BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291I06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 136,414,999 - 136,463,246
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC1qb, C1qc, C1qa
Upstream geneFusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2
Downstream geneEpha8, Zbtb40, Wnt4, Cdc42, LOC665533, LOC242711, Ela3, 1700013G24Rik, Hspg2, Ldlrad2, Usp48, Rap1gap, Akp2, Ece1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291I06.bB6Ng01-291I06.g
ACCGA088379GA088380
length1,094931
definitionB6Ng01-291I06.b B6Ng01-291I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,462,151 - 136,463,246)(136,414,999 - 136,415,960)
sequence
gaattcacagggcacggatggctaggctgcaggggaataggctaagtcaa
gtcaggaccctggacagctcaatcgtaccagggaggtacggtgccccctg
caggttctatgagaacatgaccattgaccgcgctgaaagtaaaaaggacg
gtggtgatcaagataccaccctgtaccttatcagccagggtaaactgagt
cacactaagaacagtgttcctcagtgacttagtcatggcaatttccacct
gcatcacacctgcaaagcccacctggtgactcatcgtgactcatgtggtg
agccaggtctccaggatgctggggtcgtgtctggggctggtgaggatgtc
tcagcagcaccgacagataagagcacgctgtagggtttaaatctttgttg
tcacttttgtccctgtgatgagcacaggtgatgtagggatcatccaggat
ctgtgaacctgctacacctccaggcacttaggactggacaggacaggaca
tggggagatctacagcccacattcggcaatattttacatggccttcctca
cgtctatcacgtggctatttctaggcaaacacaattctgggagagtgtag
aacacaggtcaaattcttggactctggacttgagtggatctcagttcaaa
ttccagctccccagttaaacacgtgatggtctctataagcagtgagctcc
ccaccacagtaagcatacaaacagaagctgaatggccactttgggcaccg
ttatcacatagcttgtgatccatcaggaaagacttacttactttgttttt
tgttgtttgtttgttttgacaaggtctcatgtattccaggttggtcccaa
agcccatagccgaggctaacccttgagcctcagatcctcctgctttgacc
tgttgagtgctgagacacagccatgccccgctgtgtttacatagtgctgg
gcacaaaccccaaagctttgtgcacaccaggcagacggtgtaccagtgaa
gctacatctcctgccccaattttattttatttgaaacctttctatgacag
tagagtattagcaataatagacctaacgtccacacttgatggac
gaattcttttccatatgtgcatggtgtctccccagtgggccgccccaccc
tgactggattgtattgaggttttctccccctgaaggagcaaagctgcctt
tgatctctctctttggatccttgctttgatgcctgcattcagggactgct
tgagagtctgcccactgctgctgcttcaggctgggcccttggcaggtgcc
ttctctcttcgagccttggtttctcagaagggaagcctgtgaaaaggggg
tattctgctgtctttcagtcagccagtccctgaattcagagagagagatg
ccatctttgcccaggtcttctggaaacttcccctccttaaattcctgtga
caagtcagctagtgaggaggcatgaggccagaagaggtgatggccccatg
tcttccactggaagtgggatggagatccaacccagattggctcaccccag
agctcacttactcctgagacccctaggccaaggttattttgaatgcggtg
gtctatgacatcctggtttcagtcaacatggggatttgcaggctcattct
gtcctttgagaggacagctgagagctctgggcaggaggttggagactaga
ctctggaggaagcccactgtcaaagataggcagactcttaccagactcat
gaaatttccccagggccagctccaaggatcaaataatttcgggggggggg
gacagttcccttagtgttcatgcacagaggaagggctctgcaaggaggaa
ggtgtctgggggttttgacaggactggaacaatgcctcactgtatcctgt
gatctaggacaggtgcagggtcaaaggggaatcagcctccgatgtatgaa
cagggtaggaacaggctgagctaccaaccaagctttgctacagaaaacat
gttgtggcctggagctggaggagaaaacagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_136462151_136463246
seq2: B6Ng01-291I06.b_50_1143 (reverse)

seq1  GTTCATCAAGTG-GGACGTTAGGTCTAT--ATGCTTATAACTCTTACTGT  47
      || ||||||||| |||||||||||||||   |||| || |||| ||||||
seq2  GTCCATCAAGTGTGGACGTTAGGTCTATTATTGCTAAT-ACTC-TACTGT  48

seq1  CATAGAAAGTTTTTCAAATAAAATAAAATTGGGGCAGGAGATGTAGCTTC  97
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAG-GTTTCAAATAAAATAAAATTGGGGCAGGAGATGTAGCTTC  97

seq1  ACTGGTACACCGTCTGCCTGGTGTGCACAAAGCTTTGGGGTTTGTGCCCA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTACACCGTCTGCCTGGTGTGCACAAAGCTTTGGGGTTTGTGCCCA  147

seq1  GCACTATGTAAACACAGCGGGGCATGGCTGTTGTCTCAGCACTCAACAGG  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCACTATGTAAACACAGCGGGGCATGGCTG-TGTCTCAGCACTCAACAGG  196

seq1  TCAAAGCAGGAGGATCTGAGGCTCAAGGGTTAGCCTCGGCTATGGGCTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCAGGAGGATCTGAGGCTCAAGGGTTAGCCTCGGCTATGGGCTTT  246

seq1  GGGACCAACCTGGAATACATGAGACCTTGTCAAAACAAACAAACAAACAA  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGACCAACCTGGAATACATGAGACCTTGTCAAAACAAACAAAC-AACAA  295

seq1  AAAACAAAGTAAGTAAGTCTTTCCTGATGGATCACAAGCTATGTGATAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGTAAGTAAGTCTTTCCTGATGGATCACAAGCTATGTGATAAC  345

seq1  GGTGCCCAAAGTGGCCATTCAGCTTCTGTTTGTATGCTTACTGTGGTGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCCAAAGTGGCCATTCAGCTTCTGTTTGTATGCTTACTGTGGTGGG  395

seq1  GAGCTCACTGCTTATAGAGACCATCACGTGTTTAACTGGGGAGCTGGAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCACTGCTTATAGAGACCATCACGTGTTTAACTGGGGAGCTGGAAT  445

seq1  TTGAACTGAGATCCACTCAAGTCCAGAGTCCAAGAATTTGACCTGTGTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTGAGATCCACTCAAGTCCAGAGTCCAAGAATTTGACCTGTGTTC  495

seq1  TACACTCTCCCAGAATTGTGTTTGCCTAGAAATAGCCACGTGATAGACGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCTCCCAGAATTGTGTTTGCCTAGAAATAGCCACGTGATAGACGT  545

seq1  GAGGAAGGCCATGTAAAATATTGCCGAATGTGGGCTGTAGATCTCCCCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGCCATGTAAAATATTGCCGAATGTGGGCTGTAGATCTCCCCAT  595

seq1  GTCCTGTCCTGTCCAGTCCTAAGTGCCTGGAGGTGTAGCAGGTTCACAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTCCTGTCCAGTCCTAAGTGCCTGGAGGTGTAGCAGGTTCACAGA  645

seq1  TCCTGGATGATCCCTACATCACCTGTGCTCATCACAGGGACAAAAGTGAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATGATCCCTACATCACCTGTGCTCATCACAGGGACAAAAGTGAC  695

seq1  AACAAAGATTTAAACCCTACAGCGTGCTCTTATCTGTCGGTGCTGCTGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGATTTAAACCCTACAGCGTGCTCTTATCTGTCGGTGCTGCTGAG  745

seq1  ACATCCTCACCAGCCCCAGACACGACCCCAGCATCCTGGAGACCTGGCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTCACCAGCCCCAGACACGACCCCAGCATCCTGGAGACCTGGCTC  795

seq1  ACCACATGAGTCACGATGAGTCACCAGGTGGGCTTTGCAGGTGTGATGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGAGTCACGATGAGTCACCAGGTGGGCTTTGCAGGTGTGATGCA  845

seq1  GGTGGAAATTGCCATGACTAAGTCACTGAGGAACACTGTTCTTAGTGTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAATTGCCATGACTAAGTCACTGAGGAACACTGTTCTTAGTGTGA  895

seq1  CTCAGTTTACCCTGGCTGATAAGGTACAGGGTGGTATCTTGATCACCACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTTACCCTGGCTGATAAGGTACAGGGTGGTATCTTGATCACCACC  945

seq1  GTCCTTTTTACTTTCAGCGCGGTCAATGGTCATGTTCTCATAGAACCTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTTACTTTCAGCGCGGTCAATGGTCATGTTCTCATAGAACCTGC  995

seq1  AGGGGGCACCGTACCTCCCTGGTACGATTGAGCTGTCCAGGGTCCTGACT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCACCGTACCTCCCTGGTACGATTGAGCTGTCCAGGGTCCTGACT  1045

seq1  TGACTTAGCCTATTCCCCTGCAGCCTAGCCATCCGTGCCCTGTGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAGCCTATTCCCCTGCAGCCTAGCCATCCGTGCCCTGTGAATTC  1094

seq1: chr4_136414999_136415960
seq2: B6Ng01-291I06.g_68_998

seq1  GAATTCTTTTCCATATGTGCATGGTGTCTCCCCAGTGGGCCGCCCCACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCATATGTGCATGGTGTCTCCCCAGTGGGCCGCCCCACCC  50

seq1  TGACTGGATTGTATTGAGGTTTTCTCCCCCTGAAGGAGCAAAGCTGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGATTGTATTGAGGTTTTCTCCCCCTGAAGGAGCAAAGCTGCCTT  100

seq1  TGATCTCTCTCTTTGGATCCTTGCTTTGATGCCTGCATTCAGGGACTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCTCTCTTTGGATCCTTGCTTTGATGCCTGCATTCAGGGACTGCT  150

seq1  TGAGAGTCTGCCCACTGCTGCTGCTTCAGGCTGGGCCCTTGGCAGGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCTGCCCACTGCTGCTGCTTCAGGCTGGGCCCTTGGCAGGTGCC  200

seq1  TTCTCTCTTCGAGCCTTGGTTTCTCAGAAGGGAAGCCTGTGAAAAGGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTCGAGCCTTGGTTTCTCAGAAGGGAAGCCTGTGAAAAGGGGG  250

seq1  TATTCTGCTGTCTTTCAGTCAGCCAGTCCCTGAATTCAGAGAGAGAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGCTGTCTTTCAGTCAGCCAGTCCCTGAATTCAGAGAGAGAGATG  300

seq1  CCATCTTTGCCCAGGTCTTCTGGAAACTTCCCCTCCTTAAATTCCTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTTGCCCAGGTCTTCTGGAAACTTCCCCTCCTTAAATTCCTGTGA  350

seq1  CAAGTCAGCTAGTGAGGAGGCATGAGGCCAGAAGAGGTGATGGCCCCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGCTAGTGAGGAGGCATGAGGCCAGAAGAGGTGATGGCCCCATG  400

seq1  TCTTCCACTGGAAGTGGGATGGAGATCCAACCCAGATTGGCTCACCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCACTGGAAGTGGGATGGAGATCCAACCCAGATTGGCTCACCCCAG  450

seq1  AGCTCACTTACTCCTGAGACCCCTAGGCCAAGGTTATTTTGAATGCGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACTTACTCCTGAGACCCCTAGGCCAAGGTTATTTTGAATGCGGTG  500

seq1  GTCTATGACATCCTGGTTTCAGTCAACATGGGGATTTGCAGGCTCATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGACATCCTGGTTTCAGTCAACATGGGGATTTGCAGGCTCATTCT  550

seq1  GTCCTTTGAGAGGACAGCTGAGAGCTCTGGGCAGGAGGTTGGAGACTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGAGAGGACAGCTGAGAGCTCTGGGCAGGAGGTTGGAGACTAGA  600

seq1  CTCTGGAGGAAGCCCACTGTCAAAGATAGGCAGACTCTTACCAGACTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGGAAGCCCACTGTCAAAGATAGGCAGACTCTTACCAGACTCAT  650

seq1  G-AATTTCCCCAGGGCCAGCTCCAAGGATCAAATAATTTCGGGGGGGGGG  699
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTCCCCAGGGCCAGCTCCAAGGATCAAATAATTTCGGGGGGGGGG  700

seq1  GACAG-TCCCTTAGTG-TCATGCACAGAGGAAGGGCTCTGCAAGGAGGAA  747
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTCCCTTAGTGTTCATGCACAGAGGAAGGGCTCTGCAAGGAGGAA  750

seq1  GGTGTCTGGGGG-TTTGACAGGACTGGAACAATGCCTCAACTGTATCCTG  796
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGTGTCTGGGGGTTTTGACAGGACTGGAACAATGCCTC-ACTGTATCCTG  799

seq1  TGATCTAGGACAGGTGCAGGGTCAAAGGGGAAGCAGCCTCCGATGTATGA  846
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGATCTAGGACAGGTGCAGGGTCAAAGGGGAATCAGCCTCCGATGTATGA  849

seq1  ACAGGATAGGAACAGGCTGAGCTACCAACC-AGCTTTGCTACAGAAAACA  895
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTAGGAACAGGCTGAGCTACCAACCAAGCTTTGCTACAGAAAACA  899

seq1  TGTGGTGG-CTGGAGCTGGAGGAGAGAACAGGGGAGAGGAGAGGCAGGGA  944
      ||| |||| |||||||||||||||| ||||||                  
seq2  TGTTGTGGCCTGGAGCTGGAGGAGAAAACAGG------------------  931

seq1  GGGAGGGGCAGAAACAGG  962
                        
seq2  ------------------  931