BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285I13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 122,719,780 - 122,836,757
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrit1, Bmp8b, Oxct2b, Ppie
Upstream geneLOC666937, LOC633269, LOC633279, 9530002B09Rik, Ppt1, Cap1, Mfsd2, Mycl1
Downstream geneHpcal4, Nt5c1a, Heyl, LOC194197, LOC622334, Pabpc4, Bmp8a, Oxct2a, Macf1, D830031N03Rik, LOC100039110, Ndufs5, 6330407G11Rik, Rhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285I13.bB6Ng01-285I13.g
ACCGA083961GA083962
length1,082937
definitionB6Ng01-285I13.b B6Ng01-285I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,835,680 - 122,836,757)(122,719,780 - 122,720,713)
sequence
gaattccaggatagccagggctgcacagagaaaccctgtctcaaaaaacc
aacacacacgcacacacacacaagcttctgatctaatttctggcaatagt
agcatctcctgcagcagccacggaagccagtttgtccatcagtcttctca
gagataacaacgccaccagctaccattctcgatccccagcaatctcaacc
ctatggaacccaaaccttttatgggcttagagatacagttagcaattatt
tatattgaattctgcctgttcaaattgctggtaggattctttctgtcaat
tgtgtcctgatggcttgaatcagtgccagaagtggacataataaacagag
ccttaaaggggaactttgaaagaggcgatactgaattgattcttggctga
aaaatcaaggccgaactccatgatcatagaaatgtggatgctggcagtct
gtgacatcccaatcaaatgatcatctgtaggttgaatggacgatgtgcct
actcaaagttccctgagggacaaggtggtgtcccccataatcattatgat
agtaatgatctctgtggtgtgggacatattcttttggatgggctggatgg
cttataggaagacaaagaagcttccgtggtaaagtggttgcctattatga
agagttgcattcaatcccaacatcaataaactaacttggtcacagtggcc
catggctgtaacccaaaccttctttgggatttggaggtagaatccggagg
atcagaagttcaaggttatcttctgctacatattgaatttgcctagtata
catgactcttgtcagaggtgggagggctgactacgtggaattatgaccaa
atttgacagataattaatgtgttagttagggtttcttctgctgtaaccaa
acaccatgatcaaaaagcaagttggggaggaaaggtttgttgggcttata
ctttttatattgtagtctatcactgaatgacgtcaggacgggaactcaaa
ctggacaggaaccctggaggaggagctgatgcagagcttatgggtggggg
cctgtctttactggttgctccacatgggcttg
gaattcttctgcctcagcattgtgggtgctaagattataggctgttatgc
ctggtgccagccctctgtgatcctttgttggtagtatcgtccttcctatt
ctgccaattagaaggattctggcggaatccctcatctagctctacactgc
aggtcggctggcaagaaggaggagcaagtaaatgatgaactgcatgttga
aagtcaacttttctttttaaacaagcagagccctagttaaagcaagtaat
tatctgctcagcagaaattctaaagagaatcaatcccaagaagcagaaat
ctgtggctgcaggaaattgagtactttctggtttccaggcattacagtag
aggctttatacacagttacagttcatgttcctaaacactctggagttgta
tagatgagaaaactgaagctcggatagcttgagtaacttgccattagaat
tgaagtctggtgaggtctcgagtggctgaactgagcactacagctcagta
gtgacagactctgactcacagctgtggcgtgggagaactagcctgtgtct
tacctcagaaagccgggtcacacactgtgtgtcaccttggtgcgcatcct
taggactagcaagacctagacatttctagaaccagggggtcaccgtgcat
ttatgtctgctttgctttgcttttctttcttcttctgtttttaaataaaa
tatttacatgtgtaaatgcttggcctacatgtatgtctgtgcacatgtgc
atgcctagtacaggtcagacgagggcattggatcccttagagctggtgtt
acagatggttgtaagctgccatgtaggtgttaagaactgaacttgggtcc
tttgcaagaactgcaagcactctttaaccattgagccatctctccagccc
ctctgtcagccaaccagccaaccagcccagcttagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_122835680_122836757
seq2: B6Ng01-285I13.b_49_1130 (reverse)

seq1  CAAG-CCATGTGGAGCAACCCAGTAAGCA---GCCCCCACCCATAGCCTC  46
      |||| ||||||||||||| |||||||  |   |||||||||||||  |||
seq2  CAAGCCCATGTGGAGCAA-CCAGTAAAGACAGGCCCCCACCCATAAGCTC  49

seq1  TGCATCAGCTCCTTCCTCCA-GGTTTCTGTCCAGTTTGAGTTCCCGTCCT  95
      |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAGCTCC-TCCTCCAGGGTTCCTGTCCAGTTTGAGTTCCCGTCCT  98

seq1  GACGTCATTCAGTGATAGACTACAATAT-AAAAGTATAAGCCCAACAAAC  144
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACGTCATTCAGTGATAGACTACAATATAAAAAGTATAAGCCCAACAAAC  148

seq1  CTTTCCTCCCCAACTTGCTTTTTGATCATGGTGTTTGGTTACAGCAGAAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCCCCAACTTGCTTTTTGATCATGGTGTTTGGTTACAGCAGAAG  198

seq1  AAACCCTAACTAACACATTAATTATCTGTCAAATTTGGTCATAATTCCAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTAACTAACACATTAATTATCTGTCAAATTTGGTCATAATTCCAC  248

seq1  GTAGTCAGCCCTCCCACCTCTGACAAGAGTCATGTATACTAGGCAAATTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAGCCCTCCCACCTCTGACAAGAGTCATGTATACTAGGCAAATTC  298

seq1  AATATGTAGCAGAAGATAACCTTGAACTTCTGATCCTCCGGATTCTACCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAGCAGAAGATAACCTTGAACTTCTGATCCTCCGGATTCTACCT  348

seq1  CCAAATCCCAAAGAAGGTTTGGGTTACAGCCATGGGCCACTGTGACCAAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCCAAAGAAGGTTTGGGTTACAGCCATGGGCCACTGTGACCAAG  398

seq1  TTAGTTTATTGATGTTGGGATTGAATGCAACTCTTCATAATAGGCAACCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTATTGATGTTGGGATTGAATGCAACTCTTCATAATAGGCAACCA  448

seq1  CTTTACCACGGAAGCTTCTTTGTCTTCCTATAAGCCATCCAGCCCATCCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCACGGAAGCTTCTTTGTCTTCCTATAAGCCATCCAGCCCATCCA  498

seq1  AAAGAATATGTCCCACACCACAGAGATCATTACTATCATAATGATTATGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATATGTCCCACACCACAGAGATCATTACTATCATAATGATTATGG  548

seq1  GGGACACCACCTTGTCCCTCAGGGAACTTTGAGTAGGCACATCGTCCATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACCACCTTGTCCCTCAGGGAACTTTGAGTAGGCACATCGTCCATT  598

seq1  CAACCTACAGATGATCATTTGATTGGGATGTCACAGACTGCCAGCATCCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTACAGATGATCATTTGATTGGGATGTCACAGACTGCCAGCATCCA  648

seq1  CATTTCTATGATCATGGAGTTCGGCCTTGATTTTTCAGCCAAGAATCAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTATGATCATGGAGTTCGGCCTTGATTTTTCAGCCAAGAATCAAT  698

seq1  TCAGTATCGCCTCTTTCAAAGTTCCCCTTTAAGGCTCTGTTTATTATGTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATCGCCTCTTTCAAAGTTCCCCTTTAAGGCTCTGTTTATTATGTC  748

seq1  CACTTCTGGCACTGATTCAAGCCATCAGGACACAATTGACAGAAAGAATC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGGCACTGATTCAAGCCATCAGGACACAATTGACAGAAAGAATC  798

seq1  CTACCAGCAATTTGAACAGGCAGAATTCAATATAAATAATTGCTAACTGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCAATTTGAACAGGCAGAATTCAATATAAATAATTGCTAACTGT  848

seq1  ATCTCTAAGCCCATAAAAGGTTTGGGTTCCATAGGGTTGAGATTGCTGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAGCCCATAAAAGGTTTGGGTTCCATAGGGTTGAGATTGCTGGG  898

seq1  GATCGAGAATGGTAGCTGGTGGCGTTGTTATCTCTGAGAAGACTGATGGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGAGAATGGTAGCTGGTGGCGTTGTTATCTCTGAGAAGACTGATGGA  948

seq1  CAAACTGGCTTCCGTGGCTGCTGCAGGAGATGCTACTATTGCCAGAAATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGCTTCCGTGGCTGCTGCAGGAGATGCTACTATTGCCAGAAATT  998

seq1  AGATCAGAAGCTTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTTGGTTTTTTGAGACAGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGAAGCTTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTTGGTTTTTTGAGACAGG  1048

seq1  GTTTCTCTGTGCAGCCCTGGCTATCCTGGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTGTGCAGCCCTGGCTATCCTGGAATTC  1082

seq1: chr4_122719780_122720713
seq2: B6Ng01-285I13.g_71_1007

seq1  GAATTCTTCTGCCTCAGCATTGTGGGTGCTAAGATTATAGGCTGTTATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGCCTCAGCATTGTGGGTGCTAAGATTATAGGCTGTTATGC  50

seq1  CTGGTGCCAGCCCTCTGTGATCCTTTGTTGGTAGTATCGTCCTTCCTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCCAGCCCTCTGTGATCCTTTGTTGGTAGTATCGTCCTTCCTATT  100

seq1  CTGCCAATTAGAAGGATTCTGGCGGAATCCCTCATCTAGCTCTACACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAATTAGAAGGATTCTGGCGGAATCCCTCATCTAGCTCTACACTGC  150

seq1  AGGTCGGCTGGCAAGAAGGAGGAGCAAGTAAATGATGAACTGCATGTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCGGCTGGCAAGAAGGAGGAGCAAGTAAATGATGAACTGCATGTTGA  200

seq1  AAGTCAACTTTTCTTTTTAAACAAGCAGAGCCCTAGTTAAAGCAAGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAACTTTTCTTTTTAAACAAGCAGAGCCCTAGTTAAAGCAAGTAAT  250

seq1  TATCTGCTCAGCAGAAATTCTAAAGAGAATCAATCCCAAGAAGCAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTCAGCAGAAATTCTAAAGAGAATCAATCCCAAGAAGCAGAAAT  300

seq1  CTGTGGCTGCAGGAAATTGAGTACTTTCTGGTTTCCAGGCATTACAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTGCAGGAAATTGAGTACTTTCTGGTTTCCAGGCATTACAGTAG  350

seq1  AGGCTTTATACACAGTTACAGTTCATGTTCCTAAACACTCTGGAGTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTATACACAGTTACAGTTCATGTTCCTAAACACTCTGGAGTTGTA  400

seq1  TAGATGAGAAAACTGAAGCTCGGATAGCTTGAGTAACTTGCCATTAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGAAAACTGAAGCTCGGATAGCTTGAGTAACTTGCCATTAGAAT  450

seq1  TGAAGTCTGGTGAGGTCTCGAGTGGCTGAACTGAGCACTACAGCTCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTGGTGAGGTCTCGAGTGGCTGAACTGAGCACTACAGCTCAGTA  500

seq1  GTGACAGACTCTGACTCACAGCTGTGGCGTGGGAGAACTAGCCTGTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGACTCTGACTCACAGCTGTGGCGTGGGAGAACTAGCCTGTGTCT  550

seq1  TACCTCAGAAAGCCGGGTCACACACTGTGTGTCACCTTGGTGCGCATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCAGAAAGCCGGGTCACACACTGTGTGTCACCTTGGTGCGCATCCT  600

seq1  TAGGACTAGCAAGACCTAGACATTTCTAGAACCAGGGGGTCACCGTGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTAGCAAGACCTAGACATTTCTAGAACCAGGGGGTCACCGTGCAT  650

seq1  TTATGTCTGCTTTGCTTTGCTTTTCTTTCTTCTTCTGTTTTTAAATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTGCTTTGCTTTGCTTTTCTTTCTTCTTCTGTTTTTAAATAAAA  700

seq1  TATTTACATGTGTAAATGCTTGGCCTACATGTATGTCTGTGCACATGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATGTGTAAATGCTTGGCCTACATGTATGTCTGTGCACATGTGC  750

seq1  ATGCCTAGTACAGGTCAGACGAGGGCATTGGATCCCTTAGAGCTGGTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAGTACAGGTCAGACGAGGGCATTGGATCCCTTAGAGCTGGTGTT  800

seq1  ACAGATGGTTGTAAGCTGCCATGTAGGTGTTAAGAACTGAACTTGGGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGTTGTAAGCTGCCATGTAGGTGTTAAGAACTGAACTTGGGTCC  850

seq1  TTTGCAAGAACTGCAAGCACTC-TTAACCATTGAGCCATCTCTCCAGCCC  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGAACTGCAAGCACTCTTTAACCATTGAGCCATCTCTCCAGCCC  900

seq1  CTCTGTCAGCCAACCAGCCAACCAG-CCAGC-TAGCC  934
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  CTCTGTCAGCCAACCAGCCAACCAGCCCAGCTTAGCC  937