BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292A11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 86,869,256 - 87,003,514
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc24a2
Upstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l
Downstream geneMllt3, BC057079
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292A11.bB6Ng01-292A11.g
ACCGA088770GA088771
length1,181970
definitionB6Ng01-292A11.b B6Ng01-292A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,002,312 - 87,003,514)(86,869,256 - 86,869,791)
sequence
gaattcaaggcccatacctaaacatagtaaaagcaatatacagcaaacca
gtagccaacaccaaattaaactgagagaaacttaaagcaatcccattaaa
aacagggactagacaaggctacccactctctcactatctattcaatatag
tgctcaaagtcctaaacagagcaattagacaacaaaaggaggtcaaaggg
atacaaattggaaaggaacatattgtttttatctaccatgctggttggat
taaaaggtgaacccatctgcaagaaatatcaagcatatcagatgattttc
cacatgtttatttttatcagcatacactaattgtacagtggtgggcttcc
aaagatatttgaatttaagtatatagtgtgtttcattaaaggaaagaatt
tatctctaaactatatggcttagtgagtttagaaaattgcttaatataac
tttggccttggaaacagcttttaaaaatattgcacgttgcataactgtat
taagggtcccaaattactctcaagatctgatatgaaagataatagcacaa
atgaatagcatattaaaaccacacagctaaatacacatgtcccattatag
ttttctccagtatattggactctagaaaaaggttttcttataaactatgt
tatgatgcttaattgtaattttcaccttaaatatgtcttagcatcttcat
tttctttttgaccacttggctgctctcttagctccgtccttgttccccca
tttatcttctatgagaagctacatcaataaaaattaatcatgatctctga
gacttgggttaagcgatatatcataattacgttctgaagcacagagagac
aagatattctgaagagcttgggtaggagaaggggtgctcctggcacttgt
cctttacctgtcctttacctttgggtggttcttccagttaaactaagctc
ccagggatccagcataaggcaacattgtttccatatgacttcctctactt
catagcaacattgtttccatatgacttccctactaactcttctgctgatg
aaatctatccccatagatgctcataagtctgatgccctctggcatctctg
tataaagtgcttcataactgtacacaacaagacaacaacaaagtcaatct
ccaggtgataacctaagttacattcacttga

gaattctttattttcaagctgttgttcagagtgatcccatacccccgccc
ccccacccaagcattacatgctatttcacatgctcttggctacagcccac
ataagaccctacttctgaagccaccatacacttgaaatcatagaacatgg
agaaatccaactggtattgacctggactttttatccctagctagtgttta
taaagtggaagatactaggcacgctaccagaggagaaaactcatcagcag
ttttactcagctatgaaccctgtaagctacaataatgaccagcctggcaa
gacatatgcactggtgtaataaaggcatgactatcatgggagtaaccaac
cactttgtaaaaaattgacttgattcgccctccacaagatgaaacctata
cactattatccagtcacaaggctcagccctaaaggaacatatatactgta
tccctttcttccaaggcccaggaatcattgtggaagagggaacagaaaga
ttgtaagagcctgaggcagtggacgactacaagaaaacatgtcttctgaa
cacagtaagggagatgcacaaaggaactcccagatgttgcgatagcatgc
aaacggcctgtgcaaactcaagccagactaagtcccactgtgacgagggg
aggaggccatgcaaccttggtgttattggaagctgctggctgttgcagag
agggaagggggtggggagtttcagagtgtagcccttgacaagttgattac
tattcagtggaagactacacatccaagaatattttggacagcacaaattg
gtctttaaaggttaaaaataaggacacaaagttggggtaggaagtaaaga
gggggcagaactaagtaaagttgggggggggtaaatatgatcaaagacat
tttattaactcaaagacaattcaaaaaaaacttttttgtctgtgaccttc
tgtatcatgtcatgatcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_87002312_87003514
seq2: B6Ng01-292A11.b_45_1225 (reverse)

seq1  TCAAGTGAAAATTGTAACTTA-GTTATCACTGTGGAGGATTGACTTTTGT  49
      |||||||||   ||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||
seq2  TCAAGTGAA---TGTAACTTAGGTTATCAC-CTGGA-GATTGAC-TTTGT  44

seq1  TGTTGTTCTTGTTGTTGTTACAGTTATGAAAGCACTTTTAATACCAGAGA  99
      ||||| |||||||||   |||||||||| |||||||||  ||| ||||||
seq2  TGTTG-TCTTGTTGT--GTACAGTTATG-AAGCACTTT--ATA-CAGAGA  87

seq1  TTGCCCAGAAGGCATCAGACCTTATTGAAGCATCTATGGGGATAGATTTC  149
      |   ||||| ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  T--GCCAGAGGGCATCAGA-CTTAT--GAGCATCTATGGGGATAGATTTC  132

seq1  ATCAAGCAGGAAGAGTTAGTAGGGGAAGTCATATGGAAACAATGTTGCCT  199
      ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATC-AGCA-GAAGAGTTAGTA-GGGAAGTCATATGGAAACAATGTTGC--  177

seq1  TATGAAGTAGAGGAAGTCATATGGAAACAATGTTGCCTTATGCTGGATCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTAGAGGAAGTCATATGGAAACAATGTTGCCTTATGCTGGATCC  227

seq1  CTGGGAGCTTAGTTTAACTGGAAGAACCACCCAAAGGTAAAGGACAGGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGCTTAGTTTAACTGGAAGAACCACCCAAAGGTAAAGGACAGGTA  277

seq1  AAGGACAAGTGCCAGGAGCACCCCTTCTCCTACCCAAGCTCTTCAGAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAAGTGCCAGGAGCACCCCTTCTCCTACCCAAGCTCTTCAGAATA  327

seq1  TCTTGTCTCTCTGTGCTTCAGAACGTAATTATGATATATCGCTTAACCCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTCTCTGTGCTTCAGAACGTAATTATGATATATCGCTTAACCCA  377

seq1  AGTCTCAGAGATCATGATTAATTTTTATTGATGTAGCTTCTCATAGAAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGAGATCATGATTAATTTTTATTGATGTAGCTTCTCATAGAAGA  427

seq1  TAAATGGGGGAACAAGGACGGAGCTAAGAGAGCAGCCAAGTGGTCAAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGGGAACAAGGACGGAGCTAAGAGAGCAGCCAAGTGGTCAAAAA  477

seq1  GAAAATGAAGATGCTAAGACATATTTAAGGTGAAAATTACAATTAAGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAAGATGCTAAGACATATTTAAGGTGAAAATTACAATTAAGCAT  527

seq1  CATAACATAGTTTATAAGAAAACCTTTTTCTAGAGTCCAATATACTGGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATAGTTTATAAGAAAACCTTTTTCTAGAGTCCAATATACTGGAG  577

seq1  AAAACTATAATGGGACATGTGTATTTAGCTGTGTGGTTTTAATATGCTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATAATGGGACATGTGTATTTAGCTGTGTGGTTTTAATATGCTAT  627

seq1  TCATTTGTGCTATTATCTTTCATATCAGATCTTGAGAGTAATTTGGGACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTGCTATTATCTTTCATATCAGATCTTGAGAGTAATTTGGGACC  677

seq1  CTTAATACAGTTATGCAACGTGCAATATTTTTAAAAGCTGTTTCCAAGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATACAGTTATGCAACGTGCAATATTTTTAAAAGCTGTTTCCAAGGC  727

seq1  CAAAGTTATATTAAGCAATTTTCTAAACTCACTAAGCCATATAGTTTAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTATATTAAGCAATTTTCTAAACTCACTAAGCCATATAGTTTAGA  777

seq1  GATAAATTCTTTCCTTTAATGAAACACACTATATACTTAAATTCAAATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTCTTTCCTTTAATGAAACACACTATATACTTAAATTCAAATAT  827

seq1  CTTTGGAAGCCCACCACTGTACAATTAGTGTATGCTGATAAAAATAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAAGCCCACCACTGTACAATTAGTGTATGCTGATAAAAATAAACA  877

seq1  TGTGGAAAATCATCTGATATGCTTGATATTTCTTGCAGATGGGTTCACCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAATCATCTGATATGCTTGATATTTCTTGCAGATGGGTTCACCT  927

seq1  TTTAATCCAACCAGCATGGTAGATAAAAACAATATGTTCCTTTCCAATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCCAACCAGCATGGTAGATAAAAACAATATGTTCCTTTCCAATTT  977

seq1  GTATCCCTTTGACCTCCTTTTGTTGTCTAATTGCTCTGTTTAGGACTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCTTTGACCTCCTTTTGTTGTCTAATTGCTCTGTTTAGGACTTTG  1027

seq1  AGCACTATATTGAATAGATAGTGAGAGAGTGGGTAGCCTTGTCTAGTCCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTATATTGAATAGATAGTGAGAGAGTGGGTAGCCTTGTCTAGTCCC  1077

seq1  TGTTTTTAATGGGATTGCTTTAAGTTTCTCTCAGTTTAATTTGGTGTTGG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAATGGGATTGCTTTAAGTTTCTCTCAGTTTAATTTGGTGTTGG  1127

seq1  CTACTGGTTTGCTGTATATTGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGTTTGCTGTATATTGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGA  1177

seq1  ATTC  1203
      ||||
seq2  ATTC  1181


seq1: chr4_86869256_86869791
seq2: B6Ng01-292A11.g_496_1032

seq1  GGAACATATATACTGTATCCCTTTCTTCCAAGGCCCAGGAATCATTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATATATACTGTATCCCTTTCTTCCAAGGCCCAGGAATCATTGTGG  50

seq1  AAGAGGGAACAGAAAGATTGTAAGAGCCTGAGGCAGTGGACGACTACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAACAGAAAGATTGTAAGAGCCTGAGGCAGTGGACGACTACAAG  100

seq1  AAAACATGTCTTCTGAACACAGTAAGGGAGATGCACAAAGGAACTCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGTCTTCTGAACACAGTAAGGGAGATGCACAAAGGAACTCCCAG  150

seq1  ATGTTGCGATAGCATGCAAACGGCCTGTGCAAACTCAAGCCAGACTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCGATAGCATGCAAACGGCCTGTGCAAACTCAAGCCAGACTAAGT  200

seq1  CCCACTGTGACGAGGGGAGGAGGCCATGCAACCTTGGTGTTATTGGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTGACGAGGGGAGGAGGCCATGCAACCTTGGTGTTATTGGAAGC  250

seq1  TGCTGGCTGTTGCAGAGAGGGAAGGGGGTGGGGAGTTTCAGAGTGTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTGTTGCAGAGAGGGAAGGGGGTGGGGAGTTTCAGAGTGTAGCC  300

seq1  CTTGACAAGTTGATTACTATTCAGTGGAAGACTACACATCCAAGAATA-T  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTGACAAGTTGATTACTATTCAGTGGAAGACTACACATCCAAGAATATT  350

seq1  TTGGACAGCACAAATTGGTCTTTAAAGGTTAAAAATAAGGACACAAAGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAGCACAAATTGGTCTTTAAAGGTTAAAAATAAGGACACAAAGTT  400

seq1  -GGGTAGGAAGTAAAGAGGGGGCAGAACTAAGTAAAGTTGGGGGGGGGTA  448
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGGAAGTAAAGAGGGGGCAGAACTAAGTAAAGTTGGGGGGGGGTA  450

seq1  AATATGATCAAAGAACATTTTATGAAACTCAAAGAACAAATTAAAAAAAA  498
      ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||   |||| |||||||
seq2  AATATGATCAAAG-ACATTTTAT-TAACTCAAAGA--CAATTCAAAAAAA  496

seq1  ACTTTTTTGTCTGGG--CTTCTGTATCATGTCATGA-CACC  536
      ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTTTTTTGTCTGTGACCTTCTGTATCATGTCATGATCACC  537


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |