BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310L01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 28,497,484 - 28,604,080
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040773
Upstream geneLOC100040691, Tpm3-rs2, LOC100040842, LOC100040735, LOC230044, LOC665141
Downstream geneEpha7, LOC100040907, LOC100040811
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310L01.bB6Ng01-310L01.g
ACCGA102601GA102602
length1,1941,135
definitionB6Ng01-310L01.b B6Ng01-310L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,497,484 - 28,498,663)(28,602,942 - 28,604,080)
sequence
gaattcctaaagagtgatgagaagctgaaacttgcaaacctcaccaacaa
cctacaagttttaatacaaatatttcacagtgggtagtagtgtgtgctga
gcccaaatgtaagcaccatgtattattgtcttcaactggcattaattctt
caaggaaagaaagaacacacacacacacacacacacagagcacagcacac
aataaaagagaggctattaagttgaaagtaattaagggggaaacatgctg
gtttagtaaagtgatagatgtagattctcttcccagatcataatttgaca
attctcatgtagttcttcaggtttctagccccacaaatgattttcctctt
gtcaaacaggtcttaagccttatggacaatgtatgtgggctgatactgtg
cccttatagttaaaaaaaagttcaaagttataaaatgttcaaaaagcaca
aagaatgtggcatgtcctgttattcttaacaaacaattttatttatttat
ttatttatttatttatttatttatttatttattttaaagtatttgtcttt
gacttgtctttctactgtggctagattaagcttgaaatggtctcaatgga
aaatattattaagattatttttagtcataaacactgtgctgcgataagtc
ttctacttttctgaatccggttttgtcaagaatgaacaaaagattacatt
tcgtgcagcttcagggtagccaagctggtgaatgcagcgttcacaaacat
tgtgtttggagataaagatcttaaagaatactagatcaacttcaaaactg
atgaaaataaactttcacttttcctggtttaaagaaaataatgaaattga
agtagagttgagggtcagtatatgcatgcaattgtcgttgggaatagaca
aatgttcactttttatttgcttaagattacaaagtgttgggatcaccaga
gcagttataaatgatttaatggaatgagacacattcctgcttaacttacc
aaagggcaatcagcagttgaaaggcaattaacagaagataggctgcttat
tttttagttgattccgcttaaccctgcaactacattgttattatttactg
aaatatcatggaatataactagaattcttcacaggctgttctttatggaa
tttattcctaggatgcagtatgaagaaatggtatatgtcttttt

gaattctcttaaataaataatagaaattaatacttttcttttgaaacacc
ccagaatgtgactttaaacagtatattttcctacagaacatcattaaaat
ttaaacagttaataaacatactatattgacataataactattgtacattc
agtttctcaaatagtctgggaaacttctttaatttttatttgctcatatc
catggataaagactatttcagaagaggaagttaaccagacagagggggaa
acaatcagactatttaggcagacaaatgcaatcattatatattcctataa
tatgtattatatatggtatatttatatatatgaaatattgtatataatca
tgatgatgcccatcatttcatataatccatgcagtataattaaaactttt
aaaagtttatgaattgaattcttgtttggctagattagttttgtcttact
ctagaaacagctcccactctcctcattcttttccttaggatattccactg
ggttagtatatcagctaccctatcttaagaaacaaataagatattttgaa
cgggattagtttttaatgaaatcctcagaactttagtgttctgcacctac
gtactacacatacaaccacacacacacacacacacacacatagcacagac
atgcacagacacgcacagacatagacacacacacatatcactcttgtttc
tgtaactgaggacattgtttccttttcatattagctgcaaaacaatttta
aatttgtatttgtcctttaatttgtctttacttctgacatgaataatcgt
actattttccatgtttatcttatgcattctctttaatgttcataaccaca
gtctcatttcctttcatgcatatgtatcaattttaataagtttcatgagc
atcttatcatttgatcgcattgcaaaatatataatagtttgaagatgcat
gattaactttgtcttatggataataaccttattatagatttcattttttc
tacttcctagagagcatggcaagcttcctccttgttaggtatgcatgttg
ttatgtttaatttattgctcctgcatgtgcatagttctttctgcacttcc
tgggtagacgtttgtctcacatggattaaagtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_28497484_28498663
seq2: B6Ng01-310L01.b_48_1241

seq1  GAATTCCTAAAGAGTGATGAGAAGCTGAAACTTGCAAACCTCACCAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAGAGTGATGAGAAGCTGAAACTTGCAAACCTCACCAACAA  50

seq1  CCTACAAGTTTTAATACAAATATTTCACAGTGGGTAGTAGTGTGTGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAGTTTTAATACAAATATTTCACAGTGGGTAGTAGTGTGTGCTGA  100

seq1  GCCCAAATGTAAGCACCATGTATTATTGTCTTCAACTGGCATTAATTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAATGTAAGCACCATGTATTATTGTCTTCAACTGGCATTAATTCTT  150

seq1  CAAGGAAAGAAAGAACACACACACACACACACACACAGAGCACAGCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAAGAAAGAACACACACACACACACACACACAGAGCACAGCACAC  200

seq1  AATAAAAGAGAGGCTATTAAGTTGAAAGTAATTAAGGGGGAAACATGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGAGAGGCTATTAAGTTGAAAGTAATTAAGGGGGAAACATGCTG  250

seq1  GTTTAGTAAAGTGATAGATGTAGATTCTCTTCCCAGATCATAATTTGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTAAAGTGATAGATGTAGATTCTCTTCCCAGATCATAATTTGACA  300

seq1  ATTCTCATGTAGTTCTTCAGGTTTCTAGCCCCACAAATGATTTTCCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATGTAGTTCTTCAGGTTTCTAGCCCCACAAATGATTTTCCTCTT  350

seq1  GTCAAACAGGTCTTAAGCCTTATGGACAATGTATGTGGGCTGATACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAGGTCTTAAGCCTTATGGACAATGTATGTGGGCTGATACTGTG  400

seq1  CCCTTATAGTTAAAAAAAAGTTCAAAGTTATAAAATGTTCAAAAAGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATAGTTAAAAAAAAGTTCAAAGTTATAAAATGTTCAAAAAGCACA  450

seq1  AAGAATGTGGCATGTCCTGTTATTCTTAACAAACAATTTTATTTATTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTGGCATGTCCTGTTATTCTTAACAAACAATTTTATTTATTTAT  500

seq1  TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAAAGTATTTGTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAAAGTATTTGTCTTT  550

seq1  GACTTGTCTTTCTACTGTGGCTAGATTAAGCTTGAAATGGTCTCAATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTCTTTCTACTGTGGCTAGATTAAGCTTGAAATGGTCTCAATGGA  600

seq1  AAATATTATTAAGATTATTTTTAGTCATAAACACTGTGCTGCGATAAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATTAAGATTATTTTTAGTCATAAACACTGTGCTGCGATAAGTC  650

seq1  TTCTACTTTTCTGAATCCGGTTTTGTCAAGAATGAACAAAAGATTACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTTTTCTGAATCCGGTTTTGTCAAGAATGAACAAAAGATTACATT  700

seq1  TCGTGCAGCTTCAGGGTAGCCAAGCTGGTGAATGCAGCGTTCACAAACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCAGCTTCAGGGTAGCCAAGCTGGTGAATGCAGCGTTCACAAACAT  750

seq1  TGTGTTTGGAGATAAAGATCTTAAAGAATACTAGATCAACTTCAAAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGGAGATAAAGATCTTAAAGAATACTAGATCAACTTCAAAACTG  800

seq1  ATGAAAATAAACTTTCAC-TTTCCTGGTTTAAAGAAAATAATGAAATTGA  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATAAACTTTCACTTTTCCTGGTTTAAAGAAAATAATGAAATTGA  850

seq1  AGTAGAGTTGAGGGTCAGTATATGCATGCAATTGTCG-TGGGAATAGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTAGAGTTGAGGGTCAGTATATGCATGCAATTGTCGTTGGGAATAGACA  900

seq1  AATGTTCAC-TTTTATTTGCTTAAGATTACAAAGTGTT-GGATCACCAGA  946
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGTTCACTTTTTATTTGCTTAAGATTACAAAGTGTTGGGATCACCAGA  950

seq1  GCAGTTATAAATGATTT-ATGGAATGAGACACATTCCTGCTTAACTTAC-  994
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCAGTTATAAATGATTTAATGGAATGAGACACATTCCTGCTTAACTTACC  1000

seq1  -AAAGGCCATCAGCAGT--GAAGGCAATT-ACAG-AGATAGGCTGCT--A  1037
       || ||| |||||||||   ||||||||| |||| ||||||||||||   
seq2  AAAGGGCAATCAGCAGTTGAAAGGCAATTAACAGAAGATAGGCTGCTTAT  1050

seq1  TTTTTAG-TGATT-CGCTT-ACACTGCAACTACATTGTTATTATT--ATG  1082
      ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TTTTTAGTTGATTCCGCTTAACCCTGCAACTACATTGTTATTATTTACTG  1100

seq1  AAATATCATGAAATAAAAACTAAGATTCTTTCACAATGCTGTTC-TTAT-  1130
      |||||||||| ||| | |||||  |||| ||||| | ||||||| |||| 
seq2  AAATATCATGGAAT-ATAACTAGAATTC-TTCAC-AGGCTGTTCTTTATG  1147

seq1  GAAATTATTCCTAGTA-GCAAAGTAGTGAAGGAATTGTTATATGTCTTTT  1179
      ||| |||||||||| | ||  |||| |||| ||| || ||||||||||||
seq2  GAATTTATTCCTAGGATGC--AGTA-TGAA-GAAATGGTATATGTCTTTT  1193

seq1  T  1180
      |
seq2  T  1194


seq1: chr4_28602942_28604080
seq2: B6Ng01-310L01.g_68_1202 (reverse)

seq1  AAAACTTTTATATCCATTGTGAAGACAAAATGTCTA-CCAGGAAGTGCAG  49
      ||||||||   ||||| |||| |||| ||| ||||| |||||||||||||
seq2  AAAACTTT--AATCCA-TGTG-AGAC-AAACGTCTACCCAGGAAGTGCAG  45

seq1  -AAGAACTATGCAACATGCAGGAGCAATAAATTAAACATAAACAACATGC  98
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGAACTATGC-ACATGCAGGAGCAATAAATTAAACAT-AACAACATGC  93

seq1  ATA-CTTACAAGGAGGAAGCTTGCCATGCTCCTCTAGGAAGTAG-AAAAA  146
      ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  ATACCTAACAAGGAGGAAGCTTGCCATGCT-CTCTAGGAAGTAGAAAAAA  142

seq1  TGAAATCTATAATAAGGTTATTTATCCATAAGACAAAGTTAATCATGCAT  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTATAATAAGGTTA-TTATCCATAAGACAAAGTTAATCATGCAT  191

seq1  CTTCAAACTATTATATATTTTGCAATGCGATCAAATGATAAGATGCTCAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTATTATATATTTTGCAATGCGATCAAATGATAAGATGCTCAT  241

seq1  GAAACTTATTAAAATTGATACATATGCATGAAAGGAAATGAGACTGTGGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTATTAAAATTGATACATATGCATGAAAGGAAATGAGACTGTGGT  291

seq1  TATGAACATTAAAGAGAATGCATAAGATAAACATGG-AAATAGTACGATT  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATGAACATTAAAGAGAATGCATAAGATAAACATGGAAAATAGTACGATT  341

seq1  ATTCATGTCAGAAGTAAAGACAAATTAAAGGACAAATACAAATTTAAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTCAGAAGTAAAGACAAATTAAAGGACAAATACAAATTTAAAAT  391

seq1  TGTTTTGCAGCTAATATGAAAAGGAAACAATGTCCTCAGTTACAGAAACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCAGCTAATATGAAAAGGAAACAATGTCCTCAGTTACAGAAACA  441

seq1  AGAGTGATATGTGTGTGTGTCTATGTCTGTGCGTGTCTGTGCATGTCTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGATATGTGTGTGTGTCTATGTCTGTGCGTGTCTGTGCATGTCTGT  491

seq1  GCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTGTATGTGTAGTACGTAGGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTGTATGTGTAGTACGTAGGT  541

seq1  GCAGAACACTAAAGTTCTGAGGATTTCATTAAAAACTAATCCCGTTCAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACACTAAAGTTCTGAGGATTTCATTAAAAACTAATCCCGTTCAAA  591

seq1  ATATCTTATTTGTTTCTTAAGATAGGGTAGCTGATATACTAACCCAGTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTATTTGTTTCTTAAGATAGGGTAGCTGATATACTAACCCAGTGG  641

seq1  AATATCCTAAGGAAAAGAATGAGGAGAGTGGGAGCTGTTTCTAGAGTAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTAAGGAAAAGAATGAGGAGAGTGGGAGCTGTTTCTAGAGTAAG  691

seq1  ACAAAACTAATCTAGCCAAACAAGAATTCAATTCATAAACTTTTAAAAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTAATCTAGCCAAACAAGAATTCAATTCATAAACTTTTAAAAGT  741

seq1  TTTAATTATACTGCATGGATTATATGAAATGATGGGCATCATCATGATTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATACTGCATGGATTATATGAAATGATGGGCATCATCATGATTA  791

seq1  TATACAATATTTCATATATATAAATATACCATATATAATACATATTATAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAATATTTCATATATATAAATATACCATATATAATACATATTATAG  841

seq1  GAATATATAATGATTGCATTTGTCTGCCTAAATAGTCTGATTGTTTCCCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATAATGATTGCATTTGTCTGCCTAAATAGTCTGATTGTTTCCCC  891

seq1  CTCTGTCTGGTTAACTTCCTCTTCTGAAATAGTCTTTATCCATGGATATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTGGTTAACTTCCTCTTCTGAAATAGTCTTTATCCATGGATATG  941

seq1  AGCAAATAAAAATTAAAGAAGTTTCCCAGACTATTTGAGAAACTGAATGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATAAAAATTAAAGAAGTTTCCCAGACTATTTGAGAAACTGAATGT  991

seq1  ACAATAGTTATTATGTCAATATAGTATGTTTATTAACTGTTTAAATTTTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGTTATTATGTCAATATAGTATGTTTATTAACTGTTTAAATTTTA  1041

seq1  ATGATGTTCTGTAGGAAAATATACTGTTTAAAGTCACATTCTGGGGTGTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTTCTGTAGGAAAATATACTGTTTAAAGTCACATTCTGGGGTGTT  1091

seq1  TCAAAAGAAAAGTATTAATTTCTATTATTTATTTAAGAGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAAAAGTATTAATTTCTATTATTTATTTAAGAGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |