BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310N15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 23,842,925 - 23,954,896
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700025O08Rik, LOC625462, LOC383998, LOC100040464, LOC623873
Downstream geneLOC664973, F730047E07Rik, Klhl32, 1110007M04Rik, C230012O17Rik, Gpr63
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310N15.bB6Ng01-310N15.g
ACCGA102719GA102720
length4321,124
definitionB6Ng01-310N15.b B6Ng01-310N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,954,459 - 23,954,896)(23,842,925 - 23,844,040)
sequence
agttcatcttcaatctgtcagaacacataagaggtgattctgagtcctta
catcctgggcctgttcatatactgaaataaagagaccaattccactgttg
tccagggttttctaaactcattttacaatgggtttccaatgatgctggga
tgaactcaccttgtagtttcagatgtaggtgggtaatgtttggttaaggt
tggatttgttttatttgtgcagatacattctttgcaccacagaaagtttt
catgaatatgattttaaagtaaacccaagaaattcagcatatggaggaaa
tattcttttctagtgtggtaatgaaatatcatatgaatcatcaacttatt
agactgggtgtttattcacttgggaagctttccctttgtggacaccacaa
tctaccatcacctctacatatttaatggatat

gaattcaatactctgatatccaggagcatggcactcagtagcatcgtgtg
ccttgcttctaatttagaagtgcagtgtgcaaggtaggctgattacttac
tcatgcctgcattttcttctacaataattaaagataactaaaagttttac
ttaagggagcatgagggattgggtaaatatacataatgacatcaaataat
aggaactagaatttgacactatatggcacgctgatggagctcttgcagta
atcattaagctaccagtattctttgtctctatacaactctataaaaacac
aagtgagaacctacaacataatcaactcataaagatatctcaaaaatact
gtaaatgaataaaaaagcactctcttattggacctaagctccattcaaca
agagaaaaaaccatgactggtattggaaacctagccaaatgtgcagcatt
agtgaattcatgggtcttggaggagaacctacaattgcctctttaataga
ccaacataatccctaagtgtattctaaatatgacccctcatcatggaaat
gtctctttgaaacatatggaaagccacaaccatcaacacaaagctatgga
gctgagttatgtaggtattgccttcagcagtggggccttgtcatcagttc
atgtaaagcaacctgtgattctgttgtttgtgaatgtccataggacatct
ttggcaaacaactcaatcatgtgtacagtctgagtaatagaagaagattc
gtttagtgacaagatatagctagttagatgctttcattttatacacacac
acacacacacacacacacacacacacacatgaggtttccatactactcct
caaatcccccttaattttagctgtatatttcctgccctcccccactgccc
tcccagtccccacctatctagttgcaacctatcttttcatccatgaccat
tttactttcctttcctaatgaaacctatctgcctcacctaatcccttcct
ctatacctacttctacccttcatgattcttcagaattgtagctggtatca
tgaaataaacagctaatatttggcaccacatttaacaccaataacataag
attaatatcctctttttatgtctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_23954459_23954896
seq2: B6Ng01-310N15.b_47_484 (reverse)

seq1  ATCTCCATTAAATATGTAGAGGTGATGGTAGTTTGTGGTGTCCACAAAGG  50
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATTAAATATGTAGAGGTGATGGTAGATTGTGGTGTCCACAAAGG  50

seq1  GAAAGCTTCCCAAGTGAATAAACACCCAGTCTAATATGTTGATGATTCAT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAAGCTTCCCAAGTGAATAAACACCCAGTCTAATAAGTTGATGATTCAT  100

seq1  AAGATATTTCATTACCACACTAGAAAAGAATATTTCCTCCATATGCTGAA  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTTCATTACCACACTAGAAAAGAATATTTCCTCCATATGCTGAA  150

seq1  TTTCTTGGGTTTACTTTAAAATCATATTCATGAAAACTTTCTGTGGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGGTTTACTTTAAAATCATATTCATGAAAACTTTCTGTGGTGCA  200

seq1  AAGAATGTATCTGCACAAATAAAACAAATCCAACCTTAACCAAACATTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTATCTGCACAAATAAAACAAATCCAACCTTAACCAAACATTAC  250

seq1  CCACCTACATCTGAAACTACAAGGTGAGTTCATCCCAGCATCATTGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTACATCTGAAACTACAAGGTGAGTTCATCCCAGCATCATTGGAAA  300

seq1  CCCATTGTAAAATGAGTTTAGAAAACCCTGGACAACAGTGGAATTGGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGTAAAATGAGTTTAGAAAACCCTGGACAACAGTGGAATTGGTCT  350

seq1  CTTTATTTCAGTATATGAACAGGCCCAGGATGTAAGGACTCAGAATCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTCAGTATATGAACAGGCCCAGGATGTAAGGACTCAGAATCACC  400

seq1  TCTTATGTGTTCTGACAGATTGAAGATGAACTGAATTC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTGTTCTGACAGATTGAAGATGAACTGAATTC  438


