BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311F06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 144,493,392 - 144,640,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDhrs3, Vps13d
Upstream geneLOC194224, LOC626889, LOC329984, LOC626922, LOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077, LOC100041144, Oog3, Oog2, C87977, Pramel5, LOC666150, LOC626995, OTTMUSG00000010537, EG627009, Pramef12, D530049N12Rik, 1700012P22Rik, Aadacl3, 9430007A20Rik, LOC100041232, LOC666194, LOC627085, LOC666215, LOC435815, Gm436, LOC546849, Gm438, LOC666242, LOC676844
Downstream geneTnfrsf1b, Tnfrsf8, LOC666282, 9230115A19Rik, LOC195576, LOC622846, LOC666314, LOC545701, OTTMUSG00000010965, LOC666334, LOC545703, LOC384081, LOC100041379, LOC666349, LOC666351, LOC545704, 1700029I01Rik, LOC236069, LOC384084, LOC666386, LOC666390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311F06.bB6Ng01-311F06.g
ACCGA103074GA103075
length911619
definitionB6Ng01-311F06.b B6Ng01-311F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,493,392 - 144,494,297)(144,640,330 - 144,640,948)
sequence
gaattctacacagggaccttatgggaattgcccaactctatagcaaaggg
ccagacctctgctgcctatgtgacaccttagtgtgagagcaaaagcctag
caggatgggaattctgatggacaggtagttgcagggaggttgccaccatc
tttgactccgctattaagaagatacttccctcatcctgagcatgttccgc
cagggtccaagtaagatgtaaggatgacatagatgttgcccctggcgaaa
ggaagcataactagtagagaacagatgggtgatgatggactgaccagagt
agagtgtccaagagatgtgaagaacaagccagggctgaaccgctgagctg
gtagctacagatggaatttggacttgattgggagagcacttggggagctc
tagaaaactttccacggaaatgtgtgacaacaggttagacgaaggtgaga
ggagtctgacctttaataagcactctctgagagtggaggaatggggtgtc
tccggtggctacttgtatagggatggtccccaggaaagccctgcccttcc
tgatggcccacagctgcactcccactatcctgttccctgcaggatgtgct
gatccaagcacttcctgttgtgttgctccacttcctcttgcattctccag
ccctgcatatcagcccactagcagtcaactgggaggtcagctacacggca
tgtgacctgtgtcctctcagaaagtaaatttgcctctagcaaacaacctt
cacgagccctctgagttccctttggaggtgtggcaataaagtgctttata
agctaagtctccctgggaacccattatccctgggtgtgttgctgggccat
gttgtgtgttgtgtgaccttgaaataccaccacacagaaggagtggagga
ggaatgtaata
gaattccagacagttttgtttagtgtggaataaactaagaaaggaaagga
cacggcccagggactagctgtgatctgaggcctcgtggacaggtatttct
tctttcaacttggcgccgtctctggaaggcttcagccgttttgtctggga
agtgggagtagatacttctctgttttatcaggaacgtatgagcacaggtt
gctttctccagaatcccctctgcagcaggaagatgctgcctgagtaaatc
aggatcagagctgtgacctactatatgcaagcagtggctcagttcattgg
gagggcgcaatcctatatggctttcttttcctctcatgccttcttccaca
gaccagatcagcctgaaggtggcagagtaattcataccaacaggctggcc
ctgcgcctctgcagataagggaccccagacagtaaatgactaggtgaaga
cagtttcacttcaggactgggtacttccttggttccagggtagatggtgc
ctgttgggaggactttgcagcttggtagaggtcaaaggtccctgcagcaa
tacaccagtctcttttaatgtttggtcgcaatgaggaatttgtgttttag
tgggtttttgttgttgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_144493392_144494297
seq2: B6Ng01-311F06.b_47_957

seq1  GAATTCTACACAGGGACCTTATGGGAATTGCCCAACTCTATAGCAAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACACAGGGACCTTATGGGAATTGCCCAACTCTATAGCAAAGGG  50

seq1  CCAGACCTCTGCTGCCTATGTGACACCTTAGTGTGAGAGCAAAAGCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTCTGCTGCCTATGTGACACCTTAGTGTGAGAGCAAAAGCCTAG  100

seq1  CAGGATGGGAATTCTGATGGACAGGTAGTTGCAGGGAGGTTGCCACCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGGAATTCTGATGGACAGGTAGTTGCAGGGAGGTTGCCACCATC  150

seq1  TTTGACTCCGCTATTAAGAAGATACTTCCCTCATCCTGAGCATGTTCCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTCCGCTATTAAGAAGATACTTCCCTCATCCTGAGCATGTTCCGC  200

seq1  CAGGGTCCAAGTAAGATGTAAGGATGACATAGATGTTGCCCCTGGCGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCCAAGTAAGATGTAAGGATGACATAGATGTTGCCCCTGGCGAAA  250

seq1  GGAAGCATAACTAGTAGAGAACAGATGGGTGATGATGGACTGACCAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCATAACTAGTAGAGAACAGATGGGTGATGATGGACTGACCAGAGT  300

seq1  AGAGTGTCCAAGAGATGTGAAGAACAAGCCAGGGCTGAACCGCTGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCCAAGAGATGTGAAGAACAAGCCAGGGCTGAACCGCTGAGCTG  350

seq1  GTAGCTACAGATGGAATTTGGACTTGATTGGGAGAGCACTTGGGGAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTACAGATGGAATTTGGACTTGATTGGGAGAGCACTTGGGGAGCTC  400

seq1  TAGAAAACTTTCCACGGAAATGTGTGACAACAGGTTAGACGAAGGTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAACTTTCCACGGAAATGTGTGACAACAGGTTAGACGAAGGTGAGA  450

seq1  GGAGTCTGACCTTTAATAAGCACTCTCTGAGAGTGGAGGAATGGGGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGACCTTTAATAAGCACTCTCTGAGAGTGGAGGAATGGGGTGTC  500

seq1  TCCGGTGGCTACTTGTATAGGGATGGTCCCCAGGAAAGCCCTGCCCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTGGCTACTTGTATAGGGATGGTCCCCAGGAAAGCCCTGCCCTTCC  550

seq1  TGATGGCCCACAGCTGCACTCCCACTATCCTGTTCCCTGCAGGATGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCCCACAGCTGCACTCCCACTATCCTGTTCCCTGCAGGATGTGCT  600

seq1  GATCCAAGCACTTCCTGTTGTGTTGCTCCACTTCCTCTTGCATTCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAAGCACTTCCTGTTGTGTTGCTCCACTTCCTCTTGCATTCTCCAG  650

seq1  CCCTGCATATCAGCCCACTAGCAGTCAACTGGGAGGTCAGCTACACGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCATATCAGCCCACTAGCAGTCAACTGGGAGGTCAGCTACACGGCA  700

seq1  TGTGACCTGTGTCCTCTCAGAAAGTAAATTTGCCTCTAGCAAACAACCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTGTGTCCTCTCAGAAAGTAAATTTGCCTCTAGCAAACAACCTT  750

seq1  CACGAGCCCTCTGAGTT-CCTTTGGAGGTGTGGCAATAAAGTGCTTTATA  799
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGCCCTCTGAGTTCCCTTTGGAGGTGTGGCAATAAAGTGCTTTATA  800

seq1  AGCTAAGTCTCCCTGGGAA-CCATTATCCCT-GGTGTGTTGCTGGG-CAT  846
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  AGCTAAGTCTCCCTGGGAACCCATTATCCCTGGGTGTGTTGCTGGGCCAT  850

seq1  GTTGTGTGTTGTGTGACCTTGAAAGTACACCACACAG-AGGAGTGGAGGA  895
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTTGTGTGACCTTGAAATACCACCACACAGAAGGAGTGGAGGA  900

seq1  GGAATGGAATA  906
      |||||| ||||
seq2  GGAATGTAATA  911

seq1: chr4_144640330_144640948
seq2: B6Ng01-311F06.g_65_683 (reverse)

seq1  CAACAACAACAAAAACCCACTAAAACACAAATTCCTCATTGCGACCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAAAAACCCACTAAAACACAAATTCCTCATTGCGACCAAAC  50

seq1  ATTAAAAGAGACTGGTGTATTGCTGCAGGGACCTTTGACCTCTACCAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGAGACTGGTGTATTGCTGCAGGGACCTTTGACCTCTACCAAGC  100

seq1  TGCAAAGTCCTCCCAACAGGCACCATCTACCCTGGAACCAAGGAAGTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGTCCTCCCAACAGGCACCATCTACCCTGGAACCAAGGAAGTACC  150

seq1  CAGTCCTGAAGTGAAACTGTCTTCACCTAGTCATTTACTGTCTGGGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGAAGTGAAACTGTCTTCACCTAGTCATTTACTGTCTGGGGTCC  200

seq1  CTTATCTGCAGAGGCGCAGGGCCAGCCTGTTGGTATGAATTACTCTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGCAGAGGCGCAGGGCCAGCCTGTTGGTATGAATTACTCTGCCA  250

seq1  CCTTCAGGCTGATCTGGTCTGTGGAAGAAGGCATGAGAGGAAAAGAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGGCTGATCTGGTCTGTGGAAGAAGGCATGAGAGGAAAAGAAAGC  300

seq1  CATATAGGATTGCGCCCTCCCAATGAACTGAGCCACTGCTTGCATATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGGATTGCGCCCTCCCAATGAACTGAGCCACTGCTTGCATATAGT  350

seq1  AGGTCACAGCTCTGATCCTGATTTACTCAGGCAGCATCTTCCTGCTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAGCTCTGATCCTGATTTACTCAGGCAGCATCTTCCTGCTGCAG  400

seq1  AGGGGATTCTGGAGAAAGCAACCTGTGCTCATACGTTCCTGATAAAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATTCTGGAGAAAGCAACCTGTGCTCATACGTTCCTGATAAAACAG  450

seq1  AGAAGTATCTACTCCCACTTCCCAGACAAAACGGCTGAAGCCTTCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTATCTACTCCCACTTCCCAGACAAAACGGCTGAAGCCTTCCAGAG  500

seq1  ACGGCGCCAAGTTGAAAGAAGAAATACCTGTCCACGAGGCCTCAGATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCGCCAAGTTGAAAGAAGAAATACCTGTCCACGAGGCCTCAGATCAC  550

seq1  AGCTAGTCCCTGGGCCGTGTCCTTTCCTTTCTTAGTTTATTCCACACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTCCCTGGGCCGTGTCCTTTCCTTTCTTAGTTTATTCCACACTAA  600

seq1  ACAAAACTGTCTGGAATTC  619
      |||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGTCTGGAATTC  619