BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284M22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 127,471,235 - 127,622,903
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC635169
Upstream geneAU040320, Sfpq, Zmym1, LOC665245, Zmym6, LOC100039968, LOC621588, Dlgap3, BC003266, Gja4, Gjb3, Gjb4, Gjb5, LOC667296
Downstream gene4930465A12Rik, Hmgb4, 4930546G22Rik, Zscan20, Tlr12, Phc2, A3galt2, BC039093, LOC667354, Trim62, Adc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284M22.bB6Ng01-284M22.g
ACCGA083419GA083420
length1,0951,110
definitionB6Ng01-284M22.b B6Ng01-284M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,471,235 - 127,472,333)(127,621,799 - 127,622,903)
sequence
gaattctcgcccaagcacttcccagatcttgtcctcgaacaagagattta
ttggtttgaggctcagattcatctctggaatataaagtactggatacctg
tgcagcacaggagcatggtgtcggacagaaaggagttatgagaaggaata
tttacgtaggttcaggataacacggaaggcatagcagagctggtggcaat
ggggatgtatggaagacagctctcacttctcattctcagtggaccaagta
gcagagagcagtccagatccagaagcagatacaaacttgaaagtcctgcc
ccttgtagcctacttcttccaggcagcccacacctcctagaacttctaaa
gactttaaaaaaaatgatgccacaggctatggacccaccatcataacatg
agcctggcagggatattgcagatcgaagcccaacaaggaccgatagcaac
ctcgatggctctgatagctgttgctttataataccctgcccccccaaagt
tagcaggtcaaaacaactgatcctgagtttgtaggtcaggcacatgggaa
aggtgaggctgtgtagaccaggggcaaggataccccaagatggaatgaga
agtcatctggggctggtctgtcttcaggttccactgagctgaacatctac
aatagtagactaacaggactgtatacccacagcatctgctgttgcctgag
gatttagtgagctgttgggacacctacatgtgaccccctctggagaaaca
gtcttagggtgtgacttctcaggtggcattccatagctcctaaagagagt
tctttctaagaggggaaatcacatcatttttagtacccagaattcagaac
caacccttgatgacgagtgagtcacaggacggccaagctcaagggggaat
agaattaagttctgcttctgagtgggaggagggaattccaaggggcagac
tgctgtgtcatcagctttgggaaaacgcaattgctgcccttggactgcag
tcgtgcgcacagaaaacacttagcgaagcttaacatatagaaagtgctcg
gtaaagggtactgtgttattgggatgttgatggctcagactgcct
gaattccattttgcaagtaggtaaaatacagcctcagcaaagtggcttac
tgcataccttgcttgccagcctcatttaccggctagtgatggtaagagaa
gccacttcttctaaatgagcaagcgctacactaatgatgttttcccagac
ttagaaatctccgtgacttgaaaggacccctcttggagcttaagggacct
gacccctgagaatctgtattccctggtcgttatagtaatgaaggtgcagc
ctctccctgctgcaggcactgagatgttcttcctctgctgtgacttacag
ttaactcccctacgacagtgcccgaaaagaacaacattaaatatgctggc
aatgtcttcgccccacgattcaccacaaccttgacctcgaccaccctgaa
ccagcctctctggctcaatctgaactgtccacctccaccggtgttttcca
gccactctaccttcccgcagtatcaggtaagcaagcggctctggctcctc
ctgggagcctgctaccccgagaaccttgggactccccttgaacgccatct
ctaaccatagctcatatgaggatgagagtagacaacctgtgtgtctctgc
cactattttcactgtgatcacacagactcaccacaaggcacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacgcacgcacacacgcacgcgcgcg
cgcgcacacgcgcgcgcatgcacacactcagtgcatgtacaagcaggcac
acccgtgtgtttatgtactcacacatatgcataccatgcatgcacatagg
ggatcttggaatcctagctgaaatggaagtagacgtcccacacaaagaga
tagtgaagactctgtagcagggtttgaaattttgctcacggagcttattt
atgcagggaaaatgtagtttcttcattttgtccatttaacttaatatccc
ttaagaagccatgggcccactcggtagaaggaagaaagaatcaaataatg
tccatccctagttaaccttggtccgatcccataacttaacagtctcctaa
tgtagtgccttctgtgtttcaggaagaggcgcctccaacatccagagatg
tcccatcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_127471235_127472333
seq2: B6Ng01-284M22.b_48_1142

seq1  GAATTCTCGCCCAAGCACTTCCCAGATCTTGTCCTCGAACAAGAGATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGCCCAAGCACTTCCCAGATCTTGTCCTCGAACAAGAGATTTA  50

seq1  TTGGTTTGAGGCTCAGATTCATCTCTGGAATATAAAGTACTGGATACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGAGGCTCAGATTCATCTCTGGAATATAAAGTACTGGATACCTG  100

seq1  TGCAGCACAGGAGCATGGTGTCGGACAGAAAGGAGTTATGAGAAGGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACAGGAGCATGGTGTCGGACAGAAAGGAGTTATGAGAAGGAATA  150

seq1  TTTACGTAGGTTCAGGATAACACGGAAGGCATAGCAGAGCTGGTGGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACGTAGGTTCAGGATAACACGGAAGGCATAGCAGAGCTGGTGGCAAT  200

seq1  GGGGATGTATGGAAGACAGCTCTCACTTCTCATTCTCAGTGGACCAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTATGGAAGACAGCTCTCACTTCTCATTCTCAGTGGACCAAGTA  250

seq1  GCAGAGAGCAGTCCAGATCCAGAAGCAGATACAAACTTGAAAGTCCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGCAGTCCAGATCCAGAAGCAGATACAAACTTGAAAGTCCTGCC  300

seq1  CCTTGTAGCCTACTTCTTCCAGGCAGCCCACACCTCCTAGAACTTCTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTAGCCTACTTCTTCCAGGCAGCCCACACCTCCTAGAACTTCTAAA  350

seq1  GACTTTAAAAAAAATGATGCCACAGGCTATGGACCCACCATCATAACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAAAAAAAATGATGCCACAGGCTATGGACCCACCATCATAACATG  400

seq1  AGCCTGGCAGGGATATTGCAGATCGAAGCCCAACAAGGACCGATAGCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCAGGGATATTGCAGATCGAAGCCCAACAAGGACCGATAGCAAC  450

seq1  CTCGATGGCTCTGATAGCTGTTGCTTTATAATACCCTGCCCCCCCAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGGCTCTGATAGCTGTTGCTTTATAATACCCTGCCCCCCCAAAGT  500

seq1  TAGCAGGTCAAAACAACTGATCCTGAGTTTGTAGGTCAGGCACATGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGTCAAAACAACTGATCCTGAGTTTGTAGGTCAGGCACATGGGAA  550

seq1  AGGTGAGGCTGTGTAGACCAGGGGCAAGGATACCCCAAGATGGAATGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGGCTGTGTAGACCAGGGGCAAGGATACCCCAAGATGGAATGAGA  600

seq1  AGTCATCTGGGGCTGGTCTGTCTTCAGGTTCCACTGAGCTGAACATCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTGGGGCTGGTCTGTCTTCAGGTTCCACTGAGCTGAACATCTAC  650

seq1  AATAGTAGACTAACAGGACTGTATACCCACAGCATCTGCTGTTGCCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTAGACTAACAGGACTGTATACCCACAGCATCTGCTGTTGCCTGAG  700

seq1  GATTTAGTGAGCTGTTGGGACACCTACATGTGACCCCCTCTGGAGAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGTGAGCTGTTGGGACACCTACATGTGACCCCCTCTGGAGAAACA  750

seq1  GTCTTAGGGTGTGACTTCTCAGGTGGCATTCCATAGCTCCTAAAGAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGGGTGTGACTTCTCAGGTGGCATTCCATAGCTCCTAAAGAGAGT  800

seq1  TCTTTCTAAGAGGGGAAATCACATCATTTTTAGTACCCAGAATTCAGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTAAGAGGGGAAATCACATCATTTTTAGTACCCAGAATTCAGAAC  850

seq1  CAACCCTTGATGACGAGTGAGTCACAGGACGGCCAAGCTCAAGGGGGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTTGATGACGAGTGAGTCACAGGACGGCCAAGCTCAAGGGGGAAT  900

seq1  AGAATTAAGTTCTGCTTCTGAGTGGGAGGAGGGAATTCCAAGGGGCAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAAGTTCTGCTTCTGAGTGGGAGGAGGGAATTCCAAGGGGCAGAC  950

seq1  TGCTGTGTCATCAGCTTT-GGAAAACGCAATTGCTGCCCTTGGACTGCAG  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTCATCAGCTTTGGGAAAACGCAATTGCTGCCCTTGGACTGCAG  1000

seq1  TCGTGCGCACAGAAAACACTTAAGGCGAAGCTTAACATATAGAAAGTGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCGCACAGAAAACACTTA--GCGAAGCTTAACATATAGAAAGTGCT  1048

seq1  CGGTAAAGGGTAACTGTTGTTATT-GGATG-TGATGGCCCCAGGAACTGC  1097
      ||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||| | |||  |||||
seq2  CGGTAAAGGGT-ACTG-TGTTATTGGGATGTTGATGG-CTCAG--ACTGC  1093

seq1  CT  1099
      ||
seq2  CT  1095

seq1: chr4_127621799_127622903
seq2: B6Ng01-284M22.g_66_1175 (reverse)

seq1  GAAGATGGGGACATCTCT-GATGTTG--AGCGCCTC-TCCTGAAAACACA  46
      |||||| ||||||||||| |||||||   ||||||| ||||| |||||||
seq2  GAAGAT-GGGACATCTCTGGATGTTGGAGGCGCCTCTTCCTG-AAACACA  48

seq1  GA--GCACTACATAAGGAGACTGTTAAGTTATTGGATCGGACAAAGGTTT  94
      ||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  GAAGGCACTACATTAGGAGACTGTTAAGTTATGGGATCGGACCAAGGTT-  97

seq1  AAACTA-GGATGGACATTTATTTGATTCTTTCTTCCTTCTACCGAGTGGG  143
       ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AACTAGGGATGGACA-TTATTTGATTCTTTCTTCCTTCTACCGAGTGGG  145

seq1  -CCATGGC-TCTTAAGGGATATTAAGTTAAATGGACAAAATGAAGAAACT  191
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGCTTCTTAAGGGATATTAAGTTAAATGGACAAAATGAAGAAACT  195

seq1  ACATTTTCCCTGCATAAATAAGCTCCGTGAGCAAAATTTCAAACCCTGCT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCCCTGCATAAATAAGCTCCGTGAGCAAAATTTCAAACCCTGCT  245

seq1  ACAGAGTCTTCACTATCTCTTTGTGTGGGACGTCTACTTCCATTTCAGCT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCTTCACTATCTCTTTGTGTGGGACGTCTACTTCCATTTCAGCT  295

seq1  AGGATTCCAAGAT-CCCTATGTGCATGCATGGTATGCATATGTGTGAGTA  340
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCAAGATCCCCTATGTGCATGCATGGTATGCATATGTGTGAGTA  345

seq1  CATAAACACACGGGTGTGCCTGCTTGTACATGCACTGAGTGTGTGCATGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACACACGGGTGTGCCTGCTTGTACATGCACTGAGTGTGTGCATGC  395

seq1  GCGCGCGTGTGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGCGTGCGTGTGTGTGTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGCGTGTGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGCGTGCGTGTGTGTGTGT  445

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTTGTGGTGAGTCTGTGTGATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTTGTGGTGAGTCTGTGTGATC  495

seq1  ACAGTGAAAATAGTGGCAGAGACACACAGGTTGTCTACTCTCATCCTCAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAAAATAGTGGCAGAGACACACAGGTTGTCTACTCTCATCCTCAT  545

seq1  ATGAGCTATGGTTAGAGATGGCGTTCAAGGGGAGTCCCAAGGTTCTCGGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTATGGTTAGAGATGGCGTTCAAGGGGAGTCCCAAGGTTCTCGGG  595

seq1  GTAGCAGGCTCCCAGGAGGAGCCAGAGCCGCTTGCTTACCTGATACTGCG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGGCTCCCAGGAGGAGCCAGAGCCGCTTGCTTACCTGATACTGCG  645

seq1  GGAAGGTAGAGTGGCTGGAAAACACCGGTGGAGGTGGACAGTTCAGATTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTAGAGTGGCTGGAAAACACCGGTGGAGGTGGACAGTTCAGATTG  695

seq1  AGCCAGAGAGGCTGGTTCAGGGTGGTCGAGGTCAAGGTTGTGGTGAATCG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGAGGCTGGTTCAGGGTGGTCGAGGTCAAGGTTGTGGTGAATCG  745

seq1  TGGGGCGAAGACATTGCCAGCATATTTAATGTTGTTCTTTTCGGGCACTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCGAAGACATTGCCAGCATATTTAATGTTGTTCTTTTCGGGCACTG  795

seq1  TCGTAGGGGAGTTAACTGTAAGTCACAGCAGAGGAAGAACATCTCAGTGC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGGGGAGTTAACTGTAAGTCACAGCAGAGGAAGAACATCTCAGTGC  845

seq1  CTGCAGCAGGGAGAGGCTGCACCTTCATTACTATAACGACCAGGGAATAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCAGGGAGAGGCTGCACCTTCATTACTATAACGACCAGGGAATAC  895

seq1  AGATTCTCAGGGGTCAGGTCCCTTAAGCTCCAAGAGGGGTCCTTTCAAGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTCAGGGGTCAGGTCCCTTAAGCTCCAAGAGGGGTCCTTTCAAGT  945

seq1  CACGGAGATTTCTAAGTCTGGGAAAACATCATTAGTGTAGCGCTTGCTCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGAGATTTCTAAGTCTGGGAAAACATCATTAGTGTAGCGCTTGCTCA  995

seq1  TTTAGAAGAAGTGGCTTCTCTTACCATCACTAGCCGGTAAATGAGGCTGG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAGAAGTGGCTTCTCTTACCATCACTAGCCGGTAAATGAGGCTGG  1045

seq1  CAAGCAAGGTATGCAGTAAGCCACTTTGCTGAGGCTGTATTTTACCTACT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGGTATGCAGTAAGCCACTTTGCTGAGGCTGTATTTTACCTACT  1095

seq1  TGCAAAATGGAATTC  1105
      |||||||||||||||
seq2  TGCAAAATGGAATTC  1110