BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313A01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 124,467,012 - 124,604,985
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10, Cdca8
Upstream geneRhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc, 1700057H15Rik, LOC100039332, Pou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991
Downstream gene9930104L06Rik, Rspo1, Gnl2, Dnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a, LOC100039298, Grik3, Ftl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313A01.bB6Ng01-313A01.g
ACCGA104331GA104332
length1,1311,168
definitionB6Ng01-313A01.b B6Ng01-313A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,603,860 - 124,604,985)(124,467,012 - 124,468,162)
sequence
gaattctgtgatagccagggattcatagagtggccttgtcttaaaacaaa
accaggggaagccaggtataagcttccaggagtctccctccagtggagtc
gcaggacaagcttaaatcaatgtacctgagctgttgtcttagcacacaag
ctccttcaagatgccatatagatattactgagtcttaggcacttggcaga
gaaaagcaggtgttaagaacatgtaaactatttatttgcatgaaaattaa
gcacagagagagctattctaggactcctggaacccttggtctcagtagac
agccaagatccaaccttgcagtcaggcctgtggtgttaactcttacactg
tgtcagtggcctgccaccagcagtgagctcgaagcctgccgtcattacta
cagatggtgcaaagttggcagcagtgtcccgcttcctttttaacagcatg
gtagacaacattagtctgttagagaactgtttcttgctgagcatagacag
tctcggagtgatctcctgatcactctctgcgttcttgatctactcatcct
cctgtgtcaagtcatggttacaagtgtcccatcaaaaaaggactgaccac
gaacccagtctcctcttggctgagtagggagacacaactaatatacaaat
aaaatggaaaaaggtttttgaattttgcaaagagtgtgtgtgtaaacata
catacatacatacatacatacatgtgcatgtatgtgtgtacatacacaca
cgcacacacacatacccttctaaacaagtgaagtaattagtcatagtttg
cctctgaggaatgacagaagagacaaggaaacagaacaaggaaagaatga
atgcatagccagaagcaggttattggcaagatctttggtcttgcatcgtg
tggtaggttataattcatttgtaccttaacttgctatttcttatatgtgc
tggcttatatttataattaatttcttacactactttctggctgtttgtca
cagctgatcgagaccatcacagaaataaaacattttacagctgaaggcta
ttcagacaccctttgaaatctgtaaagttgagtacttttccccttttctt
ttgtataaattttgtttgatatagtgtttat
gaattcactctgtagaccaggctggcctcagactctgagatccccctgcc
tctgcctcctgagtgctgggattaaaggtgtgctctactctttttattgt
gaacaagagaggaaatatccagaggcatctggagtagcccagagcacaga
gaaagaagactgagcaatgtctgggtcaggaataaggaggagagcatcct
ggagacagtgagatagaaaggggtagagaacagagggaagcgagacagcg
agagacagacagggagacagggacagacagggagacagggacagacagag
aggcagggacagacagggaggcaggcagatcccgggaagcagatgatagt
gggttaatagaaggatgaatagctgggtcaaagaacaggccaacagcctg
ttgtggactttgaaatgtgtaacaggcacttgtgacactcagggtgcctg
gatgccaggctgggccttgatattctgataggcaccacaggtagccgtgt
gtaagggacactcctttaagtagaagggaactggtttcacgagttcctga
ggatgcttttctgtaccacaggaaaccctcctatagtcacagcctgagct
cattgctggatatgtggactacacctaagattcatttactagtgtctact
cccaacagctcttactagttttaaaagaagatttatctacttttaggtga
cagggctcactatgtagtcaggctagcctcaaactcagagattcggataa
aagctgataccaccacaccaggcaagatttatttttaatgtatgtgtatg
agagttttgcctgcatacatacatgtatgtgcactgcctagtgctcccag
agaacaggagaggacatgaatcccctgccaaatagagttatagacggttg
ttaagccatcatgtggggtaagggaaaaccaggtcctctattaagagagc
ctgtgcttcagaaccacgagccgtcttcttgcagccctagctcttatcat
ctataactttccaccaacctacttgtgagcttatttttctattaactttg
ccatgatttttttcaaaccttttacatgaagctaaagagagagaaggcgt
gccaggtccttctgagttgcattagtctacttacctgttctccaagggtg
taaggggtagaatacggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_124603860_124604985
seq2: B6Ng01-313A01.b_46_1176 (reverse)

seq1  ATAAACA-TATA-CAAACAAAA-TTATACAAA--GAAAGGGGGAAAGTAC  45
      ||||||| |||| ||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||
seq2  ATAAACACTATATCAAACAAAATTTATACAAAAGAAAAGGGGAAAAGTAC  50

seq1  TCACTTTTAACAGATTTCAAA-GGTGTCTGAATAG-CTTCAGCTGTTAAA  93
      |||  ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TCAACTTT-ACAGATTTCAAAGGGTGTCTGAATAGCCTTCAGCTGTAAAA  99

seq1  TTGTTTATTTCTGTGAT-GTCTCGATCAGCCTGTGACAAACAGCCAGAAA  142
      |  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATTTCTGTGATGGTCTCGATCAG-CTGTGACAAACAGCCAGAAA  148

seq1  GTAGTGTAAGAAATTAATAATAAATATAAGCCAGCACATATAAGAAATAG  192
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTAAGAAATTAATTATAAATATAAGCCAGCACATATAAGAAATAG  198

seq1  CAAGTTAAGGTACAAATGAATTATAAACCTACCACACGATGCAAGACCAA  242
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAAGGTACAAATGAATTAT-AACCTACCACACGATGCAAGACCAA  247

seq1  AGATCTTGCCAATAACCTGCTTCTGGCTATGCATTCATTCTTTCCTTGTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTGCCAATAACCTGCTTCTGGCTATGCATTCATTCTTTCCTTGTT  297

seq1  CTGTTTCCTTGTCTCTTCTGTCATTCCTCAGAGGCAAACTATGACTAATT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCTTGTCTCTTCTGTCATTCCTCAGAGGCAAACTATGACTAATT  347

seq1  ACTTCACTTGTTTAGAAGGGTATGTGTGTGTGCGTGTGTGTATGTACACA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTTGTTTAGAAGGGTATGTGTGTGTGCGTGTGTGTATGTACACA  397

seq1  CATACATGCACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTTACACACACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTTACACACACA  447

seq1  CTCTTTGCAAAATTCAAAAACCTTTTTCCATTTTATTTGTATATTAGTTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGCAAAATTCAAAAACCTTTTTCCATTTTATTTGTATATTAGTTG  497

seq1  TGTCTCCCTACTCAGCCAAGAGGAGACTGGGTTCGTGGTCAGTCCTTTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCTACTCAGCCAAGAGGAGACTGGGTTCGTGGTCAGTCCTTTTT  547

seq1  TGATGGGACACTTGTAACCATGACTTGACACAGGAGGATGAGTAGATCAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGACACTTGTAACCATGACTTGACACAGGAGGATGAGTAGATCAA  597

seq1  GAACGCAGAGAGTGATCAGGAGATCACTCCGAGACTGTCTATGCTCAGCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGCAGAGAGTGATCAGGAGATCACTCCGAGACTGTCTATGCTCAGCA  647

seq1  AGAAACAGTTCTCTAACAGACTAATGTTGTCTACCATGCTGTTAAAAAGG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGTTCTCTAACAGACTAATGTTGTCTACCATGCTGTTAAAAAGG  697

seq1  AAGCGGGACACTGCTGCCAACTTTGCACCATCTGTAGTAATGACGGCAGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGGGACACTGCTGCCAACTTTGCACCATCTGTAGTAATGACGGCAGG  747

seq1  CTTCGAGCTCACTGCTGGTGGCAGGCCACTGACACAGTGTAAGAGTTAAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAGCTCACTGCTGGTGGCAGGCCACTGACACAGTGTAAGAGTTAAC  797

seq1  ACCACAGGCCTGACTGCAAGGTTGGATCTTGGCTGTCTACTGAGACCAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGGCCTGACTGCAAGGTTGGATCTTGGCTGTCTACTGAGACCAAG  847

seq1  GGTTCCAGGAGTCCTAGAATAGCTCTCTCTGTGCTTAATTTTCATGCAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCAGGAGTCCTAGAATAGCTCTCTCTGTGCTTAATTTTCATGCAAA  897

seq1  TAAATAGTTTACATGTTCTTAACACCTGCTTTTCTCTGCCAAGTGCCTAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTTTACATGTTCTTAACACCTGCTTTTCTCTGCCAAGTGCCTAA  947

seq1  GACTCAGTAATATCTATATGGCATCTTGAAGGAGCTTGTGTGCTAAGACA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGTAATATCTATATGGCATCTTGAAGGAGCTTGTGTGCTAAGACA  997

seq1  ACAGCTCAGGTACATTGATTTAAGCTTGTCCTGCGACTCCACTGGAGGGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCAGGTACATTGATTTAAGCTTGTCCTGCGACTCCACTGGAGGGA  1047

seq1  GACTCCTGGAAGCTTATACCTGGCTTCCCCTGGTTTTGTTTTAAGACAAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGGAAGCTTATACCTGGCTTCCCCTGGTTTTGTTTTAAGACAAG  1097

seq1  GCCACTCTATGAATCCCTGGCTATCACAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCTATGAATCCCTGGCTATCACAGAATTC  1131

seq1: chr4_124467012_124468162
seq2: B6Ng01-313A01.g_66_1233

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAGACTCTGAGATCCCCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAGACTCTGAGATCCCCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCTCTACTCTTTTTATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCTCTACTCTTTTTATTGT  100

seq1  GAACAAGAGAGGAAATATCCAGAGGCATCTGGAGTAGCCCAGAGCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGAGAGGAAATATCCAGAGGCATCTGGAGTAGCCCAGAGCACAGA  150

seq1  GAAAGAAGACTGAGCAATGTCTGGGTCAGGAATAAGGAGGAGAGCATCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGACTGAGCAATGTCTGGGTCAGGAATAAGGAGGAGAGCATCCT  200

seq1  GGAGACAGTGAGATAGAAAGGGGTAGAGAACAGAGGGAAGCGAGACAGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGTGAGATAGAAAGGGGTAGAGAACAGAGGGAAGCGAGACAGCG  250

seq1  AGAGACAGACAGGGAGACAGGGACAGACAGGGAGACAGGGACAGACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGACAGGGAGACAGGGACAGACAGGGAGACAGGGACAGACAGAG  300

seq1  AGGCAGGGACAGACAGGGAGGCAGGCAGATCCCGGGAAGCAGATGATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGACAGACAGGGAGGCAGGCAGATCCCGGGAAGCAGATGATAGT  350

seq1  GGGTTAATAGAAGGATGAATAGCTGGGTCAAAGAACAGGCCAACAGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAATAGAAGGATGAATAGCTGGGTCAAAGAACAGGCCAACAGCCTG  400

seq1  TTGTGGACTTTGAAATGTGTAACAGGCACTTGTGACACTCAGGGTGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGACTTTGAAATGTGTAACAGGCACTTGTGACACTCAGGGTGCCTG  450

seq1  GATGCCAGGCTGGGCCTTGATATTCTGATAGGCACCACAGGTAGCCGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCAGGCTGGGCCTTGATATTCTGATAGGCACCACAGGTAGCCGTGT  500

seq1  GTAAGGGACACTCCTTTAAGTAGAAGGGAACTGGTTTCACGAGTTCCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGACACTCCTTTAAGTAGAAGGGAACTGGTTTCACGAGTTCCTGA  550

seq1  GGATGCTTTTCTGTACCACAGGAAACCCTCCTATAGTCACAGCCTGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTTTTCTGTACCACAGGAAACCCTCCTATAGTCACAGCCTGAGCT  600

seq1  CATTGCTGGATATGTGGACTACACCTAAGATTCATTTACTAGTGTCTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGGATATGTGGACTACACCTAAGATTCATTTACTAGTGTCTACT  650

seq1  CCCAACAGCTCTTACTAGTTTTAAAAGAAGATTTATCTACTTTTAGGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACAGCTCTTACTAGTTTTAAAAGAAGATTTATCTACTTTTAGGTGA  700

seq1  CAGGGCTCACTATGTAGTCAGGCTAGCCTCAAACTCAGAGATTCGGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTCACTATGTAGTCAGGCTAGCCTCAAACTCAGAGATTCGGATAA  750

seq1  AAGCTGATACCACCACACCAGGCAAGATTTATTTTTAATGTATGTGTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATACCACCACACCAGGCAAGATTTATTTTTAATGTATGTGTATG  800

seq1  AGAGTTTTGCCTGCATACATACATGTATGTGCACTGCCTAGTGCTCCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTGCCTGCATACATACATGTATGTGCACTGCCTAGTGCTCCCAG  850

seq1  AGACCAGGAGAGGACATGAATCCCCTG-CAAATAGAGTTATAGACGGTTG  899
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGGAGAGGACATGAATCCCCTGCCAAATAGAGTTATAGACGGTTG  900

seq1  TTAAGCCATCATGT-GGGTAA-GGAAAACCAGGTCCTCTA-TAAGAGAGC  946
      |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAAGCCATCATGTGGGGTAAGGGAAAACCAGGTCCTCTATTAAGAGAGC  950

seq1  CTGTGC-TCAGAACCACCGAGCCGTCT--CTGCAGCCCTAGTTCTTATCA  993
      |||||| ||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||||||||
seq2  CTGTGCTTCAGAACCA-CGAGCCGTCTTCTTGCAGCCCTAGCTCTTATCA  999

seq1  TCT-TATACTTCCACCAA-CTACTTGTGAGCTTATTTTTCTA-TAACCTT  1040
      ||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TCTATAACTTTCCACCAACCTACTTGTGAGCTTATTTTTCTATTAACTTT  1049

seq1  GCCAATGATTTTTTTC-AACCTTTTACAATGAGCAAAAGAGAGAGA----  1085
      ||| |||||||||||| |||||||||||   ||| |||||||||||    
seq2  GCC-ATGATTTTTTTCAAACCTTTTACATGAAGCTAAAGAGAGAGAAGGC  1098

seq1  GTGCCAGGGGCTTCTGTGTTGCTTTGTGCCACCTACCTGTTCTCCAA-GG  1134
      ||||||||  |||||| ||||| ||   | || |||||||||||||| ||
seq2  GTGCCAGGTCCTTCTGAGTTGCATTAGTCTACTTACCTGTTCTCCAAGGG  1148

seq1  TGTA--GGGTAG-ATACGGT  1151
      ||||  |||||| |||||||
seq2  TGTAAGGGGTAGAATACGGT  1168