BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289E21
Chromosome4 (Build37)
Map Location 36,435,396 - 36,595,195
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLingo2
Downstream geneLOC100042132, LOC545600, LOC621458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289E21.bB6Ng01-289E21.g
ACCGA086745GA086746
length1,1241,100
definitionB6Ng01-289E21.b B6Ng01-289E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,435,396 - 36,436,515)(36,594,113 - 36,595,195)
sequence
gggaattctgtacatactcaatagtatgtttaattatattgtccattaag
tgagataatggattcctcattggtgctcttctctggagatttaaagcatt
agcaataaattattatttgtgtcattaatattatctttaaaatacatagc
attagaatatactcttaatatgtgactcacaaacactaatgggtatttat
gagagaagtgactcagttgttatttgcaactagtagtgaaaagttgcagt
gtctttcctcaactcggagtcctctctcttgctctataatgttgtcatga
agatagtgagaaatgtcagcagtgactgaccgtgatgtctcaagtgctag
tctattgttgttttgctaaagtctaaacaaagagactatttaatgtctgg
agctaagtagaatattaagagagagaatcaagaatgaggtagaagagaca
ttgaggggataggaaaaaaagaatgtaatggaatacataaaaaatgaatg
caaaggtggggtctaaatgggggaagaaagggcaccatgataaactctaa
tactttatttgataaccaaaatagagatgagagtgttttagtggttgatt
cactttattcatgaaaatactcttgtactttatacagcccaggaaatggc
ttatatccttatttgagctcactgtctgcttctggaaaaaagtcatgttg
tggacctttgtaatgtattatcatgagcatattgagttaagacaggtaac
ctctctttctctacacctataatgattataactttacctccaaataaaag
tggtttagaagctgtaagtattaatctttgtgttatattatatatgtgct
attggtacaagaacctaaagatttaactttagcctacgatgtctaaaatt
atgctttctgttgcttttactcagcattaattttcaggcaagagagaaaa
aaaatcagtttagaaatccatcaactttttctcattgtaatttacttcct
cttattactccagtttttgttgagtgcaaacatcatatttataagagcca
taacttccatgtttgctctagaggtaataccacactggaatttttatttt
agcttaaaacgttttatattcact

gaattcactctgatgactatttaactgactggatttcacatttggaatgg
ttattcactaacctacttaatgttgtctttttatgtgtggttgtcctctt
tcaaactgttgtctggcttctgaaatttatctcatctaccctgctggtat
agtgaagctcaaacagaaaattagcctgattcctcaggtgatgaaagaaa
atgctgagttggcaactctattattagggagggtttcaattatagatatg
agagagaaaacatctggatctatcttgaagagtctgtaacagagagaaag
aaaaccagattggacattgtgagatctatagcatgcatgttgaaatgtac
ttgtggtacagaaggaacacagaggccagcatgggctttgataagctaat
aggcaccatggatatatttccctgtacccatatgtctcatctgccatagg
taagggaaatgtttcctttaatagctgtgaactagtttctgggaatgcta
gaatttatctaaccctcagaaatcctcctttactcactgtagcttgagct
cattcctggatgtttggaaagtctgtggcctcacaattatctgttttcaa
atcttccttgacttctgagtgtatttcatccactcaacgtgaagctcaaa
aggaaatttgcctgatttctcaggagatttcttctgggccagtttggttc
tgagtgtcacaatgttccttgaatcctagggcctttccacacagctgttt
ctctatcatgtacaactgtcatgcacatctgccatgcacatctgccatgc
acatctgccatgcacatctgccatgcacatctggcatacacatctgccat
gcacatctgttatgcacatctgccatgcacatctgtcatgcacatctcca
tgcacatctgccatacacatctgtcatgcacatctgccatgcacatctgc
catgcacatctgccatgcacaatctgccatgccacatctggcataacaca
tctgccatgcacatctggttatgccacatctggccaatgccacaatctgt
tatgccacaatctggccatgcacattctgttcatggcaacattctccatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36435396_36436515
seq2: B6Ng01-289E21.b_49_1170

seq1  GAATTCTGTACATACTCAATAGTATGTTTAATTATATTGTCCATTAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACATACTCAATAGTATGTTTAATTATATTGTCCATTAAGTG  50

seq1  AGATAATGGATTCCTCATTGGTGCTCTTCTCTGGAGATTTAAAGCATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGGATTCCTCATTGGTGCTCTTCTCTGGAGATTTAAAGCATTAG  100

seq1  CAATAAATTATTATTTGTGTCATTAATATTATCTTTAAAATACATAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATTATTATTTGTGTCATTAATATTATCTTTAAAATACATAGCAT  150

seq1  TAGAATATACTCTTAATATGTGACTCACAAACACTAATGGGTATTTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATATACTCTTAATATGTGACTCACAAACACTAATGGGTATTTATGA  200

seq1  GAGAAGTGACTCAGTTGTTATTTGCAACTAGTAGTGAAAAGTTGCAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTGACTCAGTTGTTATTTGCAACTAGTAGTGAAAAGTTGCAGTGT  250

seq1  CTTTCCTCAACTCGGAGTCCTCTCTCTTGCTCTATAATGTTGTCATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCAACTCGGAGTCCTCTCTCTTGCTCTATAATGTTGTCATGAAG  300

seq1  ATAGTGAGAAATGTCAGCAGTGACTGACCGTGATGTCTCAAGTGCTAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGAAATGTCAGCAGTGACTGACCGTGATGTCTCAAGTGCTAGTC  350

seq1  TATTGTTGTTTTGCTAAAGTCTAAACAAAGAGACTATTTAATGTCTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTGTTTTGCTAAAGTCTAAACAAAGAGACTATTTAATGTCTGGAG  400

seq1  CTAAGTAGAATATTAAGAGAGAGAATCAAGAATGAGGTAGAAGAGACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGAATATTAAGAGAGAGAATCAAGAATGAGGTAGAAGAGACATT  450

seq1  GAGGGGATAGGAAAAAAAGAATGTAATGGAATACATAAAAAATGAATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGATAGGAAAAAAAGAATGTAATGGAATACATAAAAAATGAATGCA  500

seq1  AAGGTGGGGTCTAAATGGGGGAAGAAAGGGCACCATGATAAACTCTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGGGTCTAAATGGGGGAAGAAAGGGCACCATGATAAACTCTAATA  550

seq1  CTTTATTTGATAACCAAAATAGAGATGAGAGTGTTTTAGTGGTTGATTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTGATAACCAAAATAGAGATGAGAGTGTTTTAGTGGTTGATTCA  600

seq1  CTTTATTCATGAAAATACTCTTGTACTTTATACAGCCCAGGAAATGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCATGAAAATACTCTTGTACTTTATACAGCCCAGGAAATGGCTT  650

seq1  ATATCCTTATTTGAGCTCACTGTCTGCTTCTGGAAAAAAGTCATGTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTTATTTGAGCTCACTGTCTGCTTCTGGAAAAAAGTCATGTTGTG  700

seq1  GACCTTTGTAATGTATTATCATGAGCATATTGAGTTAAGACAGGTAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTGTAATGTATTATCATGAGCATATTGAGTTAAGACAGGTAACCT  750

seq1  CTCTTTCTCTACACCTATAATGATTATAACTTTACCTCCAAATAAAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTCTACACCTATAATGATTATAACTTTACCTCCAAATAAAAGTG  800

seq1  GTTTAGAAGCTGTAAGTATTAATCTTTGTGTTATATTATATATGTGCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGAAGCTGTAAGTATTAATCTTTGTGTTATATTATATATGTGCTAT  850

seq1  TGGTACAAGAACCTAAAGATTTAACTTTAGCCTACGATGTCTAAAATTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACAAGAACCTAAAGATTTAACTTTAGCCTACGATGTCTAAAATTAT  900

seq1  GCTTTCTGTTGCTTTTACTCAGCATTAATTTTCAGGGCAAGAGAGAAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GCTTTCTGTTGCTTTTACTCAGCATTAATTTTCA-GGCAAGAGAG-AAAA  948

seq1  AAAATCAGTTTAGAAATCCATCAAC-TATTCTCATTGTAATTTACTTCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGTTTAGAAATCCATCAACTTTTTCTCATTGTAATTTACTTCCT  998

seq1  CTTA-TACTCCAGTTTTTG-TGAGTGCAAAACATCATATTATAAAGAGCC  1047
      |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  CTTATTACTCCAGTTTTTGTTGAGTGC-AAACATCATATTTATAAGAGCC  1047

seq1  ATA--CTCCATGTTTGGCTCTAAGAAGGTAATACCACACT-GAATTTTTA  1094
      |||   ||||||||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAACTTCCATGTTT-GCTCTA--GAGGTAATACCACACTGGAATTTTTA  1094

seq1  TTTTAGCTAAAAAAG-GTTATA-TCACT  1120
      |||||||| |||| |  ||||| |||||
seq2  TTTTAGCTTAAAACGTTTTATATTCACT  1122


seq1: chr4_36594113_36595195
seq2: B6Ng01-289E21.g_65_1164 (reverse)

seq1  CATGGAG-ATGT--GCATG-ACAG-ATGTGCATGG-CAGA-TGT-GCATA  42
      ||||||| ||||   |||| |||| |||||||||| |||| ||| |||||
seq2  CATGGAGAATGTTGCCATGAACAGAATGTGCATGGCCAGATTGTGGCATA  50

seq1  ACAGA-TGT-GCAT--GGCAGATGT-GCATAA-CAGATGTGCATGGCAGA  86
      ||||| ||| ||||  | ||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAGATTGTGGCATTGGCCAGATGTGGCATAACCAGATGTGCATGGCAGA  100

seq1  TGTG-TATGCCAGATGT-GCATGGCAGA-TGTGCATGGCAGATGTGCATG  133
      |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATGCCAGATGTGGCATGGCAGATTGTGCATGGCAGATGTGCATG  150

seq1  GCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACAGATGTGTATGGCAGATGTGCA  183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACAGATGTGTATGGCAGATGTGCA  200

seq1  TGGAGATGTGCATGACAGATGTGCATGGCAGATGTGCATAACAGATGTGC  233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATGTGCATGACAGATGTGCATGGCAGATGTGCATAACAGATGTGC  250

seq1  ATGGCAGATGTGTATGCCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGT  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGATGTGTATGCCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGT  300

seq1  GCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACAGTTGTACATGATAGAG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACAGTTGTACATGATAGAG  350

seq1  AAACAGCTGTGTGGAAAGGCCCTAGGATTCAAGGAACATTGTGACACTCA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTGTGTGGAAAGGCCCTAGGATTCAAGGAACATTGTGACACTCA  400

seq1  GAACCAAACTGGCCCAGAAGAAATCTCCTGAGAAATCAGGCAAATTTCCT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAACTGGCCCAGAAGAAATCTCCTGAGAAATCAGGCAAATTTCCT  450

seq1  TTTGAGCTTCACGTTGAGTGGATGAAATACACTCAGAAGTCAAGGAAGAT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTTCACGTTGAGTGGATGAAATACACTCAGAAGTCAAGGAAGAT  500

seq1  TTGAAAACAGATAATTGTGAGGCCACAGACTTTCCAAACATCCAGGAATG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAACAGATAATTGTGAGGCCACAGACTTTCCAAACATCCAGGAATG  550

seq1  AGCTCAAGCTACAGTGAGTAAAGGAGGATTTCTGAGGGTTAGATAAATTC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGCTACAGTGAGTAAAGGAGGATTTCTGAGGGTTAGATAAATTC  600

seq1  TAGCATTCCCAGAAACTAGTTCACAGCTATTAAAGGAAACATTTCCCTTA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTCCCAGAAACTAGTTCACAGCTATTAAAGGAAACATTTCCCTTA  650

seq1  CCTATGGCAGATGAGACATATGGGTACAGGGAAATATATCCATGGTGCCT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGCAGATGAGACATATGGGTACAGGGAAATATATCCATGGTGCCT  700

seq1  ATTAGCTTATCAAAGCCCATGCTGGCCTCTGTGTTCCTTCTGTACCACAA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTTATCAAAGCCCATGCTGGCCTCTGTGTTCCTTCTGTACCACAA  750

seq1  GTACATTTCAACATGCATGCTATAGATCTCACAATGTCCAATCTGGTTTT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTTCAACATGCATGCTATAGATCTCACAATGTCCAATCTGGTTTT  800

seq1  CTTTCTCTCTGTTACAGACTCTTCAAGATAGATCCAGATGTTTTCTCTCT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCTGTTACAGACTCTTCAAGATAGATCCAGATGTTTTCTCTCT  850

seq1  CATATCTATAATTGAAACCCTCCCTAATAATAGAGTTGCCAACTCAGCAT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTATAATTGAAACCCTCCCTAATAATAGAGTTGCCAACTCAGCAT  900

seq1  TTTCTTTCATCACCTGAGGAATCAGGCTAATTTTCTGTTTGAGCTTCACT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCATCACCTGAGGAATCAGGCTAATTTTCTGTTTGAGCTTCACT  950

seq1  ATACCAGCAGGGTAGATGAGATAAATTTCAGAAGCCAGACAACAGTTTGA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGCAGGGTAGATGAGATAAATTTCAGAAGCCAGACAACAGTTTGA  1000

seq1  AAGAGGACAACCACACATAAAAAGACAACATTAAGTAGGTTAGTGAATAA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGACAACCACACATAAAAAGACAACATTAAGTAGGTTAGTGAATAA  1050

seq1  CCATTCCAAATGTGAAATCCAGTCAGTTAAATAGTCATCAGAGTGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCAAATGTGAAATCCAGTCAGTTAAATAGTCATCAGAGTGAATTC  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |