BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287H20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 38,889,560 - 39,069,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039487
Upstream geneLOC277771, LOC100039448, LOC665520
Downstream gene1700009N14Rik, LOC435775, LOC329824, LOC621880, LOC384007
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287H20.bB6Ng01-287H20.g
ACCGA085400GA085401
length1,1151,117
definitionB6Ng01-287H20.b B6Ng01-287H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,889,560 - 38,890,670)(39,068,100 - 39,069,224)
sequence
gaattctcttccacagagctgagggaaatgtcgggatcaaataaatttgc
agacaataaaaacaagaggacgtctatgatgcaagacaattataaaaagt
accatttccagagaagcagaaagaggtaggacaagttgtatttgtgaagg
ggatcagatagcacaggatatcatgagtgagcacaatgtctagagcaggg
tttcccacacctgatctcaggtcaaataaactggagtgctttcaaaagct
gccaaatgtctgaatcagactcagaactaattaaaccacaacttctgcat
gtgcctcttattgttttttaataataattttgcaatggaattctagtgca
cacccagtgttgagacaacaaatgaaaaaaatcacagatattcatgaata
tttgcttgcaacaaatgatactatttcagtctacgagctatctgaacatg
cagttagttacaaatcaagacaactagagcagtttttaaaagttaggcaa
agtgctgacttccagtttcttttatgacttatgtattcatttattattca
tgtatatctgaggatggttgccatgtatgtgagttcatgaagagggcaaa
agttgtccgatcccccggggctggagttacaggaggctgtaagctgctgc
tgtgggtgccaggagccaaaatccagccccctagaaaagcagcaaatagt
cttaaatgctaatccacctctccagcacactagcttcaacattaacgttc
ttaagcaactcacccaatttattttatacgtgtgtagaatatatacacat
ttgagaatcagaaacacaaacaaaaaacttaaacaaagccacaacttacc
atgctttaagtcttaccattgagtctaatcagttctaaattcactgtaca
tttaaaacttttttcttttgactattatactactataattatataagtat
atgcatattatgcatatatggtgtatgtttgtgtctttgtaagtatgtac
atggggtggtggaaattcttgtagagttcagaaaagggaatcacatccct
gctgctggaattacaggtgattattgaactgtgttgtgtgatgccagctt
cacaattctgcaaga

gaattcaactgagaacaggtgtaggatcatatcctaaataagattggaat
ttgaggtggattatcctaaatataaattgaaagtcagacagagttcagct
taattatgtaggcaatgatatcgaatgagttatgaaagagaacatatagg
taatggtttttctaactgtatttctgccatggatcttaagtgttggtggt
aaataagtacataaaacatatacaacaatgaaaaatgtaaaatccagtgt
gaaacttcatagtttcagttttaaatgaccactttaactgcatagtacag
aaattcattcagttgtatcgacttcagggatggttaactttgctatgtga
ttttttttccattttccattttttattataatggagttttaagaaatatt
ccactatcacaaaacattaaggctacaaggggtttcagacaattagtcaa
ataagaaaattttaatgagaagcaacttaaatattaaattgaaaaacaaa
gcagtaattctaaatacaatatgaggattttttgaagaaagacaagtttc
acccaagagactcatggggtgaaagaagaaaccatacctgcaggttaaaa
gacagtctctgaccagtgtatactgtagcaagcatgttcacatataccta
agcaaacaatagatacaatatatgccaataaacaattggcatatattgta
tctatatattgtatctatcaagaaaccttaaaactgttctcaaaagaaga
cataaatggatatcaagtatatattttctttaggatgtaaatttgtaaca
tgacaacaaaagccatcgattatggacaaaagtctttttgcatctttatc
tacttcatgtggataatctaaaagcataagtcaagggactgtaacacttt
tatgtcctgttctcagcctattttctggaaattgccctattaaaatttaa
acagaacaacaaactgggatatcattaagcttcaaaggatagtgcattcc
attatgtatatgagatgtgtagacatgtttcattcattttctctgacagt
gaaatttatgaattctaggcaaatgatgactgagggcatcatctggagtg
agttaacacattcacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_38889560_38890670
seq2: B6Ng01-287H20.b_47_1161

seq1  GAATTCTCTTCCACAGAGCTGAGGGAAATGTCGGGATCAAATAAATTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCACAGAGCTGAGGGAAATGTCGGGATCAAATAAATTTGC  50

seq1  AGACAATAAAAACAAGAGGACGTCTATGATGCAAGACAATTATAAAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATAAAAACAAGAGGACGTCTATGATGCAAGACAATTATAAAAAGT  100

seq1  ACCATTTCCAGAGAAGCAGAAAGAGGTAGGACAAGTTGTATTTGTGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTCCAGAGAAGCAGAAAGAGGTAGGACAAGTTGTATTTGTGAAGG  150

seq1  GGATCAGATAGCACAGGATATCATGAGTGAGCACAATGTCTAGAGCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGATAGCACAGGATATCATGAGTGAGCACAATGTCTAGAGCAGGG  200

seq1  TTTCCCACACCTGATCTCAGGTCAAATAAACTGGAGTGCTTTCAAAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACACCTGATCTCAGGTCAAATAAACTGGAGTGCTTTCAAAAGCT  250

seq1  GCCAAATGTCTGAATCAGACTCAGAACTAATTAAACCACAACTTCTGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATGTCTGAATCAGACTCAGAACTAATTAAACCACAACTTCTGCAT  300

seq1  GTGCCTCTTATTGTTTTTTAATAATAATTTTGCAATGGAATTCTAGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCTTATTGTTTTTTAATAATAATTTTGCAATGGAATTCTAGTGCA  350

seq1  CACCCAGTGTTGAGACAACAAATGAAAAAAATCACAGATATTCATGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGTGTTGAGACAACAAATGAAAAAAATCACAGATATTCATGAATA  400

seq1  TTTGCTTGCAACAAATGATACTATTTCAGTCTACGAGCTATCTGAACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTGCAACAAATGATACTATTTCAGTCTACGAGCTATCTGAACATG  450

seq1  CAGTTAGTTACAAATCAAGACAACTAGAGCAGTTTTTAAAAGTTAGGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGTTACAAATCAAGACAACTAGAGCAGTTTTTAAAAGTTAGGCAA  500

seq1  AGTGCTGACTTCCAGTTTCTTTTATGACTTATGTATTCATTTATTATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGACTTCCAGTTTCTTTTATGACTTATGTATTCATTTATTATTCA  550

seq1  TGTATATCTGAGGATGGTTGCCATGTATGTGAGTTCATGAAGAGGGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATCTGAGGATGGTTGCCATGTATGTGAGTTCATGAAGAGGGCAAA  600

seq1  AGTTGTCCGATCCCCCGGGGCTGGAGTTACAGGAGGCTGTAAGCTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCCGATCCCCCGGGGCTGGAGTTACAGGAGGCTGTAAGCTGCTGC  650

seq1  TGTGGGTGCCAGGAGCCAAAATCCAGCCCCCTAGAAAAGCAGCAAATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGCCAGGAGCCAAAATCCAGCCCCCTAGAAAAGCAGCAAATAGT  700

seq1  CTTAAATGCTAATCCACCTCTCCAGCACACTAGCTTCAACATTAACGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGCTAATCCACCTCTCCAGCACACTAGCTTCAACATTAACGTTC  750

seq1  TTAAGCAACTCACCCAATTTATTTTATACGTGTGTAGAATATATACACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAACTCACCCAATTTATTTTATACGTGTGTAGAATATATACACAT  800

seq1  TTGAGAATCAGAAACACAAACAAAAAACTTAAACAAAGCCACAACTTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATCAGAAACACAAACAAAAAACTTAAACAAAGCCACAACTTACC  850

seq1  ATGCTTTAAGTCTTACCATTGAGTCTAATCAGTTCTAAATTCACTGTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTAAGTCTTACCATTGAGTCTAATCAGTTCTAAATTCACTGTACA  900

seq1  TTTAAAACTTTTTTCTTTTGACTATTATACTACTATAATTATATAAGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTTTTTTCTTTTGACTATTATACTACTATAATTATATAAGTAT  950

seq1  ATGCATA-TATGCATATAT-GTGTATGTTTGTGTCTTTGTAAGTATGTAC  998
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATTATGCATATATGGTGTATGTTTGTGTCTTTGTAAGTATGTAC  1000

seq1  ATGTG--TGTGGAAATTCTTGTAGAGTTCAGAAAAGGGAATCACATCCCT  1046
      ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGGTGGAAATTCTTGTAGAGTTCAGAAAAGGGAATCACATCCCT  1050

seq1  GCTGCTGGAATTACAGGTGATTA-TGAACTGTGTTGTGTGATGCCAAGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |
seq2  GCTGCTGGAATTACAGGTGATTATTGAACTGTGTTGTGTGATGCCAGCTT  1100

seq1  CACAAATTCTGCAAGA  1111
      ||| ||||||||||||
seq2  CAC-AATTCTGCAAGA  1115


seq1: chr4_39068100_39069224
seq2: B6Ng01-287H20.g_70_1186 (reverse)

seq1  TTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATT  50
      |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||   ||| ||||
seq2  TTGTGAATGTGTTAACTCACTCCAGATGATGCCCT-CAG--TCAT-CATT  46

seq1  TGGCTAGGAATTTCATAAA-TTCACTGTCAAGAGAAATGAAATGAAACAT  99
      || ||||  | |||||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||
seq2  TGCCTAG--AATTCATAAATTTCACTGTC-AGAGAAAATGAATGAAACAT  93

seq1  GTCTACACATCTTCATATACATAATGGAAATGCACTATCCTTTGAAGCTT  149
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  GTCTACACATC-TCATATACATAATGG-AATGCACTATCCTTTGAAGC-T  140

seq1  TAATGATATCCCAGTTTGTTGTTCTGTTTAAATTTTAATAGGGCAATTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATATCCCAGTTTGTTGTTCTGTTTAAATTTTAATAGGGCAATTTC  190

seq1  CAGAAAATAGGCTGAGAACAGGACATAAAAGTGTTACAGT-CCTTGACTT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGAAAATAGGCTGAGAACAGGACATAAAAGTGTTACAGTCCCTTGACTT  240

seq1  ATGCTTTTAGATTATCCACATGAAGTAGATAAAGATGCAAAAAGACTTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTAGATTATCCACATGAAGTAGATAAAGATGCAAAAAGACTTTT  290

seq1  GTCCATAATCGATGGCTTTTGTTGTCATGTTACAAATTTACATCCTAAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATAATCGATGGCTTTTGTTGTCATGTTACAAATTTACATCCTAAAG  340

seq1  AAAATATATACTTGATATCCATTTATGTCTTCTTTTGAGAACAGTTTTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATACTTGATATCCATTTATGTCTTCTTTTGAGAACAGTTTTAA  390

seq1  GGTTTCTTGATAGATACAATATATAGATACAATATATGCCAATTGTTTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTTGATAGATACAATATATAGATACAATATATGCCAATTGTTTAT  440

seq1  TGGCATATATTGTATCTATTGTTTGCTTAGGTATATGTGAACATGCTTGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATATTGTATCTATTGTTTGCTTAGGTATATGTGAACATGCTTGC  490

seq1  TACAGTATACACTGGTCAGAGACTGTCTTTTAACCTGCAGGTATGGTTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTATACACTGGTCAGAGACTGTCTTTTAACCTGCAGGTATGGTTTC  540

seq1  TTCTTTCACCCCATGAGTCTCTTGGGTGAAACTTGTCTTTCTTCAAAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCACCCCATGAGTCTCTTGGGTGAAACTTGTCTTTCTTCAAAAAA  590

seq1  TCCTCATATTGTATTTAGAATTACTGCTTTGTTTTTCAATTTAATATTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATATTGTATTTAGAATTACTGCTTTGTTTTTCAATTTAATATTTA  640

seq1  AGTTGCTTCTCATTAAAATTTTCTTATTTGACTAATTGTCTGAAACCCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTCTCATTAAAATTTTCTTATTTGACTAATTGTCTGAAACCCCT  690

seq1  TGTAGCCTTAATGTTTTGTGATAGTGGAATATTTCTTAAAACTCCATTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCTTAATGTTTTGTGATAGTGGAATATTTCTTAAAACTCCATTAT  740

seq1  AATAAAAAATGGAAAATGGAAAAAAAATCACATAGCAAAGTTAACCATCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAATGGAAAATGGAAAAAAAATCACATAGCAAAGTTAACCATCC  790

seq1  CTGAAGTCGATACAACTGAATGAATTTCTGTACTATGCAGTTAAAGTGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTCGATACAACTGAATGAATTTCTGTACTATGCAGTTAAAGTGGT  840

seq1  CATTTAAAACTGAAACTATGAAGTTTCACACTGGATTTTACATTTTTCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAACTGAAACTATGAAGTTTCACACTGGATTTTACATTTTTCAT  890

seq1  TGTTGTATATGTTTTATGTACTTATTTACCACCAACACTTAAGATCCATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTATATGTTTTATGTACTTATTTACCACCAACACTTAAGATCCATG  940

seq1  GCAGAAATACAGTTAGAAAAACCATTACCTATATGTTCTCTTTCATAACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAATACAGTTAGAAAAACCATTACCTATATGTTCTCTTTCATAACT  990

seq1  CATTCGATATCATTGCCTACATAATTAAGCTGAACTCTGTCTGACTTTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGATATCATTGCCTACATAATTAAGCTGAACTCTGTCTGACTTTCA  1040

seq1  ATTTATATTTAGGATAATCCACCTCAAATTCCAATCTTATTTAGGATATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATTTAGGATAATCCACCTCAAATTCCAATCTTATTTAGGATATG  1090

seq1  ATCCTACACCTGTTCTCAGTTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACACCTGTTCTCAGTTGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |