BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304K22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 90,168,532 - 90,287,788
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDmrta1, Zfp352, LOC619842, LOC435792
Downstream genePpia-ps4_804.1, LOC664840, LOC664848, LOC100042274, Elavl2, LOC664864
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304K22.bB6Ng01-304K22.g
ACCGA098175GA098176
length1,1571,075
definitionB6Ng01-304K22.b B6Ng01-304K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,168,532 - 90,169,687)(90,286,715 - 90,287,788)
sequence
gaattccagacagttgtgagttgctggctagaggatattgaacaagggtt
tctgtaaatggaataatgtaatatgtgctcttaaatcttgagctatttct
ccagttaaagttaatatttgaaaaatactcaagaaattatgttccaagga
cacattattctgtgcctaattatattaagcctctaagaatagtgccagta
tcaaaaattgttagagaagtagaaaggaaataactccagaatttttatat
gaagtcaaatacaattgtttcaccaaagtctggcaaatacaagaactgta
gagacatataaactttatgttcacatgtatgccaaatataattatgaatt
agctcacagaacctagagatatactggcataataaggatggaagtttaac
ctaagagtgaaaagcagctttaacatttaaaagcaacacaacatatgtga
atatataacttgacaaaagtcagggagtatcagaataagactcaaatatg
gaaagaatttccttatgagacaacagcatcataattaacagggaaacttt
atctgctttggttggaaacaaggtacagttctatgccatcttgaagtcta
atcagcatcacagtggagattccatatagtttagccacaaagtaaacact
atgcatatatacaaaagagaaagaacaaactctctttattcatgtagtac
agcattgtttacatagaaaaccttaacatgtgttttaaaacacaagaacc
aataccacacgttttgtttgtttgtttgtttgtttgttttttaataacta
ttgctctagtacagcttgaggtcagggatggtaatttctctggaaaggtc
ttttattgttgagaattgttttggctatcctgggtttttgtttttctata
tgaagttgagagctgctctttccacatctgtgaagaattgtgttggaatt
gtgatggggagtgcactgaatctgcagagtgctttgggaaatggccattt
actatgttaatcctaccaatccatgagcatggggagatccttcattcttc
tatgtcttctttgatttctttttttcaggattggagtctgtcgtacagat
tcttttcactgctttggaaagaagttacaccaataggcttcacctattgt
gtagcat

gaattcaatgaacttcactatctgattcgaatatcactgattcttgaaat
tctgtgtaattcataacatctcttttaagttgtcagcctgcttaacgtag
aaggtcatgttttcttttgctggcagtgagtgatactagagtacacccaa
gatgatgaagtgatgtttctttactttctcctatcacatatgttctagag
ttatgagccattggttgcattacatactccagcaatgtgtctatgccggc
tgtgtcagcaccgtaacacatccattgagtctagtaagtgacagctctag
aaactttggtctaggaggaagtccagatctgtcagcacggttagacaaag
tttgatatgttgtcagaaagacctttaggaagtgtttatgttttaaaaag
ggggcactgagcagaaatcaagctgacagacattaaatatgttcaaaata
tcaaactttgtggtaaaaataggttacacaccaggaaaggaggtgagagg
aataaactgtaagcactgatagaccctcacaaaacatgacatcatataga
ccctggtctggagaaaatgagccaattccaaaaagataagttctataggg
gcagtcaaaaataaatagtgaaaaatgctcaggagggagataagataagt
caggagtctagattaatgaacaaaacaattgcaaagctgccttgattctc
atgttctcttatccacaagtacttgtgatataaagagttatctgcaagga
tacctccataactaagcttttaaagatcttcatttgaatgttcttgaggc
aattgatttggttgtgtgaaatctgtctggtagcataggtatacttttta
gtatgagtgccttagttatagtacctaaaacttttgtggctcaacttata
ttattgaaaaatatattttttatttaaaattctttattatatattcattt
ctgcacttgatgtgatttgatcaagtctatctatgtccccctccatcttt
ccgtattttctctacatttttttttattatttttcatagagaggaaaggc
actcattcattcttttagctctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_90168532_90169687
seq2: B6Ng01-304K22.b_48_1204

seq1  GAATTCCAGACAGTTGTGAGTTGCTGGCTAGAGGATATTGAACAAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACAGTTGTGAGTTGCTGGCTAGAGGATATTGAACAAGGGTT  50

seq1  TCTGTAAATGGAATAATGTAATATGTGCTCTTAAATCTTGAGCTATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAATGGAATAATGTAATATGTGCTCTTAAATCTTGAGCTATTTCT  100

seq1  CCAGTTAAAGTTAATATTTGAAAAATACTCAAGAAATTATGTTCCAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAAAGTTAATATTTGAAAAATACTCAAGAAATTATGTTCCAAGGA  150

seq1  CACATTATTCTGTGCCTAATTATATTAAGCCTCTAAGAATAGTGCCAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTATTCTGTGCCTAATTATATTAAGCCTCTAAGAATAGTGCCAGTA  200

seq1  TCAAAAATTGTTAGAGAAGTAGAAAGGAAATAACTCCAGAATTTTTATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATTGTTAGAGAAGTAGAAAGGAAATAACTCCAGAATTTTTATAT  250

seq1  GAAGTCAAATACAATTGTTTCACCAAAGTCTGGCAAATACAAGAACTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAATACAATTGTTTCACCAAAGTCTGGCAAATACAAGAACTGTA  300

seq1  GAGACATATAAACTTTATGTTCACATGTATGCCAAATATAATTATGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATATAAACTTTATGTTCACATGTATGCCAAATATAATTATGAATT  350

seq1  AGCTCACAGAACCTAGAGATATACTGGCATAATAAGGATGGAAGTTTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGAACCTAGAGATATACTGGCATAATAAGGATGGAAGTTTAAC  400

seq1  CTAAGAGTGAAAAGCAGCTTTAACATTTAAAAGCAACACAACATATGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGTGAAAAGCAGCTTTAACATTTAAAAGCAACACAACATATGTGA  450

seq1  ATATATAACTTGACAAAAGTCAGGGAGTATCAGAATAAGACTCAAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAACTTGACAAAAGTCAGGGAGTATCAGAATAAGACTCAAATATG  500

seq1  GAAAGAATTTCCTTATGAGACAACAGCATCATAATTAACAGGGAAACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTTCCTTATGAGACAACAGCATCATAATTAACAGGGAAACTTT  550

seq1  ATCTGCTTTGGTTGGAAACAAGGTACAGTTCTATGCCATCTTGAAGTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTTGGTTGGAAACAAGGTACAGTTCTATGCCATCTTGAAGTCTA  600

seq1  ATCAGCATCACAGTGGAGATTCCATATAGTTTAGCCACAAAGTAAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATCACAGTGGAGATTCCATATAGTTTAGCCACAAAGTAAACACT  650

seq1  ATGCATATATACAAAAGAGAAAGAACAAACTCTCTTTATTCATGTAGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATATACAAAAGAGAAAGAACAAACTCTCTTTATTCATGTAGTAC  700

seq1  AGCATTGTTTACATAGAAAACCTTAACATGTGTTTTAAAACACAAGAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGTTTACATAGAAAACCTTAACATGTGTTTTAAAACACAAGAACC  750

seq1  AATACCACACGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAATAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCACACGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAATAACTA  800

seq1  TTGCTCTAGTACAGCTTGAGGTCAGGGATGGTAATTTCTCTGG-AAGGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGCTCTAGTACAGCTTGAGGTCAGGGATGGTAATTTCTCTGGAAAGGTC  850

seq1  TTTTATTGTTGAGAATTGTTTTGGCTATCCTGGGTTTTTGTTTTTCTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGTTGAGAATTGTTTTGGCTATCCTGGGTTTTTGTTTTTCTATA  900

seq1  TGAAGTTGAGAGCTGCTCTTTCCACATCTGTGAAGAATTGTGTTGGAATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTGAGAGCTGCTCTTTCCACATCTGTGAAGAATTGTGTTGGAATT  950

seq1  GTGATGGGGAGTGCACTGAATCTGCAGAGTGCTTTGGGAAAATGGCCATT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGATGGGGAGTGCACTGAATCTGCAGAGTGCTTTGGG-AAATGGCCATT  999

seq1  TTAACTATGTTAATCCTACCAATCCATGAGCAT-GGGAGATCCTTCCATC  1048
      |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||
seq2  T--ACTATGTTAATCCTACCAATCCATGAGCATGGGGAGATCCTTCATTC  1047

seq1  TTCTATGGTCTTCTTTGATTTCTTTTTTCAGGGATTTGAAGTTCTTGTCG  1098
      |||||| |||||||||||||||||||||   ||| ||| |||   |||||
seq2  TTCTAT-GTCTTCTTTGATTTCTTTTTTTCAGGA-TTGGAGT--CTGTCG  1093

seq1  TACAGAT--CTTTCACTTGCTTT-GAAAG-AGTTACACCAATA-GCTACA  1143
      |||||||   |||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||
seq2  TACAGATTCTTTTCAC-TGCTTTGGAAAGAAGTTACACCAATAGGCTTCA  1142

seq1  -CTA-TGTGTAGCAT  1156
       ||| ||||||||||
seq2  CCTATTGTGTAGCAT  1157


seq1: chr4_90286715_90287788
seq2: B6Ng01-304K22.g_69_1143 (reverse)

seq1  AAAAGAGCTAAAAG-ATGAATGAGTGC--TTTCTCTCTATGAAAAATAAT  47
      |||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGCTAAAAGAATGAATGAGTGCCTTTCCTCTCTATGAAAAATAAT  50

seq1  AAAAAAAATGTTAGGAGAAATACGGGAAAGATTGGAGGGGACATAGATAG  97
      ||||||||   |||   |||||| |||||||| |  ||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATGTAGAGAAAATAC-GGAAAGATGGAGGGGGACATAGATAG  99

seq1  ACTTGATCAAATCACATCAAGTGCAGAAATGAATATATAAATAAAGAATT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTGATCAAATCACATCAAGTGCAGAAATGAATATAT-AATAAAGAATT  148

seq1  TTAAATAAAAAATATATTTTTCAATAATATAAGTTGAGCCACAAAAGTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAAAAATATATTTTTCAATAATATAAGTTGAGCCACAAAAGTTT  198

seq1  TAGGTACTATAACTAAGGCACTCATACTAAAAAGTATACCTATGCTACCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTATAACTAAGGCACTCATACTAAAAAGTATACCTATGCTACCA  248

seq1  GACAGATTTCACACAACCAAATCAATTGCCTCAAGAACATTCAAATGAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTTCACACAACCAAATCAATTGCCTCAAGAACATTCAAATGAAG  298

seq1  ATCTTTAAAAGCTTAGTTATGGAGGTATCCTTGCAGATAACTCTTTATAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAAAAGCTTAGTTATGGAGGTATCCTTGCAGATAACTCTTTATAT  348

seq1  CACAAGTACTTGTGGATAAGAGAACATGAGAATCAAGGCAGCTTTGCAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTACTTGTGGATAAGAGAACATGAGAATCAAGGCAGCTTTGCAAT  398

seq1  TGTTTTGTTCATTAATCTAGACTCCTGACTTATCTTATCTCCCTCCTGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTTCATTAATCTAGACTCCTGACTTATCTTATCTCCCTCCTGAG  448

seq1  CATTTTTCACTATTTATTTTTGACTGCCCCTATAGAACTTATCTTTTTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCACTATTTATTTTTGACTGCCCCTATAGAACTTATCTTTTTGG  498

seq1  AATTGGCTCATTTTCTCCAGACCAGGGTCTATATGATGTCATGTTTTGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGCTCATTTTCTCCAGACCAGGGTCTATATGATGTCATGTTTTGTG  548

seq1  AGGGTCTATCAGTGCTTACAGTTTATTCCTCTCACCTCCTTTCCTGGTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTATCAGTGCTTACAGTTTATTCCTCTCACCTCCTTTCCTGGTGT  598

seq1  GTAACCTATTTTTACCACAAAGTTTGATATTTTGAACATATTTAATGTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTATTTTTACCACAAAGTTTGATATTTTGAACATATTTAATGTCT  648

seq1  GTCAGCTTGATTTCTGCTCAGTGCCCCCTTTTTAAAACATAAACACTTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTTGATTTCTGCTCAGTGCCCCCTTTTTAAAACATAAACACTTCC  698

seq1  TAAAGGTCTTTCTGACAACATATCAAACTTTGTCTAACCGTGCTGACAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTCTTTCTGACAACATATCAAACTTTGTCTAACCGTGCTGACAGA  748

seq1  TCTGGACTTCCTCCTAGACCAAAGTTTCTAGAGCTGTCACTTACTAGACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTTCCTCCTAGACCAAAGTTTCTAGAGCTGTCACTTACTAGACT  798

seq1  CAATGGATGTGTTACGGTGCTGACACAGCCGGCATAGACACATTGCTGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGATGTGTTACGGTGCTGACACAGCCGGCATAGACACATTGCTGGA  848

seq1  GTATGTAATGCAACCAATGGCTCATAACTCTAGAACATATGTGATAGGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAATGCAACCAATGGCTCATAACTCTAGAACATATGTGATAGGAG  898

seq1  AAAGTAAAGAAACATCACTTCATCATCTTGGGTGTACTCTAGTATCACTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAGAAACATCACTTCATCATCTTGGGTGTACTCTAGTATCACTC  948

seq1  ACTGCCAGCAAAAGAAAACATGACCTTCTACGTTAAGCAGGCTGACAACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAGCAAAAGAAAACATGACCTTCTACGTTAAGCAGGCTGACAACT  998

seq1  TAAAAGAGATGTTATGAATTACACAGAATTTCAAGAATCAGTGATATTCG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGATGTTATGAATTACACAGAATTTCAAGAATCAGTGATATTCG  1048

seq1  AATCAGATAGTGAAGTTCATTGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATAGTGAAGTTCATTGAATTC  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |