BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304L12
Chromosome4 (Build37)
Map Location 81,561,907 - 81,684,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040164
Upstream geneD4Bwg0951e, Mpdz, LOC100040131, LOC100040144, EG668895
Downstream geneEG545641, Nfib, Zdhhc21, Cer1, Frem1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304L12.bB6Ng01-304L12.g
ACCGA098202GA098203
length1,1341,055
definitionB6Ng01-304L12.b B6Ng01-304L12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,683,183 - 81,684,325)(81,561,907 - 81,562,959)
sequence
gaattcaattttcaacccgttgagtttgtactcaaaggaacctcttaaat
ggatggatctggaagttttgacgtgctaagaatagatttggagtttctac
taagaaacacactttcttacactactgtgcttagtcatcaatactcttcc
catcccactacattacaccattgcactacatcctcctcttcatcttattg
gaaagttttactttgtttagagaaaataggatcctcagaagttttataca
aagttttgcaaatgggcaaaatgtgtattttcctggtgctgtgagtcacg
ggcttttgtgaggttttcactggttttcttgaatctcctctgaagtagaa
aaccagagagactaaagatgaatatctcttctatctcactttctctttgt
atatttactctgaattagttttcatagtttgagccatgaagtccttactt
ccccctttctcgttgctagttttataacagatcgttacctacttgtgatt
taaattcttcttactgggatttcccaacacatatagctctacattggccc
taaattgatatcactttgtttatttttgcaatgcagttatataaatctcc
gactcaattcaaagctacttattctttactaagttaaaccttgtctgttt
ctggaagctggacccaaagaagtagagtatggcccattctctctgtctct
ttcctgtttcaggtagttgtgctgtgggtagcagcattgggagggtgaga
atgagtggaaaaaattaggtcatgcaactgcagcatgtttaaggtggcaa
gcttaaagtgcccacttctacttcattggataggatacttttcctggctc
aatcttcaagtgtagtaaaaagtccctggttagatactgtaggtgatgtt
taaagtttgtgtatgtcatggagaactgtgatatctacctgttgtttctg
gtagaaaaccctctgtatccttcttgtagcagcccttattgctgtttatc
tggattggagacctgagctaagtctacgggaacttggaatctttctcttt
tctcagataatgaaagcagaaatgagccacatcttagttgtgacctccac
tatttacttcgtcctagaatcctattctctaaga

gaattcagctaaaatccaaaaggtggtgatctcattggaaagcctcccac
gcatgtatctataaatatatagagaagagtgaaggactatgctgacaaat
tgtgtgatcatacaatatagtcagatcctttctgatctagccccactcca
aagcacatgctaaaaatatttagttctttaagttctgctctgcactgcac
aaaacctgaccattgatttacagggcccatcctccctagtcactggaatt
tgaaattgttcttgctgccctaaaattatgatctaatgcaccagcataga
caggtcttaagataacattagctaaaacgtattgattgagtgctgaattt
gtgccaggaattttggcagatatcttttttacatcccctatcacagctct
ctaagatatatgatgctggctttcttatagataagtaaagggaaattgca
agaggctaagtaaatcgtcccaagaaaagaaacagagcccagaaacaaaa
gtttgaactaattatcactacacaggatggcaaggattttttacccatta
actaatttatgtgtttattcactttacatcctcatcacagcctccctcct
cccagtactccccccacgtgtctactcctcttcatctctgagaaggatga
gggccacgctgggtaccaacatacatcttgacacttcaagttactgcagg
actaggtgcattctctcccactgagtccagccaagacacaaaggcaggca
acaaagttgtgctaagccccagtagttgggggacctacatgaatagcaat
ctgcacatcgactgcatatgtgtggagtagaggctaggtccaggccttgt
atgttctttggttgttggtatggtctctgggaaccccccaagtatccagg
ttagttgactctgttgttggccatagagagagagggaatggcccaaccca
ataactgggccaacttaagatccatgtgacaggcaagaacccaaaccctg
acactattaatgatattccgttatgcttacagtcaggagctagcataaat
gtcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_81683183_81684325
seq2: B6Ng01-304L12.b_49_1182 (reverse)

seq1  TCTTAGAG-ATAGGATTCTAAGACGAAGTAAATAGGTGA-GTCACAAATT  48
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||| | 
seq2  TCTTAGAGAATAGGATTCTAGGACGAAGTAAATAGTGGAGGTCACAACT-  49

seq1  AGGAAGGT-TGCCTCATTTCTGCTTTTCATGTATCCTGAGAAAAGAGGAA  97
         ||| | || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||
seq2  ---AAGATGTGGCTCATTTCTGC-TTTCAT-TAT-CTGAGAAAAGA-GAA  92

seq1  AGATTCCAAGTTTCCCCTTAGACTTAGCTCAGGTCTCCAATCCAGAATAA  147
      ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGATTCCAAGTT--CCCGTAGACTTAGCTCAGGTCTCCAATCCAG-ATAA  139

seq1  ACAGCAATAAGGGGCTGCTACAAGAAGGATACAGAGGGTTTTCTACCAGA  197
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATAA-GGGCTGCTACAAGAAGGATACAGAGGGTTTTCTACCAGA  188

seq1  AACAACAGGTAGATATCACAGTTCTCCATGACATACACAAACTTTAAACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGGTAGATATCACAGTTCTCCATGACATACACAAACTTTAAACA  238

seq1  TCACCTACAGTATCTAACCAGGGACTTTTTACTACACTTGAAGATTGAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTACAGTATCTAACCAGGGACTTTTTACTACACTTGAAGATTGAGC  288

seq1  CAGGAAAAGTATCCTATCCAATGAAGTAGAAGTGGGCACTTTAAGCTTGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAGTATCCTATCCAATGAAGTAGAAGTGGGCACTTTAAGCTTGC  338

seq1  CACCTTAAACATGCTGCAGTTGCATGACCTAATTTTTTCCACTCATTCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTAAACATGCTGCAGTTGCATGACCTAATTTTTTCCACTCATTCTC  388

seq1  ACCCTCCCAATGCTGCTACCCACAGCACAACTACCTGAAACAGGAAAGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCCAATGCTGCTACCCACAGCACAACTACCTGAAACAGGAAAGAG  438

seq1  ACAGAGAGAATGGGCCATACTCTACTTCTTTGGGTCCAGCTTCCAGAAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGAATGGGCCATACTCTACTTCTTTGGGTCCAGCTTCCAGAAAC  488

seq1  AGACAAGGTTTAACTTAGTAAAGAATAAGTAGCTTTGAATTGAGTCGGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGTTTAACTTAGTAAAGAATAAGTAGCTTTGAATTGAGTCGGAG  538

seq1  ATTTATATAACTGCATTGCAAAAATAAACAAAGTGATATCAATTTAGGGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATAACTGCATTGCAAAAATAAACAAAGTGATATCAATTTAGGGC  588

seq1  CAATGTAGAGCTATATGTGTTGGGAAATCCCAGTAAGAAGAATTTAAATC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTAGAGCTATATGTGTTGGGAAATCCCAGTAAGAAGAATTTAAATC  638

seq1  ACAAGTAGGTAACGATCTGTTATAAAACTAGCAACGAGAAAGGGGGAAGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAGGTAACGATCTGTTATAAAACTAGCAACGAGAAAGGGGGAAGT  688

seq1  AAGGACTTCATGGCTCAAACTATGAAAACTAATTCAGAGTAAATATACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTTCATGGCTCAAACTATGAAAACTAATTCAGAGTAAATATACAA  738

seq1  AGAGAAAGTGAGATAGAAGAGATATTCATCTTTAGTCTCTCTGGTTTTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGTGAGATAGAAGAGATATTCATCTTTAGTCTCTCTGGTTTTCT  788

seq1  ACTTCAGAGGAGATTCAAGAAAACCAGTGAAAACCTCACAAAAGCCCGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGAGGAGATTCAAGAAAACCAGTGAAAACCTCACAAAAGCCCGTG  838

seq1  ACTCACAGCACCAGGAAAATACACATTTTGCCCATTTGCAAAACTTTGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGCACCAGGAAAATACACATTTTGCCCATTTGCAAAACTTTGTA  888

seq1  TAAAACTTCTGAGGATCCTATTTTCTCTAAACAAAGTAAAACTTTCCAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTCTGAGGATCCTATTTTCTCTAAACAAAGTAAAACTTTCCAAT  938

seq1  AAGATGAAGAGGAGGATGTAGTGCAATGGTGTAATGTAGTGGGATGGGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAGAGGAGGATGTAGTGCAATGGTGTAATGTAGTGGGATGGGAA  988

seq1  GAGTATTGATGACTAAGCACAGTAGTGTAAGAAAGTGTGTTTCTTAGTAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTGATGACTAAGCACAGTAGTGTAAGAAAGTGTGTTTCTTAGTAG  1038

seq1  AAACTCCAAATCTATTCTTAGCACGTCAAAACTTCCAGATCCATCCATTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCAAATCTATTCTTAGCACGTCAAAACTTCCAGATCCATCCATTT  1088

seq1  AAGAGGTTCCTTTGAGTACAAACTCAACGGGTTGAAAATTGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTTCCTTTGAGTACAAACTCAACGGGTTGAAAATTGAATTC  1134


seq1: chr4_81561907_81562959
seq2: B6Ng01-304L12.g_66_1120

seq1  GAATTCAGCTAAAATCCAAAAGGTGGTGATCTCATTGGAAAGCCTCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTAAAATCCAAAAGGTGGTGATCTCATTGGAAAGCCTCCCAC  50

seq1  GCATGTATCTATAAATATATAGAGAAGAGTGAAGGACTATGCTGACAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATCTATAAATATATAGAGAAGAGTGAAGGACTATGCTGACAAAT  100

seq1  TGTGTGATCATACAATATAGTCAGATCCTTTCTGATCTAGCCCCACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGATCATACAATATAGTCAGATCCTTTCTGATCTAGCCCCACTCCA  150

seq1  AAGCACATGCTAAAAATATTTAGTTCTTTAAGTTCTGCTCTGCACTGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACATGCTAAAAATATTTAGTTCTTTAAGTTCTGCTCTGCACTGCAC  200

seq1  AAAACCTGACCATTGATTTACAGGGCCCATCCTCCCTAGTCACTGGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGACCATTGATTTACAGGGCCCATCCTCCCTAGTCACTGGAATT  250

seq1  TGAAATTGTTCTTGCTGCCCTAAAATTATGATCTAATGCACCAGCATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGTTCTTGCTGCCCTAAAATTATGATCTAATGCACCAGCATAGA  300

seq1  CAGGTCTTAAGATAACATTAGCTAAAACGTATTGATTGAGTGCTGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTTAAGATAACATTAGCTAAAACGTATTGATTGAGTGCTGAATTT  350

seq1  GTGCCAGGAATTTTGGCAGATATCTTTTTTACATCCCCTATCACAGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGGAATTTTGGCAGATATCTTTTTTACATCCCCTATCACAGCTCT  400

seq1  CTAAGATATATGATGCTGGCTTTCTTATAGATAAGTAAAGGGAAATTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATATATGATGCTGGCTTTCTTATAGATAAGTAAAGGGAAATTGCA  450

seq1  AGAGGCTAAGTAAATCGTCCCAAGAAAAGAAACAGAGCCCAGAAACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTAAGTAAATCGTCCCAAGAAAAGAAACAGAGCCCAGAAACAAAA  500

seq1  GTTTGAACTAATTATCACTACACAGGATGGCAAGGATTTTTTACCCATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAACTAATTATCACTACACAGGATGGCAAGGATTTTTTACCCATTA  550

seq1  ACTAATTTATGTGTTTATTCACTTTACATCCTCATCACAGCCTCCCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTTATGTGTTTATTCACTTTACATCCTCATCACAGCCTCCCTCCT  600

seq1  CCCAGTACTCCCCCCACGTGTCTACTCCTCTTCATCTCTGAGAAGGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTACTCCCCCCACGTGTCTACTCCTCTTCATCTCTGAGAAGGATGA  650

seq1  GGGCCACGCTGGGTACCAACATACATCTTGACACTTCAAGTTACTGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACGCTGGGTACCAACATACATCTTGACACTTCAAGTTACTGCAGG  700

seq1  ACTAGGTGCATTCTCTCCCACTGAGTCCAGCCAAGACACAAAGGCAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTGCATTCTCTCCCACTGAGTCCAGCCAAGACACAAAGGCAGGCA  750

seq1  ACAAAGTTGTGCTAAGCCCCAGTAGTTGGGGGACCTACATGAATAGCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTGTGCTAAGCCCCAGTAGTTGGGGGACCTACATGAATAGCAAT  800

seq1  CTGCACATCGACTGCATATGTGTGGAGTAGAGGCTAGGTCCAGGCCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACATCGACTGCATATGTGTGGAGTAGAGGCTAGGTCCAGGCCTTGT  850

seq1  ATGTTCTTTGGTTGTTGGTATGGTCTCTGGGAACCCCCCAAGTATCCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTTGGTTGTTGGTATGGTCTCTGGGAACCCCCCAAGTATCCAGG  900

seq1  TTAGTTGACTCTGTTGTTGGCCATAGAGAGAGAGGGAATGGCC--AACCA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||
seq2  TTAGTTGACTCTGTTGTTGGCCATAGAGAGAGAGGGAATGGCCCAACCCA  950

seq1  ATAACTGGCCAAACTTAAGATCCATGTGACAGGCAAGAA-CCAAACCCTG  997
      |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAACTGGGCCAACTTAAGATCCATGTGACAGGCAAGAACCCAAACCCTG  1000

seq1  ACACTATTAATGATATTCCGTTATGCTTACAGTCAGGAGCCTAGCATAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACACTATTAATGATATTCCGTTATGCTTACAGTCAGGAG-CTAGCATAAA  1049

seq1  TGTCCT  1053
      ||||||
seq2  TGTCCT  1055


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |