BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284C14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,991,581 - 86,127,189
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamtsl1, 4930500O09Rik
Upstream geneSh3gl2, A930009N24, LOC668052
Downstream geneRraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284C14.bB6Ng01-284C14.g
ACCGA082934GA082935
length1,1111,146
definitionB6Ng01-284C14.b B6Ng01-284C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,991,581 - 85,992,694)(86,126,038 - 86,127,189)
sequence
gaattcacatgactcttagatgcacatgtcaacttgtcagacagtagttt
ccaaggtgtcctgaggatattgtgacagcctggttcattgtgctcctcat
tttcttcttcctttatacgtccagccctaccacagcagatcctgtgttag
atactagggatgatgggaaagaacactcatttcctattgatggaactcac
agtctatttaggaaaccaacgggctagatgcagtattggtcatactaaca
gaacaatatatccaactatttatatatgttaactcagtgggaataactgt
gatgactgaaacaggagtacatgcatttagagttctattccaataagaga
tatcagggagggctttgctgatcatgtcatctacaacagatccccctccc
caactgtcatctagccctttaattctagtatttgacttatgggagtctat
ggtgatttgatacatcatatattcacttattaattgatgatgatgtcaca
gcctttctataccactctaattctaatgatcagatggtaactgacaccaa
agagttactaatcataactctaaatagtaggaagaactgcacaggggaaa
gagagcgagaaggaagataaacacagaacagtgaacaaactatgataata
agtgtttgggcacaaaagtaaaataaatgtgatagagaaggccttagtga
ccactctgggaacacactcaaaggtgatgttctgtaagccaaaatccaaa
tgatgatgagtgctcaggatgtgttaccaagagaaagaggctttctggat
aaaaggaaagttatgcaaaaactcagagggaaaatgagtctgtcgtgttg
tagactcatttcagctgcagtgggcaatggaatgagatcacgtgactacg
tcccagggaagctttggtgtctaaagatcaggagaacctttagaggacga
gttatcaagacagtaagtggtaccatctaattcccagttttacaaactcc
catgtactatgttgcagcatggcattgtagcacagcatgagtggagggct
aggagctggaagggttcattgcaacagttcatttgatgtcagtaagtccc
tgcttggcagt

gaattcaaataaagatgcacattcatatctggatttgaatcttttgtccg
gaaggagattaagtaatgaatccatttcctgaacttagcatgttttgtgc
gtctgcttctgtctttgagcagcgacttgaggctagcccctgagctggtg
agtttgtgagcattattgcttagcagctttctgagggtgaacagcagatg
gagcattgagcctgcttcagctgttagtctgcagggctgaatacccttgg
aaaatggcatcttggaggagaagtaagctttttagggtagtcatagagct
ctggggtgggaggcctcagcatgcaagcttggacaactagctttgctctt
caatgatgacttttggtaccttctgctatacctcagaactgcagagggac
cacagcctggttagccatcactgaacatagataaggtggcctcaaaatgc
cacgttagtcctgggagtggagagaaacttcagctcctgttaggtatttt
ctctccagaaggtgaactttagaaggaagataactctcaggttagctgat
tttcagatggggttttagccattttcattggtccgtacagctcatggagg
cttagtgtctcctagtgtcttgctgcaattggttgagttgtgagaagtca
caaccttaatctaagaaggtgaaaagtgtgaacctgacccttggtttctt
attagcttcctgtcggcctgtttattccataactcccacctttataattg
acttccagatgctggggtccctcagcgtccctttgctgttcacccacagt
gaggctgctaggaaggcaggtcaggctgcagttgttcttgctactaggat
atattttaagatgtaccaagagggtgttataggagttcagcccgaagcat
ctcccgtttcccacttgcagtccaaggagactaattcttatgcttcccca
gtcctttcatcccaccagcatgctcagacctgcttgggtttattggacac
cccgtgtataattcatgcagacaggtttacagtggagcatgttaccttgc
tactcaagcatgctcgtaaatgctgcccaagttcagccttgaaaatagtt
tttattacggttagcctaatgtttctgtctggattcttcctccctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85991581_85992694
seq2: B6Ng01-284C14.b_48_1158

seq1  GAATTCACATGACTCTTAGATGCACATGTCAACTTGTCAGACAGTAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGACTCTTAGATGCACATGTCAACTTGTCAGACAGTAGTTT  50

seq1  CCAAGGTGTCCTGAGGATATTGTGACAGCCTGGTTCATTGTGCTCCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGTCCTGAGGATATTGTGACAGCCTGGTTCATTGTGCTCCTCAT  100

seq1  TTTCTTCTTCCTTTATACGTCCAGCCCTACCACAGCAGATCCTGTGTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTCCTTTATACGTCCAGCCCTACCACAGCAGATCCTGTGTTAG  150

seq1  ATACTAGGGATGATGGGAAAGAACACTCATTTCCTATTGATGGAACTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGGGATGATGGGAAAGAACACTCATTTCCTATTGATGGAACTCAC  200

seq1  AGTCTATTTAGGAAACCAACGGGCTAGATGCAGTATTGGTCATACTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATTTAGGAAACCAACGGGCTAGATGCAGTATTGGTCATACTAACA  250

seq1  GAACAATATATCCAACTATTTATATATGTTAACTCAGTGGGAATAACTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATATATCCAACTATTTATATATGTTAACTCAGTGGGAATAACTGT  300

seq1  GATGACTGAAACAGGAGTACATGCATTTAGAGTTCTATTCCAATAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGAAACAGGAGTACATGCATTTAGAGTTCTATTCCAATAAGAGA  350

seq1  TATCAGGGAGGGCTTTGCTGATCATGTCATCTACAACAGATCCCCCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGGAGGGCTTTGCTGATCATGTCATCTACAACAGATCCCCCTCCC  400

seq1  CAACTGTCATCTAGCCCTTTAATTCTAGTATTTGACTTATGGGAGTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCATCTAGCCCTTTAATTCTAGTATTTGACTTATGGGAGTCTAT  450

seq1  GGTGATTTGATACATCATATATTCACTTATTAATTGATGATGATGTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTGATACATCATATATTCACTTATTAATTGATGATGATGTCACA  500

seq1  GCCTTTCTATACCACTCTAATTCTAATGATCAGATGGTAACTGACACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTATACCACTCTAATTCTAATGATCAGATGGTAACTGACACCAA  550

seq1  AGAGTTACTAATCATAACTCTAAATAGTAGGAAGAACTGCACAGGGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTACTAATCATAACTCTAAATAGTAGGAAGAACTGCACAGGGGAAA  600

seq1  GAGAGCGAGAAGGAAGATAAACACAGAACAGTGAACAAACTATGATAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCGAGAAGGAAGATAAACACAGAACAGTGAACAAACTATGATAATA  650

seq1  AGTGTTTGGGCACAAAAGTAAAATAAATGTGATAGAGAAGGCCTTAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGGGCACAAAAGTAAAATAAATGTGATAGAGAAGGCCTTAGTGA  700

seq1  CCACTCTGGGAACACACTCAAAGGTGATGTTCTGTAAGCCAAAATCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGGGAACACACTCAAAGGTGATGTTCTGTAAGCCAAAATCCAAA  750

seq1  TGATGATGAGTGCTCAGGATGTGTTACCAAGAGAAAGAGGCTTTCTGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGAGTGCTCAGGATGTGTTACCAAGAGAAAGAGGCTTTCTGGAT  800

seq1  AAAAGGAAAGTTATGCAAAAACTCAGAGGGAAAATGAGTCTGTCGTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAAGTTATGCAAAAACTCAGAGGGAAAATGAGTCTGTCGTGTTG  850

seq1  TAGACTCA-TTCAGCTGCAGTGGGCAATGGAATGAGATCACGTGACTACG  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCATTTCAGCTGCAGTGGGCAATGGAATGAGATCACGTGACTACG  900

seq1  TCCCAGGGAAGCTTTGGTGTCTAAGGATCAGGAGAACCTTTAGAGGACGA  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGAAGCTTTGGTGTCTAAAGATCAGGAGAACCTTTAGAGGACGA  950

seq1  GTTATCAAGACAGTAAGTGGTACCATCTAATTCCCAGTTTTACAAACTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCAAGACAGTAAGTGGTACCATCTAATTCCCAGTTTTACAAACTCC  1000

seq1  CATGTACTATGTTGCAGCATGGCAATTGTAGCACAGCATGAGTGGAGGGC  1049
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACTATGTTGCAGCATGGC-ATTGTAGCACAGCATGAGTGGAGGGC  1049

seq1  TAGGAGCCTGGGAAGGGGTCCATTGCAACAG-TCATTTGAATGTCAGTAA  1098
      |||||| ||||  | |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TAGGAG-CTGG--AAGGGTTCATTGCAACAGTTCATTTG-ATGTCAGTAA  1095

seq1  GTCCCTGCTGGGCAGT  1114
      ||||||||| ||||||
seq2  GTCCCTGCTTGGCAGT  1111


seq1: chr4_86126038_86127189
seq2: B6Ng01-284C14.g_67_1212 (reverse)

seq1  AAGGGAG--AGAATTCCAGACAGGAAACATTAGGCTAAACACTAATAAAA  48
      |||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||
seq2  AAGGGAGGAAGAA-TCCAGACA-GAAACATTAGGCT-AACCGTAATAAAA  47

seq1  CCTA-TTTCCAGGCTGAAACCTGGGGCAGCATTACCGAGCCATGCTTGAG  97
       ||| |||| ||||||||  || ||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  ACTATTTTCAAGGCTGAA--CTTGGGCAGCATTTACGAG-CATGCTTGAG  94

seq1  TAGCAAGGGTAACATGCTCCACTGTAAA-CTGTCTTGCATGAATTATACA  146
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TAGCAA-GGTAACATGCTCCACTGTAAACCTGTC-TGCATGAATTATACA  142

seq1  CGGGGTTGTCC-ATAAACCCAAAGCAGGTCCTGAGCATGCTTGGTGGGAT  195
      ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CGGGG-TGTCCAATAAACCC-AAGCAGGT-CTGAGCATGC-TGGTGGGAT  188

seq1  G-AAGGACTGGGGAAGCATAAGAATTAGTCTCCTTGGGACTGCAAGTGGG  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAGGACTGGGGAAGCATAAGAATTAGTCTCCTT-GGACTGCAAGTGGG  237

seq1  AAACGGGAGATGCTTC-GGCTGAACTCCTATAACACCCTCTTGGTACATC  293
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGGAGATGCTTCGGGCTGAACTCCTATAACACCCTCTTGGTACATC  287

seq1  TTAAAATATATCCTAGTAGCAAGAACAACTGCAGCCTGACCTGCCTTCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATATCCTAGTAGCAAGAACAACTGCAGCCTGACCTGCCTTCCT  337

seq1  AGCAGCCTCACTGTGGGTGAACAGCAAAGGGACGCTGAGGGACCCCAGCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTCACTGTGGGTGAACAGCAAAGGGACGCTGAGGGACCCCAGCA  387

seq1  TCTGGAAGTCAATTATAAAGGTGGGAGTTATGGAATAAACAGGCCGACAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGTCAATTATAAAGGTGGGAGTTATGGAATAAACAGGCCGACAG  437

seq1  GAAGCTAATAAGAAACCAAGGGTCAGGTTCACACTTTTCACCTTCTTAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAATAAGAAACCAAGGGTCAGGTTCACACTTTTCACCTTCTTAGA  487

seq1  TTAAGGTTGTGACTTCTCACAACTCAACCAATTGCAGCAAGACACTAGGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTGTGACTTCTCACAACTCAACCAATTGCAGCAAGACACTAGGA  537

seq1  GACACTAAGCCTCCATGAGCTGTACGGACCAATGAAAATGGCTAAAACCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAGCCTCCATGAGCTGTACGGACCAATGAAAATGGCTAAAACCC  587

seq1  CATCTGAAAATCAGCTAACCTGAGAGTTATCTTCCTTCTAAAGTTCACCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAAATCAGCTAACCTGAGAGTTATCTTCCTTCTAAAGTTCACCT  637

seq1  TCTGGAGAGAAAATACCTAACAGGAGCTGAAGTTTCTCTCCACTCCCAGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGAAAATACCTAACAGGAGCTGAAGTTTCTCTCCACTCCCAGG  687

seq1  ACTAACGTGGCATTTTGAGGCCACCTTATCTATGTTCAGTGATGGCTAAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACGTGGCATTTTGAGGCCACCTTATCTATGTTCAGTGATGGCTAAC  737

seq1  CAGGCTGTGGTCCCTCTGCAGTTCTGAGGTATAGCAGAAGGTACCAAAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTGGTCCCTCTGCAGTTCTGAGGTATAGCAGAAGGTACCAAAAG  787

seq1  TCATCATTGAAGAGCAAAGCTAGTTGTCCAAGCTTGCATGCTGAGGCCTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATTGAAGAGCAAAGCTAGTTGTCCAAGCTTGCATGCTGAGGCCTC  837

seq1  CCACCCCAGAGCTCTATGACTACCCTAAAAAGCTTACTTCTCCTCCAAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCAGAGCTCTATGACTACCCTAAAAAGCTTACTTCTCCTCCAAGA  887

seq1  TGCCATTTTCCAAGGGTATTCAGCCCTGCAGACTAACAGCTGAAGCAGGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTTCCAAGGGTATTCAGCCCTGCAGACTAACAGCTGAAGCAGGC  937

seq1  TCAATGCTCCATCTGCTGTTCACCCTCAGAAAGCTGCTAAGCAATAATGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCTCCATCTGCTGTTCACCCTCAGAAAGCTGCTAAGCAATAATGC  987

seq1  TCACAAACTCACCAGCTCAGGGGCTAGCCTCAAGTCGCTGCTCAAAGACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACTCACCAGCTCAGGGGCTAGCCTCAAGTCGCTGCTCAAAGACA  1037

seq1  GAAGCAGACGCACAAAACATGCTAAGTTCAGGAAATGGATTCATTACTTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGACGCACAAAACATGCTAAGTTCAGGAAATGGATTCATTACTTA  1087

seq1  ATCTCCTTCCGGACAAAAGATTCAAATCCAGATATGAATGTGCATCTTTA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTCCGGACAAAAGATTCAAATCCAGATATGAATGTGCATCTTTA  1137

seq1  TTTGAATTC  1152
      |||||||||
seq2  TTTGAATTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |