BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290K13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 6,995,480 - 7,107,502
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666700
Upstream gene3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414, Tox, LOC100039421
Downstream geneCar8, LOC100039494
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290K13.bB6Ng01-290K13.g
ACCGA087746GA087747
length452871
definitionB6Ng01-290K13.b B6Ng01-290K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,107,046 - 7,107,502)(6,995,480 - 6,996,371)
sequence
aaaaaattgaacatctgaacaaggagtgtgcctatttacttgtcattgtt
tttccattaaatcatgagaaatgaattgtcctaccataagctgctggtaa
tgggaaagctgagcgtggaccacaggggagcttgttatcacctttatact
tctatgtaaatctagtacttctttaaaataatgtgtagcaaaaaaggttc
gtggacttgtaagtccatgtcaggaagcatgtttagcatgtaaaaggccc
tggttgcatccccagaacacacacaaaataaacacaacatctttaggtta
atcacttgacaggggtttaataaaagcatgtgtgtagtgagatcacagtt
gttatgatttgactgaaatttctgagatggtgccttatttgaatgcttat
tcctaaaatggtggggttatttttgtttgtttgttttttttttggaagct
gt

gaattccagggccaagaagagggaatggttgggtaggggagtagggcaga
gggagggtataaggaacttttgggataccatttgaaatgtatagaaagaa
aatatctaatataaataaataaataaataaataaataaataaataaataa
aaatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatac
atacatacataaaaaaagccagccatgctggcccatgaatcatttgcctc
ttgtgatcttggaatgcacaggctgagaatgagtgcttgtaaaccagctc
ctggatagtgctttctataacatcctgaattgagagaagagtttaagata
gaaatctttcccaccccaaaagagttcttaaagaactggagataaatcat
atatagcccaccattaagcagtagaatgtgaaattttaaagggatttggg
acaattgctatggtctcacatcttataatgtttcttcattcaagactttt
gcaatgctatacatatgacttagcttggggacctgtgatgctttgcttgt
catgatcacgtgagttggagcagcttctggtcctggttgcagcgtctgag
gacacatttctctcctttcttgctaggcaatgtagagaaggatgaggtgt
caggtatttatagaagccattagcatgatgagggagttcagcagatgact
gatagctctttaaaaatatggccttaaaaagagaaaagagaggcttgtag
gtgcctttttcaatacagattgttatattgggtgtcttagatatgacaaa
tgtcaaggattgtgtctgcacagacagctcatacactgagcacgagatgc
atgctcagtgatggtgatttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_7107046_7107502
seq2: B6Ng01-290K13.b_59_516 (reverse)

seq1  ACAGCTT-CTTAAAAGAAACAAACAAACAAAAATAACCCCACCATTTTAG  49
      ||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCCAAAAAAAAAACAAACAAACAAAAATAACCCCACCATTTTAG  50

seq1  GAATAAGCATTCAAATAAGGCACCATCTCAGAAATTTCAGTCAAATCATA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGCATTCAAATAAGGCACCATCTCAGAAATTTCAGTCAAATCATA  100

seq1  ACAACTGTGATCTCACTACACACATGCTTTTATTAAACCCCTGTCAAGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTGATCTCACTACACACATGCTTTTATTAAACCCCTGTCAAGTG  150

seq1  ATTAACCTAAAGATGTTGTGTTTATTTTGTGTGTGTTCTGGGGATGCAAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCTAAAGATGTTGTGTTTATTTTGTGTGTGTTCTGGGGATGCAAC  200

seq1  CAGGGCCTTTTACATGCTAAACATGCTTCCTGACATGGACTTACAAGTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTTTTACATGCTAAACATGCTTCCTGACATGGACTTACAAGTCC  250

seq1  ACGAACCTTTTTTGCTACACATTATTTTAAAGAAGTACTAGATTTACATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAACCTTTTTTGCTACACATTATTTTAAAGAAGTACTAGATTTACATA  300

seq1  GAAGTATAAAGGTGATAACAAGCTCCCCTGTGGTCCACGCTCAGCTTTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATAAAGGTGATAACAAGCTCCCCTGTGGTCCACGCTCAGCTTTCC  350

seq1  CATTACCAGCAGCTTATGGTAGGACAATTCATTTCTCATGATTTAATGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACCAGCAGCTTATGGTAGGACAATTCATTTCTCATGATTTAATGGA  400

seq1  AAAACAATGACAAGTAAATAGGCACACTCCTTGTTCAGATGTTCAATTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATGACAAGTAAATAGGCACACTCCTTGTTCAGATGTTCAATTTT  450

seq1  TTGAATTC  457
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  458


seq1: chr4_6995480_6996371
seq2: B6Ng01-290K13.g_74_943

seq1  GAATTCCAGGGCCAAGAAGAGGGAATGGTTGGGTAGGGGAGTAGGGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCCAAGAAGAGGGAATGGTTGGGTAGGGGAGTAGGGCAGA  50

seq1  GGGAGGGTATAAGGAACTTTTGGGATACCATTTGAAATGTATAGAAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGTATAAGGAACTTTTGGGATACCATTTGAAATGTATAGAAAGAA  100

seq1  AATATCTAATATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTAATATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA  150

seq1  AAATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATAC  200

seq1  ATACATACATAAAAAAAGCCAGCCATGCTGGCCCATGAATCATTTGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATAAAAAAAGCCAGCCATGCTGGCCCATGAATCATTTGCCTC  250

seq1  TTGTGATCTTGGAATGCACAGGCTGAGAATGAGTGCTTGTAAACCAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCTTGGAATGCACAGGCTGAGAATGAGTGCTTGTAAACCAGCTC  300

seq1  CTGGATAGTGCTTTCTATAACATCCTGAATTGAGAGAAGAGTTTAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATAGTGCTTTCTATAACATCCTGAATTGAGAGAAGAGTTTAAGATA  350

seq1  GAAATCTTTCCCACCCCAAAAGAGTTCTTAAAGAACTGGAGATAAATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTTTCCCACCCCAAAAGAGTTCTTAAAGAACTGGAGATAAATCAT  400

seq1  ATATAGCCCACCATTAAGCAGTAGAATGTGAAATTTTAAAGGGATTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCCACCATTAAGCAGTAGAATGTGAAATTTTAAAGGGATTTGGG  450

seq1  ACAATTGCTATGGTCTCACATCTTATAATGTTTCTTCATTCAAGACTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGCTATGGTCTCACATCTTATAATGTTTCTTCATTCAAGACTTTT  500

seq1  GCAATGCTATACATATGACTTAGCTTGGGGACCTGTGATGCTTTGCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCTATACATATGACTTAGCTTGGGGACCTGTGATGCTTTGCTTGT  550

seq1  CATGATCACGTGAGTTGGAGCAGCTTCTGGTCCTGGTTGCAGCGTCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCACGTGAGTTGGAGCAGCTTCTGGTCCTGGTTGCAGCGTCTGAG  600

seq1  GACACATTTCTCTCCTTTCTTGCTAGGCAATGTAGAGAAGGATGAGGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTTCTCTCCTTTCTTGCTAGGCAATGTAGAGAAGGATGAGGTGT  650

seq1  CAGGGTATTTATAGAAGCCATTAGCATGATGAGGGAGTTCAGCAGATGAC  700
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GGTATTTATAGAAGCCATTAGCATGATGAGGGAGTTCAGCAGATGAC  699

seq1  TGATAGCTCTTTAAAAATATGGCCTTAAAAAAGAGAAAAGGAGAGGCTTG  750
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATAGCTCTTTAAAAATATGGCCTT-AAAAAGAGAAAA-GAGAGGCTTG  747

seq1  TAGGGTGCCTTTTTCAAATAACAGATTGTTATATTTGGGTGGTCTTAGGA  800
      || ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||  
seq2  TA-GGTGCCTTTTTCAA--TACAGATTGTTATA-TTGGGT-GTCTTAG--  790

seq1  TTATGACAAATGTCAAGGATTGTGTCCTGCACAGAACAGCTCATTACAAC  850
       |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||
seq2  ATATGACAAATGTCAAGGATTGTGT-CTGCACAG-ACAGCTCA-TAC-AC  836

seq1  TGAGCACAGAGAATGCCATGCTCAAGGTTGAGTGGGTGATTT  892
      ||||||| ||| ||| ||||||||     | |  ||||||||
seq2  TGAGCAC-GAG-ATG-CATGCTCA-----GTGATGGTGATTT  870


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |