BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308F08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 28,217,414 - 28,433,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040735, LOC230044, LOC665141
Upstream geneLOC100040691, Tpm3-rs2, LOC100040842
Downstream geneLOC100040773, Epha7, LOC100040907, LOC100040811
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308F08.bB6Ng01-308F08.g
ACCGA100862GA100863
length853806
definitionB6Ng01-308F08.b B6Ng01-308F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,217,414 - 28,218,266)(28,433,167 - 28,433,866)
sequence
gaattctctatgatgaaaaccataattcgtgaatctgccactctgtggag
agtcttcatgtcctgaaaatcttattgattacaactaagaggaaaagggt
gttggaatgtcattacggtactaaaaataaaaacaaactaaaataaaaaa
gatagtattgtgagttaacaatttttacttcgttatgagcacataaacag
agaaacagcagggataaaattagggaactaaaaattgtaagctgcaattg
tcttgaaaatacagataaaagaaagcattagacattcacctcagggtaat
ctgggtttatttttattctcttggagttgtatttctttatattagattaa
aaacatttttgtgtattatatatgcctatttgtgtactgcatagatgcgg
gaacccgtggagatcagaaggggcatccactcacctggagctgggaagaa
cttgcatgtgagcctccctaggaagcagctgctgcaaaatgagctacatg
tctttagaagagcacccagagacacaagctctgggagtactgattagttc
atattgttgttccacctatagggttgcagatcccttcagctccttgggta
ctttctctagctcctccattggggggccctgagttccatccaataggtga
ctgtgagcatccacttctgtatttgccaggcactgcatagcctcacaaga
gacggctatatcagggtcctttcagcaaaatcttgctggcatatgcaata
gtgtctgcttttggtggctgattatgggatggatccctgggtggggcagt
ctttagatagtccaacctttcatctcagcaccaaactttgtctctgtaac
tcc

gaattccagtctgtcagatatacatagtaagacactcacaccaaaaacaa
acaaacaaacaaacaaacaaataaacaaacaaaacttctcatcacataag
aaaccaaaaaggcacaaattccttaataaaaagctttgaagcattgtttt
cactatactacattctgagtttttctgaagttgaaagacatgtaaaaaat
aaatgtgtcttctgttttgcaatccagtgatttgactcaaacttttgctt
actcatcaagataagatagattaggactaattagatagcttattagataa
acacacttactctcaagacagaccacctgagttcaatcctcaaggtcagc
atgttagaatgaaacaatgcacttcacttctgagctacatgtgtacaaac
acacacacacacatacatacatacatacatacataatttttaaaatttta
ttttatttatgagtacactatagctctcttcagacacaccagaagatccc
attaaaggtggttttgagctaccatgtggttgctgggaattgaattcagg
acctttggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagtcatctctctagc
tcccatacatatatgttttaaaagttatatttttgttcctccacatacat
gaatatacatagatagatatagatatatagacttagatataaatatggat
gatatagatatgatatagatatgatataaatatagatatagatgatatag
atatgatatcaatatagatatttgatggttttgctatactatattttttc
ttttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_28217414_28218266
seq2: B6Ng01-308F08.b_46_898

seq1  GAATTCTCTATGATGAAAACCATAATTCGTGAATCTGCCACTCTGTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGATGAAAACCATAATTCGTGAATCTGCCACTCTGTGGAG  50

seq1  AGTCTTCATGTCCTGAAAATCTTATTGATTACAACTAAGAGGAAAAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCATGTCCTGAAAATCTTATTGATTACAACTAAGAGGAAAAGGGT  100

seq1  GTTGGAATGTCATTACGGTACTAAAAATAAAAACAAACTAAAATAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAATGTCATTACGGTACTAAAAATAAAAACAAACTAAAATAAAAAA  150

seq1  GATAGTATTGTGAGTTAACAATTTTTACTTCGTTATGAGCACATAAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTATTGTGAGTTAACAATTTTTACTTCGTTATGAGCACATAAACAG  200

seq1  AGAAACAGCAGGGATAAAATTAGGGAACTAAAAATTGTAAGCTGCAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGCAGGGATAAAATTAGGGAACTAAAAATTGTAAGCTGCAATTG  250

seq1  TCTTGAAAATACAGATAAAAGAAAGCATTAGACATTCACCTCAGGGTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAATACAGATAAAAGAAAGCATTAGACATTCACCTCAGGGTAAT  300

seq1  CTGGGTTTATTTTTATTCTCTTGGAGTTGTATTTCTTTATATTAGATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTTATTTTTATTCTCTTGGAGTTGTATTTCTTTATATTAGATTAA  350

seq1  AAACATTTTTGTGTATTATATATGCCTATTTGTGTACTGCATAGATGCGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTTTGTGTATTATATATGCCTATTTGTGTACTGCATAGATGCGG  400

seq1  GAACCCGTGGAGATCAGAAGGGGCATCCACTCACCTGGAGCTGGGAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCGTGGAGATCAGAAGGGGCATCCACTCACCTGGAGCTGGGAAGAA  450

seq1  CTTGCATGTGAGCCTCCCTAGGAAGCAGCTGCTGCAAAATGAGCTACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGTGAGCCTCCCTAGGAAGCAGCTGCTGCAAAATGAGCTACATG  500

seq1  TCTTTAGAAGAGCACCCAGAGACACAAGCTCTGGGAGTACTGATTAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGAAGAGCACCCAGAGACACAAGCTCTGGGAGTACTGATTAGTTC  550

seq1  ATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTCAGCTCCTTGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTCAGCTCCTTGGGTA  600

seq1  CTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGGCCCTGAGTTCCATCCAATAGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGGCCCTGAGTTCCATCCAATAGGTGA  650

seq1  CTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGCATAGCCTCACAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGCATAGCCTCACAAGA  700

seq1  GACGGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATA  750

seq1  GTGTCTGCTTTTGGTGGCTGATTATGGGATGGATCCCTGGGTGGGGCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGCTTTTGGTGGCTGATTATGGGATGGATCCCTGGGTGGGGCAGT  800

seq1  CTTTAGATAGTCCAACCTTTCATCTCAGCACCAAACTTTGTCTCTGTAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGATAGTCCAACCTTTCATCTCAGCACCAAACTTTGTCTCTGTAAC  850

seq1  TCC  853
      |||
seq2  TCC  853


seq1: chr4_28433167_28433866
seq2: B6Ng01-308F08.g_172_872 (reverse)

seq1  AGAAAAGAAAAAATATAGTATAGCAAAACCATC-AATATCTATATTGATA  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAAAAATATAGTATAGCAAAACCATCAAATATCTATATTGATA  50

seq1  TCATATCTATATCATCTATATCTATATTTATATCATATCTATATCATATC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTATATCATCTATATCTATATTTATATCATATCTATATCATATC  100

seq1  TATATCATCCATATTTATATCTAAGTCTATATATCTATATCTATCTATGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATCCATATTTATATCTAAGTCTATATATCTATATCTATCTATGT  150

seq1  ATATTCATGTATGTGGAGGAACAAAAATATAACTTTTAAAACATATATGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCATGTATGTGGAGGAACAAAAATATAACTTTTAAAACATATATGT  200

seq1  ATGGGAGCTAGAGAGATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGCTAGAGAGATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCC  250

seq1  AAAGGTCCTGAATTCAATTCCCAGCAACCACATGGTAGCTCAAAACCACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCCTGAATTCAATTCCCAGCAACCACATGGTAGCTCAAAACCACC  300

seq1  TTTAATGGGATCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCTATAGTGTACTCATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGGGATCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCTATAGTGTACTCATAA  350

seq1  ATAAAATAAAATTTTAAAAATTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAAATTTTAAAAATTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGTTTGTACACATGTAGCTCAGAAGTGAAGTGCATTGTTTCATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTTGTACACATGTAGCTCAGAAGTGAAGTGCATTGTTTCATTC  450

seq1  TAACATGCTGACCTTGAGGATTGAACTCAGGTGGTCTGTCTTGAGAGTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGCTGACCTTGAGGATTGAACTCAGGTGGTCTGTCTTGAGAGTAA  500

seq1  GTGTGTTTATCTAATAAGCTATCTAATTAGTCCTAATCTATCTTATCTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTATCTAATAAGCTATCTAATTAGTCCTAATCTATCTTATCTTG  550

seq1  ATGAGTAAGCAAAAGTTTGAGTCAAATCACTGGATTGCAAAACAGAAGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAGCAAAAGTTTGAGTCAAATCACTGGATTGCAAAACAGAAGAC  600

seq1  ACATTTATTTTTTACATGTCTTTCAACTTCAGAAAAACTCAGAATGTAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATTTTTTACATGTCTTTCAACTTCAGAAAAACTCAGAATGTAGT  650

seq1  ATAGTGAAAACAATGCTTCAAAGCTTTTTATTAAGGAATTTGTGCCTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAAAACAATGCTTCAAAGCTTTTTATTAAGGAATTTGTGCCTTTT  700

seq1  T  700
      |
seq2  T  701


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |