BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292O11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 45,983,797 - 46,100,297
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTdrd7, Tmod1
Upstream geneGrhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32, Mcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik
Downstream geneBC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1, 5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b, Nans, Trim14, Coro2a, Tbc1d2, Gabbr2, Anks6, LOC435781
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292O11.bB6Ng01-292O11.g
ACCGA089420GA089421
length1,1561,112
definitionB6Ng01-292O11.b B6Ng01-292O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,983,797 - 45,984,941)(46,099,181 - 46,100,297)
sequence
gaattctgtttcagagacacttcggcagctttaggcattggaccagatgt
gagattatgaaagagaacagtgttcaaagaacacccctggtcaaagcctt
aagacagaacctactgagcacaggatatccggcttttcacgatctccttc
cagtctattcatcgcctactgcagcttcccaatgaatgcaaagttcctta
agcacaaggtttataggccctatacactgttgctatttgtcagcaggtat
tgagtctgtaacagttaattgtctgctcacccactgaaggatgtttatgc
tatctctgtgtctttaagtattgcaagcaaggctgatttaaacatccttg
tacgggtctgtgatgaataagccctttcctttctcttgggtcaataccag
ggagtggaaactcagggagccaaggttataaagtactagtgtatgcaacg
acacagaagagtctcaatagaattctgatgagtgaagaaagccagatcct
cccccttaatgacaatacatatgaaataattatatttatataaaactcca
gaaaaagcaagagctctatagtaagtaagtgggcacttacaggactaaac
ggtagggaatgaggcaaacattatagaaagagagagaactttgagggtgt
ggctatgttcctcatgttactatctgtgattgtttctctgttgtatgcat
accaaacacatgaaagtgtacatttgaatcgtgcagcttatagtatggca
agtgtacctcaaactgttaaaaaaaattgctgattgagtaagcagcagca
ggctttcagcaaaaatatacagaatgatgccaagttttcacaacgggtta
aagcaatccagcattaaataaatgttagtggaattaccgtggagtgaata
aatagcagctattcaacgtgttttgaatgaattaaagaatttgataagta
attattttatgcttattatatactgggcaggtgttctaggatctctgccc
tcaacagctttagttttagagcagtggatgaagcagcgttgttaccacac
cgcgtgaagggtatggtggcaaaggcaattttataatagtcccccttcct
tcaagaagtgaacttagaagacaggcttaaagaacgaactgtctaggaag
atgaaa
gaattctgggactaagagcatatttggagagatggtttttacgtgctgat
agcgggctgaagaaggaagggcaccacttggcagatcataggaaatttgg
gttcctgaaaggaaggaaaagtgggggcggggagagcctggctcaaaatc
gtcattactagcctagtggccctaggaacacagcgtggctttctctctgg
cttgtttttgtgcccccaggagcgttcgatgcaaaggaaaccctgatgtc
ttctgttgcttccttctttgtaggtctcagccgattgttagcaccaagga
acttgacttttttttctcctttccgccccccccccttttttttttttttg
tagatcttcctcaaaactcgaaaaggactatttttgaactcttaaaaaag
aacattgagttcagtttcctctctctgtcttggcagggctccttccgttt
gtgagtccactcagaatgcagtgtgatcagtgtacacaccctcggcttct
ccagctgttgggggctcgcgccaccctgggtggagtgggggctgagagct
gtgttctcacatcctaggtactggcactgaagctggctctggcccggaac
ccgggagctggcaaactgttccaaggcgaggcacattccttgacagtctc
agaatcagagcatgggtgcttagagacatggaagccaccaacgacctgag
ggcagcccattaaggcctggcccattgtctttgggaggtgggtgctccct
gcaaagggtgggaagggtgggtctccttccctcattcctgtcctaatgca
agggtctctaaacccagctgggacaaaatccttgagtgagtctaggagac
gttgctaatctcaagagtttgaagctggctcccaacgtccggtaagctaa
agtcatacataggcacagtcagacctttgcattgccagagtctgctctgc
attgcagaacttcacatttcagagtcacctattttcttgaccttgtcctt
actcttggtccttaaagcagagattggaattcatttagtcctagccgatg
gtgttctatatatgtatatccactcaatgagttatgcgtgactgtcaacc
attaccttcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_45983797_45984941
seq2: B6Ng01-292O11.b_48_1203

seq1  GAATTCTGTTTCAGAGACACTTCGGCAGCTTTAGGCA-GGGACCAGATGT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTCAGAGACACTTCGGCAGCTTTAGGCATTGGACCAGATGT  50

seq1  GAGATTATGAAAGAGAACAGTGTTCAAAGAACACCCCTGGTCAAAGCCTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTATGAAAGAGAACAGTGTTCAAAGAACACCCCTGGTCAAAGCCTT  100

seq1  AAGACAGAACCTACTGAGCACAGGATATCCGGCTTTTCACGATCTCCTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGAACCTACTGAGCACAGGATATCCGGCTTTTCACGATCTCCTTC  150

seq1  CAGTCTATTCATCGCCTACTGCAGCTTCCCAATGAATGCAAAGTTCCTTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATTCATCGCCTACTGCAGCTTCCCAATGAATGCAAAGTTCCTTA  200

seq1  AGCACAAGGTTTATAGGCCCTATACACTGTTGCTATTTGTCAGCAGGTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGGTTTATAGGCCCTATACACTGTTGCTATTTGTCAGCAGGTAT  250

seq1  TGAGTCTGTAACAGTTAATTGTCTGCTCACCCACTGAAGGATGTTTATGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGTAACAGTTAATTGTCTGCTCACCCACTGAAGGATGTTTATGC  300

seq1  TATCTCTGTGTCTTTAAGTATTGCAAGCAAGGCTGATTTAAACATCCTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGTGTCTTTAAGTATTGCAAGCAAGGCTGATTTAAACATCCTTG  350

seq1  TACGGGTCTGTGATGAATAAGCCCTTTCCTTTCTCTTGGGTCAATACCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGGTCTGTGATGAATAAGCCCTTTCCTTTCTCTTGGGTCAATACCAG  400

seq1  GGAGTGGAAACTCAGGGAGCCAAGGTTATAAAGTACTAGTGTATGCAACG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGAAACTCAGGGAGCCAAGGTTATAAAGTACTAGTGTATGCAACG  450

seq1  ACACAGAAGAGTCTCAATAGAATTCTGATGAGTGAAGAAAGCCAGATCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGAGTCTCAATAGAATTCTGATGAGTGAAGAAAGCCAGATCCT  500

seq1  CCCCCTTAATGACAATACATATGAAATAATTATATTTATATAAAACTCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTAATGACAATACATATGAAATAATTATATTTATATAAAACTCCA  550

seq1  GAAAAAGCAAGAGCTCTATAGTAAGTAAGTGGGCACTTACAGGACTAAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCAAGAGCTCTATAGTAAGTAAGTGGGCACTTACAGGACTAAAC  600

seq1  GGTAGGGAATGAGGCAAACATTATAGAAAGAGAGAGAACTTTGAGGGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGAATGAGGCAAACATTATAGAAAGAGAGAGAACTTTGAGGGTGT  650

seq1  GGCTATGTTCCTCATGTTACTATCTGTGATTGTTTCTCTGTTGTATGCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGTTCCTCATGTTACTATCTGTGATTGTTTCTCTGTTGTATGCAT  700

seq1  ACCAAACACATGAAAGTGTACATTTGAATCGTGCAGCTTATAGTATGGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACACATGAAAGTGTACATTTGAATCGTGCAGCTTATAGTATGGCA  750

seq1  AGTGTACCTCAAACTGTTAAAAAAAATTGCTGATTGAGTAAGCAGCAGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACCTCAAACTGTTAAAAAAAATTGCTGATTGAGTAAGCAGCAGCA  800

seq1  GGCTTTCAGCAAAAATATACAGAATGATGCCAAGTTTTCACAACGGGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCAGCAAAAATATACAGAATGATGCCAAGTTTTCACAACGGGTTA  850

seq1  AAGCAATCCAGCATTAAATAAATGTTAGTGGAATTACCGTGGAGTGAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATCCAGCATTAAATAAATGTTAGTGGAATTACCGTGGAGTGAATA  900

seq1  AATAGCAGCTATTCAACGTGTTTTGAATGAATTAAAGAATTTGATAAGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAGCTATTCAACGTGTTTTGAATGAATTAAAGAATTTGATAAGTA  950

seq1  TTTATTTTATGCTTATTATATACTGGGCA-GTGTTCTAGGATCTCTGCCC  998
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTATGCTTATTATATACTGGGCAGGTGTTCTAGGATCTCTGCCC  1000

seq1  TCAAACAGCTTTAGTTTTAGAGCAGTGGATGAAAGCAGCGTTGTTA-CAC  1047
      || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TC-AACAGCTTTAGTTTTAGAGCAGTGGATG-AAGCAGCGTTGTTACCAC  1048

seq1  A-CGCGTGAAGGGTAT-GTGGCAAAG--CATTTTAATATAGTCCCCC-TC  1092
      | |||||||||||||| |||||||||   ||||||  |||||||||| ||
seq2  ACCGCGTGAAGGGTATGGTGGCAAAGGCAATTTTATAATAGTCCCCCTTC  1098

seq1  CTCCAAAGAGTG-ACCTAGAAGACAG--CTAAAG-ACAGACTGTCTA-GA  1137
      || |||  |||| || ||||||||||   ||||| ||  |||||||| ||
seq2  CTTCAAGAAGTGAACTTAGAAGACAGGCTTAAAGAACGAACTGTCTAGGA  1148

seq1  AGATGAAA  1145
      ||||||||
seq2  AGATGAAA  1156

seq1: chr4_46099181_46100297
seq2: B6Ng01-292O11.g_66_1177 (reverse)

seq1  CAAGAGAGGTACATGGTTGACAGTCCACGCACTAACTCATTGAGTTGATA  50
      ||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CAAGA-AGGTA-ATGGTTGACAGT-CACGCA-TAACTCATTGAGTGGATA  46

seq1  TACAT-TATGGAACACCCATCTGCTAGGACT-AATGGATTCCATTCTCTG  98
      ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||
seq2  TACATATATAGAACA-CCATCGGCTAGGACTAAATGAATTCCAATCTCTG  95

seq1  CCTTTAGGGGCCCAAGAGT-AGGAC-AGGTCA--GAAATATGTGACTTCT  144
      | || |  || |||||||| ||||| ||||||   ||||| ||||| |||
seq2  CTTTAA--GGACCAAGAGTAAGGACAAGGTCAAGAAAATAGGTGAC-TCT  142

seq1  GAAATGTG-AGTTCTGCAATGCAGAGCAGACTCTGGCAATGCAAAGGTCT  193
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAATGTGAAGTTCTGCAATGCAGAGCAGACTCTGGCAATGCAAAGGTC-  191

seq1  TGACCTGTGGCCTATGTATGACTTTAGCTTACCGGACGTTGGGAGCCAGC  243
      ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGA-CTGT-GCCTATGTATGACTTTAGCTTACCGGACGTTGGGAGCCAGC  239

seq1  TTCAAACTCTTGAGATTAGCAACGTCTCCTAGACTCACTCAAGGATTTTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTCTTGAGATTAGCAACGTCTCCTAGACTCACTCAAGGATTTTG  289

seq1  TCCCAGCTGGGTTTTAGAGACCCTTGCATTAGGACAGGAATGAGGGAAGG  343
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTGGG-TTTAGAGACCCTTGCATTAGGACAGGAATGAGGGAAGG  338

seq1  AGACCCACCCTTCCCACCCTTTGCAGGGAGCACCCACCTCCCAAAGACAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCACCCTTCCCACCCTTTGCAGGGAGCACCCACCTCCCAAAGACAA  388

seq1  TGGGCCAGGCCTTAATGGGCTGCCCTCAGGTCGTTGGTGGCTTCCATGTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCAGGCCTTAATGGGCTGCCCTCAGGTCGTTGGTGGCTTCCATGTC  438

seq1  TCTAAGCACCCATGCTCTGATTCTGAGACTGTCAAGGAATGTGCCTCGCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCACCCATGCTCTGATTCTGAGACTGTCAAGGAATGTGCCTCGCC  488

seq1  TTGGAACAGTTTGCCAGCTCCCGGGTTCCGGGCCAGAGCCAGCTTCAGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACAGTTTGCCAGCTCCCGGGTTCCGGGCCAGAGCCAGCTTCAGTG  538

seq1  CCAGTACCTAGGATGTGAGAACACAGCTCTCAGCCCCCACTCCACCCAGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACCTAGGATGTGAGAACACAGCTCTCAGCCCCCACTCCACCCAGG  588

seq1  GTGGCGCGAGCCCCCAACAGCTGGAGAAGCCGAGGGTGTGTACACTGATC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGCGAGCCCCCAACAGCTGGAGAAGCCGAGGGTGTGTACACTGATC  638

seq1  ACACTGCATTCTGAGTGGACTCACAAACGGAAGGAGCCCTGCCAAGACAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCATTCTGAGTGGACTCACAAACGGAAGGAGCCCTGCCAAGACAG  688

seq1  AGAGAGGAAACTGAACTCAATGTTCTTTTTTAAGAGTTCAAAAATAGTCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAAACTGAACTCAATGTTCTTTTTTAAGAGTTCAAAAATAGTCC  738

seq1  TTTTCGAGTTTTGAGGAAGATCTACAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGAGTTTTGAGGAAGATCTACAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGC  788

seq1  GGAAAGGAGAAAAAAAAGTCAAGTTCCTTGGTGCTAACAATCGGCTGAGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGAAAAAAAAGTCAAGTTCCTTGGTGCTAACAATCGGCTGAGA  838

seq1  CCTACAAAGAAGGAAGCAACAGAAGACATCAGGGTTTCCTTTGCATCGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAAGAAGGAAGCAACAGAAGACATCAGGGTTTCCTTTGCATCGAA  888

seq1  CGCTCCTGGGGGCACAAAAACAAGCCAGAGAGAAAGCCACGCTGTGTTCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCCTGGGGGCACAAAAACAAGCCAGAGAGAAAGCCACGCTGTGTTCC  938

seq1  TAGGGCCACTAGGCTAGTAATGACGATTTTGAGCCAGGCTCTCCCCGCCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCCACTAGGCTAGTAATGACGATTTTGAGCCAGGCTCTCCCCGCCC  988

seq1  CCACTTTTCCTTCCTTTCAGGAACCCAAATTTCCTATGATCTGCCAAGTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTCCTTCCTTTCAGGAACCCAAATTTCCTATGATCTGCCAAGTG  1038

seq1  GTGCCCTTCCTTCTTCAGCCCGCTATCAGCACGTAAAAACCATCTCTCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTTCCTTCTTCAGCCCGCTATCAGCACGTAAAAACCATCTCTCCA  1088

seq1  AATATGCTCTTAGTCCCAGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCTCTTAGTCCCAGAATTC  1112