BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293L11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 136,027,950 - 136,154,112
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLuzp1, Aof2, LOC667080
Upstream geneNpal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540
Downstream geneLOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2, C1qb, C1qc, C1qa, Epha8, Zbtb40, Wnt4, Cdc42, LOC665533, LOC242711, Ela3, 1700013G24Rik, Hspg2, Ldlrad2, Usp48
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293L11.bB6Ng01-293L11.g
ACCGA090028GA090029
length1,0641,079
definitionB6Ng01-293L11.b B6Ng01-293L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,027,950 - 136,029,021)(136,153,036 - 136,154,112)
sequence
gaattcaaaagtcaagtcagcttggaaagcccacagttctctccaccatg
ctgccttgggaactgaggaacttagtttctgcatttttaagtcagcccac
tgggtcactgaggtccttagagtaagtcactcaagtattttacaataagt
agccttcttccagagtgttgtcagtatgctttggtggcatgttttttggt
acaaagactatataaaaatatatactttatatagtagatgcttaatgttt
tgcttatgttggattaaaacaatgaatgtattacgttgctcataatttca
tctatataatggaacttggtagaaagttgtaatgatcctacagtagaggc
caccattaaggtgacattcaggatccagaaattaaaacattttcatgtaa
cagttttgggacagtaataactcagtaaagcacactgcttgtgtgactca
gataatccaacctgcaggatttgctacaaattttgatgcacataatcgac
aaaatttatttgctgagtgaatgaatgtatgttattgatatataatttat
ataagatataattagccagtgttaggtgtatagtttgagctttgctaaag
ttatagagttgtacagttgtgaagtgattacctttattcttttaaatttt
aaggaattggtaacagattgatcccaaggaaggttaggtttctgcgctta
gattttatactgtgaaatcagaataaacactagggtgtctgtatgccagg
ttggtaggaaatagggaaaccttaaatatttaatgctgagcataagagat
gaagtaatgattatatttggaaagaagtagattttggttacttcaaggtc
aaaggatatatttttgctaaaagtaaccctagttaaagcttcattttatt
tatttgttttgtttttttgaagacagggtttctctgtgtagcactggcta
tcctggaattctgtagaccaagctagcctcaaactccagagatctgtctg
cctcccaagtgctgtgcacaacatctgctgtagtccttcttgatgtgttt
tgatgatttacttt
gaattctgcttttctcttgtggggaattgctaccaagtgtttttctaaaa
tagcagctacagtttcaccttttccttagcaatgtatgtgggtgctatct
ctccatatctttgtctgtgcttaccattgtctgtctttttatagccatct
ttgtaaagttgaaatgctctttcattgtagacatgttcattttcataatg
gctaatgatgttgaacatggtttttgttttttttatatttgtatgcaaga
gagctatttttaaaagtttgtagtgtcccccccctttaaaggacaaacca
agctggtcttaaactcattatttccctgtgtacttgaggataaccttaag
tttctgatcacttgcacccaccttttgtttgttttgttttgttgacatag
ggttttggtttctcagtagaacagccctggctgtcttagaattcaatttg
tagactaggctagcctcaaactcaacagagatctacctgcctctacctga
gtgctgggactaaaggccatattcagccctgcatccaccacgtaattgca
gtgctgggattactggtgtgtgtcacttatacccattcttatctggctct
ggggatcaaatccagggcatccactgtggtaggcaggcgctatactagct
gagctatatctatatccccagctctacttagtcacattcttggctcgttt
tttttttttttttaatgggtttaaaagatcgttttaaagtaagatttatt
ttttattctagtttcaaaacttttaaactttaattaggtccaatttatat
atttgacttatttctgttactcccagggttgcatgtaaagaatatttttt
tggtcccaaccatgtgttttcctgtaatgccactaccgctgttttgggtt
actgtgtttttatataagatgtgtgaactcttcaactcttgttgagatca
tgttggatgatcttttcataggattataaaactatgttataccttaaaaa
aagcgcaatgcattgttttggtgggttgtttgttagggccacctactgta
cacaatgttgtgtgcatgtcagtagtaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_136027950_136029021
seq2: B6Ng01-293L11.b_46_1109

seq1  GAATTCAAAAGTCAAGTCAGCTTGGAAAGCCCACAGTTCTCTCCACCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGTCAAGTCAGCTTGGAAAGCCCACAGTTCTCTCCACCATG  50

seq1  CTGCCTTGGGAACTGAGGAACTTAGTTTCTGCATTTTTAAGTCAGCCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGGGAACTGAGGAACTTAGTTTCTGCATTTTTAAGTCAGCCCAC  100

seq1  TGGGTCACTGAGGTCCTTAGAGTAAGTCACTCAAGTATTTTACAATAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACTGAGGTCCTTAGAGTAAGTCACTCAAGTATTTTACAATAAGT  150

seq1  AGCCTTCTTCCAGAGTGTTGTCAGTATGCTTTGGTGGCATGTTTTTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTTCCAGAGTGTTGTCAGTATGCTTTGGTGGCATGTTTTTTGGT  200

seq1  ACAAAGACTATATAAAAATATATACTTTATATAGTAGATGCTTAATGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGACTATATAAAAATATATACTTTATATAGTAGATGCTTAATGTTT  250

seq1  TGCTTATGTTGGATTAAAACAATGAATGTATTACGTTGCTCATAATTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATGTTGGATTAAAACAATGAATGTATTACGTTGCTCATAATTTCA  300

seq1  TCTATATAATGGAACTTGGTAGAAAGTTGTAATGATCCTACAGTAGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATAATGGAACTTGGTAGAAAGTTGTAATGATCCTACAGTAGAGGC  350

seq1  CACCATTAAGGTGACATTCAGGATCCAGAAATTAAAACATTTTCATGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTAAGGTGACATTCAGGATCCAGAAATTAAAACATTTTCATGTAA  400

seq1  CAGTTTTGGGACAGTAATAACTCAGTAAAGCACACTGCTTGTGTGACTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGGGACAGTAATAACTCAGTAAAGCACACTGCTTGTGTGACTCA  450

seq1  GATAATCCAACCTGCAGGATTTGCTACAAATTTTGATGCACATAATCGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCCAACCTGCAGGATTTGCTACAAATTTTGATGCACATAATCGAC  500

seq1  AAAATTTATTTGCTGAGTGAATGAATGTATGTTATTGATATATAATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATTTGCTGAGTGAATGAATGTATGTTATTGATATATAATTTAT  550

seq1  ATAAGATATAATTAGCCAGTGTTAGGTGTATAGTTTGAGCTTTGCTAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATATAATTAGCCAGTGTTAGGTGTATAGTTTGAGCTTTGCTAAAG  600

seq1  TTATAGAGTTGTACAGTTGTGAAGTGATTACCTTTATTCTTTTAAATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGTTGTACAGTTGTGAAGTGATTACCTTTATTCTTTTAAATTTT  650

seq1  AAGGAATTGGTAACAGATTGATCCCAAGGAAGGTTAGGTTTCTGCGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATTGGTAACAGATTGATCCCAAGGAAGGTTAGGTTTCTGCGCTTA  700

seq1  GATTTTATACTGTGAAATCAGAATAAACACTAGGGTGTCTGTATGCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATACTGTGAAATCAGAATAAACACTAGGGTGTCTGTATGCCAGG  750

seq1  TTGGTAGGAAATAGGGAAACCTTAAATATTTAATGCTGAGCATAAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGGAAATAGGGAAACCTTAAATATTTAATGCTGAGCATAAGAGAT  800

seq1  GAAGTAATGATTATATTTGGAAAGAAGTAGATTTTGGTTACTTCAAGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAATGATTATATTTGGAAAGAAGTAGATTTTGGTTACTTCAAGGTC  850

seq1  AAAGGATATATTTTTGCTAAAAGTAACCCTAGTTAAAGCTTCATTTTATT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGGATATATTTTTGCTAAAAGTAACCCTAGTTAAAGCTTCATTTTA-T  899

seq1  TTATTTGTTTTG-TTTTTTGAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCACTGGCT  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTTTTGTTTTTTTGAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCACTGGCT  949

seq1  ATCCTGGAATTCTGTAGACCAAGCTAGCCTCAAACTCCCAGAGATCTGTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCTGGAATTCTGTAGACCAAGCTAGCCTCAAACT-CCAGAGATCTGTC  998

seq1  TGCCTCCCAAGTGCTGTGCCACCACCATCTGGCTGTAGTTCCTTCTTGTT  1049
      |||||||||||||||||||   || ||||| ||||||| ||||||   ||
seq2  TGCCTCCCAAGTGCTGTGC--ACAACATCT-GCTGTAG-TCCTTC---TT  1041

seq1  GTTGTTTTTTAATGATTTACTTT  1072
      | ||| |||| ||||||||||||
seq2  GATGTGTTTTGATGATTTACTTT  1064

seq1: chr4_136153036_136154112
seq2: B6Ng01-293L11.g_70_1148 (reverse)

seq1  TGTACTACTGACATGCACACAAACATGTGTACA-TAGGT-GCCCTAACAA  48
      ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TGTACTACTGACATGCACACAACATTGTGTACAGTAGGTGGCCCTAACAA  50

seq1  ACAACCC-CCAAAACATGCCATTTGCGCTTTTTTTTTAAGTATAACATAG  97
      ||||||| ||||||||   || |||||| ||||||| | |||||||||||
seq2  ACAACCCACCAAAACAATGCA-TTGCGC-TTTTTTTAAGGTATAACATAG  98

seq1  TTTTATAATTCCTATGAAAAGATCAATCAACATGATCTTCAACAAGAGTT  147
      |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTATAA-TCCTATGAAAAGATCATCCAACATGATC-TCAACAAGAGTT  146

seq1  GAAGAGTTCACACATCTTATATAAAAACACAGTAA-CCAAAACAGCGGTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGAGTTCACACATCTTATATAAAAACACAGTAACCCAAAACAGCGGTA  196

seq1  GTGGCATTACAGGAAAACACATGGTTGGGACC-AAAAAATATTCCTTACA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GTGGCATTACAGGAAAACACATGGTTGGGACCAAAAAAATATTCTTTACA  246

seq1  TGCAACCCTGGGAGTAACAG-AATAAGTCAAATATATAAATTGGACCTAA  294
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCCTGGGAGTAACAGAAATAAGTCAAATATATAAATTGGACCTAA  296

seq1  TTAAAGTTTAAAAGTTTTGAAACTAGAATAAAAAATAAATCTTACTTTAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTTAAAAGTTTTGAAACTAGAATAAAAAATAAATCTTACTTTAA  346

seq1  AACGATCTTTTAAACCCATTAAAAAAAAAAAAAAAACGAGCCAAGAATGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATCTTTTAAACCCATTAAAAAAAAAAAAAAAACGAGCCAAGAATGT  396

seq1  GACTAAGTAGAGCTGGGGATATAGATATAGCTCAGCTAGTATAGCGCCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAGTAGAGCTGGGGATATAGATATAGCTCAGCTAGTATAGCGCCTG  446

seq1  CCTACCACAGTGGATGCCCTGGATTTGATCCCCAGAGCCAGATAAGAATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCACAGTGGATGCCCTGGATTTGATCCCCAGAGCCAGATAAGAATG  496

seq1  GGTATAAGTGACACACACCAGTAATCCCAGCACTGCAATTACGTGGTGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAAGTGACACACACCAGTAATCCCAGCACTGCAATTACGTGGTGGA  546

seq1  TGCAGGGCTGAATATGGCCTTTAGTCCCAGCACTCAGGTAGAGGCAGGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCTGAATATGGCCTTTAGTCCCAGCACTCAGGTAGAGGCAGGTA  596

seq1  GATCTCTGTTGAGTTTGAGGCTAGCCTAGTCTACAAATTGAATTCTAAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGTTGAGTTTGAGGCTAGCCTAGTCTACAAATTGAATTCTAAGA  646

seq1  CAGCCAGGGCTGTTCTACTGAGAAACCAAAACCCTATGTCAACAAAACAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGGCTGTTCTACTGAGAAACCAAAACCCTATGTCAACAAAACAA  696

seq1  AACAAACAAAAGGTGGGTGCAAGTGATCAGAAACTTAAGGTTATCCTCAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAGGTGGGTGCAAGTGATCAGAAACTTAAGGTTATCCTCAA  746

seq1  GTACACAGGGAAATAATGAGTTTAAGACCAGCTTGGTTTGTCCTTTAAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAGGGAAATAATGAGTTTAAGACCAGCTTGGTTTGTCCTTTAAAG  796

seq1  GGGGGGGACACTACAAACTTTTAAAAATAGCTCTCTTGCATACAAATATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGACACTACAAACTTTTAAAAATAGCTCTCTTGCATACAAATATA  846

seq1  AAAAAAACAAAAACCATGTTCAACATCATTAGCCATTATGAAAATGAACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAAAACCATGTTCAACATCATTAGCCATTATGAAAATGAACA  896

seq1  TGTCTACAATGAAAGAGCATTTCAACTTTACAAAGATGGCTATAAAAAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACAATGAAAGAGCATTTCAACTTTACAAAGATGGCTATAAAAAGA  946

seq1  CAGACAATGGTAAGCACAGACAAAGATATGGAGAGATAGCACCCACATAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAATGGTAAGCACAGACAAAGATATGGAGAGATAGCACCCACATAC  996

seq1  ATTGCTAAGGAAAAGGTGAAACTGTAGCTGCTATTTTAGAAAAACACTTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAAGGAAAAGGTGAAACTGTAGCTGCTATTTTAGAAAAACACTTG  1046

seq1  GTAGCAATTCCCCACAAGAGAAAAGCAGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAATTCCCCACAAGAGAAAAGCAGAATTC  1079