAGTCAAAAAGAAAAAG  380

seq1  AAGATGTTGAAGTATATGATTCTTAGATTTCCCCCCTTCTCCCTATGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTGAAGTATATGATTCTTAGATTTCCCCCCTTCTCCCTATGCAT  430

seq1  AGTAATTTTCTTCTGTAACTGTTAACTAAGGTAGATTGAACAGATTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTTCTTCTGTAACTGTTAACTAAGGTAGATTGAACAGATTCTAT  480

seq1  CAAATAATCATGACTACCCAGAAGCTGAAAAACAGCATTATTTGCAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAATCATGACTACCCAGAAGCTGAAAAACAGCATTATTTGCAAAAT  530

seq1  AGAGTCTTCACAGTCATTGTCAATTAGGGTTGAAATAAGTGCATGCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTCACAGTCATTGTCAATTAGGGTTGAAATAAGTGCATGCTTGA  580

seq1  TTCCGGTGTTCCTAGATCTCATGGCATTGTCTTTGTTAGAGACACGGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGTGTTCCTAGATCTCATGGCATTGTCTTTGTTAGAGACACGGGAC  630

seq1  TTGTAGAAAATAAAATGCAAAGACAATTTCTGGAGGCAGAGATTGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAAATAAAATGCAAAGACAATTTCTGGAGGCAGAGATTGAAATG  680

seq1  GTGTGTGGAATGTAGAAGCAGAAAAGTATCTCCCTGGAAGCACTTATGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGAATGTAGAAGCAGAAAAGTATCTCCCTGGAAGCACTTATGAG  730

seq1  TGTGGTCCTGAAGTGGAAAGGGGCTACGCCCATACAAATGTGGCCCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCTGAAGTGGAAAGGGGCTACGCCCATACAAATGTGGCCCAGCA  780

seq1  GTGGAAAGAGGCTATACAAATGTGGTCCTATAGTAGGAAGGGGCTATGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAGAGGCTATACAAATGTGGTCCTATAGTAGGAAGGGGCTATGCC  830

seq1  TATACAAGGACAAGATGGTGTTCTTACATTTTATTTGTTTTATAGAAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAGGACAAGATGGTGTTCTTACATTTTATTTGTTTTATAGAAGCT  880

seq1  TGGCCTCTGAGTAAATTGGTAACCACTTATATGAAATGCTAAATCCATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTGAGTAAATTGGTAACCACTTATATGAAATGCTAAATCCATAA  930

seq1  AAAATGATAAATATCAGAAATGGAGGGGTGGAGGTGACTAGCAAACAACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATAAATATCAGAAATGGAGGGGTGGAGGTGACTAGCAAACAACA  980

seq1  GGTTACACTGAGGCCCATGTAAGTCTATTTCATGGTTTATCCTTCACTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACACTGAGGCCCATGTAAGTCTATTTCATGGTTTATCCTTCACTAC  1030

seq1  ATTCAACAATGTTTGAAATTATAATCCAAATCATAATAACAATAGCATAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACAATGTTTGAAATTATAATCCAAATCATAATAACAATAGCATAA  1080

seq1  ATATCTGCCCAAGTTGACTAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCCCAAGTTGACTAGAATTC  1106