BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286K03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 135,035,101 - 135,180,561
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik
Upstream genePaqr7, 2610002D18Rik, 2410166I05Rik, Sepn1, Man1c1, Ldlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2
Downstream geneIl28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286K03.bB6Ng01-286K03.g
ACCGA084779GA084780
length7931,171
definitionB6Ng01-286K03.b B6Ng01-286K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,035,101 - 135,035,893)(135,179,397 - 135,180,561)
sequence
gaattctgagctcccagctaggctggctagaaggagagctgtaattgatt
aatgatgtcttccctgagcccaggaggggcagttaccaccatgtgtcata
cacagccccatttaaggagaactaaaacaccaagattctttgctatcctg
tgagcaggagacagtcaggctgacctcaaactcacaaagacctacctgtc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgggcactgcaatggctggccc
ggagaatagttttttaatgtgagtgctctgagcctcgttcatggtggcac
ttgggccacccagagcatgggttctaggtgatgagaaggttggggcttac
ctatcacggagacggcactgaggggcacgatgagcgacagtggagcaaag
gcgtaggaggcgaacacgcccagttcccccagtagcagcaggagcagccc
cagccaccatgtcttggtcttgaagtaggcccgtgggtccttggagcctg
ctaggcggatgtggcagtatttctacaaggccaagaaggaatgcaatttg
accggaggttttgagaaaaggaaaggctctggtgaaggaatccaagctga
cactccacctttaaaaaccatttacgtgggtctgagtgggatttggggga
catgtgggttggaccctgacatggagatttagtcacatgtatgtggatat
gtatgcacatatgtgtacagggtccatgttcataggtatgtgggtgtgta
catacatgtgtatgtgtgtgtgagtttgtgtgtgagtgggggg
gaattctctagtcagactcccctgcctctgcatcctggagtccggctgcc
ctcctgtgccaaaatccacttcctccattctgacctgccttcttctgcct
gggcaaggagaggcagaaagacttggtgctggctgagtctgcagcgggga
ctctggtcactttgtcagctgatagagacagcgagtgggtggctcagaga
gcccatgggacacagcccttgttttgaaaccaccattggttccaggaggg
aaaattccttactgcccaccttgggagggctgggctgcccgagggctgtc
cgccttcacaggaatggagaagactgggggcaggactcgggtgtggccat
aaacttttccagtcccttcccttctttgggtctgtaacatctctgtgatt
gatcacctggtgcactggagttctctgctcaattttgtatgtgtgacccc
atttttgagcctcacagcagtgctttgccggtaggtgtggacagggaggc
agcttagctcggcgacaggccaggttgtaagccaagccagggttgtaaag
tcatcagatctgtcttcagatcccaacctgtgacgctgggaaattgactc
aacctccctggatctggactccctcccatctgcaacaagaagatccgttc
cttctttgagggatgatatgggaaatgggtactgtaagttaagtttctaa
gaaccctagcagtcaacactttagagctagttagcatacaaagctagtcc
tttgtatgtagcctcttggctgacggatacagggctgagttgaagtcgct
tagactggcctgcctcttcattcacccacctcattgacaatgcacgtaag
agcgaattctattctagctgacccaagtaagatgagaggagtggtctggg
ataacttggcctgcactctcaacagagaggaggggggtgggtgttaagct
ggggggcagacctgtcttgcttgagccagatggcaggcagaagagcagga
acccctctgatagtagtctcttgcaaacgtgtcagctccatgcccttggt
cctccgccctgagagttccccgacttctaatcggtaactcccagtgcttt
tgctagttccagaatgagcaagtgccacacctcaatagctgtgttgtgct
ccatgaaacaaggcacttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_135035101_135035893
seq2: B6Ng01-286K03.b_50_842

seq1  GAATTCTGAGCTCCCAGCTAGGCTGGCTAGAAGGAGAGCTGTAATTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGCTCCCAGCTAGGCTGGCTAGAAGGAGAGCTGTAATTGATT  50

seq1  AATGATGTCTTCCCTGAGCCCAGGAGGGGCAGTTACCACCATGTGTCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTCTTCCCTGAGCCCAGGAGGGGCAGTTACCACCATGTGTCATA  100

seq1  CACAGCCCCATTTAAGGAGAACTAAAACACCAAGATTCTTTGCTATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCCATTTAAGGAGAACTAAAACACCAAGATTCTTTGCTATCCTG  150

seq1  TGAGCAGGAGACAGTCAGGCTGACCTCAAACTCACAAAGACCTACCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGAGACAGTCAGGCTGACCTCAAACTCACAAAGACCTACCTGTC  200

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGGGCACTGCAATGGCTGGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGGGCACTGCAATGGCTGGCCC  250

seq1  GGAGAATAGTTTTTTAATGTGAGTGCTCTGAGCCTCGTTCATGGTGGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATAGTTTTTTAATGTGAGTGCTCTGAGCCTCGTTCATGGTGGCAC  300

seq1  TTGGGCCACCCAGAGCATGGGTTCTAGGTGATGAGAAGGTTGGGGCTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCACCCAGAGCATGGGTTCTAGGTGATGAGAAGGTTGGGGCTTAC  350

seq1  CTATCACGGAGACGGCACTGAGGGGCACGATGAGCGACAGTGGAGCAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACGGAGACGGCACTGAGGGGCACGATGAGCGACAGTGGAGCAAAG  400

seq1  GCGTAGGAGGCGAACACGCCCAGTTCCCCCAGTAGCAGCAGGAGCAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGGAGGCGAACACGCCCAGTTCCCCCAGTAGCAGCAGGAGCAGCCC  450

seq1  CAGCCACCATGTCTTGGTCTTGAAGTAGGCCCGTGGGTCCTTGGAGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCATGTCTTGGTCTTGAAGTAGGCCCGTGGGTCCTTGGAGCCTG  500

seq1  CTAGGCGGATGTGGCAGTATTTCTACAAGGCCAAGAAGGAATGCAATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCGGATGTGGCAGTATTTCTACAAGGCCAAGAAGGAATGCAATTTG  550

seq1  ACCGGAGGTTTTGAGAAAAGGAAAGGCTCTGGTGAAGGAATCCAAGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGAGGTTTTGAGAAAAGGAAAGGCTCTGGTGAAGGAATCCAAGCTGA  600

seq1  CACTCCACCTTTAAAAACCATTTACGTGGGTCTGAGTGGGATTTGGGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCACCTTTAAAAACCATTTACGTGGGTCTGAGTGGGATTTGGGGGA  650

seq1  CATGTGGGTTGGACCCTGACATGGAGATTTAGTCACATGTATGTGGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGTTGGACCCTGACATGGAGATTTAGTCACATGTATGTGGATAT  700

seq1  GTATGCACATATGTGTACAGGGTCCATGTTCATAGGTATGTGGGTGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACATATGTGTACAGGGTCCATGTTCATAGGTATGTGGGTGTGTA  750

seq1  CATACATGTGTATGTGTGTGTGAGTTTGTGTGTGAGTGGGGGG  793
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGTGTATGTGTGTGTGAGTTTGTGTGTGAGTGGGGGG  793

seq1: chr4_135179397_135180561
seq2: B6Ng01-286K03.g_66_1236 (reverse)

seq1  ACCAAGAGCCTTGTGTCATGGAG-ACAA-ACAGCTTATTTGAGGTGTGGC  48
      |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||   ||||||||||||
seq2  ACCAAGTGCCTTGTTTCATGGAGCACAACACAGCT--ATTGAGGTGTGGC  48

seq1  A--TGCTCATCTTGGGAAACTAGCAAGA-CACTGGAAAGTTA-CGATAAG  94
      |  |||||||  |||  ||||||||| | ||||||  ||||| |||| ||
seq2  ACTTGCTCATTCTGG--AACTAGCAAAAGCACTGG-GAGTTACCGATTAG  95

seq1  -AGTCGGGG-ACTCTCAGGGCGGA-GACCAA-GGCAGGGAGCTGACACGG  140
       |||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| 
seq2  AAGTCGGGGAACTCTCAGGGCGGAGGACCAAGGGCATGGAGCTGACACGT  145

seq1  TTGCAGAGGACTACTATCAGA-GGGTTCCTGCTCTCTGGCCTGCCATCTG  189
      |||||   ||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TTGCAAGAGACTACTATCAGAGGGGTTCCTGCTCTTCTGCCTGCCATCTG  195

seq1  GCTCCAGCAAGAACAGGTCTGCCCCCCAGCTTAACACCCACCCCC--TCT  237
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  GCTCAAGCAAG-ACAGGTCTGCCCCCCAGCTTAACACCCACCCCCCTCCT  244

seq1  CTCTGTTGAGAGTGCAGGCCAAGTTTATCCCAGACCACTCCTCTCATCTT  287
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGAGAGTGCAGGCCAAG-TTATCCCAGACCACTCCTCTCATCTT  293

seq1  ACTTGGGTCAGCTAGAATAGAATTCGCTCTTACGTGCATTGTCAATGAGG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGTCAGCTAGAATAGAATTCGCTCTTACGTGCATTGTCAATGAGG  343

seq1  TGGGTGAATGAAGAGGCAGGCCAGTCTAAGCGACTTCAACTCAGCCCTGT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAATGAAGAGGCAGGCCAGTCTAAGCGACTTCAACTCAGCCCTGT  393

seq1  ATCCGTCAGCCAAGAGGCTACATACAAAGGACTAGCTTTGTATGCTAACT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTCAGCCAAGAGGCTACATACAAAGGACTAGCTTTGTATGCTAACT  443

seq1  AGCTCTAAAGTGTTGACTGCTAGGGTTCTTAGAAACTTAACTTACAGTAC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAAAGTGTTGACTGCTAGGGTTCTTAGAAACTTAACTTACAGTAC  493

seq1  CCATTTCCCATATCATCCCTCAAAGAAGGAACGGATCTTCTTGTTGCAGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCCCATATCATCCCTCAAAGAAGGAACGGATCTTCTTGTTGCAGA  543

seq1  TGGGAGGGAGTCCAGATCCAGGGAGGTTGAGTCAATTTCCCAGCGTCACA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGAGTCCAGATCCAGGGAGGTTGAGTCAATTTCCCAGCGTCACA  593

seq1  GGTTGGGATCTGAAGACAGATCTGATGACTTTACAACCCTGGCTTGGCTT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGATCTGAAGACAGATCTGATGACTTTACAACCCTGGCTTGGCTT  643

seq1  ACAACCTGGCCTGTCGCCGAGCTAAGCTGCCTCCCTGTCCACACCTACCG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTGGCCTGTCGCCGAGCTAAGCTGCCTCCCTGTCCACACCTACCG  693

seq1  GCAAAGCACTGCTGTGAGGCTCAAAAATGGGGTCACACATACAAAATTGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCACTGCTGTGAGGCTCAAAAATGGGGTCACACATACAAAATTGA  743

seq1  GCAGAGAACTCCAGTGCACCAGGTGATCAATCACAGAGATGTTACAGACC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACTCCAGTGCACCAGGTGATCAATCACAGAGATGTTACAGACC  793

seq1  CAAAGAAGGGAAGGGACTGGAAAAGTTTATGGCCACACCCGAGTCCTGCC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGGGAAGGGACTGGAAAAGTTTATGGCCACACCCGAGTCCTGCC  843

seq1  CCCAGTCTTCTCCATTCCTGTGAAGGCGGACAGCCCTCGGGCAGCCCAGC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCTTCTCCATTCCTGTGAAGGCGGACAGCCCTCGGGCAGCCCAGC  893

seq1  CCTCCCAAGGTGGGCAGTAAGGAATTTTCCCTCCTGGAACCAATGGTGGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAAGGTGGGCAGTAAGGAATTTTCCCTCCTGGAACCAATGGTGGT  943

seq1  TTCAAAACAAGGGCTGTGTCCCATGGGCTCTCTGAGCCACCCACTCGCTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACAAGGGCTGTGTCCCATGGGCTCTCTGAGCCACCCACTCGCTG  993

seq1  TCTCTATCAGCTGACAAAGTGACCAGAGTCCCCGCTGCAGACTCAGCCAG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCAGCTGACAAAGTGACCAGAGTCCCCGCTGCAGACTCAGCCAG  1043

seq1  CACCAAGTCTTTCTGCCTCTCCTTGCCCAGGCAGAAGAAGGCAGGTCAGA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTCTTTCTGCCTCTCCTTGCCCAGGCAGAAGAAGGCAGGTCAGA  1093

seq1  ATGGAGGAAGTGGATTTTGGCACAGGAGGGCAGCCGGACTCCAGGATGCA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGAAGTGGATTTTGGCACAGGAGGGCAGCCGGACTCCAGGATGCA  1143

seq1  GAGGCAGGGGAGTCTGACTAGAGAATTC  1165
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGGGAGTCTGACTAGAGAATTC  1171