BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290K20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 142,112,206 - 142,275,382
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546484
Upstream geneFblim1, BC025833, Slc25a34, Plekhm2, Ddi2, Agmat, Dnajc16, Casp9, Ela2a, Ctrc, Efhd2, Fhad1, Tmem51, 9030409G11Rik, EG665983
Downstream gene6330411D24Rik, Prdm2, LOC666018, EG626575, LOC433776, Pdpn, Lrrc38, LOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4, LOC666015, LOC626700, OTTMUSG00000010207, LOC100040854, LOC100040861, BC080695, LOC666049, LOC279185, LOC277668, LOC100040924
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290K20.bB6Ng01-290K20.g
ACCGA087760GA087761
length1,063815
definitionB6Ng01-290K20.b B6Ng01-290K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,274,326 - 142,275,382)(142,112,206 - 142,113,017)
sequence
gaattctcgcttggctacaaactaccgcagagaagttgcccactgaagac
actgctataggctccctgcctggttttctaaggtgaccccaggcttctgt
cccccagggctacatatacatttctctgtgaaatgcttttgaaacctcag
gctggttaaggagctgtttccgcatggagcattgtttaggctttgacagc
cacacctttgagaaatgtgctctgttttcattgattacgatgagaaccac
acactggatcttatttggaaacaaatgaaatttttctttctttttttttt
taacgtctccctttcaattaattcctctgctaattagttttagttttaat
tgattttaagacccattttgaggcacttaacagtggcaggcggcctcttt
gctcccatctccttcagcaagctcactcaattaaaaacacattacaacat
tttcatggacgatatggggtcgccattttgttctgtaaaagtcgagaacc
gaaaccacaacggcttcatgactctagaagtttcttctttcccttgggag
gtggcagagccagaactaaagtccatctgtctggatttatctactataac
ttttggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatagaggctaaccgtgc
ttccacatgcacgtgcacatgtgtggatagaggctaacaatcactctcca
ccttattcttttgcaatgaaaattgaaaaacatatataatactattttta
atgaccatagggagatggctcagtgggtagagtgtgcaagtttggggacc
ttgagtctgaatccccagaacccacataaagccagatgtggtagctcatg
tctaccatcccaattataccactggtaagatggcagctcctgccaagggc
aaggtttgctgtgctctgtgactccaggtagagttgcctatagtcactag
ccatgattttgagaaaaggcgtttaccttcttccagttcttctaaaacct
attgggatccccctggaacagcattcacagatggttgtgagctgccatgg
tggggtggctggg
gaattcctggaaggaataaaaagcaggaaaccaggtaaaggggctgcagc
catgcttgcagaggatgggcgcgatcttggtaccaacaggtgtgatggat
gttggcaagttcagtatgaagatgcttaggttttacagtagagcagggac
agcctcaatcctgccccaaacagggagataaagcaacgcaatgtcctaac
ttcagctcttcacccattttctgtcattttaaactatcacacaacatttt
cttctgggcatcatgtggccatctcgttgccatgttggaatagagatgaa
cttggccctgtagccatggcaaccaattgagcagaacaatacaatgataa
ctagtaattaagatgtggctgttgacactagagggatgagggaggagggg
ggtcacaaggactgtcacccgagactgctgccactacttatttctctttc
cccagttgcaaaggatcttgggaattttcagagtatacaggaagtggaag
atggactgagatggcaggggatctctgtgatgcagcttctatgaggtcag
catccatgactgggttgggaccttgtgcttatgcagttgttttgtggtca
cccacactcctttaagtgagccctcccttatgatctatatgtaagtcaga
taaaagtcattggctttccaggttggactttggtagggttgttcctttgg
tttattatttgctgctctgtgtgggggtgagtaggaaatttgttcatgac
tccccagaaaagctaacaaaacccttactgaattctatgggctgggccct
tcatagagaacctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_142274326_142275382
seq2: B6Ng01-290K20.b_46_1108 (reverse)

seq1  CCCAG-CACCC--ACATGGCAGCTCACAACCATCTGTGACTGCTGTTCCA  47
      ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCAGCCACCCCACCATGGCAGCTCACAACCATCTGTGAATGCTGTTCCA  50

seq1  GGGGGAT-CCAATAGGTTTTAGAAGGACTTGGAGAATGTAAACG-CTTTT  95
      ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||| |||||
seq2  GGGGGATCCCAATAGGTTTTAGAAGAACTGGAAGAAGGTAAACGCCTTTT  100

seq1  CTCAAAATCATGGCTAGTGACTATAGGCAACTCTACCTGGAGTCACAGAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATCATGGCTAGTGACTATAGGCAACTCTACCTGGAGTCACAGAG  150

seq1  CACAGCAAAACCTTGCCCTTGGCAGGAGCTGCCATCTTACCAGTGGTATA  195
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGC-AAACCTTGCCCTTGGCAGGAGCTGCCATCTTACCAGTGGTATA  199

seq1  A-TGGGATGGTAGACATGAGCTACCACATCTGGCTTTATGTGGGTTCTGG  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGATGGTAGACATGAGCTACCACATCTGGCTTTATGTGGGTTCTGG  249

seq1  GGATTCAGACTC-AGGTCCCCAAACTTGCACACTCTACCCACTGAGCCAT  293
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAGACTCAAGGTCCCCAAACTTGCACACTCTACCCACTGAGCCAT  299

seq1  CTCCCTATGGTCATTAAAAATAGTATTATATATGTTTTTCAATTTTCATT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTATGGTCATTAAAAATAGTATTATATATGTTTTTCAATTTTCATT  349

seq1  GCAAAAGAATAAGGTGGAGAGTGATTGTTAGCCTCTATCCACACATGTGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGAATAAGGTGGAGAGTGATTGTTAGCCTCTATCCACACATGTGC  399

seq1  ACGTGCATGTGGAAGCACGGTTAGCCTCTATGCACACACACACACACACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCATGTGGAAGCACGGTTAGCCTCTATGCACACACACACACACACA  449

seq1  CACACACACCAAAAGTTATAGTAGATAAATCCAGACAGATGGACTTTAGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACCAAAAGTTATAGTAGATAAATCCAGACAGATGGACTTTAGT  499

seq1  TCTGGCTCTGCCACCTCCCAAGGGAAAGAAGAAACTTCTAGAGTCATGAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTCTGCCACCTCCCAAGGGAAAGAAGAAACTTCTAGAGTCATGAA  549

seq1  GCCGTTGTGGTTTCGGTTCTCGACTTTTACAGAACAAAATGGCGACCCCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTTGTGGTTTCGGTTCTCGACTTTTACAGAACAAAATGGCGACCCCA  599

seq1  TATCGTCCATGAAAATGTTGTAATGTGTTTTTAATTGAGTGAGCTTGCTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTCCATGAAAATGTTGTAATGTGTTTTTAATTGAGTGAGCTTGCTG  649

seq1  AAGGAGATGGGAGCAAAGAGGCCGCCTGCCACTGTTAAGTGCCTCAAAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATGGGAGCAAAGAGGCCGCCTGCCACTGTTAAGTGCCTCAAAAT  699

seq1  GGGTCTTAAAATCAATTAAAACTAAAACTAATTAGCAGAGGAATTAATTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTAAAATCAATTAAAACTAAAACTAATTAGCAGAGGAATTAATTG  749

seq1  AAAGGGAGACGTTAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATTTCATTTGTTTCCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAGACGTTAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATTTCATTTGTTTCCAA  799

seq1  ATAAGATCCAGTGTGTGGTTCTCATCGTAATCAATGAAAACAGAGCACAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATCCAGTGTGTGGTTCTCATCGTAATCAATGAAAACAGAGCACAT  849

seq1  TTCTCAAAGGTGTGGCTGTCAAAGCCTAAACAATGCTCCATGCGGAAACA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAAGGTGTGGCTGTCAAAGCCTAAACAATGCTCCATGCGGAAACA  899

seq1  GCTCCTTAACCAGCCTGAGGTTTCAAAAGCATTTCACAGAGAAATGTATA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTAACCAGCCTGAGGTTTCAAAAGCATTTCACAGAGAAATGTATA  949

seq1  TGTAGCCCTGGGGGACAGAAGCCTGGGGTCACCTTAGAAAACCAGGCAGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCTGGGGGACAGAAGCCTGGGGTCACCTTAGAAAACCAGGCAGG  999

seq1  GAGCCTATAGCAGTGTCTTCAGTGGGCAACTTCTCTGCGGTAGTTTGTAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTATAGCAGTGTCTTCAGTGGGCAACTTCTCTGCGGTAGTTTGTAG  1049

seq1  CCAAGCGAGAATTC  1057
      ||||||||||||||
seq2  CCAAGCGAGAATTC  1063

seq1: chr4_142112206_142113017
seq2: B6Ng01-290K20.g_65_879

seq1  GAATTCCTGGAAGGAATAAAAAGCAGGAAACCAGGTAAAGGGGCTGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAAGGAATAAAAAGCAGGAAACCAGGTAAAGGGGCTGCAGC  50

seq1  CATGCTTGCAGAGGATGGGCGCGATCTTGGTACCAACAGGTGTGATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTGCAGAGGATGGGCGCGATCTTGGTACCAACAGGTGTGATGGAT  100

seq1  GTTGGCAAGTTCAGTATGAAGATGCTTAGGTTTTACAGTAGAGCAGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCAAGTTCAGTATGAAGATGCTTAGGTTTTACAGTAGAGCAGGGAC  150

seq1  AGCCTCAATCCTGCCCCAAACAGGGAGATAAAGCAACGCAATGTCCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAATCCTGCCCCAAACAGGGAGATAAAGCAACGCAATGTCCTAAC  200

seq1  TTCAGCTCTTCACCCATTTTCTGTCATTTTAAACTATCACACAACATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCTTCACCCATTTTCTGTCATTTTAAACTATCACACAACATTTT  250

seq1  CTTCTGGGCATCATGTGGCCATCTCGTTGCCATGTTGGAATAGAGATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGGCATCATGTGGCCATCTCGTTGCCATGTTGGAATAGAGATGAA  300

seq1  CTTGGCCCTGTAGCCATGGCAACCAATTGAGCAGAACAATACAATGATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCCTGTAGCCATGGCAACCAATTGAGCAGAACAATACAATGATAA  350

seq1  CTAGTAATTAAGATGTGGCTGTTGACACTAGAGGGATGAGGGAGGAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAATTAAGATGTGGCTGTTGACACTAGAGGGATGAGGGAGGAGGGG  400

seq1  GGTCACAAGGACTGTCACCCGAGACTGCTGCCACTACTTATTTCTCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAAGGACTGTCACCCGAGACTGCTGCCACTACTTATTTCTCTTTC  450

seq1  CCCAGTTGCAAAGGATCTTGGGAATTTTCAGAGTATACAGGAAGTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTGCAAAGGATCTTGGGAATTTTCAGAGTATACAGGAAGTGGAAG  500

seq1  ATGGACTGAGATGGCAGGGGATCTCTGTGATGCAGCTTCTATGAGGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGAGATGGCAGGGGATCTCTGTGATGCAGCTTCTATGAGGTCAG  550

seq1  CATCCATGACTGGGTTGGGACCTTGTGCTTATGCAGTTGTTTTGTGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGACTGGGTTGGGACCTTGTGCTTATGCAGTTGTTTTGTGGTCA  600

seq1  CCCACACTCCTTTAAGTGAGCCCTCCCTTATGATCTATATGTAAGTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACTCCTTTAAGTGAGCCCTCCCTTATGATCTATATGTAAGTCAGA  650

seq1  T-AAAGTCATTGGCTTTCCAGGTTGGACTTTGGTAGGGTTGTTCCTTTGG  699
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCATTGGCTTTCCAGGTTGGACTTTGGTAGGGTTGTTCCTTTGG  700

seq1  TTTATTA-TTGCTGCTCTGTGTGGGGGTGAGTAGG-AATTTGTTCATGAC  747
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTATTATTTGCTGCTCTGTGTGGGGGTGAGTAGGAAATTTGTTCATGAC  750

seq1  TCCCCAGAACAGCTAACATAACCCTTACTGAATTCCAATGGCT-GGCCCT  796
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |  |||| ||||||
seq2  TCCCCAGAAAAGCTAACAAAACCCTTACTGAATTCTATGGGCTGGGCCCT  800

seq1  TCATAGAGAACACTGC  812
      ||||||||||| ||||
seq2  TCATAGAGAAC-CTGC  815