BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287M01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 91,433,368 - 91,603,883
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620016, LOC654475
Upstream genePpia-ps4_804.1, LOC664840, LOC664848, LOC100042274, Elavl2, LOC664864
Downstream gene4930577H14Rik, LOC664886, 1700011H22Rik, LOC68280
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287M01.bB6Ng01-287M01.g
ACCGA085591GA085592
length1,1011,099
definitionB6Ng01-287M01.b B6Ng01-287M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,433,368 - 91,434,481)(91,602,797 - 91,603,883)
sequence
gaattctctgttaattagtctctaatttagtatactgtaaattcagaaac
tcttgggtcacatcatatgtcctattcacttttctgatgctcctgcatac
attttgtttcctgtttataacctttctgcctctctttgcattgataaagt
gcattttctgcttacttgtattttttttagcttgaaattcatgctttttg
ttttgattcattttgtgcttaataatccttatcaaagactaatatgtgtt
gctcttccagataataaaaaaggcagatatttaagtcaatgcagccattg
ccacccaggttttatgtcattgttttctgagaaacataaagaaatgacaa
tttcatttgaaattgtctagggctgctgtggcaaagcagggtagtttaac
aaacagaaatgtactcaaggtgctgacatggcaacttcttactgaagtat
gtaaaggcatattcttcttgcatctccagccttgagagccacagcagttc
ttatacaagtgtttggaggaattcgcactctgcctacattttagatgacc
tgtctctcccttgtcccccttctcttgctctctctgtttccacaaatcat
attgtatcatgagctcacttccttccatttgatttcttaactgactgcac
tggtaaaggtcaatctaggttgcattactgtaccttagactagttatttg
atgaatgtgagagtcacagtggaattttgtccaacaccgattcttcaggt
tttaaagagaaacattggttcccatttcattgtttatgttagtaaaactg
ttctgcttattagagtttgagagataaattttactgatagttgcataata
atatgaatgtatttagcagcattggattgtatacttaaaatggttgataa
taaattttatgttatatgtattttacataataaaatattagtagatatta
taggtatattgcttataggccttctttgaagacatgataaaaataatatt
tcattgataggaaaataatgtactggaggactcagtcatattaaaaggaa
gagaatattagaggataagatagataagataaagtatctttgaccatggg
a

gaattcagtatcagaggtaagctcacttatcacttatcagataaatttac
taaaatactttaagaattgaataaaattccatttaattacatagtcacta
tatacacacacatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatagatgcagagacctttatgtatattaaatgtgaatgctataca
aattggttatcccttccctgcttcaggtatctgttacctgttatatggga
tctaggcctggcgaagttttgttgtttgctttgtttcacttttcttagta
acagtctttggtaatggcttaacaatatattgaatttaataaaatgaatg
gaattttatagattaaaatgaactcggttactgacaagtaagtttggtag
aatcacagtaaagagcttagatgaagcaggtgacagagtgtactggaaga
ctgtgcatacaatgaggctgaattccgatgcagtgtgcagtcactgcact
cttggtggactcagtgtgctggaaataggaatgtaacaggaactacaaag
gacataggttttttttttttaactatgaattttcaacttagctacctaaa
tatcataaatttatggtctattgtttaatttgcattcaatatacctacat
gtccattatatctgcagacttgacattctcttgatgaaacagcatgcact
caatttgagaaacagtggaggtagcatttaaaatgtgcaggcatagcttt
tgtgcattttatcaacactgtaaaaaccaccttcgtgcttttggaaactc
catatcatatatctctgaacagcatcgctgtgctacaatttgggttttat
ttctattcacctcatgtacccttatgggaaccaactttcaatgttcctgt
agtcatctgtaaagaataatgttattacggaatacccattttgtggggct
tatttttttttatagatgatgactaacaatgttacatgaagggacttctg
catatctatataaataactcagtacattactcagtcattactactgctgc
tgtccttatttttatagataaagatgattcttcttaatttcagagaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_91433368_91434481
seq2: B6Ng01-287M01.b_45_1145

seq1  GAATTCTCTGTTAATTAGTCTCTAATTTAGTATACTGTAAATTCAGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTAATTAGTCTCTAATTTAGTATACTGTAAATTCAGAAAC  50

seq1  TCTTGGGTCACATCATATGTCCTATTCACTTTTCTGATGCTCCTGCATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTCACATCATATGTCCTATTCACTTTTCTGATGCTCCTGCATAC  100

seq1  ATTTTGTTTCCTGTTTATAACCTTTCTGCCTCTCTTTGCATTGATAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTTCCTGTTTATAACCTTTCTGCCTCTCTTTGCATTGATAAAGT  150

seq1  GCATTTTCTGCTTACTTGTATTTTTTTTAGCTTGAAATTCATGCTTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTGCTTACTTGTATTTTTTTTAGCTTGAAATTCATGCTTTTTG  200

seq1  TTTTGATTCATTTTGTGCTTAATAATCCTTATCAAAGACTAATATGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTCATTTTGTGCTTAATAATCCTTATCAAAGACTAATATGTGTT  250

seq1  GCTCTTCCAGATAATAAAAAAGGCAGATATTTAAGTCAATGCAGCCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCAGATAATAAAAAAGGCAGATATTTAAGTCAATGCAGCCATTG  300

seq1  CCACCCAGGTTTTATGTCATTGTTTTCTGAGAAACATAAAGAAATGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAGGTTTTATGTCATTGTTTTCTGAGAAACATAAAGAAATGACAA  350

seq1  TTTCATTTGAAATTGTCTAGGGCTGCTGTGGCAAAGCAGGGTAGTTTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTGAAATTGTCTAGGGCTGCTGTGGCAAAGCAGGGTAGTTTAAC  400

seq1  AAACAGAAATGTACTCAAGGTGCTGACATGGCAACTTCTTACTGAAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAATGTACTCAAGGTGCTGACATGGCAACTTCTTACTGAAGTAT  450

seq1  GTAAAGGCATATTCTTCTTGCATCTCCAGCCTTGAGAGCCACAGCAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGCATATTCTTCTTGCATCTCCAGCCTTGAGAGCCACAGCAGTTC  500

seq1  TTATACAAGTGTTTGGAGGAATTCGCACTCTGCCTACATTTTAGATGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAAGTGTTTGGAGGAATTCGCACTCTGCCTACATTTTAGATGACC  550

seq1  TGTCTCTCCCTTGTCCCCCTTCTCTTGCTCTCTCTGTTTCCACAAATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCCCTTGTCCCCCTTCTCTTGCTCTCTCTGTTTCCACAAATCAT  600

seq1  ATTGTATCATGAGCTCACTTCCTTCCATTTGATTTCTTAACTGACTGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATCATGAGCTCACTTCCTTCCATTTGATTTCTTAACTGACTGCAC  650

seq1  TGGTAAAGGTCAATCTAGGTTGCATTACTGTACCTTAGACTAGTTATTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAGGTCAATCTAGGTTGCATTACTGTACCTTAGACTAGTTATTTG  700

seq1  ATGAATGTGAGAGTCACAGTGGAATTTTGTCCAACACCGATTCTTCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTGAGAGTCACAGTGGAATTTTGTCCAACACCGATTCTTCAGGT  750

seq1  TTTAAAGAGAAACATTGGTTCCCATTTCATTGTTTATGTTAGTAAAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAGAAACATTGGTTCCCATTTCATTGTTTATGTTAGTAAAACTG  800

seq1  TTCTGCTTATTAGAGTTTGAGAGATAAATTTTACTGATAGTTGCATAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTTATTAGAGTTTGAGAGATAAATTTTACTGATAGTTGCATAATA  850

seq1  ATATGAATGTATTTAGCAGCATTGGATTGTATACTTAAAATGGTTGATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATGTATTTAGCAGCATTGGATTGTATACTTAAAATGGTTGATAA  900

seq1  TAAATTTTATGTTATATGTATTTTACAATAATAAAAATATTAGGTAGATA  950
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| 
seq2  TAAATTTTATGTTATATGTATTTTAC-ATAAT-AAAATATTA-GTAGAT-  946

seq1  ATTATAGGTATATTGCTTATAGGCCTTCTTTGAAGAACATGATAAAATAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |
seq2  ATTATAGGTATATTGCTTATAGGCCTTCTTTGAAG-ACATGATAAAAATA  995

seq1  ATATTTCATTGATAAGGAAAATAATGTAACTGAGGAACTCAGTCATATTA  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||
seq2  ATATTTCATTGAT-AGGAAAATAATGT-ACTGGAGGACTCAGTCATATTA  1043

seq1  AAAAGAAAGAAGAATATTAGAGGATAAATAGTATAGATAAAATTAATTCC  1100
      ||| |||   |||||||||||||||||     |||||||| || || |  
seq2  AAAGGAA--GAGAATATTAGAGGATAA----GATAGATAAGATAAAGTAT  1087

seq1  TTTTGACCATGGGA  1114
       |||||||||||||
seq2  CTTTGACCATGGGA  1101


seq1: chr4_91602797_91603883
seq2: B6Ng01-287M01.g_66_1164 (reverse)

seq1  ATTTCTCTGGAACT-AGAAGAATCATCTTTATCTATGAAAATAA-GACAG  48
      ||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  ATTTCTCTGAAATTAAGAAGAATCATCTTTATCTATAAAAATAAGGACAG  50

seq1  CAGCAGTAGTAATGACTGAGTAATGTACTGAG-TATTTATATAGATATGC  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTAGTAATGACTGAGTAATGTACTGAGTTATTTATATAGATATGC  100

seq1  AG-AGT-CCTTCATGT-ACATTGTTAGTCATCATCTAT--AAAAAAATAA  142
      || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AGAAGTCCCTTCATGTAACATTGTTAGTCATCATCTATAAAAAAAAATAA  150

seq1  GCCCCACAAAATGGGTA-TCCGT-ATTACA-TATTCTTTACAGATGACTA  189
      ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACAAAATGGGTATTCCGTAATAACATTATTCTTTACAGATGACTA  200

seq1  CAGGAACATTGAAAG-TGGTTCCCATAAGGGTACATGAGGTGAATAGAAA  238
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACATTGAAAGTTGGTTCCCATAAGGGTACATGAGGTGAATAGAAA  250

seq1  TAAAACCCAAATTGTAGCACAGCGATGCTGTTCAGAGATATATGATATGG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCCAAATTGTAGCACAGCGATGCTGTTCAGAGATATATGATATGG  300

seq1  AGTTTCCAAAAGCACGAAGGTGGTTTTTACAGTGTTGATAAAATGCACAA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAAAAGCACGAAGGTGGTTTTTACAGTGTTGATAAAATGCACAA  350

seq1  AAGCTATGCCTGCACATTTTAAATGCTACCTCCACTGTTTCTCAAATTGA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATGCCTGCACATTTTAAATGCTACCTCCACTGTTTCTCAAATTGA  400

seq1  GTGCATGCTGTTTCATCAAGAGAATGTCAAGTCTGCAGATATAATGGACA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCTGTTTCATCAAGAGAATGTCAAGTCTGCAGATATAATGGACA  450

seq1  TGTAGGTATATTGAATGCAAATTAAACAATAGACCATAAATTTATGATAT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTATATTGAATGCAAATTAAACAATAGACCATAAATTTATGATAT  500

seq1  TTAGGTAGCTAAGTTGAAAATTCATAGTTAAAAAAAAAAAACCTATGTCC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAGCTAAGTTGAAAATTCATAGTTAAAAAAAAAAAACCTATGTCC  550

seq1  TTTGTAGTTCCTGTTACATTCCTATTTCCAGCACACTGAGTCCACCAAGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGTTCCTGTTACATTCCTATTTCCAGCACACTGAGTCCACCAAGA  600

seq1  GTGCAGTGACTGCACACTGCATCGGAATTCAGCCTCATTGTATGCACAGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGACTGCACACTGCATCGGAATTCAGCCTCATTGTATGCACAGT  650

seq1  CTTCCAGTACACTCTGTCACCTGCTTCATCTAAGCTCTTTACTGTGATTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTACACTCTGTCACCTGCTTCATCTAAGCTCTTTACTGTGATTC  700

seq1  TACCAAACTTACTTGTCAGTAACCGAGTTCATTTTAATCTATAAAATTCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAACTTACTTGTCAGTAACCGAGTTCATTTTAATCTATAAAATTCC  750

seq1  ATTCATTTTATTAAATTCAATATATTGTTAAGCCATTACCAAAGACTGTT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTTATTAAATTCAATATATTGTTAAGCCATTACCAAAGACTGTT  800

seq1  ACTAAGAAAAGTGAAACAAAGCAAACAACAAAACTTCGCCAGGCCTAGAT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAAAAGTGAAACAAAGCAAACAACAAAACTTCGCCAGGCCTAGAT  850

seq1  CCCATATAACAGGTAACAGATACCTGAAGCAGGGAAGGGATAACCAATTT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATAACAGGTAACAGATACCTGAAGCAGGGAAGGGATAACCAATTT  900

seq1  GTATAGCATTCACATTTAATATACATAAAGGTCTCTGCATCTATCTATCT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCATTCACATTTAATATACATAAAGGTCTCTGCATCTATCTATCT  950

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTGTGTGTATAT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTGTGTGTATAT  1000

seq1  AGTGACTATGTAATTAAATGGAATTTTATTCAATTCTTAAAGTATTTTAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTATGTAATTAAATGGAATTTTATTCAATTCTTAAAGTATTTTAG  1050

seq1  TAAATTTATCTGATAAGTGATAAGTGAGCTTACCTCTGATACTGAATTC  1087
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATCTGATAAGTGATAAGTGAGCTTACCTCTGATACTGAATTC  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |