BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290D13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 65,691,694 - 65,796,408
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290D13.bB6Ng01-290D13.g
ACCGA087414GA087415
length1,1161,095
definitionB6Ng01-290D13.b B6Ng01-290D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,691,694 - 65,692,812)(65,795,301 - 65,796,408)
sequence
gaattctccaagagtcaaagctatcagttgctctaatagtgtgggggctt
tctatcatcacaggagtgcaagccaaatatggacagttatttctaaaaga
aaactactggatgaagggcttgacacatccttttggtcttagttgctgtg
ttaaaacactgccccaaagcaattagaacatgattatttgcctcagtctt
tgatgtctcacattgctgagagaagccaagttaggaactcaacaggaact
gaaggcaggaactgaagcggggtcctccaaagagacactcagtgacttgc
ttttcatggcttgctctacatgctttcttatagaacccaggatccctgcc
cagggatgctactgtcctaagtgggctagaccctcccactataatcatta
atgaagaaactcccacacagacatgtctacaggctagtctgatggaggca
gttcctcaattgaggttctctcctcccagataactctgttttgtgccctc
ctgacaaaaattaactagcatggcagggtttctcctttagtctatgagac
ttgggtgtgtaagtctggggcttgcaaatgcactcacataacaactctag
gagacgggggttggggtaacatctcagggttacaggtaaaacgtcaagga
gcagagttcccagcagagagtacttgctcaagggaaggtgatacaaggga
aagagctctggtgggtctatactgcaaatccctccctgagctgtccagcc
tgcctcccatcggcagtttcacactgatagcagacctcaagcctgcccca
tattgattgcagctgtcccctccctcctcctcagaccctgtctctctccc
ctgttttctcccccacatgtatttatgctgggctgcctggtaacaaacgg
ctcgttaccatgcggagggcgacagccaggcgattagtgaaatttgttac
ccgtgcgtctctgaacaaaattaaattaaaagtgctgctttcgctgtcaa
gattacggccagctgctgagatatttttcactctcaaacactcattaccc
agtgaggctggatcagaatacaatcaatggagggggaaaaaggcaaagga
taaatagagactggac

gaattctctttgatgttcagaacaatttagctgagctttagttttaccct
aactggatataattctttgtatcgcaaggccctttggggactaagtctga
aactacctggatgattggcttccaatgtgtttccattccagtctccaaat
tgctttcagtgcacacatcttctctttgctttccttctctgtattcagat
acagttccggagatatatattcttcatgggaaaagagacaggcaggagac
atgggtgtcctcttatccacaccgtcctttctcagacatcattcagttat
tagagacctgcaaacagccattcagctgaagtcctgtttctacatctcag
ctttcttctgcttttgattggttttgagcccagaggtctgggcccaagaa
tttgtgtttaggtatatggacagaattaagaaaaggggtaggaaagcatc
ctacagtctcatacatatgaaaccaaataaatcacctcagatttctgctc
taattttaaattaagatttttttccttccgttatgattattaaactatag
tcacttaaagtgtaagtaagaaccatggtatttcacttcagagatgatag
atgactttaagggtgaccatggtctgagatgtctttcagtgtacctttct
ataagttttattcttttagagtcacctattttatcattctgaatgataat
aatgatgtgtgttctgttctttccaaaaacaaaatttaatcagttttgtt
gctgttgttggactttactcttaggagattacattctaaaatggaaagat
cttttaatgtggaagcaacacattttttttttctgatttgttttcttagt
ttagtatttatttctcttccttgaacttcattaattgaatccatttctta
aaaaaaaaacacagtctactttatcaaattaacttacaaataaaaaatat
caagcaggtggttttaagaaagtttctcgagtatttgccatcccagggtt
tatagatctcactgaactctgtacaggtcaatgaccactctaagcatgca
catactaggttttacactttcacatcatgatgtacatacattgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65691694_65692812
seq2: B6Ng01-290D13.b_43_1158

seq1  GAATTCTCCAAGAGTCAAAGCTATCAGTTGCTCTAATAGTGTGGGGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAGAGTCAAAGCTATCAGTTGCTCTAATAGTGTGGGGGCTT  50

seq1  TCTATCATCACAGGAGTGCAAGCCAAATATGGACAGTTATTTCTAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATCACAGGAGTGCAAGCCAAATATGGACAGTTATTTCTAAAAGA  100

seq1  AAACTACTGGATGAAGGGCTTGACACATCCTTTTGGTCTTAGTTGCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACTGGATGAAGGGCTTGACACATCCTTTTGGTCTTAGTTGCTGTG  150

seq1  TTAAAACACTGCCCCAAAGCAATTAGAACATGATTATTTGCCTCAGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACACTGCCCCAAAGCAATTAGAACATGATTATTTGCCTCAGTCTT  200

seq1  TGATGTCTCACATTGCTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTCAACAGGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTCACATTGCTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTCAACAGGAACT  250

seq1  GAAGGCAGGAACTGAAGCGGGGTCCTCCAAAGAGACACTCAGTGACTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGGAACTGAAGCGGGGTCCTCCAAAGAGACACTCAGTGACTTGC  300

seq1  TTTTCATGGCTTGCTCTACATGCTTTCTTATAGAACCCAGGATCCCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGGCTTGCTCTACATGCTTTCTTATAGAACCCAGGATCCCTGCC  350

seq1  CAGGGATGCTACTGTCCTAAGTGGGCTAGACCCTCCCACTATAATCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATGCTACTGTCCTAAGTGGGCTAGACCCTCCCACTATAATCATTA  400

seq1  ATGAAGAAACTCCCACACAGACATGTCTACAGGCTAGTCTGATGGAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAACTCCCACACAGACATGTCTACAGGCTAGTCTGATGGAGGCA  450

seq1  GTTCCTCAATTGAGGTTCTCTCCTCCCAGATAACTCTGTTTTGTGCCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCAATTGAGGTTCTCTCCTCCCAGATAACTCTGTTTTGTGCCCTC  500

seq1  CTGACAAAAATTAACTAGCATGGCAGGGTTTCTCCTTTAGTCTATGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAAAATTAACTAGCATGGCAGGGTTTCTCCTTTAGTCTATGAGAC  550

seq1  TTGGGTGTGTAAGTCTGGGGCTTGCAAATGCACTCACATAACAACTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTGTAAGTCTGGGGCTTGCAAATGCACTCACATAACAACTCTAG  600

seq1  GAGACGGGGGTTGGGGTAACATCTCAGGGTTACAGGTAAAACGTCAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGGGGGTTGGGGTAACATCTCAGGGTTACAGGTAAAACGTCAAGGA  650

seq1  GCAGAGTTCCCAGCAGAGAGTACTTGCTCAAGGGAAGGTGATACAAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTTCCCAGCAGAGAGTACTTGCTCAAGGGAAGGTGATACAAGGGA  700

seq1  AAGAGCTCTGGTGGGTCTATACTGCAAATCCCTCCCTGAGCTGTCCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCTGGTGGGTCTATACTGCAAATCCCTCCCTGAGCTGTCCAGCC  750

seq1  TGCCTCCCATCGGCAGTTTCACACTGATAGCAGACCTCAAGCCTGCCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCATCGGCAGTTTCACACTGATAGCAGACCTCAAGCCTGCCCCA  800

seq1  TATTGATTGCAGCTGTCCCCTCCCTCCTCCTCAGACCCTGTCTCTCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATTGCAGCTGTCCCCTCCCTCCTCCTCAGACCCTGTCTCTCTCCC  850

seq1  CTGTTTTCTCCCCCACATGTATTTATGCTGGGCTGCCTGGTAACAAACGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTCCCCCACATGTATTTATGCTGGGCTGCCTGGTAACAAACGG  900

seq1  CTCGTTACCATGCGGAGGGCGACAGCCAGGCGATTAGTGAAATTTGTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTACCATGCGGAGGGCGACAGCCAGGCGATTAGTGAAATTTGTTAC  950

seq1  CCGTGCGTCTCTGAACAAAATTAAATTAAAAGTGCTGC-TTCGCTGTCAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCGTGCGTCTCTGAACAAAATTAAATTAAAAGTGCTGCTTTCGCTGTCAA  1000

seq1  GATAAGGGCCAGGCTGCTGAGATAATTTTTCACTCTCAAACACTCAATTA  1049
      ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GATTACGGCCA-GCTGCTGAGAT-ATTTTTCACTCTCAAACACTC-ATTA  1047

seq1  CCCAGTGAGGCTGGATCAG-ATACAATCAAAGGGAGGGGGAAAAAAGGAA  1098
      ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| | ||
seq2  CCCAGTGAGGCTGGATCAGAATACAATC-AATGGAGGGGGAAAAAGGCAA  1096

seq1  AGGAAAAAATAGAGACAGGAC  1119
      ||| | |||||||||| ||||
seq2  AGG-ATAAATAGAGACTGGAC  1116


seq1: chr4_65795301_65796408
seq2: B6Ng01-290D13.g_62_1156 (reverse)

seq1  TGCATATGTATGTAACAATTTAATGGATGGTGAAAGTGTAAAACCCTAGG  50
      |||| |||||||| |||   | || ||| |||||||||||||| ||||| 
seq2  TGCA-ATGTATGT-ACA---TCAT-GAT-GTGAAAGTGTAAAA-CCTAG-  41

seq1  TAATGTGCCATGGCTTTAGAGTGGTCATTTGACCTGTACAGAGTTCAGTG  100
        ||||| ||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -TATGTG-CATG--CTTAGAGTGGTCA-TTGACCTGTACAGAGTTCAGTG  86

seq1  AGATCTATAAACCCTGGGATTGGGCAAATACTCGAGAAACTTTCTT-AAA  149
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGATCTATAAACCCTGGGAT--GGCAAATACTCGAGAAACTTTCTTAAAA  134

seq1  CCACCTGCTTGATA-TTTTTATTTGTAAGTTAATTTGATAAAGTAGACTG  198
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGCTTGATATTTTTTATTTGTAAGTTAATTTGATAAAGTAGACTG  184

seq1  TGTTTTTTTTTTAAGAAATGGATTCAATTAATGAAGTTCAAGGAAGAGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTTTTAAGAAATGGATTCAATTAATGAAGTTCAAGGAAGAGAA  234

seq1  ATAAATACTAAACTAAGAAAACAAATCAG-AAAAAAAAATGTGTTGCTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACTAAACTAAGAAAACAAATCAGAAAAAAAAAATGTGTTGCTTC  284

seq1  CACATTAAAAGATCTTTCCATTTTAGAATGTAATCTCCTAAGAGTAAAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAAAAGATCTTTCCATTTTAGAATGTAATCTCCTAAGAGTAAAGT  334

seq1  CCAACAACAGCAACAAAACTGATTAAATTTTGTTTTTGGAAAGAACAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAACAGCAACAAAACTGATTAAATTTTGTTTTTGGAAAGAACAGAA  384

seq1  CACACATCATTATTATCATTCAGAATGATAAAATAGGTGACTCTAAAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCATTATTATCATTCAGAATGATAAAATAGGTGACTCTAAAAGA  434

seq1  ATAAAACTTATAGAAAGGTACACTGAAAGACATCTCAGACCATGGTCACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTTATAGAAAGGTACACTGAAAGACATCTCAGACCATGGTCACC  484

seq1  CTTAAAGTCATCTATCATCTCTGAAGTGAAATACCATGGTTCTTACTTAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGTCATCTATCATCTCTGAAGTGAAATACCATGGTTCTTACTTAC  534

seq1  ACTTTAAGTGACTATAGTTTAATAATCATAACGGAAGGAAAAAAATCTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAAGTGACTATAGTTTAATAATCATAACGGAAGGAAAAAAATCTTA  584

seq1  ATTTAAAATTAGAGCAGAAATCTGAGGTGATTTATTTGGTTTCATATGTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAATTAGAGCAGAAATCTGAGGTGATTTATTTGGTTTCATATGTA  634

seq1  TGAGACTGTAGGATGCTTTCCTACCCCTTTTCTTAATTCTGTCCATATAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTGTAGGATGCTTTCCTACCCCTTTTCTTAATTCTGTCCATATAC  684

seq1  CTAAACACAAATTCTTGGGCCCAGACCTCTGGGCTCAAAACCAATCAAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACAAATTCTTGGGCCCAGACCTCTGGGCTCAAAACCAATCAAAA  734

seq1  GCAGAAGAAAGCTGAGATGTAGAAACAGGACTTCAGCTGAATGGCTGTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGAAAGCTGAGATGTAGAAACAGGACTTCAGCTGAATGGCTGTTT  784

seq1  GCAGGTCTCTAATAACTGAATGATGTCTGAGAAAGGACGGTGTGGATAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCTCTAATAACTGAATGATGTCTGAGAAAGGACGGTGTGGATAAG  834

seq1  AGGACACCCATGTCTCCTGCCTGTCTCTTTTCCCATGAAGAATATATATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCCATGTCTCCTGCCTGTCTCTTTTCCCATGAAGAATATATATC  884

seq1  TCCGGAACTGTATCTGAATACAGAGAAGGAAAGCAAAGAGAAGATGTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAACTGTATCTGAATACAGAGAAGGAAAGCAAAGAGAAGATGTGTG  934

seq1  CACTGAAAGCAATTTGGAGACTGGAATGGAAACACATTGGAAGCCAATCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAGCAATTTGGAGACTGGAATGGAAACACATTGGAAGCCAATCA  984

seq1  TCCAGGTAGTTTCAGACTTAGTCCCCAAAGGGCCTTGCGATACAAAGAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTAGTTTCAGACTTAGTCCCCAAAGGGCCTTGCGATACAAAGAAT  1034

seq1  TATATCCAGTTAGGGTAAAACTAAAGCTCAGCTAAATTGTTCTGAACATC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCAGTTAGGGTAAAACTAAAGCTCAGCTAAATTGTTCTGAACATC  1084

seq1  AAAGAGAATTC  1108
      |||||||||||
seq2  AAAGAGAATTC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |