BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300N05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 15,140,037 - 15,244,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem64
Upstream geneLOC100040030, LOC433688, Slc26a7, 1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047, Tmem55a, OTTMUSG00000004551, Efcbp1
Downstream geneLOC100040095, LOC633695, Calb1, Decr1, Nbn, Osgin2, Ripk2, LOC667150
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300N05.bB6Ng01-300N05.g
ACCGA095300GA095301
length1,031420
definitionB6Ng01-300N05.b B6Ng01-300N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,140,037 - 15,141,068)(15,244,358 - 15,244,783)
sequence
gaattctccagacaaggttagagaaggagaagccccgctaacaaagggag
tctcccatattgggctaagcccaggggctatctggtcatggtggactttg
accttaattagcagagtttcccacaacttcatgtcatttttgttatacca
gttcaccacctaaagataaaaacatgatgtgacagtagagacagagccaa
cttctctccttcacacactccaccctgggcttctgtacggctcacaatat
tttagtggtatttagtgtatcagattaactggcaccatcatgacactaaa
gaacttccttttctttcatttccaaaatccctacacaccaaagctctttc
caaagcagtccactcagctgttaacagctgttgctgagtgtctgctgacc
accagctgaataaacatgtcgatgatgtaatagagtccaactgaacacac
gctggccctagttaaacttgttcttggaactatgtcctattattctaagg
tctcattttccacagcacctgttagcttcttgggttatcagtcagcttgt
tgagtaatattttcccatataaatcaatgttgcaaatagcttgatatgtg
accttagacacagtcatgaaggacggacaaatcctaagagtgaactgagt
atgaccaggaagggaatagtgagcccagaatggagcaaggacaaaggaaa
ggatacttcaccttgcctcttgtgcctggtggagagaggggcattttcca
ttcagttttctctgtatttacatgttctgatatatggcaaaaggcagccc
tgccatgtcagctgcagcagcagtgggtgctgtggatttgcctttgtgcc
actttgtttttgtctagctggttggggaatgcaggcaaatgtggggtttt
atatagcaaagttatggaagagaggggcagggattttattgacacagctg
ggaagatttttctggaagaggagagtatatgataggttccataagagtag
aatctcagagggagagacgagagagtagaga
ttttgaacttttaaaatttttattctgtgtgtgtatgcctgagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagaatgcttgtgtgc
acactgatgtgcttgtttgtatgcatgtgtggaggccagaagagggcatc
agatgtccttctaaatcactctttgcctctcttcttgagaccaggtcttt
ccctgaacctgaagctcatgttttctaggctgggctcctgtgtctgcccc
actcagatctgaagttacaggtattcatggccaagggttgatcctcatgc
ttgtccagcaagtgacttaacagcaaaaccagccttccagaactgggtat
ttttcaggtagatacagctttattttgtgtgtgattcgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_15140037_15141068
seq2: B6Ng01-300N05.b_51_1081

seq1  GAATTCTCCAGACAAGGTTAGAGAAGGAGAAGCCCCGCTAACAAAGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGACAAGGTTAGAGAAGGAGAAGCCCCGCTAACAAAGGGAG  50

seq1  TCTCCCATATTGGGCTAAGCCCAGGGGCTATCTGGTCATGGTGGACTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATATTGGGCTAAGCCCAGGGGCTATCTGGTCATGGTGGACTTTG  100

seq1  ACCTTAATTAGCAGAGTTTCCCACAACTTCATGTCATTTTTGTTATACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAATTAGCAGAGTTTCCCACAACTTCATGTCATTTTTGTTATACCA  150

seq1  GTTCACCACCTAAAGATAAAAACATGATGTGACAGTAGAGACAGAGCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCACCTAAAGATAAAAACATGATGTGACAGTAGAGACAGAGCCAA  200

seq1  CTTCTCTCCTTCACACACTCCACCCTGGGCTTCTGTACGGCTCACAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCCTTCACACACTCCACCCTGGGCTTCTGTACGGCTCACAATAT  250

seq1  TTTAGTGGTATTTAGTGTATCAGATTAACTGGCACCATCATGACACTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGGTATTTAGTGTATCAGATTAACTGGCACCATCATGACACTAAA  300

seq1  GAACTTCCTTTTCTTTCATTTCCAAAATCCCTACACACCAAAGCTCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCCTTTTCTTTCATTTCCAAAATCCCTACACACCAAAGCTCTTTC  350

seq1  CAAAGCAGTCCACTCAGCTGTTAACAGCTGTTGCTGAGTGTCTGCTGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGTCCACTCAGCTGTTAACAGCTGTTGCTGAGTGTCTGCTGACC  400

seq1  ACCAGCTGAATAAACATGTCGATGATGTAATAGAGTCCAACTGAACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGAATAAACATGTCGATGATGTAATAGAGTCCAACTGAACACAC  450

seq1  GCTGGCCCTAGTTAAACTTGTTCTTGGAACTATGTCCTATTATTCTAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCTAGTTAAACTTGTTCTTGGAACTATGTCCTATTATTCTAAGG  500

seq1  TCTCATTTTCCACAGCACCTGTTAGCTTCTTGGGTTATCAGTCAGCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTTTCCACAGCACCTGTTAGCTTCTTGGGTTATCAGTCAGCTTGT  550

seq1  TGAGTAATATTTTCCCATATAAATCAATGTTGCAAATAGCTTGATATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAATATTTTCCCATATAAATCAATGTTGCAAATAGCTTGATATGTG  600

seq1  ACCTTAGACACAGTCATGAAGGACGGACAAATCCTAAGAGTGAACTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGACACAGTCATGAAGGACGGACAAATCCTAAGAGTGAACTGAGT  650

seq1  ATGACCAGGAAGGGAATAGTGAGCCCAGAATGGAGCAAGGACAAAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAGGAAGGGAATAGTGAGCCCAGAATGGAGCAAGGACAAAGGAAA  700

seq1  GGATACTTCACCTTGCCTCTTGTGCCTGGTGGAGAGAGGGGCATTTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTTCACCTTGCCTCTTGTGCCTGGTGGAGAGAGGGGCATTTTCCA  750

seq1  TTCAGTTTTCTCTGTATTTACATGTTCTGATATATGGCAAAAGGCAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTCTCTGTATTTACATGTTCTGATATATGGCAAAAGGCAGCCC  800

seq1  TGCCATGTCAGGCTGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGGATTTGCCTTTGTGC  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGTCA-GCTGCAGCAGCAGTGGGTGCTGTGGATTTGCCTTTGTGC  849

seq1  CACTTTGTTTTTGTCTAGCTGGTTGGGGAATGCAGGCAAATGTGGGGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGTTTTTGTCTAGCTGGTTGGGGAATGCAGGCAAATGTGGGGTTT  899

seq1  TATATAGCAAAGTTATGGAAGAGAGGGGCAGGGATTTTATTGACACAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGCAAAGTTATGGAAGAGAGGGGCAGGGATTTTATTGACACAGCT  949

seq1  GGGAAGATTTTTCTGGAAGAGGAGAGTTATATGATAGGTTCCATAAGAGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGATTTTTCTGGAAGAGGAGAG-TATATGATAGGTTCCATAAGAGT  998

seq1  AGAATCTCAGAGGGAGAGAGGAGAGAG-AGAGA  1032
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AGAATCTCAGAGGGAGAGACGAGAGAGTAGAGA  1031

seq1: chr4_15244358_15244783
seq2: B6Ng01-300N05.g_68_493 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACGAATCACACACAAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACGAATCACACACAAAATA  50

seq1  AAGCTGTATCTACCTGAAAAATACCCAGTTCTGGAAGGCTGGTTTTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTATCTACCTGAAAAATACCCAGTTCTGGAAGGCTGGTTTTGCTG  100

seq1  TTAAGTCACTTGCTGGACAAGCATGAGGATCAACCCTTGGCCATGAATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCACTTGCTGGACAAGCATGAGGATCAACCCTTGGCCATGAATAC  150

seq1  CTGTAACTTCAGATCTGAGTGGGGCAGACACAGGAGCCCAGCCTAGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTTCAGATCTGAGTGGGGCAGACACAGGAGCCCAGCCTAGAAAA  200

seq1  CATGAGCTTCAGGTTCAGGGAAAGACCTGGTCTCAAGAAGAGAGGCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCTTCAGGTTCAGGGAAAGACCTGGTCTCAAGAAGAGAGGCAAAG  250

seq1  AGTGATTTAGAAGGACATCTGATGCCCTCTTCTGGCCTCCACACATGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTAGAAGGACATCTGATGCCCTCTTCTGGCCTCCACACATGCAT  300

seq1  ACAAACAAGCACATCAGTGTGCACACAAGCATTCTCTCTCTCTCTCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGCACATCAGTGTGCACACAAGCATTCTCTCTCTCTCTCTCTC  350

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGGCATACACACACAGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGGCATACACACACAGAATA  400

seq1  AAAATTTTAAAAGTTCAAAAGAATTC  426
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTAAAAGTTCAAAAGAATTC  426