BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284I18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 82,269,352 - 82,442,198
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040144, EG668895, LOC100040164, EG545641, Nfib
Downstream geneZdhhc21, Cer1, Frem1, LOC667985, 1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284I18.bB6Ng01-284I18.g
ACCGA083220GA083221
length1,1261,024
definitionB6Ng01-284I18.b B6Ng01-284I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,441,070 - 82,442,198)(82,269,352 - 82,270,374)
sequence
gaattcaaaactgtggttacctgccctgcaccacagaagactgctttgtt
gacaatccatcatggaagggagaggagcccatagggccctacttttcaat
gctgaactattggctattgatagattctgagagagggggagtcattatct
tcaagtgtgtgccccatgctgagtggacctatctgtgatgtttgtatatg
cttgggccaaggagtggcactattaggaagtgtggcctttttggactgca
tgtgtcactgtgagtgtgggctttaatatcctagtcctagcagccttcag
atgaactctgagctctacctacaccatgtctgcctagatgctgccatact
tccaccttgataacagactgaacctctgagcctgtaagccagctgcaatt
aaatgctgtcctttataagacttgccttggtcatggtgtctgttctcagc
agtaaatccctaactaagacaccatctcaaatagatggctccaacccctc
atcacacagattgttcctagttaagttgaacataagaaagttttgtaaga
atggtgatgatagaggaggtagagagttgggactgagagtgattaccatg
cgttgtgtgtgggtgacattgccactaaaatccattggttttactctcat
tgcaatgttcttcatgtaaaataaaattcacttccagagtggttgtacaa
gcttgcaatcccaccaacaatggaggagtgttcctctttctccacatcct
cgccagcatctgctgtcacctgaatttttgatcttagccattctgactgg
tgtgaggtggaatcacaaggttgttttgatttgcatttccctgatgacca
agaatgttgaacatttttttcaggtgcttctcagccattcggtattcctc
agttgagaattctttttttagctctgaaccccactttttaatgggttatt
tgaattctggagtccagcttcttggagcttctttgtatatattggatttt
agtcccctatcagattaaggatggtaaaatctgttcccaatctgttggtg
ccattttgtcttaatgacagttgtctttggcttacagagccttgccattt
ttagtagtccaatttgtcaattcttg

gaattcctcctctacatagcactctggagcatacggcctaacctccatga
ctggcagctcaggcctctggaagctttccgaagggggtaatccattaatg
ataatgtgagacatcaaggagtccacccccccccccaacagctgaaagcc
tccagcataggagagtcagactctgcatacaggaagaggggccataaggt
gggagagggacccctcaggatggacagcccattaagacccgaggcttgtg
agaagagaatcgatggaaagaagggaaccagttagcagtctggatttatc
cagactgatcttcgacagattcaccaaggaactactgttcttttattatt
tcttatgcttatgttttctggagtgctgggagttgaatccaggcccttaa
acaccttattcaggggtttcactgtgggacataatctacattaaggctaa
aagccttggagagatgatttgacctttctgggtttgtttctttcatcctg
ggggcagggaggcaggggacagataatatctactttatggggttgctgtg
aggatgagataacacgctacaaactgtgtgggaagtacttggttggcctt
aggacagaggggctgtggatcagagctagctgtcctgagtcccaggccag
catgagaagagaccggaagagcaggctcagagcaaagcccacagtggcct
gacgtttaccgacttcatgttgctgagtggttgggatgaaggatattttt
gttctccatagggatgagaatttcagggcctgagaaggtgtttccagtcc
caggatcagagggacctgactggaaactgtggtgagaataagaagcaaaa
gtggagaaagctcccaaggcagaaagccatttgtaccaggttcaggctga
tttattattgcccttatgccctaaataagccaatatctgagccacttcag
cccagaaattagtgcctgaagcagcaagaagaggtgttttaagggtgaag
gagagtcagagaggagagggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_82441070_82442198
seq2: B6Ng01-284I18.b_46_1171 (reverse)

seq1  CAAGAATTGACAAATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCA  50
      ||||||||||||||| ||||  |  ||||| |||| || ||||||| || 
seq2  CAAGAATTGACAAATTGGACTACTAAAAATGGCAAGGC-TCTGTAA-GCC  48

seq1  AAAGAC-ACTGTCAATAAGACAAAAAGGCCACCAACAGATTGGGAACAGA  99
      |||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAACTGTCATTAAGACAAAATGG-CACCAACAGATTGGGAACAGA  97

seq1  TTTTTACCAATCCTAAATCTGATAGGGGACTAAAATCCAATATATACAAA  149
       ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTACC-ATCCTTAATCTGATAGGGGACTAAAATCCAATATATACAAA  145

seq1  G-AGCT-CAAGAAGCTGGACTCCAGAAATTCAAATAACCCCATTAAAAAG  197
      | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGCTCCAAGAAGCTGGACTCCAG-AATTCAAATAA-CCCATTAAAAAG  193

seq1  TGGGGTTCAGAGCTAAAAAAAGAATTCTCAACTGAGGAATACCGAATGGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTCAGAGCTAAAAAAAGAATTCTCAACTGAGGAATACCGAATGGC  243

seq1  TGAGAAGCACCTG-AAAAAATGTTCAACATTCTTGGTCATCAGGGAAATG  296
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCACCTGAAAAAAATGTTCAACATTCTTGGTCATCAGGGAAATG  293

seq1  CAAATCAAAACAACCTTGTGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAAACAACCTTGTGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAA  343

seq1  GATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAG  393

seq1  GAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGG  443

seq1  AAGTGAATTTTATTTTACATGAAGAACATTGCAATGAGAGTAAAACCAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAATTTTATTTTACATGAAGAACATTGCAATGAGAGTAAAACCAAT  493

seq1  GGATTTTAGTGGCAATGTCACCCACACACAACGCATGGTAATCACTCTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTAGTGGCAATGTCACCCACACACAACGCATGGTAATCACTCTCA  543

seq1  GTCCCAACTCTCTACCTCCTCTATCATCACCATTCTTACAAAACTTTCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACTCTCTACCTCCTCTATCATCACCATTCTTACAAAACTTTCTT  593

seq1  ATGTTCAACTTAACTAGGAACAATCTGTGTGATGAGGGGTTGGAGCCATC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAACTTAACTAGGAACAATCTGTGTGATGAGGGGTTGGAGCCATC  643

seq1  TATTTGAGATGGTGTCTTAGTTAGGGATTTACTGCTGAGAACAGACACCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGATGGTGTCTTAGTTAGGGATTTACTGCTGAGAACAGACACCA  693

seq1  TGACCAAGGCAAGTCTTATAAAGGACAGCATTTAATTGCAGCTGGCTTAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGCAAGTCTTATAAAGGACAGCATTTAATTGCAGCTGGCTTAC  743

seq1  AGGCTCAGAGGTTCAGTCTGTTATCAAGGTGGAAGTATGGCAGCATCTAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGAGGTTCAGTCTGTTATCAAGGTGGAAGTATGGCAGCATCTAG  793

seq1  GCAGACATGGTGTAGGTAGAGCTCAGAGTTCATCTGAAGGCTGCTAGGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACATGGTGTAGGTAGAGCTCAGAGTTCATCTGAAGGCTGCTAGGAC  843

seq1  TAGGATATTAAAGCCCACACTCACAGTGACACATGCAGTCCAAAAAGGCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATATTAAAGCCCACACTCACAGTGACACATGCAGTCCAAAAAGGCC  893

seq1  ACACTTCCTAATAGTGCCACTCCTTGGCCCAAGCATATACAAACATCACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCTAATAGTGCCACTCCTTGGCCCAAGCATATACAAACATCACA  943

seq1  GATAGGTCCACTCAGCATGGGGCACACACTTGAAGATAATGACTCCCCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTCCACTCAGCATGGGGCACACACTTGAAGATAATGACTCCCCCT  993

seq1  CTCTCAGAATCTATCAATAGCCAATAGTTCAGCATTGAAAAGTAGGGCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGAATCTATCAATAGCCAATAGTTCAGCATTGAAAAGTAGGGCCC  1043

seq1  TATGGGCTCCTCTCCCTTCCATGATGGATTGTCAACAAAGCAGTCTTCTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTCCTCTCCCTTCCATGATGGATTGTCAACAAAGCAGTCTTCTG  1093

seq1  TGGTGCAGGGCAGGTAACCACAGTTTTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCAGGGCAGGTAACCACAGTTTTGAATTC  1126


seq1: chr4_82269352_82270374
seq2: B6Ng01-284I18.g_68_1091

seq1  GAATTCCTCCTCTACATAGCACTCTGGAGCATACGGCCTAACCTCCATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTCTACATAGCACTCTGGAGCATACGGCCTAACCTCCATGA  50

seq1  CTGGCAGCTCAGGCCTCTGGAAGCTTTCCGAAGGGGGTAATCCATTAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGCTCAGGCCTCTGGAAGCTTTCCGAAGGGGGTAATCCATTAATG  100

seq1  ATAATGTGAGACATCAAGGAGTCCACCCCCCCCCCCAACAGCTGAAAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGAGACATCAAGGAGTCCACCCCCCCCCCCAACAGCTGAAAGCC  150

seq1  TCCAGCATAGGAGAGTCAGACTCTGCATACAGGAAGAGGGGCCATAAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATAGGAGAGTCAGACTCTGCATACAGGAAGAGGGGCCATAAGGT  200

seq1  GGGAGAGGGACCCCTCAGGATGGACAGCCCATTAAGACCCGAGGCTTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGACCCCTCAGGATGGACAGCCCATTAAGACCCGAGGCTTGTG  250

seq1  AGAAGAGAATCGATGGAAAGAAGGGAACCAGTTAGCAGTCTGGATTTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAATCGATGGAAAGAAGGGAACCAGTTAGCAGTCTGGATTTATC  300

seq1  CAGACTGATCTTCGACAGATTCACCAAGGAACTACTGTTCTTTTATTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGATCTTCGACAGATTCACCAAGGAACTACTGTTCTTTTATTATT  350

seq1  TCTTATGCTTATGTTTTCTGGAGTGCTGGGAGTTGAATCCAGGCCCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGCTTATGTTTTCTGGAGTGCTGGGAGTTGAATCCAGGCCCTTAA  400

seq1  ACACCTTATTCAGGGGTTTCACTGTGGGACATAATCTACATTAAGGCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTATTCAGGGGTTTCACTGTGGGACATAATCTACATTAAGGCTAA  450

seq1  AAGCCTTGGAGAGATGATTTGACCTTTCTGGGTTTGTTTCTTTCATCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGGAGAGATGATTTGACCTTTCTGGGTTTGTTTCTTTCATCCTG  500

seq1  GGGGCAGGGAGGCAGGGGACAGATAATATCTACTTTATGGGGTTGCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGGGAGGCAGGGGACAGATAATATCTACTTTATGGGGTTGCTGTG  550

seq1  AGGATGAGATAACACGCTACAAACTGTGTGGGAAGTACTTGGTTGGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAGATAACACGCTACAAACTGTGTGGGAAGTACTTGGTTGGCCTT  600

seq1  AGGACAGAGGGGCTGTGGATCAGAGCTAGCTGTCCTGAGTCCCAGGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGAGGGGCTGTGGATCAGAGCTAGCTGTCCTGAGTCCCAGGCCAG  650

seq1  CATGAGAAGAGACCGGAAGAGCAGGCTCAGAGCAAAGCCCACAGTGGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAAGAGACCGGAAGAGCAGGCTCAGAGCAAAGCCCACAGTGGCCT  700

seq1  GACGTTTACCGACTTCATGTTGCTGAGTGGTTGGGATGAAGGATATTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTTACCGACTTCATGTTGCTGAGTGGTTGGGATGAAGGATATTTTT  750

seq1  GTTCTCCATAGGGATGAGAATTTCAGGGCCTGAGAAGGTGTTTCCAGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCATAGGGATGAGAATTTCAGGGCCTGAGAAGGTGTTTCCAGTCC  800

seq1  CAGGATCAGAGGGACCTGACTGGAAACTGTGGTGAGAATAAGAAGCAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCAGAGGGACCTGACTGGAAACTGTGGTGAGAATAAGAAGCAAAA  850

seq1  GTGGAGAAGGCTCCCAAGGCAG-AAGCCATTTGTACCAGGTTCAGGCTGA  899
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAAAGCTCCCAAGGCAGAAAGCCATTTGTACCAGGTTCAGGCTGA  900

seq1  TTTATTATTGCCCTTATGCCCTAAATAAGCCAATATCTGAGCCACTTCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTGCCCTTATGCCCTAAATAAGCCAATATCTGAGCCACTTCAG  950

seq1  CCCAGAAATTAGTGCCTGAAGCAGGCAGGAAGAGGTGTTTT-AGGGTGAA  998
      ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCAGAAATTAGTGCCTGAAGCA-GCAAGAAGAGGTGTTTTAAGGGTGAA  999

seq1  GGAGAGTCAGAGAGGAGAGGGAGGG  1023
      |||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAGAGTCAGAGAGGAGAGGGAAGG  1024


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |