BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289K06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 58,092,708 - 58,278,976
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSvep1
Upstream geneEpb4.1l4b, Ptpn3, LOC100041460, 1700042G15Rik, LOC100041342, LOC619973, LOC667049, Palm2, LOC100041513, Akap2, D630039A03Rik, Txn1, Txndc8
Downstream geneMusk, Edg2, LOC675306, LOC433711, Olfr267, AI314180, LOC100041581, Ltb4dh, 2010203O07Rik, Gng10, AI481877, LOC433712, Ugcg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289K06.bB6Ng01-289K06.g
ACCGA086982GA086983
length5351,086
definitionB6Ng01-289K06.b B6Ng01-289K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,092,708 - 58,093,248)(58,277,891 - 58,278,976)
sequence
caggtaactgtttatgattggacgcttcacctcttcttgactgaaggtgt
tgtcgccacctgctggcagtcacatgtaagttacacctcttatctgggcc
agcaaggtcacttttcattttggtaacttattactatcttgcaaagctaa
aaatacgaatattctacgacccaagctacagcttgcaatgtctaggccag
ggatatcctattttatatgttccaggaaacagacaggaatactcggtgta
actctgcttttataagaaaataaagtgggagcacattagtgtagtactgt
agagaaatgagtaatttagagatttgggatttgtgctgaaatgactattc
acatgttcaaccaccatagacaattccctcctgtactgtggatagccagc
aggggcccatcacttcttatgataatcacattacactaaagttattgctg
ttgttttaattcaggatttcagaaagttctcatgtcagtgtttgaggttc
caggacatgtcaccacctctgtggtgcctgtgtgt
gaattcttcagcacaggaaactagaacagaagatcctgatgggtgttttc
tgtaggctggagcatccgacacaaacaagtgtgccaatagcttataggga
gtaatgagaggtgttatttctgcttacttattatagatcacctatatttt
ttgttcacagagatataataaatgatttgtccaacactttctcaattccc
agggacactatgtttacaataattctcaaacctgtccaccttgctaagga
gggcagatccactaatgtattagtactaatgcacaataaacttgtcagta
gtcaatagcgccttgtggtggtttgaatgaggatgcccttaggcttcgta
tatttgcatgtttggttcccatctaggctgtttgggaagacttgggaagt
gtggccttgttggaggggttgtgggcttgaagaaggtgtgtcactagggg
tgggttttgaggtttcaaaaacctacaccaggcctagtgttgctcttttt
gcctcctgcctgcagatcaggatgtaagctctcagttactgctccagcac
cgtgccttcctccctgccaccatgctccctgccaattaaatgcctccttt
tatacgtagtcacagtcatgggtttctcttcacggaaacagaacagtggc
taaacttcatcttagcaactctgacatccattctacagctttacaaaggc
cccaggtcacaggtgttataattgcccctacataacacaggcatacttat
gtatttgcagtctcctgtccccttgctagctccacatggtagtaagcagt
gattttgtacctcaccagtatgatcccttctgtgtgcagatgccctctga
tgccttccagccatctattacggaagactacttttttagaattctcagct
gtatgtccattcactttatagaaaagataggtgtgagcctgtattagagt
agatcgtggactggtctctgtttgtaggtgcttgcctagtatgcacaacg
attggattcgatccacacccacagcatcagctagattgatgggtgaccgg
actccaatctcagcactcagggaatttggctcagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_58092708_58093248
seq2: B6Ng01-289K06.b_47_587

seq1  GAATTCCAGGTAACTGTTTATGATTGGACGCTTCACCTCTTCTTGACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAACTGTTTATGATTGGACGCTTCACCTCTTCTTGACTGA  50

seq1  AGGTGTTGTCGCCACCTGCTGGCAGTCACATGTAAGTTACACCTCTTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTGTCGCCACCTGCTGGCAGTCACATGTAAGTTACACCTCTTATC  100

seq1  TGGGCCAGCAAGGTCACTTTTCATTTTGGTAACTTATTACTATCTTGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCAGCAAGGTCACTTTTCATTTTGGTAACTTATTACTATCTTGCAA  150

seq1  AGCTAAAAATACGAATATTCTACGACCCAAGCTACAGCTTGCAATGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAAATACGAATATTCTACGACCCAAGCTACAGCTTGCAATGTCTA  200

seq1  GGCCAGGGATATCCTATTTTATATGTTCCAGGAAACAGACAGGAATACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGGATATCCTATTTTATATGTTCCAGGAAACAGACAGGAATACTC  250

seq1  GGTGTAACTCTGCTTTTATAAGAAAATAAAGTGGGAGCACATTAGTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAACTCTGCTTTTATAAGAAAATAAAGTGGGAGCACATTAGTGTAG  300

seq1  TACTGTAGAGAAATGAGTAATTTAGAGATTTGGGATTTGTGCTGAAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAGAGAAATGAGTAATTTAGAGATTTGGGATTTGTGCTGAAATGA  350

seq1  CTATTCACATGTTCAACCACCATAGACAATTCCCTCCTGTACTGTGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCACATGTTCAACCACCATAGACAATTCCCTCCTGTACTGTGGATA  400

seq1  GCCAGCAGGGGCCCATCACTTCTTATGATAATCACATTACACTAAAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAGGGGCCCATCACTTCTTATGATAATCACATTACACTAAAGTTA  450

seq1  TTGCTGTTGTTTTAATTCAGGATTTCAGAAAGTTCTCATGTCAGTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTGTTTTAATTCAGGATTTCAGAAAGTTCTCATGTCAGTGTTTG  500

seq1  AGGTTCCAGGACATGTCACCACCTCTGTGGTGCCTGTGTGT  541
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCAGGACATGTCACCACCTCTGTGGTGCCTGTGTGT  541

seq1: chr4_58277891_58278976
seq2: B6Ng01-289K06.g_69_1154 (reverse)

seq1  GGCTGAGC--ATATCCCTGAGTGCTGAGATTGTGAGT-CTGTCA-CCATC  46
      ||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||
seq2  GGCTGAGCCAAATTCCCTGAGTGCTGAGATTG-GAGTCCGGTCACCCATC  49

seq1  AATCCTAGCTTGATGCTGT-GGTGTGGATCGAATCCAAATCTTTGTGCAT  95
      ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  AAT-CTAGC-TGATGCTGTGGGTGTGGATCGAATCC-AATCGTTGTGCAT  96

seq1  ACTAGGCAAGCACCCTACCAACAGAGACCAGTCCACGATCTACTCCTAAT  145
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTAGGCAAGCA-CCTACAAACAGAGACCAGTCCACGATCTACT-CTAAT  144

seq1  ACAGGCTCACACCTATCTTTTCTATAAAGTGAATGGACATACAGCTGAGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCACACCTATCTTTTCTATAAAGTGAATGGACATACAGCTGAGA  194

seq1  ATTCTAAAAAAGTAGTCTTCCGTAATAGATGGCTGG-AGGCATCAGAGGG  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTCTAAAAAAGTAGTCTTCCGTAATAGATGGCTGGAAGGCATCAGAGGG  244

seq1  CATCTGCACACAGAAGGGATCATACTGGTGAGGTACAAAATCACTGCTTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCACACAGAAGGGATCATACTGGTGAGGTACAAAATCACTGCTTA  294

seq1  CTACCATGTGGAGCTAGCAAGGGGACAGGAGACTGCAAATACATAAGTAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATGTGGAGCTAGCAAGGGGACAGGAGACTGCAAATACATAAGTAT  344

seq1  GCCTGTGTTATGTAGGGGCAATTATAACACCTGTGACCTGGGGCCTTTGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTTATGTAGGGGCAATTATAACACCTGTGACCTGGGGCCTTTGT  394

seq1  AAAGCTGTAGAATGGATGTCAGAGTTGCTAAGATGAAGTTTAGCCACTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGTAGAATGGATGTCAGAGTTGCTAAGATGAAGTTTAGCCACTGT  444

seq1  TCTGTTTCCGTGAAGAGAAACCCATGACTGTGACTACGTATAAAAGGAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCCGTGAAGAGAAACCCATGACTGTGACTACGTATAAAAGGAGG  494

seq1  CATTTAATTGGCAGGGAGCATGGTGGCAGGGAGGAAGGCACGGTGCTGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATTGGCAGGGAGCATGGTGGCAGGGAGGAAGGCACGGTGCTGGA  544

seq1  GCAGTAACTGAGAGCTTACATCCTGATCTGCAGGCAGGAGGCAAAAAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAACTGAGAGCTTACATCCTGATCTGCAGGCAGGAGGCAAAAAGAG  594

seq1  CAACACTAGGCCTGGTGTAGGTTTTTGAAACCTCAAAACCCACCCCTAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTAGGCCTGGTGTAGGTTTTTGAAACCTCAAAACCCACCCCTAGT  644

seq1  GACACACCTTCTTCAAGCCCACAACCCCTCCAACAAGGCCACACTTCCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACCTTCTTCAAGCCCACAACCCCTCCAACAAGGCCACACTTCCCA  694

seq1  AGTCTTCCCAAACAGCCTAGATGGGAACCAAACATGCAAATATACGAAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCCCAAACAGCCTAGATGGGAACCAAACATGCAAATATACGAAGC  744

seq1  CTAAGGGCATCCTCATTCAAACCACCACAAGGCGCTATTGACTACTGACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGCATCCTCATTCAAACCACCACAAGGCGCTATTGACTACTGACA  794

seq1  AGTTTATTGTGCATTAGTACTAATACATTAGTGGATCTGCCCTCCTTAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTGTGCATTAGTACTAATACATTAGTGGATCTGCCCTCCTTAGC  844

seq1  AAGGTGGACAGGTTTGAGAATTATTGTAAACATAGTGTCCCTGGGAATTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGACAGGTTTGAGAATTATTGTAAACATAGTGTCCCTGGGAATTG  894

seq1  AGAAAGTGTTGGACAAATCATTTATTATATCTCTGTGAACAAAAAATATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGTTGGACAAATCATTTATTATATCTCTGTGAACAAAAAATATA  944

seq1  GGTGATCTATAATAAGTAAGCAGAAATAACACCTCTCATTACTCCCTATA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCTATAATAAGTAAGCAGAAATAACACCTCTCATTACTCCCTATA  994

seq1  AGCTATTGGCACACTTGTTTGTGTCGGATGCTCCAGCCTACAGAAAACAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTGGCACACTTGTTTGTGTCGGATGCTCCAGCCTACAGAAAACAC  1044

seq1  CCATCAGGATCTTCTGTTCTAGTTTCCTGTGCTGAAGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGGATCTTCTGTTCTAGTTTCCTGTGCTGAAGAATTC  1086