seq1: chr4_23842925_23844040
seq2: B6Ng01-310N15.g_65_1188

seq1  GAATTCAATACTCTGATATCCAGGAGCATGGCACTCAGTAGCATCGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACTCTGATATCCAGGAGCATGGCACTCAGTAGCATCGTGTG  50

seq1  CCTTGCTTCTAATTTAGAAGTGCAGTGTGCAAGGTAGGCTGATTACTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTCTAATTTAGAAGTGCAGTGTGCAAGGTAGGCTGATTACTTAC  100

seq1  TCATGCCTGCATTTTCTTCTACAATAATTAAAGATAACTAAAAGTTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTGCATTTTCTTCTACAATAATTAAAGATAACTAAAAGTTTTAC  150

seq1  TTAAGGGAGCATGAGGGATTGGGTAAATATACATAATGACATCAAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGAGCATGAGGGATTGGGTAAATATACATAATGACATCAAATAAT  200

seq1  AGGAACTAGAATTTGACACTATATGGCACGCTGATGGAGCTCTTGCAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTAGAATTTGACACTATATGGCACGCTGATGGAGCTCTTGCAGTA  250

seq1  ATCATTAAGCTACCAGTATTCTTTGTCTCTATACAACTCTATAAAAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAAGCTACCAGTATTCTTTGTCTCTATACAACTCTATAAAAACAC  300

seq1  AAGTGAGAACCTACAACATAATCAACTCATAAAGATATCTCAAAAATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGAACCTACAACATAATCAACTCATAAAGATATCTCAAAAATACT  350

seq1  GTAAATGAATAAAAAAGCACTCTCTTATTGGACCTAAGCTCCATTCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGAATAAAAAAGCACTCTCTTATTGGACCTAAGCTCCATTCAACA  400

seq1  AGAGAAAAAACCATGACTGGTATTGGAAACCTAGCCAAATGTGCAGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAAACCATGACTGGTATTGGAAACCTAGCCAAATGTGCAGCATT  450

seq1  AGTGAATTCATGGGTCTTGGAGGAGAACCTACAATTGCCTCTTTAATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTCATGGGTCTTGGAGGAGAACCTACAATTGCCTCTTTAATAGA  500

seq1  CCAACATAATCCCTAAGTGTATTCTAAATATGACCCCTCATCATGGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATAATCCCTAAGTGTATTCTAAATATGACCCCTCATCATGGAAAT  550

seq1  GTCTCTTTGAAACATATGGAAAGCCACAACCATCAACACAAAGCTATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTGAAACATATGGAAAGCCACAACCATCAACACAAAGCTATGGA  600

seq1  GCTGAGTTATGTAGGTATTGCCTTCAGCAGTGGGGCCTTGTCATCAGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTATGTAGGTATTGCCTTCAGCAGTGGGGCCTTGTCATCAGTTC  650

seq1  ATGTAAAGCAACCTGTGATTCTGTTGTTTGTGAATGTCCATAGGACATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGCAACCTGTGATTCTGTTGTTTGTGAATGTCCATAGGACATCT  700

seq1  TTGGCAAACAACTCAATCATGTGTACAGTCTGAGTAATAGAAGAAGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAACAACTCAATCATGTGTACAGTCTGAGTAATAGAAGAAGATTC  750

seq1  GTTTAGTGACAAGATATAGCTAGTTAGATGCTTTCATTTTATACACACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTGACAAGATATAGCTAGTTAGATGCTTTCATTTTATACACACAC  800

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACATGAGGTTTCCATACTACTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACATGAGGTTTCCATACTACTCCT  850

seq1  CAAATCCCCCTTAATTTTAGCTGTATATTTCCTGCCCTCCCCCACTGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCCCTTAATTTTAGCTGTATATTTCCTGCCCTCCCCCACTGCCC  900

seq1  TCCCAGTCCCCACCTATCTAGTTGCAACCTATCTTTTCATCCATGACCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTCCCCACCTATCTAGTTGCAACCTATCTTTTCATCCATGACCAT  950

seq1  TTTACTTTCCTTTCCTAATGAAACCTATCTGCCTCACCTAATCCCTTCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTCCTTTCCTAATGAAACCTATCTGCCTCACCTAATCCCTTCCT  1000

seq1  CTATACCTACTTCTACCTTTCATGGTTCTTCAG-ATTGTAGCTTGGTTAT  1049
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||  | |||
seq2  CTATACCTACTTCTACCCTTCATGATTCTTCAGAATTGTAGCT--GGTAT  1048

seq1  CATTGAAAT-AACAGCTAATATTT-GCA-CACA-TTAACAC--AT-ACAT  1092
      || |||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||  || ||||
seq2  CA-TGAAATAAACAGCTAATATTTGGCACCACATTTAACACCAATAACAT  1097

seq1  -AGATT-ATAT-CTCTTTTTATGTCTG  1116
       ||||| |||| |||||||||||||||
seq2  AAGATTAATATCCTCTTTTTATGTCTG  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |