BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284A10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 81,881,604 - 81,995,927
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNfib
Upstream geneMpdz, LOC100040131, LOC100040144, EG668895, LOC100040164, EG545641
Downstream geneZdhhc21, Cer1, Frem1, LOC667985, 1810054D07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284A10.bB6Ng01-284A10.g
ACCGA082832GA082833
length1,1381,087
definitionB6Ng01-284A10.b B6Ng01-284A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,881,604 - 81,882,737)(81,994,827 - 81,995,927)
sequence
gaattcagtgtcctcttctctgtatagctggcatcttctccataaccaga
tttaaacattgcttccgtaagaactttttaatggcttcattgaaatagtc
aaaacttatgttctcattgtaattggactatctctctatcctgctttatt
tcacactcatattctcaaaatcaaactctaaccagagctcaaattttagt
aaaaaacaccgtgaaccaatccatactaaacatgtaatcgaatcaagcat
gataagtattctggagacaaagtaatgcaataaataaatctagaaaatat
ggagggtgcagtggttatgttgcaatttatatagcacgtccagggaaggc
cttactgagcaaagggaaacagtgctttggggaacatcaggtaaaagtta
tcccgcatgcaaactctgtgagcatttgagctggggagtggctcaatgtg
caaagcacataccccacaaacatgagaaccccattcagatttccagcacc
tagggaaaatcaggttttatttatgtatttaaagaattgttctcagcatc
tggataataggacttcaaggcaggcacagtgggaattgactaaaagtagt
gcagaccagtaggagacaggatggcacagaagatgggaagtgatgaagaa
gcagaatgcctgatgggtacatgctgaagacagggctgcctctgctaaag
tgacaacaataaggaaggaactgaactgagcaattgggagagtcgtggca
acaccagttagctcaaaatatcagacaagaaagaactacctgtggctaag
atagaagtactgttttgaaattcactttacaaatagccctttggcccttt
ataaactgggaacatatagcatgagcatgctggaataaaatgctttttaa
attctgttcatgtaagactctgacgagccttagctactgtgaaccacttg
ggagatcgatgcaaaagcaaaagggaatttattgttccagcatgctgggg
ccatcctgcatcccaaaggagaggtgacgactctgagcagcccaattcag
gccagttttttatacagtttcaggggttagaatagagctactagcacatg
tgatggacagaacagtgtgaactttaacctgattggtc

gaattctcacttacaggaggctgtagtttattctggaagtaggtggcaca
cagataacagatcaaaatataatttaagagactgagtctaagttaatcca
ctcgcttcctaggtagacctatgactcagttctagcatcattgaggagga
gcataattttatataagtatggtttagctttctgggatccaacttggtct
ttattcttgaaatgtgttggatctcctgtgttatttaataaaacatattc
atgcctttctatacaataagaaggtattaaaggtgtatagacaagtaagc
taattacagcttatcttggttcgtctgtacatatgtgcaaataaatttgt
atagaagcatcataaaatgtatttgtacatttttaaaaatcaaattctgt
gtttaaagatgtaaaaggaatgtgttttgccctgatggttttcagcccag
agtgtaggaattttttttttattttttattttattttttgtctgtgagct
tgagaagctatatgcagagaaatgttaacagacagctgaccctggagcat
agcatttatagccaatgccatgtccttactaggatttcctcttgctcctc
agaatttcatgctgagtgatttttacaaggatgaagccttcatggtgatc
tagactaacagttgcattacctttcacatgttgatattttaaaaatattt
acttatctttatgttatatgtgtgagtgcttagactgcatgtatgtgtgt
gtacaacctgggctgcactttgggcacctatggggaccagagaggccatc
agatcccctggaactagagttacagacattgctgagatgctttgagagtg
caagtgccctttactgctgacctgtctctccagccccacatttaagaatt
taactagtaaagatgaagggacaggggacagttacatggaacagatcgaa
gcaggttgagtggggaagcatggcagatggaggttgtactgtgatggcaa
gaaagtgaaggatatgtcaagctcctttccagacggttgataaatcagct
gccagttggcttgcacactcccccatccactcttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_81881604_81882737
seq2: B6Ng01-284A10.b_47_1184

seq1  GAATTCAGTGTCCTCTTCTCTGTATAGCTGGCATCTTCTCCATAACCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTCCTCTTCTCTGTATAGCTGGCATCTTCTCCATAACCAGA  50

seq1  TTTAAACATTGCTTCCGTAAGAACTTTTTAATGGCTTCATTGAAATAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATTGCTTCCGTAAGAACTTTTTAATGGCTTCATTGAAATAGTC  100

seq1  AAAACTTATGTTCTCATTGTAATTGGACTATCTCTCTATCCTGCTTTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTATGTTCTCATTGTAATTGGACTATCTCTCTATCCTGCTTTATT  150

seq1  TCACACTCATATTCTCAAAATCAAACTCTAACCAGAGCTCAAATTTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCATATTCTCAAAATCAAACTCTAACCAGAGCTCAAATTTTAGT  200

seq1  AAAAAACACCGTGAACCAATCCATACTAAACATGTAATCGAATCAAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACACCGTGAACCAATCCATACTAAACATGTAATCGAATCAAGCAT  250

seq1  GATAAGTATTCTGGAGACAAAGTAATGCAATAAATAAATCTAGAAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTATTCTGGAGACAAAGTAATGCAATAAATAAATCTAGAAAATAT  300

seq1  GGAGGGTGCAGTGGTTATGTTGCAATTTATATAGCACGTCCAGGGAAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTGCAGTGGTTATGTTGCAATTTATATAGCACGTCCAGGGAAGGC  350

seq1  CTTACTGAGCAAAGGGAAACAGTGCTTTGGGGAACATCAGGTAAAAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGAGCAAAGGGAAACAGTGCTTTGGGGAACATCAGGTAAAAGTTA  400

seq1  TCCCGCATGCAAACTCTGTGAGCATTTGAGCTGGGGAGTGGCTCAATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCATGCAAACTCTGTGAGCATTTGAGCTGGGGAGTGGCTCAATGTG  450

seq1  CAAAGCACATACCCCACAAACATGAGAACCCCATTCAGATTTCCAGCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACATACCCCACAAACATGAGAACCCCATTCAGATTTCCAGCACC  500

seq1  TAGGGAAAATCAGGTTTTATTTATGTATTTAAAGAATTGTTCTCAGCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAATCAGGTTTTATTTATGTATTTAAAGAATTGTTCTCAGCATC  550

seq1  TGGATAATAGGACTTCAAGGCAGGCACAGTGGGAATTGACTAAAAGTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAATAGGACTTCAAGGCAGGCACAGTGGGAATTGACTAAAAGTAGT  600

seq1  GCAGACCAGTAGGAGACAGGATGGCACAGAAGATGGGAAGTGATGAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCAGTAGGAGACAGGATGGCACAGAAGATGGGAAGTGATGAAGAA  650

seq1  GCAGAATGCCTGATGGGTACATGCTGAAGACAGGGCTGCCTCTGCTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATGCCTGATGGGTACATGCTGAAGACAGGGCTGCCTCTGCTAAAG  700

seq1  TGACAACAATAAGGAAGGAACTGAACTGAGCAATTGGGAGAGTCGTGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACAATAAGGAAGGAACTGAACTGAGCAATTGGGAGAGTCGTGGCA  750

seq1  ACACCAGTTAGCTCAAAATATCAGACAAGAAAGAACTACCTGTGGCTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGTTAGCTCAAAATATCAGACAAGAAAGAACTACCTGTGGCTAAG  800

seq1  ATAGAAGTACTGTTTTGAAATTCACTTTACAAATAGCCCTTTGGCCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTACTGTTTTGAAATTCACTTTACAAATAGCCCTTTGGCCCTTT  850

seq1  ATAAACTGGGAACATATAGCATGAGCATGCTGGAATAAAATGCTTTTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGGGAACATATAGCATGAGCATGCTGGAATAAAATGCTTTTTAA  900

seq1  ATTCTGTTCATGTAAGACTCTGACGAGCCTTAGCTACTGTGAACCACTT-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTCTGTTCATGTAAGACTCTGACGAGCCTTAGCTACTGTGAACCACTTG  950

seq1  GGAGATCGATGCAAAAGCAAAA-GGAATTTATTGTTCCAGCATGCTGGGG  998
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCGATGCAAAAGCAAAAGGGAATTTATTGTTCCAGCATGCTGGGG  1000

seq1  CCATCCTGCAT-CCAAAGGAGAGGTGACGACTCTGAGCAGCCC-ATTCA-  1045
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CCATCCTGCATCCCAAAGGAGAGGTGACGACTCTGAGCAGCCCAATTCAG  1050

seq1  GCCAG-TTTTTATACAGTTTTCAGGGG-TAGAATAGAGCTACTAGGCACA  1093
      ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| 
seq2  GCCAGTTTTTTATACAG-TTTCAGGGGTTAGAATAGAGCTACTA-GCAC-  1097

seq1  ATGTGATTGACAGAACAGTGTGACTTTTAAACTGATTGGTC  1134
      ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||
seq2  ATGTGATGGACAGAACAGTGTGAACTTTAACCTGATTGGTC  1138


seq1: chr4_81994827_81995927
seq2: B6Ng01-284A10.g_66_1152 (reverse)

seq1  CTGAAGAGTGGATTGGGGGAGTGTTGCAAAGCCCAAACTGGCCAGCTGAT  50
      |||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||
seq2  CTGAAGAGTGGA-TGGGGGAGTG-TGC-AAGCC--AACTGG-CAGCTGAT  44

seq1  TTTCCAACCCTTCTGGAAAAGGAGCTTGACATATCCCTCACTTTCTTTCC  100
      ||  ||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |
seq2  TTATCAA-CCGTCTGG-AAAGGAGCTTGACATATCCTTCACTTTC-TTGC  91

seq1  CATCAACAGTACCAACCTCCATTCTGCCATTGCTTCCCCACCTCACCCTG  150
      |||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||
seq2  CATC-ACAGTA-CAACCTCCA-TCTGCCA-TGCTTCCCCA-CTCAACCTG  136

seq1  CTTCGATCTGTTCCATGTAACTGTCCCCTGTCCCTTCATCTTTACTAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGATCTGTTCCATGTAACTGTCCCCTGTCCCTTCATCTTTACTAGTT  186

seq1  AAATTCTTTAAATGTGGGGCTGGAGAGACAGGTCAGCAGTAAAGGGCACT  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTC-TTAAATGTGGGGCTGGAGAGACAGGTCAGCAGTAAAGGGCACT  235

seq1  TGCACTCTCAAAGCATCTCAGCAATGTCTGTAACTCTAGTTCCAGGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTCAAAGCATCTCAGCAATGTCTGTAACTCTAGTTCCAGGGGAT  285

seq1  CTGATGGCCTCTCTGGTCCCCATAGGTGCCCAAAGTGCAG-CCAGGTTGT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGATGGCCTCTCTGGTCCCCATAGGTGCCCAAAGTGCAGCCCAGGTTGT  335

seq1  ACACACACATACATGCAGTCTAAGCACTCACACATATAACATAAAGATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATACATGCAGTCTAAGCACTCACACATATAACATAAAGATAA  385

seq1  GTAAATATTTTTAAAATATCAACATGTGAAAGGTAATGCAACTGTTAGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATTTTTAAAATATCAACATGTGAAAGGTAATGCAACTGTTAGTC  435

seq1  TAGATCACCATGAAGGCTTCATCCTTGTAAAAATCACTCAGCATGAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCACCATGAAGGCTTCATCCTTGTAAAAATCACTCAGCATGAAATT  485

seq1  CTGAGGAGCAAGAGGAAATCCTAGTAAGGACATGGCATTGGCTATAAATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAGCAAGAGGAAATCCTAGTAAGGACATGGCATTGGCTATAAATG  535

seq1  CTATGCTCCAGGGTCAGCTGTCTGTTAACATTTCTCTGCATATAGCTTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTCCAGGGTCAGCTGTCTGTTAACATTTCTCTGCATATAGCTTCT  585

seq1  CAAGCTCACAGACAAAAAATAAAATAAAAAATAAAAAAAAAATTCCTACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCACAGACAAAAAATAAAATAAAAAATAAAAAAAAAATTCCTACA  635

seq1  CTCTGGGCTGAAAACCATCAGGGCAAAACACATTCCTTTTACATCTTTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCTGAAAACCATCAGGGCAAAACACATTCCTTTTACATCTTTAA  685

seq1  ACACAGAATTTGATTTTTAAAAATGTACAAATACATTTTATGATGCTTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAATTTGATTTTTAAAAATGTACAAATACATTTTATGATGCTTCT  735

seq1  ATACAAATTTATTTGCACATATGTACAGACGAACCAAGATAAGCTGTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATTTATTTGCACATATGTACAGACGAACCAAGATAAGCTGTAAT  785

seq1  TAGCTTACTTGTCTATACACCTTTAATACCTTCTTATTGTATAGAAAGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTACTTGTCTATACACCTTTAATACCTTCTTATTGTATAGAAAGGC  835

seq1  ATGAATATGTTTTATTAAATAACACAGGAGATCCAACACATTTCAAGAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATGTTTTATTAAATAACACAGGAGATCCAACACATTTCAAGAAT  885

seq1  AAAGACCAAGTTGGATCCCAGAAAGCTAAACCATACTTATATAAAATTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAAGTTGGATCCCAGAAAGCTAAACCATACTTATATAAAATTAT  935

seq1  GCTCCTCCTCAATGATGCTAGAACTGAGTCATAGGTCTACCTAGGAAGCG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCTCAATGATGCTAGAACTGAGTCATAGGTCTACCTAGGAAGCG  985

seq1  AGTGGATTAACTTAGACTCAGTCTCTTAAATTATATTTTGATCTGTTATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATTAACTTAGACTCAGTCTCTTAAATTATATTTTGATCTGTTATC  1035

seq1  TGTGTGCCACCTACTTCCAGAATAAACTACAGCCTCCTGTAAGTGAGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCCACCTACTTCCAGAATAAACTACAGCCTCCTGTAAGTGAGAAT  1085

seq1  TC  1101
      ||
seq2  TC  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |